source: trunk/grails-app/views/study/show.gsp @ 942

Last change on this file since 942 was 942, checked in by business@…, 12 years ago

added a showByToken for assays, updated generated assay view

  • Property svn:keywords set to Date Author Rev
File size: 33.8 KB
Line 
1
2<%@ page import="dbnp.studycapturing.Study" %>
3<%@ page import="dbnp.studycapturing.EventGroup" %>
4<%@ page import="dbnp.studycapturing.RelTime" %>
5<html>
6  <head>
7    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
8    <meta name="layout" content="main" />
9    <g:set var="entityName" value="${message(code: 'study.label', default: 'Study')}" />
10    <title><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></title>
11    <script type="text/javascript">
12      // Flag whether the timelines have been loaded
13      var timelineloaded = false;
14     
15      // Number of timelines that should be loaded
16      var numTimelines = ${studyList?.size()};
17     
18      // This method is called on the event body.onLoad
19      $(function() {
20              $("#tabs").tabs({
21                show: function(event, ui) {
22                  // If the events tab is shown, the timeline should be redrawn
23                  if( ui.tab.hash == '#events-timeline' && !timelineloaded ) {
24                    loadTimeline( 'eventstimeline', 'eventtitles', 0 );
25                    timelineloaded = true;
26                  }
27                }
28              });
29      });
30    </script>
31    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="${resource(dir: 'css', file: 'studies.css')}"/>
32
33    <!-- Include scripts for the SIMILE timeline. See http://simile-widgets.org/wiki/ -->
34    <script type="text/javascript">
35      Timeline_ajax_url="${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/timeline_ajax/simile-ajax-api.js')}";
36      Timeline_urlPrefix='${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/')}';
37      Timeline_parameters='bundle=true';
38    </script>
39    <script src="${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/timeline-api.js')}" type="text/javascript"></script>
40    <script src="${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/custom-timeline.js')}" type="text/javascript"></script>
41    <script src="${resource(dir: 'js', file: 'jquery-callback-1.2.js')}" type="text/javascript"></script>
42
43    <!-- Create the JSON objects for the timeline with events -->
44    <script type="text/javascript">
45         /*
46          * Creates timeline bands for displaying different timelines
47          *
48          * @returns array with BandInfo objects, as described on http://simile-widgets.org/wiki/Timeline_GettingStarted
49          */
50        function createTimelineBands( timelineNr ) {
51          var bandInfos = [];
52          var eventSources = [];
53          var overviewEventSource = new Timeline.DefaultEventSource();
54
55          // The way the timeline should look. See http://www.linuxjournal.com/article/9301
56          var theme = Timeline.ClassicTheme.create();
57          var emptyEtherPainter = new Timeline.EmptyEtherPainter( { theme: theme } )
58
59          // Now create the bands for all studies, and add them to one timeline
60          // Multiple timeline on one page do not seem to work
61          <g:set var="bandNr" value="${0}" />
62          <g:each in="${studyList}" var="study" status="timelineNr">
63              // The date that the timeline should start on
64              var dateStr = "<g:formatDate format="yyyy/MM/dd HH:mm:ss" date="${study.startDate}"/>";
65              firstDate = new Date ( dateStr );
66
67              //------------- Eventgroup overview ---------------
68
69              <g:set var="datesBandNr" value="${bandNr}" />
70              // Add an empty band to show the dates
71              bandInfos[${bandNr}] =
72                     Timeline.createBandInfo({
73                        width:          40,
74                        intervalUnit:   Timeline.DateTime.DAY,
75                        intervalPixels: 40,
76                        showEventText:  false,
77                        date:           firstDate,
78                        timeZone:       +1,
79                        layout:         'original',
80                        theme:          theme
81                     });
82              bandTitleInfo[ timelineNr ][ ${bandNr} ] = {
83                title: "${study.title}",
84                subjects: "",
85                className: "studytitle"
86              };
87
88              <g:set var="bandNr" value="${bandNr+1}" />
89              <%
90                def sortedEventGroups = study.eventGroups.sort( { a, b ->
91                    return a.name <=> b.name;
92                }  as Comparator );
93
94                def orphans = study.getOrphanEvents();
95                if( orphans?.size() > 0 ) {
96                  sortedEventGroups.add( new EventGroup(
97                    id: -1,
98                    name: 'No group',
99                    events: orphans,
