Changeset 1110

Show
Ignore:
Timestamp:
09-11-10 18:53:25 (3 years ago)
Author:
work@…
Message:

- bootstrapping tried to insert duplicate ontologies...

Files:
1 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/conf/BootStrapTemplates.groovy

    r1046 r1110  
    2020         */ 
    2121        public static void initTemplateOntologies() { 
    22  
    23                 // add Subject>species ontology 
    24                 println ".adding NCBI species ontology" 
    25                 def speciesOntology = new Ontology( 
    26                         name: 'NCBI organismal classification', 
    27                         description: 'A taxonomic classification of living organisms and associated artifacts for their controlled description within the context of databases.', 
    28                         url: 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/', 
    29                         versionNumber: '1.2', 
    30                         ncboId: '1132', 
    31                         ncboVersionedId: '38802' 
    32                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    33  
    34                 // add Sample>material ontology 
    35                 println ".adding BRENDA source material ontology" 
    36                 def brendaOntology = new Ontology( 
    37                         name: 'BRENDA tissue / enzyme source', 
    38                         description: 'A structured controlled vocabulary for the source of an enzyme. It comprises terms for tissues, cell lines, cell types and cell cultures from uni- and multicellular organisms.', 
    39                         url: 'http://www.brenda-enzymes.info', 
    40                         versionNumber: '1.3', 
    41                         ncboId: '1005', 
    42                         ncboVersionedId: '40643' 
    43                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    44  
    45                 // add NCI ontology which is used in Mouse genotype template field 
    46                 def nciOntology = new Ontology( 
    47                         name: 'NCI Thesaurus', 
    48                         description: 'A vocabulary for clinical care, translational and basic research, and public information and administrative activities.', 
    49                         url: 'http://ncicb.nci.nih.gov/core/EVS', 
    50                         versionNumber: '10.01', 
    51                         ncboId: '1032', 
    52                         ncboVersionedId: '42693' 
    53                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    54  
    55                 // add CHEBI ontology which is used in Mouse genotype template field 
    56                 def chebiOntology = new Ontology( 
    57                         name: 'Chemical entities of biological interest', 
    58                         description: 'A structured classification of chemical compounds of biological relevance.', 
    59                         url: 'http://www.ebi.ac.uk/chebi', 
    60                         versionNumber: '1.68', 
    61                         ncboId: '1007', 
    62                         ncboVersionedId: '42878' 
    63                 ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()} 
    64                  
     22                def speciesOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1132) 
     23                def brendaOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1005) 
     24                def nciOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1032) 
     25                def chebiOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1007)           
    6526        } 
    6627