Changeset 1504

Show
Ignore:
Timestamp:
08-02-11 10:48:41 (3 years ago)
Author:
s.h.sikkema@…
Message:

Partially fixed the integration tests

Location:
trunk/test
Files:
5 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/test/integration/gscf/OntologyTests.groovy

    r1456 r1504  
    22 
    33import grails.test.* 
     4import org.dbnp.bgdt.Ontology 
     5import org.dbnp.bgdt.Term 
    46 
    57/** 
     
    191193        public void testAddBioPortalOntology() { 
    192194                // Add a new ontology 
    193                 def ontology = dbnp.data.Ontology.getBioPortalOntology("1031") 
     195                def ontology = Ontology.getBioPortalOntology("1031") 
    194196                // Validate and save ontology 
    195197                if (!ontology.validate()) { ontology.errors.each { println it} } 
     
    199201 
    200202                // Make sure that it is not possible to add an ontology twice 
    201                 def addAgain = dbnp.data.Ontology.getBioPortalOntology("1031") 
     203                def addAgain = Ontology.getBioPortalOntology("1031") 
    202204                assert !addAgain.validate() 
    203205        } 
  • trunk/test/integration/gscf/SampleTests.groovy

    r1456 r1504  
    22 
    33import dbnp.studycapturing.* 
     4import org.dbnp.gdt.Template 
     5import org.dbnp.gdt.TemplateFieldType 
    46 
    57/** 
  • trunk/test/integration/gscf/StudyTests.groovy

    r1430 r1504  
    33import grails.test.* 
    44import dbnp.studycapturing.* 
    5 import dbnp.data.* 
     5import org.dbnp.gdt.Template 
    66 
    77/** 
     
    2222        final String testStudyTemplateName = "Academic study" 
    2323        final String testStudyCode = "AAA-Test" 
     24    final String testStudyDescription = "Description of Test Study" 
    2425        final Date testStudyStartDate = Date.parse('yyyy-MM-dd','2007-12-11') 
    2526        final Date testStudyStartDate2 = Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-05-11') 
     
    4041                        template: studyTemplate, 
    4142                        startDate: testStudyStartDate, 
    42                         code: testStudyCode 
     43                        code: testStudyCode, 
     44            description: testStudyDescription 
    4345                ) 
    4446 
  • trunk/test/integration/gscf/SubjectTests.groovy

    r1456 r1504  
    22 
    33import dbnp.studycapturing.* 
     4import org.dbnp.bgdt.Term 
     5import org.dbnp.bgdt.Ontology 
     6import org.dbnp.gdt.Template 
    47 
    58/** 
  • trunk/test/unit/dbnp/query/StudySearchTests.groovy

    r1498 r1504  
    55import org.dbnp.gdt.AssayModule 
    66import org.codehaus.groovy.grails.commons.ApplicationHolder 
    7 import dbnp.authentication.*; 
     7import dbnp.authentication.* 
     8import groovy.mock.interceptor.MockFor; 
    89 
    910/** 
     
    2223 */ 
    2324class StudySearchTests extends GrailsUnitTestCase { 
     25 
     26    def mockApplicationHolder 
     27 
    2428    protected void setUp() { 
    2529        super.setUp() 
     
    5963                } 
    6064 
     65        mockApplicationHolder = new MockFor(ApplicationHolder) 
     66 
    6167        // some mocks to make sure test doesn't break on finding 'moduleCommunicationService' 
    62         ApplicationHolder.metaClass.static.getApplication = { [getMainContext:  
     68        mockApplicationHolder.demand.getApplication(1..10) { [getMainContext: 
    6369                        { [getBean: 
    6470                                { what -> 
     