100                    subjects: []
101                  ));
102                }
103
104              %>
105              <g:each in="${sortedEventGroups}" var="eventGroup" status="i">
106
107                //------------- Eventgroup ${bandNr} ---------------
108
109                // Create an eventsource for all events
110                eventSources[${bandNr}] = new Timeline.DefaultEventSource();
111
112                // Load events for this eventsource (using jquery)
113                var event_url = '${createLink(controller:'study', action:'events', id:( eventGroup.id ? eventGroup.id : -1 ), params: [ startDate: study.startDate.getTime(), study: study.id ])}';
114                $.getJSON(event_url, $.callback( _loadJSONEvents, [0, ${bandNr}, eventSources[${bandNr}], overviewEventSource, event_url] ) );
115
116                // Create a new timeline band
117                bandInfos[${bandNr}] =
118                       Timeline.createBandInfo({
119                           eventSource:    eventSources[${bandNr}],
120                           width:          30,
121                           intervalUnit:   Timeline.DateTime.DAY,
122                           intervalPixels: 40,
123                           date:           firstDate,
124                           timeZone:       +1,
125                           syncWith:       1,
126                           layout:         'original',
127                           theme:          theme
128                       });
129
130                // Make sure the date isn't printed by using the empty ether painter
131                bandInfos[${bandNr}].etherPainter = emptyEtherPainter;
132
133                // Add a title to the bandinfo
134                <%
135                  sortedGroupSubjects = eventGroup.subjects.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator );
136                  def simpleSubjects = sortedGroupSubjects.name.join( ', ' );
137
138                  // We can only show appr. 30 characters per line and as many lines as there are events
139                  def charsPerLine = 30;
140                  def numEvents = eventGroup.events?.size();
141                  def maxChars = numEvents * charsPerLine;
142
143                  // If the subjects will fit, show them all
144                  if( simpleSubjects?.size() < maxChars ) {
145                    showSubjects = simpleSubjects;
146                  } else {
147                    // Always add the first name
148                    def subjectNames = sortedGroupSubjects[0]?.name;
149
150                    // Continue adding names until the length is to long
151                    id = 0;
152                    sortedGroupSubjects.each { subject ->
153                      if( id > 0 ) {
154                        println( "ID: " + id + " - " + subjectNames?.size() + " - " + subject.name?.size() + " - " + maxChars );
155                        if( subjectNames?.size() + subject.name?.size() < maxChars - 15 ) {
156                          subjectNames += ", " + subject.name;
157                        } else {
158                          return;
159                        }
160                      }
161                      id++;
162                    }
163
164                    // Add a postfix
165                    subjectNames += " and " + ( sortedGroupSubjects?.size() - id ) + " more";
166
167                    showSubjects = subjectNames;
168                  }
169
170
171                %>
172                bandTitleInfo[ timelineNr ][ ${bandNr} ] = {
173                  title: "${eventGroup.name}",
174                  className: "<g:if test="${ eventGroup.id == -1 || !eventGroup.id  }">no_group</g:if>",
175                  subjects: "${showSubjects}"
176                };
177
178                <g:set var="bandNr" value="${bandNr+1}" />
179              </g:each>
180
181              // Synchronize all bands
182              <g:each in="${sortedEventGroups}" var="eventGroup" status="i">
183                bandInfos[${i + datesBandNr +1}].syncWith = ${datesBandNr};
184              </g:each>
185
186          </g:each>
187
188          return bandInfos;
189        }
190     </script>
191</head>
192<body>
193
194  <div class="body" id="studies">
195    <h1><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></h1>
196    <g:if test="${flash.message}">
197      <div class="message">${flash.message}</div>
198    </g:if>
199    <div class="dialog">
200      <div id="tabs">
201        <ul>
202          <li><a href="#study">Study Information</a></li>
203          <li><a href="#subjects">Subjects</a></li>
204          <li><a href="#events-timeline">Events timeline</a></li>
205          <li><a href="#events-table">Events table</a></li>
206          <li><a href="#assays">Assays</a></li>
207          <li><a href="#samples">Samples</a></li>
208          <li><a href="#persons">Persons</a></li>
209          <li><a href="#publications">Publications</a></li>
210        </ul>
211
212        <div id="study">
213          <table>
