root/trunk/grails-app/views/study/show.gsp @ 805

Revision 805, 33.9 KB (checked in by duh, 4 years ago)

- fixed study show page
- worked on eventgroup deletion, note that this DOES NOT WORK at this moment, all samples remain in the database! This should be FIXED!

  • Property svn:keywords set to Date Author Rev
Line 
1
2<%@ page import="dbnp.studycapturing.Study" %>
3<%@ page import="dbnp.studycapturing.EventGroup" %>
4<%@ page import="dbnp.studycapturing.RelTime" %>
5<html>
6  <head>
7    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
8    <meta name="layout" content="main" />
9    <g:set var="entityName" value="${message(code: 'study.label', default: 'Study')}" />
10    <title><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></title>
11    <script type="text/javascript">
12      // Flag whether the timelines have been loaded
13      var timelineloaded = false;
14     
15      // Number of timelines that should be loaded
16      var numTimelines = ${studyList?.size()};
17     
18      // This method is called on the event body.onLoad
19      $(function() {
20              $("#tabs").tabs({
21                show: function(event, ui) {
22                  // If the events tab is shown, the timeline should be redrawn
23                  if( ui.tab.hash == '#events-timeline' && !timelineloaded ) {
24                    loadTimeline( 'eventstimeline', 'eventtitles', 0 );
25                    timelineloaded = true;
26                  }
27                }
28              });
29      });
30    </script>
31    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="${resource(dir: 'css', file: 'studies.css')}"/>
32
33    <!-- Include scripts for the SIMILE timeline. See http://simile-widgets.org/wiki/ -->
34    <script type="text/javascript">
35      Timeline_ajax_url="${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/timeline_ajax/simile-ajax-api.js')}";
36      Timeline_urlPrefix='${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/')}';
37      Timeline_parameters='bundle=true';
38    </script>
39    <script src="${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/timeline-api.js')}" type="text/javascript"></script>
40    <script src="${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/custom-timeline.js')}" type="text/javascript"></script>
41    <script src="${resource(dir: 'js', file: 'jquery-callback-1.2.js')}" type="text/javascript"></script>
42
43    <!-- Create the JSON objects for the timeline with events -->
44    <script type="text/javascript">
45         /*
46          * Creates timeline bands for displaying different timelines
47          *
48          * @returns array with BandInfo objects, as described on http://simile-widgets.org/wiki/Timeline_GettingStarted
49          */
50        function createTimelineBands( timelineNr ) {
51          var bandInfos = [];
52          var eventSources = [];
53          var overviewEventSource = new Timeline.DefaultEventSource();
54
55          // The way the timeline should look. See http://www.linuxjournal.com/article/9301
56          var theme = Timeline.ClassicTheme.create();
57          var emptyEtherPainter = new Timeline.EmptyEtherPainter( { theme: theme } )
58
59          // Now create the bands for all studies, and add them to one timeline
60          // Multiple timeline on one page do not seem to work
61          <g:set var="bandNr" value="${0}" />
62          <g:each in="${studyList}" var="study" status="timelineNr">
63              // The date that the timeline should start on
64              var dateStr = "<g:formatDate format="yyyy/MM/dd HH:mm:ss" date="${study.startDate}"/>";
65              firstDate = new Date ( dateStr );
66
67              //------------- Eventgroup overview ---------------
68
69              <g:set var="datesBandNr" value="${bandNr}" />
70              // Add an empty band to show the dates
71              bandInfos[${bandNr}] =
72                     Timeline.createBandInfo({
73                        width:          40,
74                        intervalUnit:   Timeline.DateTime.DAY,
75                        intervalPixels: 40,
76                        showEventText:  false,
77                        date:           firstDate,
78                        timeZone:       +1,
79                        layout:         'original',
80                        theme:          theme
81                     });
82              bandTitleInfo[ timelineNr ][ ${bandNr} ] = {
83                title: "${study.title}",
84                subjects: "",
85                className: "studytitle"
86              };
87
88              <g:set var="bandNr" value="${bandNr+1}" />
89              <%
90                def sortedEventGroups = study.eventGroups.sort( { a, b ->
91                    return a.name <=> b.name;
92                }  as Comparator );
93
94                def orphans = study.getOrphanEvents();
95                if( orphans?.size() > 0 ) {
96                  sortedEventGroups.add( new EventGroup(
97                    id: -1,