    8086        void testExecute() { 
    8187 
    82                 List criteria = [ 
    83                         new Criterion( entity: "Study", field: "title", operator: Operator.contains, value: "TNO" ), 
    84                         new Criterion( entity: "Study", field: "code", operator: Operator.equals, value: "abc" ), 
    85                         new Criterion( entity: "Study", field: "code", operator: Operator.equals, value: "ghi" ) 
    86                 ] 
    87                  
    88                 def studySearch = new StudySearch(); 
     88        mockApplicationHolder.use { 
    8989 
    90                 // Search without criteria 
    91                 studySearch.setCriteria(); 
    92                 studySearch.execute(); 
    93                  
    94                 assert studySearch.getResults().size() == 4 
    95                 assert studySearch.getResults()[0] instanceof Study 
    96                 assert studySearch.getResults()*.code.contains( "abc" ); 
    97                 assert studySearch.getResults()*.code.contains( "def" ); 
    98                 assert studySearch.getResults()*.code.contains( "ghi" ); 
    99                 assert studySearch.getResults()*.code.contains( "jkl" ); 
     90            List criteria = [ 
     91                new Criterion( entity: "Study", field: "title", operator: Operator.contains, value: "TNO" ), 
     92                new Criterion( entity: "Study", field: "code", operator: Operator.equals, value: "abc" ), 
     93                new Criterion( entity: "Study", field: "code", operator: Operator.equals, value: "ghi" ) 
     94            ] 
    10095 
    101                 studySearch.setCriteria( [ criteria[0] ] ); 
    102                 studySearch.execute(); 
    103                 assert studySearch.getResults().size() == 2 
    104                  
    105                 assert studySearch.getResults()*.code.contains( "abc" ); 
    106                 assert studySearch.getResults()*.code.contains( "def" ); 
    107                  
    108                 studySearch.setCriteria( [ criteria[0], criteria[1] ] ); 
    109                 studySearch.execute(); 
    110                 assert studySearch.getResults().size() == 1 
    111                 assert studySearch.getResults()[0].code == "abc" 
    112                  
    113                 studySearch.setCriteria( [ criteria[0], criteria[2] ] ); 
    114                 studySearch.execute(); 
    115                 assert studySearch.getResults().size() == 0 
     96            def studySearch = new StudySearch(); 
    11697 
    117                 studySearch.setCriteria( [ criteria[1], criteria[2] ] ); 
    118                 studySearch.execute(); 
    119                 assert studySearch.getResults().size() == 0 
     98            // Search without criteria 
     99            studySearch.setCriteria(); 
     100            studySearch.execute(); 
     101 
     102            assert studySearch.getResults().size() == 4 
     103            assert studySearch.getResults()[0] instanceof Study 
     104            assert studySearch.getResults()*.code.contains( "abc" ); 
     105            assert studySearch.getResults()*.code.contains( "def" ); 
     106            assert studySearch.getResults()*.code.contains( "ghi" ); 
     107            assert studySearch.getResults()*.code.contains( "jkl" ); 
     108 
     109            studySearch.setCriteria( [ criteria[0] ] ); 
     110            studySearch.execute(); 
     111            assert studySearch.getResults().size() == 2 
     112 
     113            assert studySearch.getResults()*.code.contains( "abc" ); 
     114            assert studySearch.getResults()*.code.contains( "def" ); 
     115 
     116            studySearch.setCriteria( [ criteria[0], criteria[1] ] ); 
     117            studySearch.execute(); 
     118            assert studySearch.getResults().size() == 1 
     119            assert studySearch.getResults()[0].code == "abc" 
     120 
     121            studySearch.setCriteria( [ criteria[0], criteria[2] ] ); 
     122            studySearch.execute(); 
     123            assert studySearch.getResults().size() == 0 
     124 
     125            studySearch.setCriteria( [ criteria[1], criteria[2] ] ); 
     126            studySearch.execute(); 
     127            assert studySearch.getResults().size() == 0 
     128        } 
    120129        } 
    121130         
    122131        void testExecuteDifferentCriteria() { 
    123                 List criteria = [ 
    124                         new Criterion( entity: "Study", field: "title", operator: Operator.contains, value: "TNO-1" ), 
    125                         new Criterion( entity: "Subject", field: "name", operator: Operator.contains, value: "1" ), 
    126                         new Criterion( entity: "Sample", field: "name", operator: Operator.contains, value: "1" ), 
    127                         new Criterion( entity: "Assay", field: "name", operator: Operator.contains, value: "1" ), 
