source: trunk/grails-app/views/study/show.gsp @ 835

Last change on this file since 835 was 835, checked in by keesvb, 12 years ago

added metabolomics assay examples, cleaned up RestController?, changed assay show link for SAM

  • Property svn:keywords set to Date Author Rev
File size: 34.2 KB
Line 
1
2<%@ page import="dbnp.studycapturing.Study" %>
3<%@ page import="dbnp.studycapturing.EventGroup" %>
4<%@ page import="dbnp.studycapturing.RelTime" %>
5<html>
6  <head>
7    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
8    <meta name="layout" content="main" />
9    <g:set var="entityName" value="${message(code: 'study.label', default: 'Study')}" />
10    <title><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></title>
11    <script type="text/javascript">
12      // Flag whether the timelines have been loaded
13      var timelineloaded = false;
14     
15      // Number of timelines that should be loaded
16      var numTimelines = ${studyList?.size()};
17     
18      // This method is called on the event body.onLoad
19      $(function() {
20              $("#tabs").tabs({
21                show: function(event, ui) {
22                  // If the events tab is shown, the timeline should be redrawn
23                  if( ui.tab.hash == '#events-timeline' && !timelineloaded ) {
24                    loadTimeline( 'eventstimeline', 'eventtitles', 0 );
25                    timelineloaded = true;
26                  }
27                }
28              });
29      });
30    </script>
31    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="${resource(dir: 'css', file: 'studies.css')}"/>
32
33    <!-- Include scripts for the SIMILE timeline. See http://simile-widgets.org/wiki/ -->
34    <script type="text/javascript">
35      Timeline_ajax_url="${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/timeline_ajax/simile-ajax-api.js')}";
36      Timeline_urlPrefix='${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/')}';
37      Timeline_parameters='bundle=true';
38    </script>
39    <script src="${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/timeline-api.js')}" type="text/javascript"></script>
40    <script src="${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/custom-timeline.js')}" type="text/javascript"></script>
41    <script src="${resource(dir: 'js', file: 'jquery-callback-1.2.js')}" type="text/javascript"></script>
42
43    <!-- Create the JSON objects for the timeline with events -->
44    <script type="text/javascript">
45         /*
46          * Creates timeline bands for displaying different timelines
47          *
48          * @returns array with BandInfo objects, as described on http://simile-widgets.org/wiki/Timeline_GettingStarted
49          */
50        function createTimelineBands( timelineNr ) {
51          var bandInfos = [];
52          var eventSources = [];
53          var overviewEventSource = new Timeline.DefaultEventSource();
54
55          // The way the timeline should look. See http://www.linuxjournal.com/article/9301
56          var theme = Timeline.ClassicTheme.create();
57          var emptyEtherPainter = new Timeline.EmptyEtherPainter( { theme: theme } )
58
59          // Now create the bands for all studies, and add them to one timeline
60          // Multiple timeline on one page do not seem to work
61          <g:set var="bandNr" value="${0}" />
62          <g:each in="${studyList}" var="study" status="timelineNr">
63              // The date that the timeline should start on
64              var dateStr = "<g:formatDate format="yyyy/MM/dd HH:mm:ss" date="${study.startDate}"/>";
65              firstDate = new Date ( dateStr );
66
67              //------------- Eventgroup overview ---------------
68
69              <g:set var="datesBandNr" value="${bandNr}" />
70              // Add an empty band to show the dates
71              bandInfos[${bandNr}] =
72                     Timeline.createBandInfo({
73                        width:          40,
74                        intervalUnit:   Timeline.DateTime.DAY,
75                        intervalPixels: 40,
76                        showEventText:  false,
77                        date:           firstDate,
78                        timeZone:       +1,
79                        layout:         'original',
80                        theme:          theme
81                     });
82              bandTitleInfo[ timelineNr ][ ${bandNr} ] = {
83                title: "${study.title}",
84                subjects: "",
85                className: "studytitle"
86              };
87
88              <g:set var="bandNr" value="${bandNr+1}" />
89              <%
90                def sortedEventGroups = study.eventGroups.sort( { a, b ->
91                    return a.name <=> b.name;
92                }  as Comparator );
93
94                def orphans = study.getOrphanEvents();
95                if( orphans?.size() > 0 ) {
96                  sortedEventGroups.add( new EventGroup(
97                    id: -1,
98                    name: 'No group',
99                    events: orphans,
100                    subjects: []
101                  ));
102                }
103
104              %>
105              <g:each in="${sortedEventGroups}" var="eventGroup" status="i">