214            <!-- only show the head section if there are multiple studies -->
215            <g:if test="${multipleStudies}">
216              <thead>
217                <tr>
218                  <th></th>
219                  <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
220                    <th>${studyInstance.title}</th>
221                  </g:each>
222                </tr>
223              </thead>
224            </g:if>
225            <%
226              // Determine a union of the fields from all studies, in order
227              // to show a proper list. We want every field to appear just once,
228              // so the list is filtered for unique values
229              studyFields = studyList[0].giveDomainFields() + studyList*.giveTemplateFields()?.flatten().unique()
230            %>
231            <!-- Show all template and domain fields, if filled -->
232            <g:each in="${studyFields}" var="field">
233              <%
234                // If a value is not set for any of the selected studies, the
235                // field should not appear in the list
236                showField = true in studyList.collect { it.fieldExists( field.name ) && it.getFieldValue( field.name ) != null }?.flatten()
237              %>
238              <g:if test="${showField}">
239                <tr>
240                  <td>${field}</td>
241                  <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
242                    <td>${studyInstance.getFieldValue(field.name)}</td>
243                  </g:each>
244                </tr>
245              </g:if>
246            </g:each>
247
248            <!-- Add some extra fields -->
249            <tr>
250              <td>Events</td>
251              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
252                <td>
253                  <g:if test="${studyInstance.giveEventTemplates()?.size()==0}">
254                    -
255                  </g:if>
256                  <g:else>
257                   ${studyInstance.giveEventTemplates().name.join(", ")}
258                  </g:else>
259                </td>
260              </g:each>
261            </tr>
262            <tr>
263              <td>Sampling events</td>
264              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
265                <td>
266                  <g:if test="${studyInstance.giveSamplingEventTemplates()?.size()==0}">
267                    -
268                  </g:if>
269                  <g:else>
270                   ${studyInstance.giveSamplingEventTemplates().name.join(", ")}
271                  </g:else>
272                </td>
273              </g:each>
274            </tr>
275                          <tr>
276                                <td>Owner</td>
277                                <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
278                                  <td>
279                                        <g:if test="${studyInstance.owner}">
280                                                <g:link controller="user" action="show" id="${studyInstance.owner.id}">${studyInstance.owner?.encodeAsHTML()}</g:link>
281                                        </g:if>
282                                        <g:else>
283                                         -
284                                        </g:else>
285                                  </td>
286                                </g:each>
287                          </tr>
288            <tr>
289              <td>Members <permissions:manage entity="${studyList[0]}">manage</permissions:manage></td>
290              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
291                <td>
292                  <g:if test="${studyInstance.getAllMemberUsers()==0}">
293                    -
294                  </g:if>
295                  <g:else>
296                    <g:each in="${studyInstance.getAllMemberUsers()}" var="memberuser" status="i">
297                      <g:if test="${i > 0}">, </g:if>
298                      <g:link controller="user" action="show" id="${memberuser.id}">${memberuser?.encodeAsHTML()}</g:link>
299                    </g:each>
300                  </g:else>
301                </td>
302              </g:each>
303            </tr>
304          </table>
305        </div>
306
307        <div id="subjects">
308
309          <g:if test="${studyList*.subjects?.flatten()?.size()==0}">
310            No subjects in the selected studies
311          </g:if>
312          <g:else>
313            <table>
314              <thead>
315                <tr>
316                  <g:if test="${multipleStudies}">
317                    <th></th>
318                  </g:if>
319                  <g:each in="${new dbnp.studycapturing.Subject().giveDomainFields()}" var="field">
320                    <th>${field}</th>
321                  </g:each>
322
323                  <%
324                    // Determine a union of the fields for all different
325                    // subjects in all studies. In order to show a proper list.
