source: trunk/test/integration/gscf/SampleTests.groovy @ 860

Last change on this file since 860 was 860, checked in by keesvb, 11 years ago

added test for Sample name uniqueness at the validate() stage
  • Property svn:keywords set to Date Author Rev
File size: 9.6 KB
Line 
1package gscf
2
3import dbnp.studycapturing.Study
4import dbnp.studycapturing.Template
5import grails.test.GrailsUnitTestCase
6import dbnp.studycapturing.SamplingEvent
7import dbnp.studycapturing.Sample
8import dbnp.studycapturing.TemplateFieldType
9import dbnp.studycapturing.Subject
10import dbnp.studycapturing.EventGroup
11
12/**
13 * Test the creation of a Sample and its TemplateEntity functionality on data model level
14 *
15 * @author keesvb
16 * @since 20100511
17 * @package dbnp.studycapturing
18 *
19 * Revision information:
20 * $Rev: 860 $
21 * $Author: keesvb $
22 * $Date: 2010-08-30 13:13:30 +0000 (ma, 30 aug 2010) $
23 */
24
25class SampleTests extends StudyTests {
26
27        // This test extends StudyTests, so that we have a test study to assign as a parent study
28
29        final String testSampleName = "Test sample @XYZ!"
30        final String testSampleTemplateName = "Human blood sample"
31
32        final String testSamplingEventName = "Test sampling event"
33        final String testSamplingEventTemplateName = "Blood extraction"
34        final long testSamplingEventTime = 34534534L
35        final long testSamplingEventDuration = 1000L
36        final String testEventGroupName = "Test Group"
37
38
39        protected void setUp() {
40                super.setUp()
41
42                // Retrieve the study that should have been created in StudyTests
43                def study = Study.findByTitle(testStudyName)
44                assert study
45
46                // Look up sampling event template
47                def samplingEventTemplate = Template.findByName(testSamplingEventTemplateName)
48                assert samplingEventTemplate
49
50                // Look up sample template
51                def sampleTemplate = Template.findByName(testSampleTemplateName)
52                assert sampleTemplate
53
54                // Create parent sampling event
55                def samplingEvent = new SamplingEvent(
56                        startTime: testSamplingEventTime,
57                        duration: testSamplingEventDuration,
58                        template: samplingEventTemplate,
59                        sampleTemplate: sampleTemplate
60                )
61
62                // The SamplingEvent should not validate at this point because it doesn't have a parent study
63                assert !samplingEvent.validate()
64
65                study.addToSamplingEvents(samplingEvent)
66                // It should do fine now
67                assert samplingEvent.validate()
68                assert samplingEvent.save(flush:true)
69
70                // Create sample with the retrieved study as parent
71                def sample = new Sample(
72                    name: testSampleName,
73                    template: sampleTemplate,
74                    parentEvent: samplingEvent
75                )
76
77                // At this point, the sample should not validate, because it doesn't have a parent study assigned
78                assert !sample.validate()
79
80                // Add the sample to the retrieved parent study
81                study.addToSamples(sample)
82                assert study.samples.find { it.name == sample.name}
83
84                // Now, the sample should validate
85                if (!sample.validate()) {
86                        sample.errors.each { println it}
87                }
88                assert sample.validate()
89
90                // Make sure the sample is saved to the database
91                assert sample.save(flush: true)
92
93        }
94
95        void testSave() {
96
97                // Try to retrieve the sample and make sure it's the same
98                def sampleDB = Sample.findByName(testSampleName)
99                assert sampleDB
100                assert sampleDB.name.equals(testSampleName)
101                assert sampleDB.template.name.equals(testSampleTemplateName)
102                assert sampleDB.parentEvent
103                assert sampleDB.parentEvent.startTime.equals(testSamplingEventTime)
104
105                println "The sample has parentEvent ${sampleDB.parentEvent.encodeAsHTML()}"
106                // A sample without a name should not be saveable
107                sampleDB.name = null
108                assert !sampleDB.validate()
109
110                // A sample without a parent SamplingEvent should not be saveable
111                sampleDB.name = testSampleName
112                sampleDB.parentEvent = null
113                assert !sampleDB.validate()
114        }
115
116        void testDelete() {
117                def sampleDB = Sample.findByName(testSampleName)
118                sampleDB.delete()
119                try {
120                        sampleDB.save()
121                        assert false // The save should not succeed since the sample is referenced by a study
122                }
123                catch(org.springframework.dao.InvalidDataAccessApiUsageException e) {
124                        sampleDB.discard()
125                        assert true // OK, correct exception (at least for the in-mem db, for PostgreSQL it's probably a different one...)
