source: trunk/test/integration/testfiles/ntc_tudy_template.xml @ 1522

Last change on this file since 1522 was 1522, checked in by t.w.abma@…, 9 years ago
  • initial Importer Wizard integration test with XML template file and NTC Study Excel file
File size: 10.3 KB
Line 
1<?xml version="1.0"?>
2<templates xmlns="gscf" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="gscf http://www.nmcdsp.org/xml/template.xsd" count="1">
3 
4        <template>
5                <name>NTC Study</name>
6                <description>This template is meant for all studies performed in NTC.</description>
7                <entity>dbnp.studycapturing.Study</entity>
8
9                <templateFields>
10                 
11                        <templateField>
12                                <name>PrimaryContact</name>
13                                <type>STRINGLIST</type>
14                                <unit></unit>
15                                <comment>Name of NTC member that will function as primary contact (e.g. biologist that performed the experiment)</comment>
16                                <required>true</required>
17                                <preferredIdentifier>false</preferredIdentifier>
18
19                               
20                               
21                                  <listItems>
22                                       
23                                          <listItem>
24                                                  <name>Ad Peijnenburg</name>
25                                          </listItem>
26                                       
27                                          <listItem>
28                                                  <name>Ahmed Osman</name>
29                                          </listItem>
30                                       
31                                          <listItem>
32                                                  <name>Ainhoa Ruiz - Aracama</name>
33                                          </listItem>
34                                       
35                                          <listItem>
36                                                  <name>Alex Pines</name>
37                                          </listItem>
38                                       
39                                          <listItem>
40                                                  <name>Anke van Summeren</name>
41                                          </listItem>
42                                       
43                                          <listItem>
44                                                  <name>Anna Beker - van Woudenberg</name>
45                                          </listItem>
46                                       
47                                          <listItem>
48                                                  <name>Anne Kienhuis</name>
49                                          </listItem>
50                                       
51                                          <listItem>
52                                                  <name>Arjen Lommen</name>
53                                          </listItem>
54                                       
55                                          <listItem>
56                                                  <name>Bert van der Horst</name>
57                                          </listItem>
58                                       
59                                          <listItem>
60                                                  <name>Branko Misovic</name>
61                                          </listItem>
62                                       
63                                          <listItem>
64                                                  <name>Charly John</name>
65                                          </listItem>
66                                       
67                                          <listItem>
68                                                  <name>Daneida Lizarraga - Lopez</name>
69                                          </listItem>
70                                       
71                                          <listItem>
72                                                  <name>Di Zi</name>
73                                          </listItem>
74                                       
75                                          <listItem>
76                                                  <name>Dimitris Typas</name>
77                                          </listItem>
78                                       
79                                          <listItem>
80                                                  <name>Edwin Mariman</name>
81                                          </listItem>
82                                       
83                                          <listItem>
84                                                  <name>Eero Mella-Aho</name>
85                                          </listItem>
86                                       
87                                          <listItem>
88                                                  <name>Erik Danen</name>
89                                          </listItem>
90                                       
91                                          <listItem>
92                                                  <name>Eugene van Someren</name>
93                                          </listItem>
94                                       
95                                          <listItem>
96                                                  <name>Ewa Szalowska</name>
97                                          </listItem>
98                                       
99                                          <listItem>
100                                                  <name>Fabienne Calleja</name>
101                                          </listItem>
102                                       
103                                          <listItem>
104                                                  <name>Filippo Tamanini</name>
105                                          </listItem>
106                                       
107                                          <listItem>
108                                                  <name>Giel Hendriks</name>
109                                          </listItem>
110                                       
111                                          <listItem>
112                                                  <name>Giulia Benedetti</name>
113                                          </listItem>
114                                       
115                                          <listItem>
116                                                  <name>Harrie Kools</name>
117                                          </listItem>
118                                       
119                                          <listItem>
120                                                  <name>Harry van Steeg</name>
121                                          </listItem>
122                                       
123                                          <listItem>
124                                                  <name>Harry Vrieling</name>
125                                          </listItem>
126                                       
127                                          <listItem>
128                                                  <name>Janine Ezendam</name>
129                                          </listItem>
130                                       
131                                          <listItem>
132                                                  <name>Jeroen Pennings</name>
133                                          </listItem>
134                                       
135                                          <listItem>
136                                                  <name>Jeroen Rijk</name>
137                                          </listItem>
138                                       
139                                          <listItem>
140                                                  <name>Jia Shao</name>
141                                          </listItem>
142                                       
143                                          <listItem>
144                                                  <name>Jochem van der Veen</name>
145                                          </listItem>
146                                       
147                                          <listItem>
148                                                  <name>Johan Renes</name>
149                                          </listItem>
150                                       
151                                          <listItem>
152                                                  <name>John Meerman</name>
153                                          </listItem>
154                                       
155                                          <listItem>
156                                                  <name>Joost van Delft</name>
