source: trunk/grails-app/views/study/show.gsp @ 359

Last change on this file since 359 was 359, checked in by duh, 11 years ago
  • set keyword expansion
  • Property svn:keywords set to Date Author Rev
File size: 14.0 KB
Line 
1
2<%@ page import="dbnp.studycapturing.Study" %>
3<html>
4  <head>
5    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
6    <meta name="layout" content="main" />
7  <g:set var="entityName" value="${message(code: 'study.label', default: 'Study')}" />
8  <title><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></title>
9  <script type="text/javascript">
10    $(function() {
11            $("#tabs").tabs();
12    });
13  </script>
14
15</head>
16<body>
17
18  <div class="nav">
19    <span class="menuButton"><a class="home" href="${createLink(uri: '/')}">Home</a></span>
20    <span class="menuButton"><g:link class="list" action="list"><g:message code="default.list.label" args="[entityName]" /></g:link></span>
21    <span class="menuButton"><g:link class="create" action="create"><g:message code="default.new.label" args="[entityName]" /></g:link></span>
22  </div>
23
24  <div class="body">
25    <h1><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></h1>
26    <g:if test="${flash.message}">
27      <div class="message">${flash.message}</div>
28    </g:if>
29    <div class="dialog">
30
31<% protocolList = dbnp.studycapturing.Protocol.list() %>
32<% def study_eventsDescription = [] %>
33<% study_eventsDescription = studyInstance.events.eventDescription.unique() %>
34<% study_eventsDescription.addAll(studyInstance.samplingEvents.eventDescription.unique()) %>
35<% def study_events = [] %>
36<% study_events = studyInstance.events.unique() %>
37<% study_events.addAll(studyInstance.samplingEvents.unique()) %>
38
39      <div id="tabs">
40        <ul>
41          <li><a href="#study">Study Information</a></li>
42          <li><a href="#subjects">Subjects</a></li>
43          <li><a href="#groups">Groups</a></li>
44          <li><a href="#protocols">Protocols</a></li>
45          <li><a href="#events">Events</a></li>
46          <li><a href="#event-description">Event Description</a></li>
47          <li><a href="#event-group">Event Groups</a></li>
48          <li><a href="#assays">Assays</a></li>
49        </ul>
50
51        <div id="study">
52
53          <b> Id </b>: ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "id")} <br>
54          <b>Template </b>:<g:link controller="template" action="show" id="${studyInstance?.template?.id}">${studyInstance?.template?.encodeAsHTML()}</g:link><br>
55          <b> Start </b>:<g:formatDate date="${studyInstance?.startDate}" /> <br>
56          <b> Events </b>:
57            <g:if test="${studyInstance.events.eventDescription.size()==0}">
58              -
59            </g:if>
60            <g:else>
61            ${studyInstance.events.eventDescription.unique().toString().replaceAll("]"," ").
62          substring(1,studyInstance.events.eventDescription.unique().toString().size())}
63            </g:else>
64          <br>
65          <b>Sampling Events </b>:
66            <g:if test="${studyInstance.samplingEvents.eventDescription.size()==0}">
67             -
68            </g:if>
69            <g:else>
70             ${studyInstance.samplingEvents.eventDescription.unique().toString().replaceAll("]"," ").