106
107                //------------- Eventgroup ${bandNr} ---------------
108
109                // Create an eventsource for all events
110                eventSources[${bandNr}] = new Timeline.DefaultEventSource();
111
112                // Load events for this eventsource (using jquery)
113                var event_url = '${createLink(controller:'study', action:'events', id:( eventGroup.id ? eventGroup.id : -1 ), params: [ startDate: study.startDate.getTime(), study: study.id ])}';
114                $.getJSON(event_url, $.callback( _loadJSONEvents, [0, ${bandNr}, eventSources[${bandNr}], overviewEventSource, event_url] ) );
115
116                // Create a new timeline band
117                bandInfos[${bandNr}] =
118                       Timeline.createBandInfo({
119                           eventSource:    eventSources[${bandNr}],
120                           width:          30,
121                           intervalUnit:   Timeline.DateTime.DAY,
122                           intervalPixels: 40,
123                           date:           firstDate,
124                           timeZone:       +1,
125                           syncWith:       1,
126                           layout:         'original',
127                           theme:          theme
128                       });
129
130                // Make sure the date isn't printed by using the empty ether painter
131                bandInfos[${bandNr}].etherPainter = emptyEtherPainter;
132
133                // Add a title to the bandinfo
134                <%
135                  sortedGroupSubjects = eventGroup.subjects.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator );
136                  def simpleSubjects = sortedGroupSubjects.name.join( ', ' );
137
138                  // We can only show appr. 30 characters per line and as many lines as there are events
139                  def charsPerLine = 30;
140                  def numEvents = eventGroup.events?.size();
141                  def maxChars = numEvents * charsPerLine;
142
143                  // If the subjects will fit, show them all
144                  if( simpleSubjects?.size() < maxChars ) {
145                    showSubjects = simpleSubjects;
146                  } else {
147                    // Always add the first name
148                    def subjectNames = sortedGroupSubjects[0]?.name;
149
150                    // Continue adding names until the length is to long
151                    id = 0;
152                    sortedGroupSubjects.each { subject ->
153                      if( id > 0 ) {
154                        println( "ID: " + id + " - " + subjectNames?.size() + " - " + subject.name?.size() + " - " + maxChars );
155                        if( subjectNames?.size() + subject.name?.size() < maxChars - 15 ) {
156                          subjectNames += ", " + subject.name;
157                        } else {
158                          return;
159                        }
160                      }
161                      id++;
162                    }
163
164                    // Add a postfix
165                    subjectNames += " and " + ( sortedGroupSubjects?.size() - id ) + " more";
166
167                    showSubjects = subjectNames;
168                  }
169
170
171                %>
172                bandTitleInfo[ timelineNr ][ ${bandNr} ] = {
173                  title: "${eventGroup.name}",
174                  className: "<g:if test="${ eventGroup.id == -1 || !eventGroup.id  }">no_group</g:if>",
175                  subjects: "${showSubjects}"
176                };
177
178                <g:set var="bandNr" value="${bandNr+1}" />
179              </g:each>
180
181              // Synchronize all bands
182              <g:each in="${sortedEventGroups}" var="eventGroup" status="i">
183                bandInfos[${i + datesBandNr +1}].syncWith = ${datesBandNr};
184              </g:each>
185
186          </g:each>
187
188          return bandInfos;
189        }
190     </script>
191</head>
192<body>
193
194  <div class="body" id="studies">
195    <h1><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></h1>
196    <g:if test="${flash.message}">
197      <div class="message">${flash.message}</div>
198    </g:if>
199    <div class="dialog">
200      <div id="tabs">
201        <ul>
202          <li><a href="#study">Study Information</a></li>
203          <li><a href="#subjects">Subjects</a></li>
204          <li><a href="#events-timeline">Events timeline</a></li>
205          <li><a href="#events-table">Events table</a></li>
206          <li><a href="#assays">Assays</a></li>
207          <li><a href="#samples">Samples</a></li>
208          <li><a href="#persons">Persons</a></li>
209          <li><a href="#publications">Publications</a></li>
210        </ul>
211
212        <div id="study">
213          <table>
214            <!-- only show the head section if there are multiple studies -->
215            <g:if test="${multipleStudies}">
216              <thead>
217                <tr>
218                  <th></th>
219                  <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
220                    <th>${studyInstance.title}</th>
221                  </g:each>
222                </tr>
