Changeset 1398

Show
Ignore:
Timestamp:
13-01-11 17:29:54 (3 years ago)
Author:
business@…
Message:

make sure manual adding of ontologies is only done in development and test

Files:
1 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrapTemplates.groovy

    r1341 r1398  
    2222                "inserting initial ontologies".grom() 
    2323 
    24                 // add Species ontology which is used for a.o. the Subject domain field 'species' 
    25                 def speciesOntology = new Ontology( 
    26                         name: 'NCBI organismal classification', 
    27                         description: 'A taxonomic classification of living organisms and associated artifacts for their controlled description within the context of databases.', 
    28                         url: 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/', 
    29                         versionNumber: '1.2', 
    30                         ncboId: '1132', 
    31                         ncboVersionedId: '38802' 
    32                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    33  
    34                 // add Sample>material ontology 
    35                 def brendaOntology = new Ontology( 
    36                         name: 'BRENDA tissue / enzyme source', 
    37                         description: 'A structured controlled vocabulary for the source of an enzyme. It comprises terms for tissues, cell lines, cell types and cell cultures from uni- and multicellular organisms.', 
    38                         url: 'http://www.brenda-enzymes.info', 
    39                         versionNumber: '1.3', 
    40                         ncboId: '1005', 
    41                         ncboVersionedId: '40643' 
    42                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    43  
    44                 // add NCI ontology which is used in Mouse genotype template field 
    45                 def nciOntology = new Ontology( 
    46                         name: 'NCI Thesaurus', 
    47                         description: 'A vocabulary for clinical care, translational and basic research, and public information and administrative activities.', 
    48                         url: 'http://ncicb.nci.nih.gov/core/EVS', 
    49                         versionNumber: '10.03', 
    50                         ncboId: '1032', 
    51                         ncboVersionedId: '42838' 
    52                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    53  
    54                 // add CHEBI ontology which is used for describing chemicals in e.g. events 
    55                 def chebiOntology = new Ontology( 
    56                         name: 'Chemical entities of biological interest', 
    57                         description: 'A structured classification of chemical compounds of biological relevance.', 
    58                         url: 'http://www.ebi.ac.uk/chebi', 
    59                         versionNumber: '1.73', 
    60                         ncboId: '1007', 
    61                         ncboVersionedId: '44746' 
    62                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    63  
    64                 /* These ontologies can be added dynamically, fetching the description and such from BioPortal. 
    65                    However, because the BioPortal REST services are currently down, 
    66                    added the above as a fix which allows running offline from BioPortal, 
    67                    and commenting out the following lines. 
    68  
    69                 def speciesOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1132) 
    70                 def brendaOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1005) 
    71                 def nciOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1032) 
    72                 def chebiOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1007) 
    73                 */ 
     24                // If running in development or test mode, add ontologies manually to speed up development and allow running offline 
     25                if (grails.util.GrailsUtil.environment == GrailsApplication.ENV_DEVELOPMENT || grails.util.GrailsUtil.environment == GrailsApplication.ENV_TEST) { 
     26 
     27                        // add Species ontology which is used for a.o. the Subject domain field 'species' 
     28                        def speciesOntology = new Ontology( 
     29                                name: 'NCBI organismal classification', 
     30                                description: 'A taxonomic classification of living organisms and associated artifacts for their controlled description within the context of databases.', 
     31                                url: 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/', 
     32                                versionNumber: '1.2', 
     33                                ncboId: '1132', 
     34                                ncboVersionedId: '38802' 
     35                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     36 
     37                        // add Sample>material ontology 
     38                        def brendaOntology = new Ontology( 
     39                                name: 'BRENDA tissue / enzyme source', 
     40                                description: 'A structured controlled vocabulary for the source of an enzyme. It comprises terms for tissues, cell lines, cell types and cell cultures from uni- and multicellular organisms.', 
     41                                url: 'http://www.brenda-enzymes.info', 
     42                                versionNumber: '1.3', 
     43                                ncboId: '1005', 
     44                                ncboVersionedId: '40643' 
     45                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     46 
     47                        // add NCI ontology which is used in Mouse genotype template field 
     48                        def nciOntology = new Ontology( 
     49                                name: 'NCI Thesaurus', 
     50                                description: 'A vocabulary for clinical care, translational and basic research, and public information and administrative activities.', 
     51                                url: 'http://ncicb.nci.nih.gov/core/EVS', 
     52                                versionNumber: '10.03', 
     53                                ncboId: '1032', 
     54                                ncboVersionedId: '42838' 
     55                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     56 
     57                        // add CHEBI ontology which is used for describing chemicals in e.g. events 
     58                        def chebiOntology = new Ontology( 
     59                                name: 'Chemical entities of biological interest', 
     60                                description: 'A structured classification of chemical compounds of biological relevance.', 
     61                                url: 'http://www.ebi.ac.uk/chebi', 
     62                                versionNumber: '1.73', 
     63                                ncboId: '1007', 
     64                                ncboVersionedId: '44746' 
     65                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
     66 
     67                } 
     68                // otherwise, this may be a production demo instance, so initialize the ontologies dynamically from BioPortal 
     69                else { 
     70 
     71                        def speciesOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1132) 
     72                        def brendaOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1005) 
     73                        def nciOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1032) 
     74                        def chebiOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1007) 
     75                } 
    7476        } 
    7577