71                 substring(1,studyInstance.samplingEvents.eventDescription.unique().toString().size())}
72            </g:else>
73          <br>
74          <b>Last Updated </b>:<g:formatDate date="${studyInstance?.lastUpdated}" /><br>
75          <b>Readers </b>:
76
77          <g:if test="${studyInstance.readers.size()==0}">
78            -
79          </g:if>
80          <g:else>
81            <ul>
82              <g:each in="${studyInstance.readers}" var="r">
83                <li><g:link controller="user" action="show" id="${r.id}">${r?.encodeAsHTML()}</g:link></li>
84              </g:each>
85            </ul>
86          </g:else>
87          <br>
88          <b>Code </b>: ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "code")} <br>
89          <b>Editors </b>:
90          <g:if test="${studyInstance.editors.size()==0}">
91            -
92          </g:if>
93          <g:else>
94            <ul>
95              <g:each in="${studyInstance.editors}" var="e">
96                <li><g:link controller="user" action="show" id="${e.id}">${e?.encodeAsHTML()}</g:link></li>
97              </g:each>
98            </ul>
99          </g:else>
100          <br>
101          <b>EC Code </b>: ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "ecCode")} <br>
102          <b>Research Question </b>: ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "researchQuestion")} <br>
103          <b>Title </b>: ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "title")} <br>
104          <b>Description </b>: ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "description")} <br>
105          <b>Owner </b>:<g:link controller="user" action="show" id="${studyInstance?.owner?.id}">${studyInstance?.owner?.encodeAsHTML()}</g:link> <br>
106          <b>Date Created </b>:<g:formatDate date="${studyInstance?.dateCreated}" /> <br>
107        </div>
108
109        <div id="subjects">
110          <g:each in="${studyInstance.giveSubjectTemplates()}" var="template">
111            <table>
112              <tr>
113                <td><b>Id </b></td>
114                <td><b>Species</b></td>
115                <td><b>Name</b></td>
116              <g:each in="${template.fields}" var="g">
117                <td><b>
118                    <g:link controller="templateField" action="show" id="${g.id}">
119${g}</b></td>
120                </g:link>
121              </g:each>
122              </tr>
123
124              <g:each in="${studyInstance.subjects.findAll {it.template == template}}" var="s">
125                <tr>
126                  <td><g:link controller="subject" action="show" id="${s.id}">${s.id}</g:link></td>
127                <td>${s.species}</td>
128                <td>${s.name}</td>
129                <g:each in="${template.fields}" var="g">
130                  <td>
131<% print s.getFieldValue(g.toString())  %>
132                  </td>
133                </g:each>
134                </tr>
135              </g:each>
136
137            </table>
138
139          </g:each>
140        </div>
141
142        <div id="groups">
143          <g:if test="${studyInstance.groups.size()==0}">
144            No groups in this study
145          </g:if>
146          <g:else>
147            <g:each in="${studyInstance.groups}" var="g">
148${g.name}
149            </g:each>
150          </g:else>
151        </div>
152
153        <div id="protocols">
154<% def protocol_list = [] %>
155<% protocol_list= studyInstance.events.eventDescription.protocol.unique() %>
156          <g:if test="${protocol_list.size()==0}">
157            No protocols in this study
158          </g:if>
159          <g:else>
160            <table>
161            <tr>
162              <td><b>Id </b></td>
163              <td><b>Name</b></td>
164              <td><b>Parameters</b></td>
165              <td><b>Reference</b></td>
166            </tr>
167            <g:each in="${protocol_list}" var="protocol">
168              <tr>
169              <td><g:link controller="protocol" action="show" id="${protocol.id}">${protocol.id}</g:link></td>
170              <td>${protocol.name}</td>
171              <td>
172              <g:each in="${protocol.parameters}" var="p">
173                  <g:link controller="protocolParameter" action="show" id="${p.id}">${p.name}</g:link>
174              </g:each>
175              </td>
176              <td>${protocol.reference}</td>
177              </tr>
178
179            </g:each>
180          </table>
181          </g:else>
182        </div>
183
184        <div id="events">
185          <g:if test="${study_events.size()==0}">
186           No events in this study
187          </g:if>
188          <g:else>
189          <table>
190            <tr>
191              <td><b>Subject</b></td>
192              <td><b>Start Time</b></td>
193              <td><b>Duration</b></td>
194              <td><b>Event Description</b></td>
195              <td><b>Sampling Event</b></td>
196              <td><b>Parameters</b></td>
197            </tr>
198            <g:each in="${study_events}" var="e">
199              <tr>
200                <td>-</td>
201                <td>${e.getPrettyDuration(studyInstance.startDate,e.startTime)}</td>
202                <td>${e.getPrettyDuration()}</td>
203                <td><g:link controller="event" action="show" id="${e.id}">  ${e.eventDescription.name}</g:link></td>
204              <td>
205              <g:if test="${e instanceof dbnp.studycapturing.SamplingEvent}">
206                <g:checkBox name="samplingEvent" disabled="${true}" value="${true}"/>
207              </g:if>
208              <g:else>
209                <g:checkBox name="event" disabled="${true}" value="${false}"/>
210              </g:else>
211              </td>
