Changeset 1051


Ignore:
Timestamp:
Nov 3, 2010, 8:48:39 AM (10 years ago)
Author:
adem.bilican@…
Message:

error messages in ExporterController? for SimpleTox?

Location:
trunk/grails-app
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/controllers/dbnp/exporter/ExporterController.groovy

    r1035 r1051  
    7474     */
    7575    def export = {
    76         def studyInstance
     76        //def studyInstance
     77        def studies = []
    7778
    7879        // the attributes list for the SimpleTox format
     
    8384        for ( j in dbnp.studycapturing.Study.list() ){
    8485            if (params.containsKey(j.title)){
    85                 studyInstance = j
    86             }
    87         }
     86//                studyInstance = j
     87                    studies.add(j)
     88            }
     89        }
     90
     91//        def studies = params*.key.collect{ Study.findByTitle(it) }
     92
     93        println "STUDIES : "+studies
     94
     95        for (studyInstance in studies) {
     96
     97
     98            if (studyInstance!=null){
     99
     100                println "StudyInstance :" +studyInstance
    88101
    89102        HSSFWorkbook wb = new HSSFWorkbook()
    90         //FileOutputStream fileOut = new FileOutputStream(studyInstance.title+"_SimpleTox.xls")
    91 //        HSSFCellStyle style = wb.createCellStyle()
    92 //        style.setFillForegroundColor((short) HSSFColor.RED.index)
    93 
    94 
     103        println " WORKBOOK : "+wb
    95104        // The first row contains the attributes names
    96105        HSSFSheet sheet = wb.createSheet()
    97106        HSSFRow row     = sheet.createRow((short)0)
    98107        for (i in 0..attributes_list.size()){
    99 //            HSSFCell cell   = row.createCell((short)i)
    100 //            cell.setCellValue(attributes_list[i])
    101 //            cell.setCellStyle(style)
    102108            row.createCell((short)i).setCellValue(attributes_list[i])
    103109        }
     
