source: trunk/test/integration/gscf/OntologyTests.groovy @ 425

Last change on this file since 425 was 425, checked in by keesvb, 11 years ago

refactored Ontology tests, added Ontocat example as a test
File size: 3.4 KB
Line 
1package gscf
2
3import grails.test.*
4import dbnp.data.*
5
6
7/**
8 * OntologyTests Test
9 *
10 * Test ontology/term functionality on domain model level
11 *
12 * @author keesvb
13 * @since 20100510
14 * @package dbnp.studycapturing
15 *
16 * Revision information:
17 * $Rev$
18 * $Author$
19 * $Date$
20 */
21class OntologyTests extends GrailsUnitTestCase {
22
23        final String testOntologyName = "Test ontology"
24        final String testOntologyDescription = "Test description"
25        final String testOntologyUrl = "http://www.test.com"
26        final String testOntologyVersionNumber = "1.0"
27        final int testOntologyNcboId = 0
28        final int testOntologyNcboVersionedId = 0
29        final String testTermName = "Test term"
30        final String testAccession = 'TEST01234$'
31
32        protected void setUp() {
33                super.setUp()
34
35                def ontology = new Ontology(
36                                name: testOntologyName,
37                                description: testOntologyDescription,
38                                url: testOntologyUrl,
39                                versionNumber: testOntologyVersionNumber,
40                                ncboId: testOntologyNcboId,
41                                ncboVersionedId: testOntologyNcboVersionedId
42                );
43
44                // Validate and save ontology
45                assert ontology.validate()
46                assert ontology.save(flush:true)
47        }
48
49        protected void tearDown() {
50                super.tearDown()
51        }
52
53        /**
54         * Test if ontology was properly saved
55         */
56        void testSave () {
57
58                // Try to retrieve the ontology and make sure it's the same
59                def ontologyDB = Ontology.findByName(testOntologyName)
60                assert ontologyDB
61                assert ontologyDB.name.equals(testOntologyName)
62                assert ontologyDB.description.equals(testOntologyDescription)
63                assert ontologyDB.url.equals(testOntologyUrl)
64                assert ontologyDB.versionNumber.equals(testOntologyVersionNumber)
65                assert ontologyDB.ncboId.equals(testOntologyNcboId)
66                assert ontologyDB.ncboVersionedId.equals(testOntologyNcboVersionedId)
67
68        }
69
70
71        /**
72        * Test saving and retrieving a term within the ontology and test giveTermByName(name)
73        */
74        void testTermSave() {
75
76                // Find created ontology
77                def testOntology = Ontology.findByName(testOntologyName)
78                assert testOntology
79
80                // Create a new term
81                def term = new Term(
82                        name: testTermName,
83                        accession: testAccession,
84                        ontology: testOntology
85                )
86
87                assert term.validate()
88                assert term.save(flush:true)
89
90                // Try to retrieve the term from the ontology and make sure it's the same
91                def termDB = testOntology.giveTermByName(testTermName)
92                assert termDB.name.equals(testTermName)
93                assert termDB.accession.equals(testAccession)
94                assert termDB.ontology == testOntology
95        }
96
97
98        /**
99        * Test giveTerms() method
100        */
101        void testGiveTerms() {
102
103                // Find created ontology
104                def testOntology = Ontology.findByName(testOntologyName)
105                assert testOntology
106
107                def terms = testOntology.giveTerms()
108                assert terms
109                assert terms.size() == 1
110                assert terms.asList().first().name.equals(testTermName)
111        }
112
113
114        /**
115        * Ontocat test (Ontocat example 1)
116        *
117        * Shows how to list all the available ontologies in OLS
118        *
119        */
120        void testOntocat() {
121                // Instantiate OLS service
122                uk.ac.ebi.ontocat.OntologyService os = new uk.ac.ebi.ontocat.bioportal.BioportalOntologyService()
123                // For all ontologies in OLS print their
124                // full label and abbreviation
125                uk.ac.ebi.ontocat.Ontology o = os.getOntology("1005")
126                        StringBuilder sb = new StringBuilder();
127                        sb.append(o.getAbbreviation());
128                        sb.append("\t");
129                        sb.append(o.getLabel());
130                        sb.append("\t");
131                        sb.append(o.getOntologyAccession());
132                        sb.append("\t");
133                        o.getVersionNumber() + o.getMetaPropertyValues().each {
134                                sb.append(it.dump())
135                        }
136                        System.out.println(sb.toString());
137               
138        }
139
140}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.