223              </thead>
224            </g:if>
225            <%
226              // Determine a union of the fields from all studies, in order
227              // to show a proper list. We want every field to appear just once,
228              // so the list is filtered for unique values
229              studyFields = studyList[0].giveDomainFields() + studyList*.giveTemplateFields()?.flatten().unique()
230            %>
231            <!-- Show all template and domain fields, if filled -->
232            <g:each in="${studyFields}" var="field">
233              <%
234                // If a value is not set for any of the selected studies, the
235                // field should not appear in the list
236                showField = true in studyList.collect { it.fieldExists( field.name ) && it.getFieldValue( field.name ) != null }?.flatten()
237              %>
238              <g:if test="${showField}">
239                <tr>
240                  <td>${field}</td>
241                  <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
242                    <td>${studyInstance.getFieldValue(field.name)}</td>
243                  </g:each>
244                </tr>
245              </g:if>
246            </g:each>
247
248            <!-- Add some extra fields -->
249            <tr>
250              <td>Events</td>
251              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
252                <td>
253                  <g:if test="${studyInstance.giveEventTemplates()?.size()==0}">
254                    -
255                  </g:if>
256                  <g:else>
257                   ${studyInstance.giveEventTemplates().name.join(", ")}
258                  </g:else>
259                </td>
260              </g:each>
261            </tr>
262            <tr>
263              <td>Sampling events</td>
264              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
265                <td>
266                  <g:if test="${studyInstance.giveSamplingEventTemplates()?.size()==0}">
267                    -
268                  </g:if>
269                  <g:else>
270                   ${studyInstance.giveSamplingEventTemplates().name.join(", ")}
271                  </g:else>
272                </td>
273              </g:each>
274            </tr>
275                          <tr>
276                                <td>Owner</td>
277                                <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
278                                  <td>
279                                        <g:if test="${studyInstance.owner}">
280                                                <g:link controller="user" action="show" id="${studyInstance.owner.id}">${studyInstance.owner?.encodeAsHTML()}</g:link>
281                                        </g:if>
282                                        <g:else>
283                                         -
284                                        </g:else>
285                                  </td>
286                                </g:each>
287                          </tr>
288            <tr>
289              <td>Readers</td>
290              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
291                <td>
292                  <g:if test="${studyInstance.readers?.size()==0}">
293                    -
294                  </g:if>
295                  <g:else>
296                    <g:each in="${studyInstance.readers}" var="r" status="i">
297                      <g:if test="${i > 0}">, </g:if>
298                      <g:link controller="user" action="show" id="${r.id}">${r?.encodeAsHTML()}</g:link>
299                    </g:each>
300                  </g:else>
301                </td>
302              </g:each>
303            </tr>
304            <tr>
305              <td>Editors</td>
306              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
307                <td>
308                  <g:if test="${studyInstance.editors?.size()==0}">
309                    -
310                  </g:if>
311                  <g:else>
312                    <g:each in="${studyInstance.editors}" var="r" status="i">
313                      <g:if test="${i > 0}">, </g:if>
314                      <g:link controller="user" action="show" id="${r.id}">${r?.encodeAsHTML()}</g:link>
315                    </g:each>
316                  </g:else>
317                </td>
318              </g:each>
319            </tr>
320
321          </table>
322        </div>
323
324        <div id="subjects">
325
326          <g:if test="${studyList*.subjects?.flatten()?.size()==0}">
327            No subjects in the selected studies
328          </g:if>
329          <g:else>
330            <table>
331              <thead>
332                <tr>
333                  <g:if test="${multipleStudies}">
334                    <th></th>
335                  </g:if>
336                  <g:each in="${new dbnp.studycapturing.Subject().giveDomainFields()}" var="field">
337                    <th>${field}</th>
338                  </g:each>
339
340                  <%
341                    // Determine a union of the fields for all different
342                    // subjects in all studies. In order to show a proper list.
