Changeset 1049


Ignore:
Timestamp:
Nov 2, 2010, 3:41:02 PM (6 years ago)
Author:
m.s.vanvliet@…
Message:

Pilot almost there...

Location:
trunk/grails-app
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/controllers/nmc/PilotController.groovy

    r1046 r1049  
    1818
    1919class PilotController {
     20       
     21        def authenticationService
    2022       
    2123        static allowedMethods = [save: "POST", update: "POST", delete: "POST"]
     
    5355           //For Pilot we do not ask for code, we generate it for the user
    5456           studyInstance.code = params?.title?.encodeAsMD5()
     57           studyInstance.owner = authenticationService.getLoggedInUser()
    5558           
    5659           def extraparams = new LinkedHashMap();
     
    6871                   assayInstance.externalAssayID = assayInstance?.name?.encodeAsMD5()
    6972                   studyInstance.addToAssays(assayInstance)
    70                    assayInstance.save(flush: true)                 
    71                    
     73                   assayInstance.save(flush: true)
     74                                  
    7275                   //flash.message = "${message(code: 'default.created.message', args: [message(code: 'study.label', default: 'Study'), ( studyInstance.title ? studyInstance.title : "" ) + " " + ( studyInstance.code ? studyInstance.code : "" )])}"
    7376                   
     
    8083   
    8184   def show = {
     85                           
    8286           def studyInstance = Study.get(params.id)
    8387           if (!studyInstance) {
     
    8690           }
    8791           else {
     92                   
     93                   //add all samples to the assay when not there yet!
     94                   studyInstance.assays.each { assay ->
     95                           if (assay.samples.size() <= 0){
     96                                   studyInstance.samples.each { sample ->
     97                                           log.info("ADD THE DIRTY WAY!!!")
     98                                           assay.addToSamples(sample)
     99                                   }
     100                                   assay.save()
     101                           }                       
     102                   }
     103                   
    88104                   [studyInstance: studyInstance]
    89105           }
  • trunk/grails-app/views/pilot/show.gsp

    r1046 r1049  
    44    <head>
    55        <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
    6         <meta name="layout" content="${layout}" />
     6        <meta name="layout" content="${layout}" />       
    77        <g:set var="entityName" value="${message(code: 'study.label', default: 'Study')}" />
    88        <title><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></title>
     
    2727                                Click on this assay to continue with the pilot.
    2828                                        </g:if>
    29                        
    30 
    3129                </p>
     30               
    3231                <table>
    3332                    <tbody>
     
    4544                               
    4645                                <g:if test="${studyInstance.samples.size() == 0}">
    47                                         <g:link controller="importer" action="simpleWizard">Import Samples</g:link>                                     
     46                                                                        <g:link controller="importer" action="index" params="[redirectTo: 'http://localhost:8080/gscf/pilot/show/'+studyInstance.id]">Import Samples</g:link>
    4847                                </g:if>
    4948                               
     
    5554                        </tr>
    5655                       
    57                         <tr class="prop">
    58                             <td valign="top" class="name">Assays</td>
    59 
    60                             <td valign="top" class="value">
    61                                                                 <g:each in="${studyInstance.assays.unique()}" var="assay">
    62                                                                         <g:link controller="assay" action="show" id="${assay.id}">${assay.name}</g:link><br />
    63                                                                 </g:each>                           
    64                             </td>
    65 
    66                         </tr>
    67                    
     56                        <g:if test="${studyInstance.samples.size() > 0}">                       
     57                                <tr class="prop">
     58                                    <td valign="top" class="name">Assays</td>
     59       
     60                                    <td valign="top" class="value">
     61                                                                        <g:each in="${studyInstance.assays.unique()}" var="assay">
     62                                                                                <jumpbar:link
     63                                                                linkDest="${createLink(action:'show', id:studyInstance.id)}"
     64                                                                linkText='Go back to GSCF'
     65                                                                frameSource="${assay.module.url}/assay/showByToken?id=${assay.externalAssayID}&sessionToken=${session.id}"
     66                                                                pageTitle="Assay View in Module">
     67                                                                ${assay.name}
     68                                                        </jumpbar:link><br />
     69                                                                        </g:each>                           
     70                                    </td>       
     71                                </tr>
     72                        </g:if>
     73                       
    6874                    </tbody>
    6975                </table>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.