98                    name: 'No group',
99                    events: orphans,
100                    subjects: []
101                  ));
102                }
103
104              %>
105              <g:each in="${sortedEventGroups}" var="eventGroup" status="i">
106
107                //------------- Eventgroup ${bandNr} ---------------
108
109                // Create an eventsource for all events
110                eventSources[${bandNr}] = new Timeline.DefaultEventSource();
111
112                // Load events for this eventsource (using jquery)
113                var event_url = '${createLink(controller:'study', action:'events', id:( eventGroup.id ? eventGroup.id : -1 ), params: [ startDate: study.startDate.getTime(), study: study.id ])}';
114                $.getJSON(event_url, $.callback( _loadJSONEvents, [0, ${bandNr}, eventSources[${bandNr}], overviewEventSource, event_url] ) );
115
116                // Create a new timeline band
117                bandInfos[${bandNr}] =
118                       Timeline.createBandInfo({
119                           eventSource:    eventSources[${bandNr}],
120                           width:          30,
121                           intervalUnit:   Timeline.DateTime.DAY,
122                           intervalPixels: 40,
123                           date:           firstDate,
124                           timeZone:       +1,
125                           syncWith:       1,
126                           layout:         'original',
127                           theme:          theme
128                       });
129
130                // Make sure the date isn't printed by using the empty ether painter
131                bandInfos[${bandNr}].etherPainter = emptyEtherPainter;
132
133                // Add a title to the bandinfo
134                <%
135                  sortedGroupSubjects = eventGroup.subjects.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator );
136                  def simpleSubjects = sortedGroupSubjects.name.join( ', ' );
137
138                  // We can only show appr. 30 characters per line and as many lines as there are events
139                  def charsPerLine = 30;
140                  def numEvents = eventGroup.events?.size();
141                  def maxChars = numEvents * charsPerLine;
142
143                  // If the subjects will fit, show them all
144                  if( simpleSubjects?.size() < maxChars ) {
145                    showSubjects = simpleSubjects;
146                  } else {
147                    // Always add the first name
148                    def subjectNames = sortedGroupSubjects[0]?.name;
149
150                    // Continue adding names until the length is to long
151                    id = 0;
152                    sortedGroupSubjects.each { subject ->
153                      if( id > 0 ) {
154                        println( "ID: " + id + " - " + subjectNames?.size() + " - " + subject.name?.size() + " - " + maxChars );
155                        if( subjectNames?.size() + subject.name?.size() < maxChars - 15 ) {
156                          subjectNames += ", " + subject.name;
157                        } else {
158                          return;
159                        }
160                      }
161                      id++;
162                    }
163
164                    // Add a postfix
165                    subjectNames += " and " + ( sortedGroupSubjects?.size() - id ) + " more";
166
167                    showSubjects = subjectNames;
168                  }
169
170
171                %>
172                bandTitleInfo[ timelineNr ][ ${bandNr} ] = {
173                  title: "${eventGroup.name}",
174                  className: "<g:if test="${ eventGroup.id == -1 || !eventGroup.id  }">no_group</g:if>",
175                  subjects: "${showSubjects}"
176                };
177
178                <g:set var="bandNr" value="${bandNr+1}" />
179              </g:each>
180
181              // Synchronize all bands
182              <g:each in="${sortedEventGroups}" var="eventGroup" status="i">
183                bandInfos[${i + datesBandNr +1}].syncWith = ${datesBandNr};
184              </g:each>
185
186          </g:each>
187
188          return bandInfos;
189        }
190     </script>
191</head>
192<body>
193
194  <div class="body" id="studies">
195    <h1><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></h1>
196    <g:if test="${flash.message}">
197      <div class="message">${flash.message}</div>
198    </g:if>
199    <div class="dialog">
200      <div id="tabs">
201        <ul>
202          <li><a href="#study">Study Information</a></li>
203          <li><a href="#subjects">Subjects</a></li>
204          <li><a href="#events-timeline">Events timeline</a></li>
205          <li><a href="#events-table">Events table</a></li>
206          <li><a href="#assays">Assays</a></li>
207          <li><a href="#samples">Samples</a></li>
208          <li><a href="#persons">Persons</a></li>