343                    // We want every field to appear just once,
344                    // so the list is filtered for unique values
345                    subjectTemplates = studyList*.giveSubjectTemplates()?.flatten().unique()
346                    if( !subjectTemplates ) {
347                      subjectTemplates = [];
348                      subjectFields = [];
349                    } else {
350                      subjectFields = subjectTemplates*.fields?.flatten().unique()
351                      if( !subjectFields ) {
352                        subjectFields = [];
353                      }
354                    }
355
356                    /*
357                     * These lines are rewritten because
358                     * performance sucked
359                     *
360                     *   // These took about 9 seconds (for 31 subjects and
361                     *   allSubjects = studyList*.subjects?.flatten()
362                     *
363                     *   subjectFields = subjectFields.findAll { subjectField ->
364                     *     ( true in allSubjects.collect { subject -> subject.fieldExists( subjectField.name ) && subject.getFieldValue( subjectField.name ) != null }.flatten() )
365                     *   }
366                     */
367
368                    // Filter out all fields that are left blank for all subjects
369                    allSubjects = studyList*.subjects?.flatten()
370
371                    showSubjectFields = []
372                    subjectFields.each { subjectField ->
373                      for( subject in allSubjects )
374                      {
375                        // If the field is filled for this subject, we have to
376                        // show the field and should not check any other
377                        // subjects (hence the break)
378                        if( subject.fieldExists( subjectField.name ) && subject.getFieldValue( subjectField.name ) ) {
379                          showSubjectFields << subjectField;
380                          break;
381                        }
382                      }
383                    }
384                  %>
385
386                  <g:each in="${showSubjectFields}" var="field">
387                    <th>${field}</th>
388                  </g:each>
389
390                </tr>
391              </thead>
392
393              <g:set var="i" value="${1}" />
394
395              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
396                <%
397                  // Sort subjects by name
398                  subjects = studyInstance.subjects;
399                  sortedSubjects = subjects.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )
400                %>
401
402                <g:each in="${sortedSubjects}" var="subject" status="j">
403                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
404                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
405                      <td class="studytitle" rowspan="${sortedSubjects?.size()}">
406                        ${studyInstance.title}
407                      </td>
408                    </g:if>
409                    <g:each in="${subject.giveDomainFields()}" var="field">
410                      <td>${subject.getFieldValue(field.name)}</td>
411                    </g:each>
412                 
413                    <g:each in="${showSubjectFields}" var="field">
414                      <td>
415                        <g:if test="${subject.fieldExists(field.name)}">
416                          ${subject.getFieldValue(field.name)}
417                        </g:if>
418                        <g:else>
419                          N/A
420                        </g:else>
421                      </td>
422                    </g:each>
423
424                  </tr>
425                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
426                </g:each>
427              </g:each>
428            </table>
429          </g:else>
430        </div>
431
432        <div id="events-timeline">
433          <g:if test="${studyList*.events?.flatten()?.size()==0 && studyInstance*.samplingEvents?.flatten()?.size()==0 }">
434            No events in these studies
435          </g:if>
436          <g:else>
437            <g:each in="${studyList}" var="study" status="i">
438              <div style="margin: 10px; ">
439                <div class="eventtitles" id="eventtitles-${i}"></div>
440                <div class="eventstimeline" id="eventstimeline-${i}"></div>
441              </div>
442            </g:each>
443            <noscript>
444              <table>
445                <thead>
446                  <tr>
447                    <g:if test="${multipleStudies}">
448                      <th></th>
449                    </g:if>
450                    <th>Start time</th>
451                    <th>Duration</th>
452                    <th>Type</th>
453                    <th>Sampling event</th>
454                    <th>Parameters</th>
455                  </tr>
456                </thead>
457
458                <g:set var="i" value="${1}" />
459
460                <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
461                  <%
462                    // Sort events by starttime and duration
463                    events = studyInstance.events + studyInstance.samplingEvents;
464                    sortedEvents = events.sort( { a, b ->
465                          //a.startTime == b.startTime ?