326                    // We want every field to appear just once,
327                    // so the list is filtered for unique values
328                    subjectTemplates = studyList*.giveSubjectTemplates()?.flatten().unique()
329                    if( !subjectTemplates ) {
330                      subjectTemplates = [];
331                      subjectFields = [];
332                    } else {
333                      subjectFields = subjectTemplates*.fields?.flatten().unique()
334                      if( !subjectFields ) {
335                        subjectFields = [];
336                      }
337                    }
338
339                    /*
340                     * These lines are rewritten because
341                     * performance sucked
342                     *
343                     *   // These took about 9 seconds (for 31 subjects and
344                     *   allSubjects = studyList*.subjects?.flatten()
345                     *
346                     *   subjectFields = subjectFields.findAll { subjectField ->
347                     *     ( true in allSubjects.collect { subject -> subject.fieldExists( subjectField.name ) && subject.getFieldValue( subjectField.name ) != null }.flatten() )
348                     *   }
349                     */
350
351                    // Filter out all fields that are left blank for all subjects
352                    allSubjects = studyList*.subjects?.flatten()
353
354                    showSubjectFields = []
355                    subjectFields.each { subjectField ->
356                      for( subject in allSubjects )
357                      {
358                        // If the field is filled for this subject, we have to
359                        // show the field and should not check any other
360                        // subjects (hence the break)
361                        if( subject.fieldExists( subjectField.name ) && subject.getFieldValue( subjectField.name ) ) {
362                          showSubjectFields << subjectField;
363                          break;
364                        }
365                      }
366                    }
367                  %>
368
369                  <g:each in="${showSubjectFields}" var="field">
370                    <th>${field}</th>
371                  </g:each>
372
373                </tr>
374              </thead>
375
376              <g:set var="i" value="${1}" />
377
378              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
379                <%
380                  // Sort subjects by name
381                  subjects = studyInstance.subjects;
382                  sortedSubjects = subjects.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )
383                %>
384
385                <g:each in="${sortedSubjects}" var="subject" status="j">
386                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
387                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
388                      <td class="studytitle" rowspan="${sortedSubjects?.size()}">
389                        ${studyInstance.title}
390                      </td>
391                    </g:if>
392                    <g:each in="${subject.giveDomainFields()}" var="field">
393                      <td>${subject.getFieldValue(field.name)}</td>
394                    </g:each>
395                 
396                    <g:each in="${showSubjectFields}" var="field">
397                      <td>
398                        <g:if test="${subject.fieldExists(field.name)}">
399                          ${subject.getFieldValue(field.name)}
400                        </g:if>
401                        <g:else>
402                          N/A
403                        </g:else>
404                      </td>
405                    </g:each>
406
407                  </tr>
408                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
409                </g:each>
410              </g:each>
411            </table>
412          </g:else>
413        </div>
414
415        <div id="events-timeline">
416          <g:if test="${studyList*.events?.flatten()?.size()==0 && studyInstance*.samplingEvents?.flatten()?.size()==0 }">
417            No events in these studies
418          </g:if>
419          <g:else>
420            <g:each in="${studyList}" var="study" status="i">
421              <div style="margin: 10px; ">
422                <div class="eventtitles" id="eventtitles-${i}"></div>
423                <div class="eventstimeline" id="eventstimeline-${i}"></div>
424              </div>
425            </g:each>
426            <noscript>
427              <table>
428                <thead>
429                  <tr>
430                    <g:if test="${multipleStudies}">
431                      <th></th>
432                    </g:if>
433                    <th>Start time</th>
434                    <th>Duration</th>
435                    <th>Type</th>
436                    <th>Sampling event</th>
437                    <th>Parameters</th>
438                  </tr>
439                </thead>
440
441                <g:set var="i" value="${1}" />
442
443                <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
444                  <%
445                    // Sort events by starttime and duration
446                    events = studyInstance.events + studyInstance.samplingEvents;
447                    sortedEvents = events.sort( { a, b ->
448                          //a.startTime == b.startTime ?