157                                          </listItem>
158                                       
159                                          <listItem>
160                                                  <name>Joris Pothof</name>
161                                          </listItem>
162                                       
163                                          <listItem>
164                                                  <name>Josh Robinson</name>
165                                          </listItem>
166                                       
167                                          <listItem>
168                                                  <name>Kasper Derks</name>
169                                          </listItem>
170                                       
171                                          <listItem>
172                                                  <name>Kees Tensen</name>
173                                          </listItem>
174                                       
175                                          <listItem>
176                                                  <name>L von Stechow</name>
177                                          </listItem>
178                                       
179                                          <listItem>
180                                                  <name>Leo Price</name>
181                                          </listItem>
182                                       
183                                          <listItem>
184                                                  <name>Leo van der Ven</name>
185                                          </listItem>
186                                       
187                                          <listItem>
188                                                  <name>Linda Rieswijk</name>
189                                          </listItem>
190                                       
191                                          <listItem>
192                                                  <name>Mariam Alloul-Ramdhani</name>
193                                          </listItem>
194                                       
195                                          <listItem>
196                                                  <name>Marja Driessen</name>
197                                          </listItem>
198                                       
199                                          <listItem>
200                                                  <name>Martijs Jonker</name>
201                                          </listItem>
202                                       
203                                          <listItem>
204                                                  <name>Mirjam Luijten</name>
205                                          </listItem>
206                                       
207                                          <listItem>
208                                                  <name>Mirjam Schaap</name>
209                                          </listItem>
210                                       
211                                          <listItem>
212                                                  <name>Nadya Velikova</name>
213                                          </listItem>
214                                       
215                                          <listItem>
216                                                  <name>Oscar Volger</name>
217                                          </listItem>
218                                       
219                                          <listItem>
220                                                  <name>Paul Wackers</name>
221                                          </listItem>
222                                       
223                                          <listItem>
224                                                  <name>Peter Schmeits</name>
225                                          </listItem>
226                                       
227                                          <listItem>
228                                                  <name>Philomeen Nilsson</name>
229                                          </listItem>
230                                       
231                                          <listItem>
232                                                  <name>Ram Sidappa</name>
233                                          </listItem>
234                                       
235                                          <listItem>
236                                                  <name>Rob Schlooz</name>
237                                          </listItem>
238                                       
239                                          <listItem>
240                                                  <name>Rob Stierum</name>
241                                          </listItem>
242                                       
243                                          <listItem>
244                                                  <name>Romana Nijman</name>
245                                          </listItem>
246                                       
247                                          <listItem>
248                                                  <name>S Ramaiahgari</name>
249                                          </listItem>
250                                       
251                                          <listItem>
252                                                  <name>S Saito</name>
253                                          </listItem>
254                                       
255                                          <listItem>
256                                                  <name>Sanne Hermsen</name>
257                                          </listItem>
258                                       
259                                          <listItem>
260                                                  <name>Si Wang</name>
261                                          </listItem>
262                                       
263                                          <listItem>
264                                                  <name>Sjors Schulpen</name>
265                                          </listItem>
266                                       
267                                          <listItem>
268                                                  <name>Stan Gaj</name>
269                                          </listItem>
270                                       
271                                          <listItem>
272                                                  <name>Tessa Pronk</name>
273                                          </listItem>
274                                       
275                                          <listItem>
276                                                  <name>Willem Schoonen</name>
277                                          </listItem>
278                                       
279                                          <listItem>
280                                                  <name>Wim van den Hof</name>
281                                          </listItem>
282                                       
283                                  </listItems>
284                               
285                        </templateField>
286                 
287                        <templateField>
288                                <name>Institution</name>
289                                <type>STRINGLIST</type>
290                                <unit></unit>
291                                <comment>Name of the institution that performed the experiment</comment>
292                                <required>true</required>
293                                <preferredIdentifier>false</preferredIdentifier>
294
295                               
296                               
297                                  <listItems>
298                                       
299                                          <listItem>
300                                                  <name>EMC</name>
301                                          </listItem>
302                                       
303                                          <listItem>
304                                                  <name>LUMC</name>
305                                          </listItem>
306                                       
307                                          <listItem>
308                                                  <name>RIKILT</name>
309                                          </listItem>
310                                       
311                                          <listItem>
312                                                  <name>RIVM</name>
313                                          </listItem>
314                                       
315                                          <listItem>
316                                                  <name>TNO</name>
317                                          </listItem>
318                                       