466                            //a.getDuration().getValue() <=> b.getDuration().getValue() :
467                          a.startTime <=> b.startTime
468                      } as Comparator )
469                  %>
470
471                  <g:each in="${sortedEvents}" var="event" status="j">
472                    <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
473                      <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
474                        <td class="studytitle" rowspan="${sortedEvents?.size()}">
475                          ${studyInstance.title}
476                        </td>
477                      </g:if>
478                      <td>${event.getStartTimeString()}</td>
479                      <td>${((event.getClass() == 'Event') ? event.getDurationString() : '')}</td>
480                      <td>${event.template.name}</td>
481                      <td>
482                        <g:if test="${event instanceof dbnp.studycapturing.SamplingEvent}">
483                          <g:checkBox name="samplingEvent" disabled="${true}" value="${true}"/>
484                        </g:if>
485                        <g:else>
486                          <g:checkBox name="event" disabled="${true}" value="${false}" />
487                        </g:else>
488                      </td>
489                      <td>
490                        <g:set var="fieldCounter" value="${1}" />
491                        <g:each in="${event.giveTemplateFields()}" var="field">
492                          <g:if test="${event.getFieldValue(field.name)}">
493                            <g:if test="${fieldCounter > 1}">, </g:if>
494                              ${field.name} = ${event.getFieldValue( field.name )}
495                            <g:set var="fieldCounter" value="${fieldCounter + 1}" />
496                          </g:if>
497                        </g:each>
498                      </td>
499                    </tr>
500
501                    <g:set var="i" value="${i + 1}" />
502                  </g:each>
503                </g:each>
504              </table>
505
506            </noscript>
507
508          </g:else>
509        </div>
510
511        <div id="events-table">
512          <g:if test="${studyList*.eventGroups?.flatten()?.size()==0}">
513            No event groups in this study
514          </g:if>
515          <g:else>
516            <%
517              // Determine a union of the event templates for all different
518              // eventgroups in all studies, in order to show a proper list.
519              // We want every field to appear just once,
520              // so the list is filtered for unique values
521              groupTemplates = studyList*.giveAllEventTemplates()?.flatten().unique()
522            %>
523            <table>
524              <thead>
525                <tr>
526                  <g:if test="${multipleStudies}">
527                    <th></th>
528                  </g:if>
529                  <th>Name</th>
530                  <th colspan="${groupTemplates?.size()}">Events</th>
531                  <th>Subjects</th>
532                </tr>
533                <tr>
534                  <g:if test="${multipleStudies}">
535                    <th></th>
536                  </g:if>
537                  <th></th>
538                  <g:each in="${groupTemplates}" var="eventTemplate">
539                    <th>${eventTemplate.name}</th>
540                  </g:each>
541                  <th></th>
542                </tr>
543              </thead>
544
545              <g:set var="i" value="${1}" />
546
547              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
548                <%
549                  def sortedEventGroups = studyInstance.eventGroups.sort( { a, b ->
550                      return a.name <=> b.name;
551                  }  as Comparator );
552
553                  def orphans = studyInstance.getOrphanEvents();
554                  if( orphans?.size() > 0 ) {
555                    sortedEventGroups.add( new EventGroup(
556                      id: -1,
557                      name: 'No group',
558                      events: orphans,
559                      subjects: []
560                    ));
561                  }
562
563                %>
564                <g:each in="${sortedEventGroups}" var="eventGroup" status="j">
565                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
566                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
567                      <td class="studytitle" rowspan="${sortedEventGroups?.size()}">
568                        ${studyInstance.title}
569                      </td>
570                    </g:if>
571                    <td>${eventGroup.name}</td>
572
573                    <g:each in="${groupTemplates}" var="currentEventTemplate">
574                      <td>
575                        <g:each in="${eventGroup.events}" var="event">
576                          <g:if test="${event.template.name==currentEventTemplate.name}">
577
578                            <g:set var="fieldCounter" value="${1}" />
579                            <g:each in="${event.giveTemplateFields()}" var="field">
580                              <g:if test="${event.getFieldValue(field.name)}">
581                                <g:if test="${fieldCounter > 1}">, </g:if>
582                                  ${field.name} = ${event.getFieldValue( field.name )}
583                                <g:set var="fieldCounter" value="${fieldCounter + 1}" />
584                              </g:if>
585                            </g:each>
586                          </g:if>
587                        </g:each>