449                            //a.getDuration().getValue() <=> b.getDuration().getValue() :
450                          a.startTime <=> b.startTime
451                      } as Comparator )
452                  %>
453
454                  <g:each in="${sortedEvents}" var="event" status="j">
455                    <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
456                      <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
457                        <td class="studytitle" rowspan="${sortedEvents?.size()}">
458                          ${studyInstance.title}
459                        </td>
460                      </g:if>
461                      <td>${event.getStartTimeString()}</td>
462                      <td>${((event.getClass() == 'Event') ? event.getDurationString() : '')}</td>
463                      <td>${event.template.name}</td>
464                      <td>
465                        <g:if test="${event instanceof dbnp.studycapturing.SamplingEvent}">
466                          <g:checkBox name="samplingEvent" disabled="${true}" value="${true}"/>
467                        </g:if>
468                        <g:else>
469                          <g:checkBox name="event" disabled="${true}" value="${false}" />
470                        </g:else>
471                      </td>
472                      <td>
473                        <g:set var="fieldCounter" value="${1}" />
474                        <g:each in="${event.giveTemplateFields()}" var="field">
475                          <g:if test="${event.getFieldValue(field.name)}">
476                            <g:if test="${fieldCounter > 1}">, </g:if>
477                              ${field.name} = ${event.getFieldValue( field.name )}
478                            <g:set var="fieldCounter" value="${fieldCounter + 1}" />
479                          </g:if>
480                        </g:each>
481                      </td>
482                    </tr>
483
484                    <g:set var="i" value="${i + 1}" />
485                  </g:each>
486                </g:each>
487              </table>
488
489            </noscript>
490
491          </g:else>
492        </div>
493
494        <div id="events-table">
495          <g:if test="${studyList*.eventGroups?.flatten()?.size()==0}">
496            No event groups in this study
497          </g:if>
498          <g:else>
499            <%
500              // Determine a union of the event templates for all different
501              // eventgroups in all studies, in order to show a proper list.
502              // We want every field to appear just once,
503              // so the list is filtered for unique values
504              groupTemplates = studyList*.giveAllEventTemplates()?.flatten().unique()
505            %>
506            <table>
507              <thead>
508                <tr>
509                  <g:if test="${multipleStudies}">
510                    <th></th>
511                  </g:if>
512                  <th>Name</th>
513                  <th colspan="${groupTemplates?.size()}">Events</th>
514                  <th>Subjects</th>
515                </tr>
516                <tr>
517                  <g:if test="${multipleStudies}">
518                    <th></th>
519                  </g:if>
520                  <th></th>
521                  <g:each in="${groupTemplates}" var="eventTemplate">
522                    <th>${eventTemplate.name}</th>
523                  </g:each>
524                  <th></th>
525                </tr>
526              </thead>
527
528              <g:set var="i" value="${1}" />
529
530              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
531                <%
532                  def sortedEventGroups = studyInstance.eventGroups.sort( { a, b ->
533                      return a.name <=> b.name;
534                  }  as Comparator );
535
536                  def orphans = studyInstance.getOrphanEvents();
537                  if( orphans?.size() > 0 ) {
538                    sortedEventGroups.add( new EventGroup(
539                      id: -1,
540                      name: 'No group',
541                      events: orphans,
542                      subjects: []
543                    ));
544                  }
545
546                %>
547                <g:each in="${sortedEventGroups}" var="eventGroup" status="j">
548                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
549                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
550                      <td class="studytitle" rowspan="${sortedEventGroups?.size()}">
551                        ${studyInstance.title}
552                      </td>
553                    </g:if>
554                    <td>${eventGroup.name}</td>
555
556                    <g:each in="${groupTemplates}" var="currentEventTemplate">
557                      <td>
558                        <g:each in="${eventGroup.events}" var="event">
559                          <g:if test="${event.template.name==currentEventTemplate.name}">
560
561                            <g:set var="fieldCounter" value="${1}" />
562                            <g:each in="${event.giveTemplateFields()}" var="field">
563                              <g:if test="${event.getFieldValue(field.name)}">
564                                <g:if test="${fieldCounter > 1}">, </g:if>
565                                  ${field.name} = ${event.getFieldValue( field.name )}
566                                <g:set var="fieldCounter" value="${fieldCounter + 1}" />
567                              </g:if>
568                            </g:each>
569                          </g:if>
570                        </g:each>
571                      </td>
