Changeset 1112 for trunk/grails-app


Ignore:
Timestamp:
Nov 10, 2010, 9:37:02 AM (10 years ago)
Author:
adem.bilican@…
Message:

SimpleTox? exporter + ZIP file for multiple studies + error handling

Location:
trunk/grails-app
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/exporter/ExporterController.groovy

    r1052 r1112  
    2222import org.apache.poi.poifs.filesystem.POIFSFileSystem
    2323import org.apache.poi.ss.usermodel.DataFormatter
     24import java.util.zip.ZipEntry
     25import java.util.zip.ZipOutputStream
     26import java.util.zip.ZipInputStream
     27import javax.servlet.ServletOutputStream
    2428
    2529import grails.plugins.springsecurity.Secured
    … …  
    3034    def ImporterService
    3135
    32      /*
    33       * List of all studies for selection the study to export
    34       * Using the same code as 'list' into StudyController
    35       */
    36      def index = {
     36    /*
     37     * List of all studies for selection the study to export
     38     * Using the same code as 'list' into StudyController
     39     */
     40    def index = {
    3741
    3842        def user = AuthenticationService.getLoggedInUser()
    … …  
    7074    }
    7175
     76    def print = {
     77        render params
     78        render "PRINTING"
     79    }
     80
     81
     82    def export = {
     83
     84        def studies = []
     85        for ( j in dbnp.studycapturing.Study.list() ){
     86            if (params.containsKey(j.title)){
     87                studies.add(j)
     88            }
     89        }
     90       
     91        if(studies.size()>1){
     92            // Create a ZIP file containing all the SimpleTox files
     93            def files = []
     94            for (studyInstance in studies){
     95                downloadFile(studyInstance,false)
     96                files.add(new File("web-app/fileuploads/"+studyInstance.title+"_SimpleTox.xls"))
     97            }
     98
     99            response.setContentType( "application/zip" ) ;
     100            response.addHeader( "Content-Disposition", "attachment; filename=\"GSCF_SimpleToxStudies.zip\"" ) ;
     101
     102            // get a ZipOutputStream, so we can zip our files together
     103            ZipOutputStream outZip = new ZipOutputStream( response.getOutputStream() );
     104
     105            // add SimpleTox files to the zip
     106            for (outFiles in files){
     107
     108                FileInputStream inStream = null
     109                try
     110                {
     111                    // Add ZIP entry to output stream.
     112                    outZip.putNextEntry( new ZipEntry( outFiles.getName() ) ) ;
     113
     114                    inStream = new FileInputStream( outFiles )
     115
     116                    // Transfer bytes from the file to the ZIP file
     117                    byte[] buf = new byte[ 4096 ] ;
     118                    int len
     119                    while( ( len = inStream.read( buf ) ) > 0 )
     120                    {
     121                        outZip.write( buf, 0, len )
     122                    }
     123                }
     124                catch( Exception ex ) {  }
     125                finally
     126                {
     127                    // Complete the entry
     128                    try{ outZip.closeEntry() } catch( Exception ex ) { }
     129                    try{ inStream.close() } catch( Exception ex ) { }
     130                }
     131                outFiles.delete()
     132            }
     133            outZip.flush()
     134            outZip.close()
     135        }
     136
     137
     138        else {
     139            def studyInstance = studies.getAt(0)
     140            // make the file downloadable
     141            if ((studyInstance!=null) && (studyInstance.samples.size()>0)){
     142                downloadFile(studyInstance,true)
     143            }
     144            else {
     145                flash.message= "Error while exporting the file, please try again or choose another file"
     146                redirect(action:index)
     147            }
     148
     149        }
     150
     151    }
    72152    /*
    73153     * the export method will create a SimpleTox format for the selected study
    74154     */
    75     def export = {
    76         //def studyInstance
    77         def studies = []
    78 
     155    def downloadFile(studyInstance, boolean dl) {
    79156        // the attributes list for the SimpleTox format
    80157        def attributes_list = ["SubjectID","DataFile","HybName","SampleName","ArrayType","Label","StudyTitle","Array_ID",
    81158        "Species"]
    82 
    83         // Get the selected study
    84         for ( j in dbnp.studycapturing.Study.list() ){
    85             if (params.containsKey(j.title)){
    86 //                studyInstance = j
    87                     studies.add(j)
    88             }
    89         }
    90 
    91 //        def studies = params*.key.collect{ Study.findByTitle(it) }
    92 
    93         println "STUDIES : "+studies
    94 
    95         for (studyInstance in studies) {
    96 
    97 
    98             if (studyInstance!=null){
    99 
    100                 println "StudyInstance :" +studyInstance
    101 
     159        println studyInstance.samples.size()
     160        println "StudyInstance :" + studyInstance
     161               
     162        // The first row contains the attributes names
    102163        HSSFWorkbook wb = new HSSFWorkbook()
    103         println " WORKBOOK : "+wb
    104         // The first row contains the attributes names
    105164        HSSFSheet sheet = wb.createSheet()
    106165        HSSFRow row     = sheet.createRow((short)0)
    … …  
    111170        // Adding the next lines
    112171        for (s in 1..studyInstance.samples.size()){
    113             try {
    114172            // creating new line for every sample
    115173            HSSFRow sub     = sheet.createRow((short)s)
    … …  
    118176            writeMandatoryFields(sub,sample,studyInstance)
    119177
    120             // adding the subject domain + template properties
    121             writeSubjectProperties(sub,sample,row)
    122 
    123             // adding the samplingEvent domain + template properties
    124             writeSamplingEventProperties(sub,sample,row)