209          <li><a href="#publications">Publications</a></li>
210        </ul>
211
212        <div id="study">
213          <table>
214            <!-- only show the head section if there are multiple studies -->
215            <g:if test="${multipleStudies}">
216              <thead>
217                <tr>
218                  <th></th>
219                  <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
220                    <th>${studyInstance.title}</th>
221                  </g:each>
222                </tr>
223              </thead>
224            </g:if>
225            <%
226              // Determine a union of the fields from all studies, in order
227              // to show a proper list. We want every field to appear just once,
228              // so the list is filtered for unique values
229              studyFields = studyList[0].giveDomainFields() + studyList*.giveTemplateFields()?.flatten().unique()
230            %>
231            <!-- Show all template and domain fields, if filled -->
232            <g:each in="${studyFields}" var="field">
233              <%
234                // If a value is not set for any of the selected studies, the
235                // field should not appear in the list
236                showField = true in studyList.collect { it.fieldExists( field.name ) && it.getFieldValue( field.name ) != null }?.flatten()
237              %>
238              <g:if test="${showField}">
239                <tr>
240                  <td>${field}</td>
241                  <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
242                    <td>${studyInstance.getFieldValue(field.name)}</td>
243                  </g:each>
244                </tr>
245              </g:if>
246            </g:each>
247
248            <!-- Add some extra fields -->
249            <tr>
250              <td>Events</td>
251              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
252                <td>
253                  <g:if test="${studyInstance.giveEventTemplates()?.size()==0}">
254                    -
255                  </g:if>
256                  <g:else>
257                   ${studyInstance.giveEventTemplates().name.join(", ")}
258                  </g:else>
259                </td>
260              </g:each>
261            </tr>
262            <tr>
263              <td>Sampling events</td>
264              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
265                <td>
266                  <g:if test="${studyInstance.giveSamplingEventTemplates()?.size()==0}">
267                    -
268                  </g:if>
269                  <g:else>
270                   ${studyInstance.giveSamplingEventTemplates().name.join(", ")}
271                  </g:else>
272                </td>
273              </g:each>
274            </tr>
275            <tr>
276              <td>Readers</td>
277              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
278                <td>
279                  <g:if test="${studyInstance.readers?.size()==0}">
280                    -
281                  </g:if>
282                  <g:else>
283                    <g:each in="${studyInstance.readers}" var="r" status="i">
284                      <g:if test="${i > 0}">, </g:if>
285                      <g:link controller="user" action="show" id="${r.id}">${r?.encodeAsHTML()}</g:link>
286                    </g:each>
287                  </g:else>
288                </td>
289              </g:each>
290            </tr>
291            <tr>
292              <td>Editors</td>
293              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
294                <td>
295                  <g:if test="${studyInstance.editors?.size()==0}">
296                    -
297                  </g:if>
298                  <g:else>
299                    <g:each in="${studyInstance.editors}" var="r" status="i">
300                      <g:if test="${i > 0}">, </g:if>
301                      <g:link controller="user" action="show" id="${r.id}">${r?.encodeAsHTML()}</g:link>
302                    </g:each>
303                  </g:else>
304                </td>
305              </g:each>
306            </tr>
307
308          </table>
309        </div>
310
311        <div id="subjects">
312
313          <g:if test="${studyList*.subjects?.flatten()?.size()==0}">
314            No subjects in the selected studies
315          </g:if>
316          <g:else>
317            <table>
318              <thead>
319                <tr>
320                  <g:if test="${multipleStudies}">
321                    <th></th>
322                  </g:if>
323                  <g:each in="${new dbnp.studycapturing.Subject().giveDomainFields()}" var="field">
324                    <th>${field}</th>
325                  </g:each>
326
327                  <%
328                    // Determine a union of the fields for all different
329                    // subjects in all studies. In order to show a proper list.