    105111        // Adding the next lines
    106112        for (s in 1..studyInstance.samples.size()){
     113            try {
    107114            // creating new line for every sample
    108115            HSSFRow sub     = sheet.createRow((short)s)
    109             // adding subject name in row 1
    110             sub.createCell((short)0).setCellValue(studyInstance.samples.getAt(s-1).parentSubject.name)
    111             // adding sample in row 4
    112             sub.createCell((short)3).setCellValue(studyInstance.samples.getAt(s-1).name)
    113             // adding label (EventGroup) in row 6
    114             for (ev in EventGroup.list()){
    115                 if (ev.subjects.name.contains(studyInstance.samples.getAt(s-1).parentSubject.name)) {
    116                     sub.createCell((short)5).setCellValue(ev.name)
    117                     break
    118                 }
    119                 else {
    120                     sub.createCell((short)5).setCellValue(" ")
    121                 }
    122             }
    123             // adding study title in row 7
    124             sub.createCell((short)6).setCellValue(studyInstance.title)
    125             // Species row 9
    126             sub.createCell((short)8).setCellValue(studyInstance.samples.getAt(s-1).parentSubject.species.name)
     116            def sample = studyInstance.samples.getAt(s-1)
     117           
     118            writeMandatoryFields(sub,sample,studyInstance)
    127119
    128120            // adding the subject domain + template properties
    129             for (u in 0..studyInstance.samples.getAt(s-1).parentSubject.giveFields().unique().size()-1){
    130                 TemplateField tf = studyInstance.samples.getAt(s-1).parentSubject.giveFields().getAt(u)
    131                 row.createCell((short)9+u).setCellValue(tf.name)
    132                 studyInstance.samples.getAt(s-1).parentSubject.getFieldValue(tf.name) ? sub.createCell((short)9+u).setCellValue(studyInstance.samples.getAt(s-1).parentSubject.getFieldValue(tf.name).toString()) : "not define"
    133             }
     121            writeSubjectProperties(sub,sample,row)
    134122
    135123            // adding the samplingEvent domain + template properties
    136             for (t in 0..studyInstance.samples.getAt(s-1).parentEvent.giveFields().unique().size()-1){
    137                 TemplateField tf = studyInstance.samples.getAt(s-1).parentEvent.giveFields().getAt(t)
    138                 row.createCell((short)9+studyInstance.samples.getAt(s-1).parentSubject.giveFields().unique().size()+t).setCellValue(tf.name)
    139                 studyInstance.samples.getAt(s-1).parentEvent.getFieldValue(tf.name) ? sub.createCell((short)9+studyInstance.samples.getAt(s-1).parentSubject.giveFields().unique().size()+t).setCellValue(studyInstance.samples.getAt(s-1).parentEvent.getFieldValue(tf.name).toString()) : "not define"
    140             }
    141 
     124            writeSamplingEventProperties(sub,sample,row)
     125           
    142126            // adding samples domain + template properties
    143             TemplateField sf = studyInstance.samples.getAt(s-1).giveFields().getAt(s)
     127            TemplateField sf = sample.giveFields().getAt(s)
    144128            //println studyInstance.samples.getAt(s-1).getFieldValue(sf.name)
    145129
    146130            // adding Event domaine + template properties
    147131
    148 
    149         }
    150         //println "DOMAINS " +studyInstance.samples.getAt(s-1).parentSubject.giveFields()
    151 
    152         //wb.write(fileOut)
    153         //fileOut.close()
    154 
     132            }
     133            catch (Exception e){
     134                println "Error creating file"
     135            }
     136        }
     137
     138        // Make the file downloadable
    155139        response.setHeader("Content-disposition", "attachment;filename=\"${studyInstance.title}_SimpleTox.xls\"")
    156140        response.setContentType("application/octet-stream")
    157141        wb.write(response.outputStream)
    158142        response.outputStream.close()
    159 
    160        
    161     }
    162 
     143            }
     144        }
     145    }
     146
     147    def writeMandatoryFields(sub,sample,study) {
     148
     149        try {
     150        // adding subject name in row 1
     151        sub.createCell((short)0).setCellValue(sample.parentSubject.name)
     152        // adding sample in row 4
     153        sub.createCell((short)3).setCellValue(sample.name)
     154        // adding label (EventGroup) in row 6
     155        for (ev in EventGroup.list()){
     156            if (ev.subjects.name.contains(sample.parentSubject.name)) {
     157                sub.createCell((short)5).setCellValue(ev.name)
     158                break
     159            }
     160            else {
     161                sub.createCell((short)5).setCellValue(" ")
     162            }
     163        }
     164        // adding study title in row 7
     165        sub.createCell((short)6).setCellValue(study.title)
     166        // Species row 9
     167        sub.createCell((short)8).setCellValue(sample.parentSubject.species.name)
     168        }
     169        catct (Exception e){
     170            println "Error during Mandatory Fields"
     171        }
     172    }
     173
     174    // writing subject properties
     175    def writeSubjectProperties(sub,sample,row) {
     176        try {
     177        for (u in 0..sample.parentSubject.giveFields().unique().size()-1){
     178            TemplateField tf = sample.parentSubject.giveFields().getAt(u)
     179            row.createCell((short)9+u).setCellValue(tf.name)
     180            sample.parentSubject.getFieldValue(tf.name) ? sub.createCell((short)9+u).setCellValue(sample.parentSubject.getFieldValue(tf.name).toString()) : "not define"
     181        }
     182        }
     183        catch (Exception e){
     184            println "Error during Subject Properties"
     185        }
     186    }
     187
     188    // writing samplingEvent properties
     189    def writeSamplingEventProperties(sub,sample,row){
     190        try {
     191        for (t in 0..sample.parentEvent.giveFields().unique().size()-1){
     192            TemplateField tf =sample.parentEvent.giveFields().getAt(t)
     193            row.createCell((short)9+sample.parentSubject.giveFields().unique().size()+t).setCellValue(tf.name)
     194            sample.parentEvent.getFieldValue(tf.name) ? sub.createCell((short)9+sample.parentSubject.giveFields().unique().size()+t).setCellValue(sample.parentEvent.getFieldValue(tf.name).toString()) : "not define"
     195        }
     196        }
     197        catch (Exception e) {
     198            println "Error during Sampling Event properties"
     199        }
     200    }
    163201 
    164202}
  • trunk/grails-app/views/exporter/index.gsp

    r1035 r1051  
    8181    <div class="paginateButtons" id="button">
    8282    </div>
    83 
    84 <!--    <g:submitToRemote action="test" update="result" />-->
    85 
    86 <!--    <g:submitToRemote action="export" update="[success:'message',failure:'error']" />-->
    87 
     83   
    8884    <INPUT TYPE=submit name=submit Value="Export">
    8985
    9086  </div>
    91 
    9287    <div id="result">  </div>
    9388
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.