126                }
127
128                // Now, delete the sample from the study samples collection, and then the delete action should be cascaded to the sample itself
129                def study = Study.findByTitle(testStudyName)
130                assert study
131                study.removeFromSamples sampleDB
132
133                // Make sure the sample doesn't exist anymore at this point
134                assert !Sample.findByName(testSampleName)
135                assert Sample.count() == 0
136                assert study.samples.size() == 0
137        }
138
139        void testDeleteViaParentSubject() {
140
141                def sampleDB = Sample.findByName(testSampleName)
142                assert sampleDB
143
144                // Retrieve the parent study
145                def study = Study.findByTitle(testStudyName)
146                assert study
147
148                def subject = SubjectTests.createSubject(study)
149                assert subject
150
151                sampleDB.parentSubject = subject
152                assert sampleDB.validate()
153                assert sampleDB.save()
154
155                // Use the deleteSubject method
156                def msg = study.deleteSubject(subject)
157                println msg
158                assert study.save()
159
160                assert !study.subjects.contains(subject)
161
162                assert !Subject.findByName(subject.name)
163                assert !Sample.findByName(testSampleName)
164
165                assert Subject.count() == 0
166                assert Sample.count() == 0
167
168        }
169
170        void testDeleteViaParentSamplingEvent() {
171
172                def sampleDB = Sample.findByName(testSampleName)
173                assert sampleDB
174
175                // Retrieve the parent study
176                def study = Study.findByTitle(testStudyName)
177                assert study
178
179                def event = sampleDB.parentEvent
180                assert event
181
182                // Use the deleteSamplingEvent method
183                def msg = study.deleteSamplingEvent(event)
184                println msg
185                assert study.save()
186
187                assert !study.samplingEvents.contains(event)
188
189                assert !SamplingEvent.findByStartTime(testSamplingEventTime)
190                assert !Sample.findByName(testSampleName)
191
192                assert SamplingEvent.count() == 0
193                assert Sample.count() == 0
194
195        }
196
197        void testDeleteViaParentEventGroup() {
198
199                def sampleDB = Sample.findByName(testSampleName)
200                assert sampleDB
201
202                // Retrieve the parent study
203                def study = Study.findByTitle(testStudyName)
204                assert study
205
206                // Retrieve the sample's sampling event
207                def event = sampleDB.parentEvent
208                assert event
209
210                // Create a subject and add it at the sample's parent
211                def subject = SubjectTests.createSubject(study)
212                assert subject
213                sampleDB.parentSubject = subject
214                assert sampleDB.validate()
215                assert sampleDB.save()
216
217                // Create an event group in this study with the sample's sampling event
218                def group = new EventGroup(
219                    name: testEventGroupName
220                )
221                study.addToEventGroups(group)
222                assert group.validate()
223
224
225                group.addToSubjects(subject)
226                group.addToSamplingEvents(event)
227                assert study.eventGroups.find { it.name == group.name}
228                assert group.validate()
229                assert study.save()
230
231                // Use the deleteSamplingEvent method
232                def msg = study.deleteEventGroup(group)
233                println msg
234                assert study.save()
235
236                assert !study.eventGroups.contains(group)
237                assert !EventGroup.findByName(testEventGroupName)
238                assert !Sample.findByName(testSampleName)
239
240                assert EventGroup.count() == 0
241                assert Sample.count() == 0
242
243        }
244
245        void testStudyRelation() {
246                // Retrieve the parent study
247                def study = Study.findByTitle(testStudyName)
248                assert study
249
250                // Test giveSampleTemplates
251                def templates = study.giveSampleTemplates()
252                assert templates
253                assert templates.size() == 1
254                assert templates.asList().first().name == testSampleTemplateName
255
256                // Test if the sample is in the samples collection
257                assert study.samples
258                assert study.samples.size() == 1
259                assert study.samples.first().name == testSampleName
260        }
261
262
263        void testParentStudy() {
264                def sample = Sample.findByName(testSampleName)
265                assert sample
266
267                assert sample.parent
268                assert sample.parent.code == testStudyCode
269        }
270
271        void testSampleUniqueNameConstraint() {
272                def sample = Sample.findByName(testSampleName)
273                assert sample
274
275                def study = sample.parent
276                assert study
277
278                def sample2 = new Sample(
279                    name: testSampleName,
280                    template: sample.template,
281                    parentEvent: sample.parentEvent
282                )
283
284                // Add the sample to the retrieved parent study
285                study.addToSamples(sample2)
286
287                // At this point, the sample should not validate or save, because there is already a sample with that name in the study
288                assert !sample2.validate()
289                assert !sample2.save(flush:true)
290
291        }
292
293        /**
294         * Test whether it's indeed not possible to add two yet-to-be-saved samples with the same name to a yet-to-be-saved study
295         */
296        void testSampleUniqueNameConstraintAtValidate() {
297                def sample = Sample.findByName(testSampleName)
298                assert sample
299
300                def study = sample.parent
301                assert study
302
303                def sample1 = new Sample(
304                    name: testSampleName + "-double",
305                    template: sample.template,
306                    parentEvent: sample.parentEvent
307                )
308
309                def sample2 = new Sample(
310                        name: testSampleName + "-double",
311                    template: sample.template,
312                    parentEvent: sample.parentEvent
313                )
314
315                // Add the sample to the retrieved parent study
316                study.addToSamples(sample1)
317                study.addToSamples(sample2)
318
319                // At this point, the sample should not validate or save, because there is already a sample with that name in the study
320                assert !sample1.validate()
321                assert !sample1.save(flush:true)
322
323                assert !sample2.validate()
324                assert !sample2.save(flush:true)
325        }
326
327        void testFindViaSamplingEvent() {
328                // Try to retrieve the sampling event by using the time...
329                // (should be also the parent study but that's not yet implemented)
330                def samplingEventDB = SamplingEvent.findByStartTime(testSamplingEventTime)
331                assert samplingEventDB
332
333                def samples = samplingEventDB.getSamples()
334                assert samples
335                assert samples.size() == 1
336                assert samples.first().name == testSampleName
337        }
338
339        void testDomainFields() {
340                def sample = Sample.findByName(testSampleName)
341                assert sample
342
343                // Make sure the domain fields exist
344                assert sample.fieldExists('name')
345                assert sample.fieldExists('material')
346
347                // Make sure they are domain fields
348                assert sample.isDomainField('name')
349                assert sample.isDomainField('material')
350
351                // Make sure that they have the right type
352                assert sample.giveFieldType('name') == TemplateFieldType.STRING
353                assert sample.giveFieldType('material') == TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM
354
355        }
356
357        protected void tearDown() {
358                super.tearDown()
359        }
360
361}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.