Changeset 139 for trunk/grails-app/conf


Ignore:
Timestamp:
Jan 27, 2010, 9:58:59 AM (11 years ago)
Author:
keesvb
Message:

changed domain model for events and protocol parameters, and for template field storage, added NuGO PPS3 events, added searchable plugin for full text queries, corrected a few HTML errors in create study

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy

    r138 r139  
    2929                                shortName: 'Taxon',
    3030                                url: 'http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=ncbi_taxonomy'
    31                         ).save()
     31                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     32
    3233
    3334                        // terms
     
    3637                                ontology: speciesOntology,
    3738                                accession: '10090'
    38                         ).save()
     39                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    3940                        def humanTerm = new Term(
    4041                                name: 'Homo sapiens',
    4142                                ontology: speciesOntology,
    4243                                accession: '9606'
    43                         ).save()
     44                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     45
     46                        def madmaxOntology = new Ontology(
     47                                name: 'Madmax ontology',
     48                                shortName: 'MDMX',
     49                                url: 'madmax.bioinformatics.nl'
     50                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     51
     52                        def treatmentTerm = new Term(
     53                                name: 'ExperimentalProtocol',
     54                                ontology: madmaxOntology,
     55                                accession: 'P-MDMXGE-264'
     56                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     57
     58
     59                        def treatmentProtocol = new Protocol(
     60                                name: 'MADMAX Experimental Protocol',
     61                                reference: treatmentTerm
     62                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     63
     64                        treatmentProtocol
     65                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
     66                                name: 'Diet',
     67                                type: ProtocolParameterType.STRINGLIST,
     68                                listEntries: ['10% fat (palm oil)','45% fat (palm oil)']))
     69                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
     70                                name: 'Compound',
     71                                type: ProtocolParameterType.STRINGLIST,
     72                                listEntries: ['Vehicle','Leptin']))
     73                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
     74                                name: 'Administration',
     75                                type: ProtocolParameterType.STRING))
     76                        .save()
     77
    4478
    4579                        // create system user
     
    5993                                name: 'Genotype',type: TemplateFieldType.STRINGLIST))
    6094                        .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
    61                                 name: 'Age',type: TemplateFieldType.NUMBER)
    62                         ).save()
     95                                name: 'Gender',type: TemplateFieldType.STRINGLIST))
     96                        .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     97                                name: 'Age',type: TemplateFieldType.INTEGER))
     98                        .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
     99                                name: 'Cage',type: TemplateFieldType.INTEGER))
     100                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     101
     102
     103                        //events
     104                        def eventTreatment = new EventDescription(
     105                                name: 'Treatment',
     106                                description: 'Experimental Treatment Protocol NuGO PPS3 leptin module',
     107                                classification: treatmentTerm,
     108                                protocol: treatmentProtocol
     109                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    63110
    64111                        // studies
     
    69116                                description:"C57Bl/6 mice were fed a high fat (45 en%) or low fat (10 en%) diet after a four week run-in on low fat diet. After 1 week 10 mice that received a low fat diet were given an IP leptin challenge and 10 mice of the low-fat group received placebo injections. The same procedure was performed with mice that were fed the high-fat diet. After 4 weeks the procedure was repeated. In total 80 mice were culled.",
    70117                                ecCode:"2007117.c",
    71                                 startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2007-12-11'))
     118                                startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2007-12-11')
     119                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     120
    72121                        def x=1
    73122                        12.times {
    74                                 exampleStudy.addToSubjects(new Subject(
     123                                def currentSubject = new Subject(
    75124                                        name: "A" + x++,
    76125                                        species: mouseTerm,
    77                                         templateStringFields: ["Genotype" : "C57/Bl6j"],
    78                                         templateNumberFields: ["Age" : 17F]
    79                                 ))}
    80                         exampleStudy.save()
     126                                        templateStringFields: ["Genotype" : "C57/Bl6j", "Gender" : "Male"],
     127                                        templateNumberFields: ["Age" : 17, "Cage" : (int)(x/2)]
     128                                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     129
     130                                exampleStudy.addToSubjects(currentSubject)
     131                                .addToEvents(new Event(
     132                                        subject: currentSubject,
     133                                        startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
     134                                        endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
     135                                        eventDescription: eventTreatment,
     136                                        parameterStringValues: ['Diet':'10% fat (palm oil)','Compound':'Vehicle','Administration':'intraperitoneal injection'])
     137                                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     138                        }
    81139
    82140                        new Study(title:"example",code:"Excode",researchQuestion:"ExRquestion",description:"Exdescription",ecCode:"ExecCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.