330                    // We want every field to appear just once,
331                    // so the list is filtered for unique values
332                    subjectTemplates = studyList*.giveSubjectTemplates()?.flatten().unique()
333                    if( !subjectTemplates ) {
334                      subjectTemplates = [];
335                      subjectFields = [];
336                    } else {
337                      subjectFields = subjectTemplates*.fields?.flatten().unique()
338                      if( !subjectFields ) {
339                        subjectFields = [];
340                      }
341                    }
342
343                    /*
344                     * These lines are rewritten because
345                     * performance sucked
346                     *
347                     *   // These took about 9 seconds (for 31 subjects and
348                     *   allSubjects = studyList*.subjects?.flatten()
349                     *
350                     *   subjectFields = subjectFields.findAll { subjectField ->
351                     *     ( true in allSubjects.collect { subject -> subject.fieldExists( subjectField.name ) && subject.getFieldValue( subjectField.name ) != null }.flatten() )
352                     *   }
353                     */
354
355                    // Filter out all fields that are left blank for all subjects
356                    allSubjects = studyList*.subjects?.flatten()
357
358                    showSubjectFields = []
359                    subjectFields.each { subjectField ->
360                      for( subject in allSubjects )
361                      {
362                        // If the field is filled for this subject, we have to
363                        // show the field and should not check any other
364                        // subjects (hence the break)
365                        if( subject.fieldExists( subjectField.name ) && subject.getFieldValue( subjectField.name ) ) {
366                          showSubjectFields << subjectField;
367                          break;
368                        }
369                      }
370                    }
371                  %>
372
373                  <g:each in="${showSubjectFields}" var="field">
374                    <th>${field}</th>
375                  </g:each>
376
377                </tr>
378              </thead>
379
380              <g:set var="i" value="${1}" />
381
382              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
383                <%
384                  // Sort subjects by name
385                  subjects = studyInstance.subjects;
386                  sortedSubjects = subjects.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )
387                %>
388
389                <g:each in="${sortedSubjects}" var="subject" status="j">
390                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
391                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
392                      <td class="studytitle" rowspan="${sortedSubjects?.size()}">
393                        ${studyInstance.title}
394                      </td>
395                    </g:if>
396                    <g:each in="${subject.giveDomainFields()}" var="field">
397                      <td>${subject.getFieldValue(field.name)}</td>
398                    </g:each>
399                 
400                    <g:each in="${showSubjectFields}" var="field">
401                      <td>
402                        <g:if test="${subject.fieldExists(field.name)}">
403                          ${subject.getFieldValue(field.name)}
404                        </g:if>
405                        <g:else>
406                          N/A
407                        </g:else>
408                      </td>
409                    </g:each>
410
411                  </tr>
412                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
413                </g:each>
414              </g:each>
415            </table>
416          </g:else>
417        </div>
418
419        <div id="events-timeline">
420          <g:if test="${studyList*.events?.flatten()?.size()==0 && studyInstance*.samplingEvents?.flatten()?.size()==0 }">
421            No events in these studies
422          </g:if>
423          <g:else>
424            <g:each in="${studyList}" var="study" status="i">
425              <div style="margin: 10px; ">
426                <div class="eventtitles" id="eventtitles-${i}"></div>
427                <div class="eventstimeline" id="eventstimeline-${i}"></div>
428              </div>
429            </g:each>
430            <noscript>
431              <table>
432                <thead>
433                  <tr>
434                    <g:if test="${multipleStudies}">
435                      <th></th>
436                    </g:if>
437                    <th>Start time</th>
438                    <th>Duration</th>
439                    <th>Type</th>
440                    <th>Sampling event</th>
441                    <th>Parameters</th>
442                  </tr>
443                </thead>
444
445                <g:set var="i" value="${1}" />
446
447                <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
448                  <%
449                    // Sort events by starttime and duration
450                    events = studyInstance.events + studyInstance.samplingEvents;
451                    sortedEvents = events.sort( { a, b ->
452                          //a.startTime == b.startTime ?
