Ignore:
Timestamp:
Mar 4, 2011, 12:30:52 PM (11 years ago)
Author:
s.h.sikkema@…
Message:

Fixed tests (except webtests); cleaned up Example{Studies,Templates}.groovy; decapitalized injected services; made 'transactional' properties static

Location:
trunk/test/integration/dbnp
Files:
1 deleted
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/test/integration/dbnp/query/SampleSearchTests.groovy

    r1521 r1588  
    33import dbnp.authentication.SecUser
    44import dbnp.studycapturing.*
    5 import dbnp.configuration.*
     5import dbnp.configuration.ExampleStudies
    66
    77/**
    … …  
    2323    protected void setUp() {
    2424        super.setUp()
    25 //
    26 //              def owner = SecUser.findByUsername( "user" );
    27 //             
    28 //              // Look up the used ontologies which should be in the database by now
    29 //              def speciesOntology                             = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1132)
    30 //
    31 //              // Look up the used templates which should also be in the database by now
    32 //              def studyTemplate                               = Template.findByName("Academic study")
    33 //              def mouseTemplate                               = Template.findByName("Mouse")
    34 //              def dietTreatmentTemplate               = Template.findByName("Diet treatment")
    35 //              def liverSamplingEventTemplate  = Template.findByName("Liver extraction")
    36 //              def humanTissueSampleTemplate   = Template.findByName("Human tissue sample")
    37 //              def ccAssayTemplate                             = Template.findByName("Clinical chemistry assay")
    38 //
    39 //              // Add terms manually, to avoid having to do many HTTP requests to the BioPortal website
    40 //              def mouseTerm = Term.findByName( "Mus musculus" );
    41 //
    42 //              // Add example mouse study
    43 //              def testStudy = new Study(
    44 //                      template        : studyTemplate,
    45 //                      title           : "TestStudy 1",
    46 //                      description     : "C57Bl/6 mice were fed a high fat (45 en%) or low fat (10 en%) diet after a four week run-in on low fat diet.",
    47 //                      code            : "TESTPPS3_leptin_module",
    48 //                      researchQuestion: "Leptin etc.",
    49 //                      ecCode          : "2007117.c",
    50 //                      startDate       : Date.parse('yyyy-MM-dd', '2008-01-02'),
    51 //                      owner           : owner
    52 //              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    53 //
    54 //             
    55 //              def evLF = new Event(
    56 //                      startTime       : 3600,
    57 //                      endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
    58 //                      template        : dietTreatmentTemplate
    59 //              ).setFieldValue('Diet', 'low fat')
    60 //
    61 //              def evS = new SamplingEvent(
    62 //                      startTime       : 3600,
    63 //                      template        : liverSamplingEventTemplate,
    64 //                      sampleTemplate: humanTissueSampleTemplate).setFieldValue('Sample weight', 5F)
    65 //
    66 //              // Add events to study
    67 //              testStudy.addToEvents(evLF).addToSamplingEvents(evS).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    68 //
    69 //              // Extra check if the SamplingEvents are saved correctly
    70 //              evS.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    71 //              evLF.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    72 //
    73 //             
    74 //              def LFBV1 = new EventGroup(name: "10% fat + vehicle for 1 week").addToEvents(evLF).addToSamplingEvents(evS)
    75 //
    76 //              // Add subjects and samples and compose EventGroups
    77 //              def x = 1
    78 //              5.times {
    79 //                      def currentSubject = new Subject(
    80 //                              name: "TestA" + x++,
    81 //                              species: mouseTerm,
    82 //                              template: mouseTemplate,
    83 //                      ).setFieldValue("Gender", "Male")
    84 //
    85 //                      // We have to save the subject first, otherwise the parentEvent property of the sample cannot be set
    86 //                      // (this is possibly a Grails or Hibernate bug)
    87 //                      testStudy.addToSubjects(currentSubject)
    88 //                      currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    89 //
    90 //                      // Add subject to appropriate EventGroup
    91 //                      LFBV1.addToSubjects(currentSubject).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    92 //