588                      </td>
589                    </g:each>
590                    <td>
591                      <% sortedGroupSubjects = eventGroup.subjects.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )  %>
592                      ${sortedGroupSubjects.name.join( ', ' )}
593                    </td>
594                  </tr>
595
596                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
597                </g:each>
598
599              </g:each>
600
601            </table>
602          </g:else>
603        </div>
604
605        <div id="assays">
606          <g:if test="${studyList*.assays?.flatten()?.size()==0}">
607            No assays in these studies
608          </g:if>
609          <g:else>
610            <table>
611              <thead>
612                <tr>
613                  <g:if test="${multipleStudies}">
614                    <th></th>
615                  </g:if>
616                  <th width="100">Assay Name</th>
617                  <th width="100">Module</th>
618                  <th width="150">Platform</th>
619                  <th>Link</th>
620                  <th>Samples</th>
621                </tr>
622              </thead>
623              <g:set var="i" value="${1}" />
624
625              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
626                <g:each in="${studyInstance.assays}" var="assay" status="j">
627                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
628                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
629                      <td class="studytitle" rowspan="${studyInstance.assays?.size()}">
630                        ${studyInstance.title}
631                      </td>
632                    </g:if>
633                    <td>${assay.name}</td>
634                    <td>${assay.module.name}</td>
635                    <td>${assay.module.platform}</td>
636                    <td><a href="${dbnp.rest.common.CommunicationManager.getAssayShowURL(assay.externalAssayID)}">view</a></td>
637                    <td>
638                      <% sortedAssaySamples = assay.samples.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )  %>
639                      ${sortedAssaySamples.name.join( ', ' )}
640                    </td>
641                  </tr>
642                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
643
644                </g:each>
645              </g:each>
646            </table>
647          </g:else>
648        </div>
649
650        <div id="samples">
651
652          <g:if test="${studyList*.samples.flatten()?.size()==0}">
653            No samples in the selected studies
654          </g:if>
655          <g:else>
656            <table>
657              <thead>
658                <tr>
659                  <g:if test="${multipleStudies}">
660                    <th></th>
661                  </g:if>
662                  <g:each in="${new dbnp.studycapturing.Sample().giveDomainFields()}" var="field">
663                    <th>${field}</th>
664                  </g:each>
665
666                  <%
667                    // Determine a union of the fields for all different
668                    // samples in all studies. In order to show a proper list.
669                    // We want every field to appear just once,
670                    // so the list is filtered for unique values
671                    sampleTemplates = studyList*.giveSampleTemplates().flatten().unique()
672
673                    if( !sampleTemplates ) {
674                      sampleTemplates = [];
675                      sampleFields = [];
676                      showSampleFields = [];
677                    } else {
678                      sampleFields = sampleTemplates*.fields.flatten().unique()
679                      if( !sampleFields ) {
680                        sampleFields = [];
681                        showSampleFields = [];
682                      } else {
683                        // Filter out all fields that are left blank for all samples
684                        allSamples = studyList*.samples.flatten()
685
686                        showSampleFields = [];
687                        sampleFields.each { sampleField ->
688                          for( sample in allSamples )
689                          {
690                            // If the field is filled for this subject, we have to
691                            // show the field and should not check any other
692                            // samples (hence the break)
693                            if( sample.fieldExists( sampleField.name ) && sample.getFieldValue( sampleField.name ) ) {
694                              showSampleFields << sampleField;
695                              break;
696                            }
697                          }
698                        }
699                      }
700                    }
701                  %>
702
703                  <g:each in="${showSampleFields}" var="field">
704                    <th>${field}</th>
705                  </g:each>
706
707                </tr>
708              </thead>
709
710              <g:set var="i" value="${1}" />
711
712              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
713                <%
714                  // Sort samples by name
715                  samples = studyInstance.samples;
716                  sortedSamples = samples.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )
717                %>
718
719                <g:each in="${sortedSamples}" var="sample" status="j">
720                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
721                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