    128                         new Criterion( entity: "Event", field: "startTime", operator: Operator.equals, value: "3600" ), 
    129                         new Criterion( entity: "SamplingEvent", field: "startTime", operator: Operator.equals, value: "3600" ), 
    130                 ] 
    131                  
    132                 def studySearch = new StudySearch(); 
    133132 
    134                 // All criteria should result in 1 study with code 'abc' 
    135                 criteria.each { 
    136                         println "Criterion " + it 
    137                         studySearch.setCriteria( [ it ] ); 
    138                         studySearch.execute(); 
    139                         assert studySearch.getResults().size() == 1 
    140                         assert studySearch.getResults()[0].code == "abc"; 
    141                 } 
     133        mockApplicationHolder.use { 
     134 
     135            List criteria = [ 
     136                new Criterion( entity: "Study", field: "title", operator: Operator.contains, value: "TNO-1" ), 
     137                new Criterion( entity: "Subject", field: "name", operator: Operator.contains, value: "1" ), 
     138                new Criterion( entity: "Sample", field: "name", operator: Operator.contains, value: "1" ), 
     139                new Criterion( entity: "Assay", field: "name", operator: Operator.contains, value: "1" ), 
     140                new Criterion( entity: "Event", field: "startTime", operator: Operator.equals, value: "3600" ), 
     141                new Criterion( entity: "SamplingEvent", field: "startTime", operator: Operator.equals, value: "3600" ), 
     142            ] 
     143 
     144            def studySearch = new StudySearch(); 
     145 
     146            // All criteria should result in 1 study with code 'abc' 
     147            criteria.each { 
     148                println "Criterion " + it 
     149                studySearch.setCriteria( [ it ] ); 
     150                studySearch.execute(); 
     151                assert studySearch.getResults().size() == 1 
     152                assert studySearch.getResults()[0].code == "abc"; 
     153            } 
     154        } 
    142155        } 
    143156 
    144157        void testExecuteNonExistingCriteria() { 
    145                 List criteria = [ 
    146                         new Criterion( entity: "Study", field: "title", operator: Operator.contains, value: "TNO-3" ), 
    147                         new Criterion( entity: "Subject", field: "name", operator: Operator.contains, value: "4" ), 
    148                         new Criterion( entity: "Sample", field: "name", operator: Operator.contains, value: "5" ), 
    149                         new Criterion( entity: "Assay", field: "name", operator: Operator.contains, value: "6" ), 
    150                         new Criterion( entity: "Event", field: "startTime", operator: Operator.equals, value: "4800" ), 
    151                         new Criterion( entity: "SamplingEvent", field: "startTime", operator: Operator.equals, value: "360" ), 
    152                 ] 
    153                  
    154                 def studySearch = new StudySearch(); 
    155158 
    156                 // All criteria should result in 1 study with code 'abc' 
    157                 criteria.each { 
    158                         println "Criterion " + it 
    159                         studySearch.setCriteria( [ it ] ); 
    160                         studySearch.execute(); 
    161                         assert studySearch.getResults().size() == 0 
    162                 } 
     159        mockApplicationHolder.use { 
     160 
     161            List criteria = [ 
     162                new Criterion( entity: "Study", field: "title", operator: Operator.contains, value: "TNO-3" ), 
     163                new Criterion( entity: "Subject", field: "name", operator: Operator.contains, value: "4" ), 
     164                new Criterion( entity: "Sample", field: "name", operator: Operator.contains, value: "5" ), 
     165                new Criterion( entity: "Assay", field: "name", operator: Operator.contains, value: "6" ), 
     166                new Criterion( entity: "Event", field: "startTime", operator: Operator.equals, value: "4800" ), 
     167                new Criterion( entity: "SamplingEvent", field: "startTime", operator: Operator.equals, value: "360" ), 
     168            ] 
     169 
     170            def studySearch = new StudySearch(); 
     171 
     172            // All criteria should result in 1 study with code 'abc' 
     173            criteria.each { 
     174                println "Criterion " + it 
     175                studySearch.setCriteria( [ it ] ); 
     176                studySearch.execute(); 
     177                assert studySearch.getResults().size() == 0 
     178            } 
     179 
     180        } 
    163181        } 
    164182}