Changeset 1077

Show
Ignore:
Timestamp:
04-11-10 12:23:20 (3 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Resolved bugs in adding ontology-template-fields to a template. See also bug #84

Location:
trunk
Files:
4 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/TemplateEditorController.groovy

    r1062 r1077  
    747747                } catch( Exception e ) { 
    748748                        response.status = 500; 
    749                         render e.getMessage(); 
     749                        render 'Ontology with ID ' + id + ' not found'; 
    750750                        return; 
    751751                } 
     
    770770 
    771771        /** 
    772          * Adds a ontolgy based on the ID given 
     772         * Adds a ontolgy based on the term ID given 
    773773         * 
    774774         * @param       ncboID 
    775775         * @return      JSON    Ontology object 
     776         * @deprecated  User addOntologyById instead, using the ncboId given by the JSON call 
    776777         */ 
    777778        def addOntologyByTerm = { 
     
    790791                } catch( Exception e ) { 
    791792                        response.status = 500; 
    792                         render e.getMessage(); 
     793 
     794                        if( e.getMessage() ) 
     795                                render e.getMessage() 
     796                        else 
     797                                render "Unknown error: " + e.getClass() 
    793798                        return; 
    794799                } 
     
    811816                render ontology as JSON 
    812817        } 
    813  
    814818 
    815819    /** 
  • trunk/grails-app/views/templateEditor/template.gsp

    r1029 r1077  
    2222                <link rel="stylesheet" href="${createLinkTo(dir: 'css', file: 'templateEditor.css')}" /> 
    2323                <g:if env="production"> 
    24                   <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'ontology-chooser.min.js')}"></script> 
     24                        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'jquery.ui.autocomplete.html.min.js')}"></script> 
     25                        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'ontology-chooser.min.js')}"></script> 
    2526                </g:if><g:else> 
     27                        <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'jquery.ui.autocomplete.html.js')}"></script> 
    2628                  <script type="text/javascript" src="${resource(dir: 'js', file: 'ontology-chooser.js')}"></script> 
    2729                </g:else> 
  • trunk/web-app/js/ontology-chooser.js

    r1005 r1077  
    1919 * we use 'ontology' instead of 'bp_form_complete' to 
    2020 * identify ontology fields. 
     21 * 
     22 * N.B. In order to show the labels of the terms correctly (i.e. 
     23 * no ugly HTML tags, you also have to include jquery.ui.autocomplete.html.js 
     24 * in your page! 
    2125 * 
    2226 * @author      Jeroen Wesbeek 
     
    145149                that.setInputValue(element, 'concept_id', ui.item.concept_id); 
    146150                that.setInputValue(element, 'ontology_id', ui.item.ontology_id); 
     151                that.setInputValue(element, 'ncbo_id', ui.item.ncbo_id); 
    147152                that.setInputValue(element, 'full_id', ui.item.full_id); 
    148153 
     
    165170                    that.setInputValue(element, 'concept_id', ''); 
    166171                    that.setInputValue(element, 'ontology_id', ''); 
     172                    that.setInputValue(element, 'ncbo_id', ''); 
    167173                    that.setInputValue(element, 'full_id', ''); 
    168174 
     
    218224                parsed[ parsed.length ] = { 
    219225                    value           : cols[0], 
    220                     label           : cols[0] + ' <span class="about">(' + cols[2] + ')</span> <span class="from">from: ' + cols[ (cols.length-1) ] + '</span>', 
     226                    label           : cols[0] + ' <span class="about">(' + cols[2] + ')</span> <span class="from">from: ' + cols[ (cols.length-2) ] + '</span>', 
    221227                    preferred_name  : cols[0],  // e.g. Mus musculus musculus 
    222228                    concept_id      : cols[1],  // e.g. birnlex_161 
    223229                    ontology_id     : cols[3],  // e.g. 29684 
    224                     full_id         : cols[4]   // e.g. http://bioontology.org/projects/ontologies/birnlex#birnlex_161 
     230                    full_id         : cols[4],  // e.g. http://bioontology.org/projects/ontologies/birnlex#birnlex_161 
     231                    ncbo_id         : cols[8]   // e.g. 1494 
    225232                } 
    226233            } 
  • trunk/web-app/js/templateEditor.js

    r1056 r1077  
    626626 
    627627    // Create a URL to call and call it 
    628         if( $( '#ncboID' ).val() ) { 
     628        if( $( '#ncboIDText' ).val() ) { 
    629629            url = baseUrl + '/templateEditor/addOntologyById'; 
    630                 data = 'ncboID=' + $( '#ncboID' ).val(); 
     630                data = 'ncboID=' + $( '#ncboIDText' ).val(); 
    631631                $( '#ncbo_spinner' ).show(); 
    632632        } else { 
    633             url = baseUrl + '/templateEditor/addOntologyByTerm'; 
    634                 data = 'termID=' + $( '#termID' ).val(); 
     633            // url = baseUrl + '/templateEditor/addOntologyByTerm'; 
     634                // data = 'termID=' + $( '#addOntology input[name=termID-ontology_id]' ).val(); 
     635            url = baseUrl + '/templateEditor/addOntologyById'; 
     636                data = 'ncboID=' + $( '#addOntology input[name=termID-ncbo_id]' ).val(); 
     637 
    635638                $( '#term_spinner' ).show(); 
    636639        }