722                      <td class="studytitle" rowspan="${sortedSamples?.size()}">
723                        ${studyInstance.title}
724                      </td>
725                    </g:if>
726                    <g:each in="${sample.giveDomainFields()}" var="field">
727                      <td>${sample.getFieldValue(field.name)}</td>
728                    </g:each>
729
730                    <g:each in="${showSampleFields}" var="field">
731                      <td>
732                        <g:if test="${sample.fieldExists(field.name)}">
733                          ${sample.getFieldValue(field.name)}
734                        </g:if>
735                        <g:else>
736                          N/A
737                        </g:else>
738                      </td>
739                    </g:each>
740
741                  </tr>
742                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
743                </g:each>
744              </g:each>
745
746            </table>
747          </g:else>
748        </div>
749
750        <div id="persons">
751          <%
752            // Determine a list of all persons
753            allPersons = studyList*.persons*.person.flatten().unique()
754          %>
755          <g:if test="${allPersons?.size()==0}">
756            No persons involved in these studies
757          </g:if>
758          <g:else>
759            <table>
760              <tr>
761                <thead>
762                  <th>Name</th>
763                  <th>Affiliations</th>
764                  <th>Phone</th>
765                  <th>Email</th>
766                  <g:if test="${multipleStudies}">
767                    <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
768                      <th>${studyInstance.title}</th>
769                    </g:each>
770                  </g:if>
771                  <g:else>
772                    <th>Role</th>
773                  </g:else>
774                </thead>
775              </tr>
776              <g:each in="${allPersons}" var="person" status="i">
777                <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
778                  <td>${person.firstName} ${person.prefix} ${person.lastName}</td>
779                  <td>
780                    ${person.affiliations.join(', ')}
781                  </td>
782                  <td>${person.phone}</td>
783                  <td>${person.email}</td>
784                  <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
785                    <%
786                      studyperson = studyInstance.persons.find { it.person == person }
787                    %>
788                    <td>
789                      <g:if test="${studyperson}">
790                        ${studyperson.role.name}
791                      </g:if>
792                     </td>
793                  </g:each>
794
795                </tr>
796              </g:each>
797            </table>
798          </g:else>
799        </div>
800
801        <div id="publications">
802          <%
803            // Determine a list of all persons
804            allPublications = studyList*.publications.flatten().unique()
805          %>
806          <g:if test="${allPublications?.size()==0}">
807            No publications attached to these studies
808          </g:if>
809          <g:else>
810            <table>
811              <tr>
812                <thead>
813                  <th>Title</th>
814                  <th>Authors</th>
815                  <th>Comments</th>
816
817                  <g:if test="${multipleStudies}">
818                    <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
819                      <th>${studyInstance.title}</th>
820                    </g:each>
821                  </g:if>
822                </thead>
823              </tr>
824              <g:each in="${allPublications}" var="publication" status="i">
825                <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
826                  <td>${publication.title}</td>
827                  <td>
828                    ${publication.authorsList}
829                  </td>
830                  <td>${publication.comments}</td>
831                  <g:if test="${multipleStudies}">
832                    <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
833                      <td>
834                        <g:if test="${publication in studyInstance.publications}">
835                          x
836                        </g:if>
837                      </td>
838                    </g:each>
839                  </g:if>
840                </tr>
841              </g:each>
842            </table>
843          </g:else>
844        </div>
845
846      </div>
847    </div>
848    <br>
849    <div class="buttons">
850      <g:form>
851        <g:if test="${studyList?.size() == 1}">
852          <g:set var="studyInstance" value="${studyList[0]}" />
853          <g:hiddenField name="id" value="${studyInstance?.id}" />
854          <span class="button"><g:link class="edit" controller="wizard" params="[jump:'edit']" id="${studyInstance?.id}">${message(code: 'default.button.edit.label', default: 'Edit')}</g:link></span>
855          <span class="button"><g:actionSubmit class="delete" action="delete" value="${message(code: 'default.button.delete.label', default: 'Delete')}" onclick="return confirm('${message(code: 'default.button.delete.confirm.message', default: 'Are you sure?')}');" /></span>
856        </g:if>
857        <span class="button"><g:link class="backToList" action="list">Back to list</g:link></span>
858      </g:form>
859    </div>
860
861  </div>
862</body>
863</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.