Changeset 1328 for trunk/grails-app/conf


Ignore:
Timestamp:
Jan 4, 2011, 11:13:45 AM (10 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Added metagenomics module and improved rest controller to give 404 and 401 errors when appropriate

Location:
trunk/grails-app/conf
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrapStudies.groovy

    r1245 r1328  
    400400                        url: config.modules.metabolomics.url
    401401                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
    402 
     402               
     403                // Add metabolomics assay reference
     404                def metagenomicsModule = new AssayModule(
     405                        name: 'Metagenomics module',
     406                        platform: 'High throughput sequencing',
     407                        url: config.modules.metagenomics.url
     408                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
     409               
    403410                def lipidAssayRef = new Assay(
    404411                        name: 'Lipid profiling',
     
    452459                ).setFieldValue('Spectrometry technique', 'GC/MS')
    453460
     461               
     462                // Add sequencing (metagenomics) assays
     463                def sequencingAssay16SRef = new Assay(
     464                        name            : '16S Sequencing assay',
     465                        template        : ccAssayTemplate,
     466                        module          : metagenomicsModule,
     467                        externalAssayID: 'PPSH-SEQ-16S'
     468                )
     469               
     470                // Add sequencing (metagenomics) assays
     471                def sequencingAssay18SRef = new Assay(
     472                        name            : '18S Sequencing assay',
     473                        template        : ccAssayTemplate,
     474                        module          : metagenomicsModule,
     475                        externalAssayID: 'PPSH-SEQ-18S'
     476                )
     477               
    454478                humanStudy.samples*.each {
    455479                        if (it.parentEvent.startTime == 0) {
     
    460484                                glucoseAssayARef.addToSamples(it)
    461485                                metAssayRefA.addToSamples(it)
     486                                sequencingAssay16SRef.addToSamples(it)
     487                                sequencingAssay18SRef.addToSamples(it)
    462488                        }
    463489                }
    464 
     490               
     491                humanStudy.addToAssays(sequencingAssay16SRef)
     492                humanStudy.addToAssays(sequencingAssay18SRef)
    465493                humanStudy.addToAssays(glucoseAssayARef)
    466494                humanStudy.addToAssays(glucoseAssayBRef)
  • trunk/grails-app/conf/Config.groovy

    r1323 r1328  
    5959                                url = "http://localhost:8183/nmcdsp"
    6060                        }
     61                        metagenomics {
     62                                url = "http://localhost:8184/metagenomics"
     63                        }
    6164                }
    6265        }
     
    7174                                url = "http://ci.metabolomics.nmcdsp.org"
    7275                        }
     76                        metagenomics {
     77                                url = "http://ci.metagenomics.nmcdsp.org"
     78                        }                       
    7379                }
    7480        }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.