453                            //a.getDuration().getValue() <=> b.getDuration().getValue() :
454                          a.startTime <=> b.startTime
455                      } as Comparator )
456                  %>
457
458                  <g:each in="${sortedEvents}" var="event" status="j">
459                    <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
460                      <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
461                        <td class="studytitle" rowspan="${sortedEvents?.size()}">
462                          ${studyInstance.title}
463                        </td>
464                      </g:if>
465                      <td>${event.getStartTimeString()}</td>
466                      <td>${((event.getClass() == 'Event') ? event.getDurationString() : '')}</td>
467                      <td>${event.template.name}</td>
468                      <td>
469                        <g:if test="${event instanceof dbnp.studycapturing.SamplingEvent}">
470                          <g:checkBox name="samplingEvent" disabled="${true}" value="${true}"/>
471                        </g:if>
472                        <g:else>
473                          <g:checkBox name="event" disabled="${true}" value="${false}" />
474                        </g:else>
475                      </td>
476                      <td>
477                        <g:set var="fieldCounter" value="${1}" />
478                        <g:each in="${event.giveTemplateFields()}" var="field">
479                          <g:if test="${event.getFieldValue(field.name)}">
480                            <g:if test="${fieldCounter > 1}">, </g:if>
481                              ${field.name} = ${event.getFieldValue( field.name )}
482                            <g:set var="fieldCounter" value="${fieldCounter + 1}" />
483                          </g:if>
484                        </g:each>
485                      </td>
486                    </tr>
487
488                    <g:set var="i" value="${i + 1}" />
489                  </g:each>
490                </g:each>
491              </table>
492
493            </noscript>
494
495          </g:else>
496        </div>
497
498        <div id="events-table">
499          <g:if test="${studyList*.eventGroups?.flatten()?.size()==0}">
500            No event groups in this study
501          </g:if>
502          <g:else>
503            <%
504              // Determine a union of the event templates for all different
505              // eventgroups in all studies, in order to show a proper list.
506              // We want every field to appear just once,
507              // so the list is filtered for unique values
508              groupTemplates = studyList*.giveAllEventTemplates()?.flatten().unique()
509            %>
510            <table>
511              <thead>
512                <tr>
513                  <g:if test="${multipleStudies}">
514                    <th></th>
515                  </g:if>
516                  <th>Name</th>
517                  <th colspan="${groupTemplates?.size()}">Events</th>
518                  <th>Subjects</th>
519                </tr>
520                <tr>
521                  <g:if test="${multipleStudies}">
522                    <th></th>
523                  </g:if>
524                  <th></th>
525                  <g:each in="${groupTemplates}" var="eventTemplate">
526                    <th>${eventTemplate.name}</th>
527                  </g:each>
528                  <th></th>
529                </tr>
530              </thead>
531
532              <g:set var="i" value="${1}" />
533
534              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
535                <%
536                  def sortedEventGroups = studyInstance.eventGroups.sort( { a, b ->
537                      return a.name <=> b.name;
538                  }  as Comparator );
539
540                  def orphans = studyInstance.getOrphanEvents();
541                  if( orphans?.size() > 0 ) {
542                    sortedEventGroups.add( new EventGroup(
543                      id: -1,
544                      name: 'No group',
545                      events: orphans,
546                      subjects: []
547                    ));
548                  }
549
550                %>
551                <g:each in="${sortedEventGroups}" var="eventGroup" status="j">
552                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
553                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
554                      <td class="studytitle" rowspan="${sortedEventGroups?.size()}">
555                        ${studyInstance.title}
556                      </td>
557                    </g:if>
558                    <td>${eventGroup.name}</td>
559
560                    <g:each in="${groupTemplates}" var="currentEventTemplate">
561                      <td>
562                        <g:each in="${eventGroup.events}" var="event">
563                          <g:if test="${event.template.name==currentEventTemplate.name}">
564
565                            <g:set var="fieldCounter" value="${1}" />
566                            <g:each in="${event.giveTemplateFields()}" var="field">
567                              <g:if test="${event.getFieldValue(field.name)}">
568                                <g:if test="${fieldCounter > 1}">, </g:if>
569                                  ${field.name} = ${event.getFieldValue( field.name )}
570                                <g:set var="fieldCounter" value="${fieldCounter + 1}" />
571                              </g:if>
572                            </g:each>
573                          </g:if>
574                        </g:each>