    93 //                      // Create sample
    94 //                      def currentSample = new Sample(
    95 //                              name: currentSubject.name + '_B',
    96 //                              material: mouseTerm,
    97 //                              template: humanTissueSampleTemplate,
    98 //                              parentSubject: currentSubject,
    99 //                              parentEvent: evS
    100 //                      );
    101 //                      testStudy.addToSamples(currentSample)
    102 //                      currentSample.setFieldValue("Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L))
    103 //                      currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    104 //              }
    105 //
    106 //              // Add EventGroups to study
    107 //              testStudy.addToEventGroups(LFBV1)
    108 //              LFBV1.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    109 //              testStudy.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save(flush:true)}
    110 //
    111 //              testStudy.save(flush:true)
    112 //
    113 //              //assert Sample.list()*.name.contains( "TestA2_B" );
    114 //             
    115 //              // Make sure session is kept open
    116 //              Session session = SessionFactoryUtils.getSession(sessionFactory, true)
    117 //              session.flush();
    118 //              session.clear();
    119                
    120                 BootStrapTemplates.initTemplateOntologies();
    121                 BootStrapTemplates.initTemplates()
    122                 BootStrapStudies.addExampleStudies(SecUser.findByUsername('user'), SecUser.findByUsername('admin'))
     25
     26        ExampleStudies.addExampleStudies(SecUser.findByUsername('user'), SecUser.findByUsername('admin'))
    12327    }
    12428
    … …  
    13438                        new Criterion( entity: "Study", field: "code", operator: Operator.equals, value: "PPSH" )
    13539                ]
    136                
     40
    13741                def search = new SampleSearch();
    13842
    13943                // Make sure the 'user' is logged in
    14044                search.user = SecUser.findByUsername('user');
    141                
     45
    14246                search.setCriteria( [ criteria[0] ] );
     47
     48        def a = Sample.findAll()
     49
    14350                search.execute();
    14451                assert search.getResults().size() >= 2
    145                
     52
    14653                assert search.getResults()[0] instanceof Sample
    14754                assert search.getResults()*.name.contains( "A2_B" );
    14855                assert search.getResults()*.name.contains( "A4_B" );
    149                
     56
    15057                search.setCriteria( [ criteria[0], criteria[1] ] );
    15158                search.execute();
    15259                assert search.getResults().size() >= 1
    15360                assert search.getResults()*.name.contains( "A2_B" );
    154                
     61
    15562                search.setCriteria( [ criteria[0], criteria[2] ] );
    15663                search.execute();
    15764                assert search.getResults().size() >= 1
    158                
     65
    15966                // Conflicting criteria shouldn't return any samples
    16067                search.setCriteria( [ criteria[2], criteria[1] ] );
    … …  
    16269                assert search.getResults().size() == 0
    16370        }
    164        
     71
    16572        void testExecuteDifferentCriteria() {
    16673                List criteria = [
    … …  
    17279                        //new Criterion( entity: "SamplingEvent", field: "startTime", operator: Operator.equals, value: 3600 + 7 * 24 * 3600 ),
    17380                ]
    174                
     81
    17582                def search = new SampleSearch();
    17683
    … …  
    18390                        search.setCriteria( [ it ] );
    18491                        search.execute();
    185                        
     92
    18693                        def results = search.getResults();
    18794                        assert results;
    … …  
    201108                        new Criterion( entity: "SamplingEvent", field: "startTime", operator: Operator.equals, value: "0192039" ),
    202109                ]
    203                
     110
    204111                def search = new SampleSearch();
    205112
    206113                // Make sure the 'user' is logged in
    207114                search.user = SecUser.findByUsername('user');
    208                
     115
    209116                // All criteria should result in 1 study with code 'abc'
    210117                criteria.each {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.