     178            try {
     179                // adding the subject domain + template properties
     180                writeSubjectProperties(sub,sample,row)
     181
     182                // adding the samplingEvent domain + template properties
     183                writeSamplingEventProperties(sub,sample,row)
    125184           
    126             // adding samples domain + template properties
    127             TemplateField sf = sample.giveFields().getAt(s)
    128             //println studyInstance.samples.getAt(s-1).getFieldValue(sf.name)
    129 
    130             // adding Event domaine + template properties
    131 
     185                // adding EventGroup domain + template properties
     186                //                writeEventGroupProperties(sub,sample,rows)
     187
     188                // adding Sample domain + template properties
     189                writeSampleProperties(sub,sample,row)
    132190            }
    133191            catch (Exception e){
    134                 println "Error creating file"
    135             }
    136         }
    137 
    138         // Make the file downloadable
    139         response.setHeader("Content-disposition", "attachment;filename=\"${studyInstance.title}_SimpleTox.xls\"")
    140         response.setContentType("application/octet-stream")
    141         wb.write(response.outputStream)
    142         response.outputStream.close()
    143             }
     192                println "Error adding properties"
     193            }
     194        }
     195
     196        // Make the file downlodable
     197        if(dl) {
     198            println "Creation for downloading the file "+studyInstance.title+"_SimpleTox.xls"
     199            response.setHeader("Content-disposition", "attachment;filename=\"${studyInstance.title}_SimpleTox.xls\"")
     200            response.setContentType("application/octet-stream")
     201            wb.write(response.outputStream)
     202            response.outputStream.close()
     203        }
     204
     205        // Create the file and save into ZIP
     206        if(!dl){
     207            FileOutputStream fileOut = new FileOutputStream("web-app/fileuploads/"+studyInstance.title+"_SimpleTox.xls", true)
     208            wb.write(fileOut)
     209            fileOut.close()
    144210        }
    145211    }
    146212
    147213    def writeMandatoryFields(sub,sample,study) {
    148 
    149         try {
    150214        // adding subject name in row 1
    151         sub.createCell((short)0).setCellValue(sample.parentSubject.name)
     215        sample.parentSubject.name ? sub.createCell((short)0).setCellValue(sample.parentSubject.name) : "not defined"
    152216        // adding sample in row 4
    153         sub.createCell((short)3).setCellValue(sample.name)
     217        sample.name!=null ? sub.createCell((short)3).setCellValue(sample.name) : "not defined"
    154218        // adding label (EventGroup) in row 6
    155219        for (ev in EventGroup.list()){
    156             if (ev.subjects.name.contains(sample.parentSubject.name)) {
     220            if ( (sample.parentSubject.name) && (ev.subjects.name.contains(sample.parentSubject.name))) {
    157221                sub.createCell((short)5).setCellValue(ev.name)
    158222                break
    … …  
    165229        sub.createCell((short)6).setCellValue(study.title)
    166230        // Species row 9
    167         sub.createCell((short)8).setCellValue(sample.parentSubject.species.name)
    168         }
    169         catch (Exception e){
    170             println "Error during Mandatory Fields"
    171         }
     231        sample.parentSubject.species.name!=null ? sub.createCell((short)8).setCellValue(sample.parentSubject.species.name) : "not defined"
    172232    }
    173233
    174234    // writing subject properties
    175235    def writeSubjectProperties(sub,sample,row) {
    176         try {
    177236        for (u in 0..sample.parentSubject.giveFields().unique().size()-1){
    178237            TemplateField tf = sample.parentSubject.giveFields().getAt(u)
    179             row.createCell((short)9+u).setCellValue(tf.name)
     238            row.createCell((short)9+u).setCellValue("subject-"+tf.name)
    180239            sample.parentSubject.getFieldValue(tf.name) ? sub.createCell((short)9+u).setCellValue(sample.parentSubject.getFieldValue(tf.name).toString()) : "not define"
    181         }
    182         }
    183         catch (Exception e){
    184             println "Error during Subject Properties"
    185240        }
    186241    }
    … …  
    188243    // writing samplingEvent properties
    189244    def writeSamplingEventProperties(sub,sample,row){
    190         try {
    191245        for (t in 0..sample.parentEvent.giveFields().unique().size()-1){
    192246            TemplateField tf =sample.parentEvent.giveFields().getAt(t)
    193             row.createCell((short)9+sample.parentSubject.giveFields().unique().size()+t).setCellValue(tf.name)
     247            row.createCell((short)9+sample.parentSubject.giveFields().unique().size()+t).setCellValue("samplingEvent-"+tf.name)
    194248            sample.parentEvent.getFieldValue(tf.name) ? sub.createCell((short)9+sample.parentSubject.giveFields().unique().size()+t).setCellValue(sample.parentEvent.getFieldValue(tf.name).toString()) : "not define"
    195249        }
    196         }
    197         catch (Exception e) {
    198             println "Error during Sampling Event properties"
    199         }
    200     }
    201  
     250    }
     251
     252    // writing EventGroup properties
     253    def writeEventGroupProperties(sub,sample,row){
     254     
     255    }
     256
     257    // writing sample properties
     258    def writeSampleProperties(sub,sample,row){
     259        for (v in 0..sample.giveFields().unique().size()-1){
     260            TemplateField tf =sample.giveFields().getAt(v)
     261            row.createCell((short)9+sample.parentSubject.giveFields().unique().size()+v+sample.parentEvent.giveFields().unique().size()).setCellValue("sample-"+tf.name)
     262            sample.getFieldValue(tf.name) ? sub.createCell((short)9+sample.parentSubject.giveFields().unique().size()+v+sample.parentEvent.giveFields().unique().size()).setCellValue(sample.getFieldValue(tf.name).toString()) : "not define"
     263        }
     264    }
    202265}