575                      </td>
576                    </g:each>
577                    <td>
578                      <% sortedGroupSubjects = eventGroup.subjects.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )  %>
579                      ${sortedGroupSubjects.name.join( ', ' )}
580                    </td>
581                  </tr>
582
583                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
584                </g:each>
585
586              </g:each>
587
588            </table>
589          </g:else>
590        </div>
591
592        <div id="assays">
593          <g:if test="${studyList*.assays?.flatten()?.size()==0}">
594            No assays in these studies
595          </g:if>
596          <g:else>
597            <table>
598              <thead>
599                <tr>
600                  <g:if test="${multipleStudies}">
601                    <th></th>
602                  </g:if>
603                  <th width="100">Assay Name</th>
604                  <th width="100">Module</th>
605                  <th>Type</th>
606                  <th width="150">Platform</th>
607                  <th>Url</th>
608                  <th>Samples</th>
609                </tr>
610              </thead>
611              <g:set var="i" value="${1}" />
612
613              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
614                <g:each in="${studyInstance.assays}" var="assay" status="j">
615                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
616                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
617                      <td class="studytitle" rowspan="${studyInstance.assays?.size()}">
618                        ${studyInstance.title}
619                      </td>
620                    </g:if>
621                    <td>${assay.name}</td>
622                    <td>${assay.module.name}</td>
623                    <td>${assay.module.type}</td>
624                    <td>${assay.module.platform}</td>
625                    <td>${assay.module.url}</td>
626                    <td>
627                      <% sortedAssaySamples = assay.samples.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )  %>
628                      ${sortedAssaySamples.name.join( ', ' )}
629                    </td>
630                  </tr>
631                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
632
633                </g:each>
634              </g:each>
635            </table>
636          </g:else>
637        </div>
638
639        <div id="samples">
640
641          <g:if test="${studyList*.samples.flatten()?.size()==0}">
642            No samples in the selected studies
643          </g:if>
644          <g:else>
645            <table>
646              <thead>
647                <tr>
648                  <g:if test="${multipleStudies}">
649                    <th></th>
650                  </g:if>
651                  <g:each in="${new dbnp.studycapturing.Sample().giveDomainFields()}" var="field">
652                    <th>${field}</th>
653                  </g:each>
654
655                  <%
656                    // Determine a union of the fields for all different
657                    // samples in all studies. In order to show a proper list.
658                    // We want every field to appear just once,
659                    // so the list is filtered for unique values
660                    sampleTemplates = studyList*.giveSampleTemplates().flatten().unique()
661
662                    if( !sampleTemplates ) {
663                      sampleTemplates = [];
664                      sampleFields = [];
665                      showSampleFields = [];
666                    } else {
667                      sampleFields = sampleTemplates*.fields.flatten().unique()
668                      if( !sampleFields ) {
669                        sampleFields = [];
670                        showSampleFields = [];
671                      } else {
672                        // Filter out all fields that are left blank for all samples
673                        allSamples = studyList*.samples.flatten()
674
675                        showSampleFields = [];
676                        sampleFields.each { sampleField ->
677                          for( sample in allSamples )
678                          {
679                            // If the field is filled for this subject, we have to
680                            // show the field and should not check any other
681                            // samples (hence the break)
682                            if( sample.fieldExists( sampleField.name ) && sample.getFieldValue( sampleField.name ) ) {
683                              showSampleFields << sampleField;
684                              break;
685                            }
686                          }
687                        }
688                      }
689                    }
690                  %>
691
692                  <g:each in="${showSampleFields}" var="field">
693                    <th>${field}</th>
694                  </g:each>
695
696                </tr>
697              </thead>
698
699              <g:set var="i" value="${1}" />
700
701              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
702                <%
703                  // Sort samples by name
704                  samples = studyInstance.samples;
705                  sortedSamples = samples.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )
706                %>
707
708                <g:each in="${sortedSamples}" var="sample" status="j">
709                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
710                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