319                                          <listItem>
320                                                  <name>UM</name>
321                                          </listItem>
322                                       
323                                          <listItem>
324                                                  <name>LACDR</name>
325                                          </listItem>
326                                       
327                                          <listItem>
328                                                  <name>CBS_DUT</name>
329                                          </listItem>
330                                       
331                                  </listItems>
332                               
333                        </templateField>
334                 
335                        <templateField>
336                                <name>StudyID</name>
337                                <type>STRING</type>
338                                <unit></unit>
339                                <comment>WP+&lt;subWPnrdotinsteadof.&gt;+E+&lt;expnr&gt;, e.g. WP5dot1E1</comment>
340                                <required>true</required>
341                                <preferredIdentifier>false</preferredIdentifier>
342
343                               
344                               
345                        </templateField>
346                 
347                        <templateField>
348                                <name>StudyTitle</name>
349                                <type>STRING</type>
350                                <unit></unit>
351                                <comment>Short description of study</comment>
352                                <required>true</required>
353                                <preferredIdentifier>false</preferredIdentifier>
354
355                               
356                               
357                        </templateField>
358                 
359                        <templateField>
360                                <name>StudyMainSpecies</name>
361                                <type>ONTOLOGYTERM</type>
362                                <unit></unit>
363                                <comment>Main species used in the study  (also try for in vitro and when mixing species)</comment>
364                                <required>true</required>
365                                <preferredIdentifier>false</preferredIdentifier>
366
367                               
368                                  <ontologies>
369                                       
370                                          <ontology>
371                                                  <ncboId>1132</ncboId>
372                                                  <ncboVersionedId>38802</ncboVersionedId>
373                                                  <name>NCBI organismal classification</name>
374                                                  <description>A taxonomic classification of living organisms and associated artifacts for their controlled description within the context of databases.</description>
375                                                  <url>http://bioportal.bioontology.org/ontologies/38802</url>
376                                                  <versionNumber>1.2</versionNumber>
377                                          </ontology>
378                                       
379                                  </ontologies>
380                               
381                               
382                        </templateField>
383                 
384                        <templateField>
385                                <name>StudyMainSource</name>
386                                <type>ONTOLOGYTERM</type>
387                                <unit></unit>
388                                <comment>Give name of cells for in vitro (e.g. cell line) or body part for in vivo (e.g. organ or tissue)</comment>
389                                <required>true</required>
390                                <preferredIdentifier>false</preferredIdentifier>
391
392                               
393                                  <ontologies>
394                                       
395                                          <ontology>
396                                                  <ncboId>1005</ncboId>
397                                                  <ncboVersionedId>40643</ncboVersionedId>
398                                                  <name>BRENDA tissue / enzyme source</name>
399                                                  <description>A structured controlled vocabulary for the source of an enzyme. It comprises terms for tissues, cell lines, cell types and cell cultures from uni- and multicellular organisms.</description>
400                                                  <url>http://bioportal.bioontology.org/ontologies/40643</url>
401                                                  <versionNumber>1.3</versionNumber>
402                                          </ontology>
403                                       
404                                  </ontologies>
405                               
406                               
407                        </templateField>
408                 
409                        <templateField>
410                                <name>StudyType</name>
411                                <type>STRINGLIST</type>
412                                <unit></unit>
413                                <comment>Description of the type of study</comment>
414                                <required>true</required>
415                                <preferredIdentifier>false</preferredIdentifier>
416
417                               
418                               
419                                  <listItems>
420                                       
421                                          <listItem>
422                                                  <name>Single Dose Toxicity</name>
423                                          </listItem>
424                                       
425                                          <listItem>
426                                                  <name>Repeat Dose Toxicity</name>
427                                          </listItem>
428                                       
429                                          <listItem>
430                                                  <name>Cell-based Study</name>
431                                          </listItem>
432                                       
433                                          <listItem>
434                                                  <name>Timecourse Study</name>
435                                          </listItem>
436                                       
437                                  </listItems>
438                               
439                        </templateField>
440                 
441                        <templateField>
442                                <name>AssayType</name>
443                                <type>STRINGLIST</type>
444                                <unit></unit>
445                                <comment>Description of the type of assay (in vivo, in vitro or ex vivo)</comment>
446                                <required>true</required>
447                                <preferredIdentifier>false</preferredIdentifier>
448
449                               
450                               
451                                  <listItems>
452                                       
453                                          <listItem>
454                                                  <name>in vivo</name>
455                                          </listItem>
456                                       
457                                          <listItem>
458                                                  <name>in vitro</name>
459                                          </listItem>
460                                       
461                                          <listItem>
462                                                  <name>ex vivo</name>
463                                          </listItem>
464                                       
465                                  </listItems>
466                               
467                        </templateField>
468                 
469                        <templateField>
470                                <name>SubmissionDate</name>
471                                <type>DATE</type>
472                                <unit></unit>
473                                <comment>Date of first submission of study info</comment>
474                                <required>true</required>
475                                <preferredIdentifier>false</preferredIdentifier>
476
477                               
478                               
479                        </templateField>
480                 
481                </templateFields>
482        </template>
483 
484</templates>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.