  • trunk/grails-app/views/exporter/index.gsp

    r1051 r1112  
    77    <g:set var="entityName" value="${message(code: 'study.label', default: 'Study')}" />
    88    <title>SimpleTox Exporter</title>
     9
     10   
     11
     12
    913</head>
    1014<body>
    1115
    12   <g:form action="export">
     16  <g:formRemote url="[controller:'exporter',action:'export']" name="simpleToxForm" onComplete="file://" onFailure="alert('Error while exporting the file');" >
    1317
    1418  <div class="body">
    1519    <h1>Export as SimpleTox</h1>
    16     <br> Select the study you want to export in SimpleTox format.<br><br>
     20    <br> Select the study you want to export in SimpleTox format.<br>
     21    If you choose multiple studies, a ZIP file will be created.
     22    <br><br>
    1723    <g:if test="${flash.message}">
    1824      <div class="message">${flash.message}</div>
    … …  
    3541              <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
    3642
    37                   <td><input type="checkbox" name="${studyInstance.title}" id="${studyInstance.title}"></td>
     43                  <td><input type="checkbox" name="${studyInstance.title}" id="checked_studies"></td>
    3844
    39                   <td><g:link action="show" id="${studyInstance.id}">${fieldValue(bean: studyInstance, field: "code")}</g:link></td>
     45                  <td><g:link controller="study" action="show" id="${studyInstance.id}">${fieldValue(bean: studyInstance, field: "code")}</g:link></td>
    4046                      <td>
    4147                              ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "title")}
    … …  
    7177                    </g:else>
    7278                  </td>
    73 
    7479              </tr>
    7580          </g:each>
    … …  
    8186    <div class="paginateButtons" id="button">
    8287    </div>
    83    
    84     <INPUT TYPE=submit name=submit Value="Export">
     88
     89    <input type="submit" value="Export"/>
    8590
    8691  </div>
    87     <div id="result">  </div>
    8892
    89 </g:form>
     93</g:formRemote>
    9094
    9195</body>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.