572                    </g:each>
573                    <td>
574                      <% sortedGroupSubjects = eventGroup.subjects.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )  %>
575                      ${sortedGroupSubjects.name.join( ', ' )}
576                    </td>
577                  </tr>
578
579                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
580                </g:each>
581
582              </g:each>
583
584            </table>
585          </g:else>
586        </div>
587
588        <div id="assays">
589          <g:if test="${studyList*.assays?.flatten()?.size()==0}">
590            No assays in these studies
591          </g:if>
592          <g:else>
593            <table>
594              <thead>
595                <tr>
596                  <g:if test="${multipleStudies}">
597                    <th></th>
598                  </g:if>
599                        <th width="100">Assay Code</th>
600                  <th width="100">Assay Name</th>
601                  <th width="100">Module</th>
602                  <th width="150">Platform</th>
603                  <th>Link</th>
604                  <th>Samples</th>
605                </tr>
606              </thead>
607              <g:set var="i" value="${1}" />
608
609              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
610                <g:each in="${studyInstance.assays}" var="assay" status="j">
611                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
612                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
613                      <td class="studytitle" rowspan="${studyInstance.assays?.size()}">
614                        ${studyInstance.title}
615                      </td>
616                    </g:if>
617                          <td>${assay.token}</td>
618                    <td>${assay.name}</td>
619                    <td>${assay.module.name}</td>
620                    <td>${assay.module.platform}</td>
621                    <td><a href="${assay.module.url}/assay/${assay.externalAssayID}">view</a></td>
622                    <td>
623                      <% sortedAssaySamples = assay.samples.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )  %>
624                      ${sortedAssaySamples.name.join( ', ' )}
625                    </td>
626                  </tr>
627                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
628
629                </g:each>
630              </g:each>
631            </table>
632          </g:else>
633        </div>
634
635        <div id="samples">
636
637          <g:if test="${studyList*.samples.flatten()?.size()==0}">
638            No samples in the selected studies
639          </g:if>
640          <g:else>
641            <table>
642              <thead>
643                <tr>
644                  <g:if test="${multipleStudies}">
645                    <th></th>
646                  </g:if>
647                  <g:each in="${new dbnp.studycapturing.Sample().giveDomainFields()}" var="field">
648                    <th>${field}</th>
649                  </g:each>
650
651                  <%
652                    // Determine a union of the fields for all different
653                    // samples in all studies. In order to show a proper list.
654                    // We want every field to appear just once,
655                    // so the list is filtered for unique values
656                    sampleTemplates = studyList*.giveSampleTemplates().flatten().unique()
657
658                    if( !sampleTemplates ) {
659                      sampleTemplates = [];
660                      sampleFields = [];
661                      showSampleFields = [];
662                    } else {
663                      sampleFields = sampleTemplates*.fields.flatten().unique()
664                      if( !sampleFields ) {
665                        sampleFields = [];
666                        showSampleFields = [];
667                      } else {
668                        // Filter out all fields that are left blank for all samples
669                        allSamples = studyList*.samples.flatten()
670
671                        showSampleFields = [];
672                        sampleFields.each { sampleField ->
673                          for( sample in allSamples )
674                          {
675                            // If the field is filled for this subject, we have to
676                            // show the field and should not check any other
677                            // samples (hence the break)
678                            if( sample.fieldExists( sampleField.name ) && sample.getFieldValue( sampleField.name ) ) {
679                              showSampleFields << sampleField;
680                              break;
681                            }
682                          }
683                        }
684                      }
685                    }
686                  %>
687
688                  <g:each in="${showSampleFields}" var="field">
689                    <th>${field}</th>
690                  </g:each>
691
692                </tr>
693              </thead>
694
695              <g:set var="i" value="${1}" />
696
697              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
698                <%
699                  // Sort samples by name
700                  samples = studyInstance.samples;
701                  sortedSamples = samples.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )
702                %>
703
704                <g:each in="${sortedSamples}" var="sample" status="j">
705                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
706                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