711                      <td class="studytitle" rowspan="${sortedSamples?.size()}">
712                        ${studyInstance.title}
713                      </td>
714                    </g:if>
715                    <g:each in="${sample.giveDomainFields()}" var="field">
716                      <td>${sample.getFieldValue(field.name)}</td>
717                    </g:each>
718
719                    <g:each in="${showSampleFields}" var="field">
720                      <td>
721                        <g:if test="${sample.fieldExists(field.name)}">
722                          ${sample.getFieldValue(field.name)}
723                        </g:if>
724                        <g:else>
725                          N/A
726                        </g:else>
727                      </td>
728                    </g:each>
729
730                  </tr>
731                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
732                </g:each>
733              </g:each>
734
735            </table>
736          </g:else>
737        </div>
738
739        <div id="persons">
740          <%
741            // Determine a list of all persons
742            allPersons = studyList*.persons*.person.flatten().unique()
743          %>
744          <g:if test="${allPersons?.size()==0}">
745            No persons involved in these studies
746          </g:if>
747          <g:else>
748            <table>
749              <tr>
750                <thead>
751                  <th>Name</th>
752                  <th>Affiliations</th>
753                  <th>Phone</th>
754                  <th>Email</th>
755                  <g:if test="${multipleStudies}">
756                    <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
757                      <th>${studyInstance.title}</th>
758                    </g:each>
759                  </g:if>
760                  <g:else>
761                    <th>Role</th>
762                  </g:else>
763                </thead>
764              </tr>
765              <g:each in="${allPersons}" var="person" status="i">
766                <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
767                  <td>${person.firstName} ${person.prefix} ${person.lastName}</td>
768                  <td>
769                    ${person.affiliations.join(', ')}
770                  </td>
771                  <td>${person.phone}</td>
772                  <td>${person.email}</td>
773                  <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
774                    <%
775                      studyperson = studyInstance.persons.find { it.person == person }
776                    %>
777                    <td>
778                      <g:if test="${studyperson}">
779                        ${studyperson.role.name}
780                      </g:if>
781                     </td>
782                  </g:each>
783
784                </tr>
785              </g:each>
786            </table>
787          </g:else>
788        </div>
789
790        <div id="publications">
791          <%
792            // Determine a list of all persons
793            allPublications = studyList*.publications.flatten().unique()
794          %>
795          <g:if test="${allPublications?.size()==0}">
796            No publications attached to these studies
797          </g:if>
798          <g:else>
799            <table>
800              <tr>
801                <thead>
802                  <th>Title</th>
803                  <th>Authors</th>
804                  <th>Comments</th>
805
806                  <g:if test="${multipleStudies}">
807                    <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
808                      <th>${studyInstance.title}</th>
809                    </g:each>
810                  </g:if>
811                </thead>
812              </tr>
813              <g:each in="${allPublications}" var="publication" status="i">
814                <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
815                  <td>${publication.title}</td>
816                  <td>
817                    ${publication.authorsList}
818                  </td>
819                  <td>${publication.comments}</td>
820                  <g:if test="${multipleStudies}">
821                    <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
822                      <td>
823                        <g:if test="${publication in studyInstance.publications}">
824                          x
825                        </g:if>
826                      </td>
827                    </g:each>
828                  </g:if>
829                </tr>
830              </g:each>
831            </table>
832          </g:else>
833        </div>
834
835      </div>
836    </div>
837    <br>
838    <div class="buttons">
839      <g:form>
840        <g:if test="${studyList?.size() == 1}">
841          <g:set var="studyInstance" value="${studyList[0]}" />
842          <g:hiddenField name="id" value="${studyInstance?.id}" />
843          <span class="button"><g:link class="edit" controller="wizard" params="[jump:'edit']" id="${studyInstance?.id}">${message(code: 'default.button.edit.label', default: 'Edit')}</g:link></span>
844          <span class="button"><g:actionSubmit class="delete" action="delete" value="${message(code: 'default.button.delete.label', default: 'Delete')}" onclick="return confirm('${message(code: 'default.button.delete.confirm.message', default: 'Are you sure?')}');" /></span>
845        </g:if>
846        <span class="button"><g:link class="backToList" action="list">Back to list</g:link></span>
847      </g:form>
848    </div>
849
850  </div>
851</body>
852</html>
Note: See TracBrowser for help on using the browser.