707                      <td class="studytitle" rowspan="${sortedSamples?.size()}">
708                        ${studyInstance.title}
709                      </td>
710                    </g:if>
711                    <g:each in="${sample.giveDomainFields()}" var="field">
712                      <td>${sample.getFieldValue(field.name)}</td>
713                    </g:each>
714
715                    <g:each in="${showSampleFields}" var="field">
716                      <td>
717                        <g:if test="${sample.fieldExists(field.name)}">
718                          ${sample.getFieldValue(field.name)}
719                        </g:if>
720                        <g:else>
721                          N/A
722                        </g:else>
723                      </td>
724                    </g:each>
725
726                  </tr>
727                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
728                </g:each>
729              </g:each>
730
731            </table>
732          </g:else>
733        </div>
734
735        <div id="persons">
736          <%
737            // Determine a list of all persons
738            allPersons = studyList*.persons*.person.flatten().unique()
739          %>
740          <g:if test="${allPersons?.size()==0}">
741            No persons involved in these studies
742          </g:if>
743          <g:else>
744            <table>
745              <tr>
746                <thead>
747                  <th>Name</th>
748                  <th>Affiliations</th>
749                  <th>Phone</th>
750                  <th>Email</th>
751                  <g:if test="${multipleStudies}">
752                    <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
753                      <th>${studyInstance.title}</th>
754                    </g:each>
755                  </g:if>
756                  <g:else>
757                    <th>Role</th>
758                  </g:else>
759                </thead>
760              </tr>
761              <g:each in="${allPersons}" var="person" status="i">
762                <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
763                  <td>${person.firstName} ${person.prefix} ${person.lastName}</td>
764                  <td>
765                    ${person.affiliations.join(', ')}
766                  </td>
767                  <td>${person.phone}</td>
768                  <td>${person.email}</td>
769                  <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
770                    <%
771                      studyperson = studyInstance.persons.find { it.person == person }
772                    %>
773                    <td>
774                      <g:if test="${studyperson}">
775                        ${studyperson.role.name}
776                      </g:if>
777                     </td>
778                  </g:each>
779
780                </tr>
781              </g:each>
782            </table>
783          </g:else>
784        </div>
785
786        <div id="publications">
787          <%
788            // Determine a list of all persons
789            allPublications = studyList*.publications.flatten().unique()
790          %>
791          <g:if test="${allPublications?.size()==0}">
792            No publications attached to these studies
793          </g:if>
794          <g:else>
795            <table>
796              <tr>
797                <thead>
798                  <th>Title</th>
799                  <th>Authors</th>
800                  <th>Comments</th>
801
802                  <g:if test="${multipleStudies}">
803                    <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
804                      <th>${studyInstance.title}</th>
805                    </g:each>
806                  </g:if>
807                </thead>
808              </tr>
809              <g:each in="${allPublications}" var="publication" status="i">
810                <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
811                  <td>${publication.title}</td>
812                  <td>
813                    ${publication.authorsList}
814                  </td>
815                  <td>${publication.comments}</td>
816                  <g:if test="${multipleStudies}">
817                    <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
818                      <td>
819                        <g:if test="${publication in studyInstance.publications}">
820                          x
821                        </g:if>
822                      </td>
823                    </g:each>
824                  </g:if>
825                </tr>
826              </g:each>
827            </table>
828          </g:else>
829        </div>
830
831      </div>
832    </div>
833    <br>
834    <div class="buttons">
835      <g:form>
836        <g:if test="${studyList?.size() == 1}">
837          <g:set var="studyInstance" value="${studyList[0]}" />
838          <g:hiddenField name="id" value="${studyInstance?.id}" />
839          <span class="button"><g:link class="edit" controller="wizard" params="[jump:'edit']" id="${studyInstance?.id}">${message(code: 'default.button.edit.label', default: 'Edit')}</g:link></span>
840          <span class="button"><g:actionSubmit class="delete" action="delete" value="${message(code: 'default.button.delete.label', default: 'Delete')}" onclick="return confirm('${message(code: 'default.button.delete.confirm.message', default: 'Are you sure?')}');" /></span>
841        </g:if>
842        <span class="button"><g:link class="backToList" action="list">Back to list</g:link></span>
843      </g:form>
844    </div>
845
846  </div>
847</body>
848</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.