212              <td>
213             <g:if test="${e.parameterStringValues.size()>0}">
214<% def stringValues = e.parameterStringValues.toString().replaceAll("}"," ") %>
215<% print stringValues.substring(1,stringValues.size()) %>
216              </g:if>
217              <g:elseif test="${e.parameterIntegerValues.size()>0}">
218<% def integerValues = e.parameterInteger.toString().replaceAll("}"," ") %>
219<% print integerValues.substring(1,integerValues.size()) %>
220              </g:elseif>
221              <g:elseif test="${e.parameterFloatValues.size()>0}">
222<% def floatValues = e.parameterFloatValues.toString().replaceAll("}"," ") %>
223<% print floatValues.substring(1,floatValues.size()) %>
224              </g:elseif>
225              </td>
226              </tr>
227            </g:each>
228          </table>
229          </g:else>
230        </div>
231
232        <div id="event-description">
233          <g:if test="${study_eventsDescription.size()==0}">
234            No events description in this study
235          </g:if>
236          <g:else>
237            <table>
238            <tr>
239              <td><b>Event Name</b></td>
240              <td><b>Parameters </b></td>
241            </tr>
242            <tr>
243              <td><b></b></td>
244              <td><b>Name</b></td>
245              <td><b>Description</b></td>
246              <td><b>Unit</b></td>
247              <td><b>Reference</b></td>
248              <td><b>Options</b></td>
249              <td><b>Type</b></td>
250           </tr>
251            <g:each in="${study_eventsDescription}" var="e">
252                <tr>
253                  <td>${e.name} </td>
254                <g:each in="${e.protocol.parameters}" var="p">
255                  <td>${p.name}</td>
256                  <td>${p.description}</td>
257                  <td>${p.unit}</td>
258                  <td>${p.reference}</td>
259                  <g:if test="${(p.listEntries.size()==0)}" >
260                    <td>-</td>
261                  </g:if>
262                  <g:else>
263                    <td>${p.listEntries.toString().replaceAll("]"," ").substring(1,p.listEntries.toString().size())}</td>
264                  </g:else>
265                  <td>${p.type}</td>
266                  </tr>
267                </g:each>
268            </g:each>
269          </table>
270
271          <g:form controller="eventDescription" action="create">
272            <INPUT TYPE=submit name=submit Value="New Event Description">
273          </g:form>
274</g:else>
275        </div>
276
277        <div id="event-group">
278          <g:if test="${studyInstance.eventGroups.size()==0}">
279            No event groups in this study
280          </g:if>
281          <g:else>
282          <table>
283            <tr>
284              <td><b>Name</b></td>
285              <td colspan="${study_eventsDescription.size()}"><b>Events</b></td>
286              <td><b>Subjects</b></td>
287            </tr>
288            <tr>
289              <td></td>
290                <g:each in="${study_eventsDescription}" var="list">
291              <td>
292                  <b>${list}</b>
293          </td>
294                </g:each>
295          </tr>
296            <g:each in="${studyInstance.eventGroups}" var="eventGroup">
297            <tr>
298              <td>${eventGroup.name}</td>
299
300                <g:each in="${study_eventsDescription}" var="des">
301                  <td>
302              <g:each in="${eventGroup.events}" var="e">
303                 <g:if test="${e.eventDescription==des}">
304                   <g:if test="${e.parameterStringValues.size()>0}">
305<% def stringValues = e.parameterStringValues.toString().replaceAll("}"," ") %>
306<% print stringValues.substring(1,stringValues.size()) %>
307              </g:if>
308              <g:elseif test="${e.parameterIntegerValues.size()>0}">
309<% def integerValues = e.parameterInteger.toString().replaceAll("}"," ") %>
310<% print integerValues.substring(1,integerValues.size()) %>
311              </g:elseif>
312              <g:elseif test="${e.parameterFloatValues.size()>0}">
313<% def floatValues = e.parameterFloatValues.toString().replaceAll("}"," ") %>
314<% print floatValues.substring(1,floatValues.size()) %>
315              </g:elseif>
316                 </g:if>
317                </g:each>
318                 </td>
319              </g:each>
320
321              <td>${eventGroup.subjects.name.toString().replaceAll("]"," ").
322    substring(1,eventGroup.subjects.name.toString().size())}</td>
323          </tr>
324            </g:each>
325          </table>
326          </g:else>
327        </div>
328
329        <div id="assays">
330          <g:if test="${studyInstance.assays.size()==0}">
331            No assays in this study
332          </g:if>
333          <g:else>
334            <table>
335              <tr>
336                <td width="100"><b>Assay Name</b></td>
337                <td width="100"><b>Module</b></td>
338                <td><b>Type</b></td>
339                <td width="150"><b>Platform</b></td>
340                <td><b>Url</b></td>
341                <td><b>Samples</b></td>
342              </tr>
343              <g:each in="${studyInstance.assays}" var="assay">
344                <tr>
345                  <td>${assay.name}</td>
346                  <td>${assay.module.name}</td>
347                  <td>${assay.module.type}</td>
348                  <td>${assay.module.platform}</td>
349                  <td>${assay.module.url}</td>
350                  <td>
351                <g:each in="${assay.samples}" var="assaySample">
352${assaySample.name}<br>
353                </g:each>
354                </td>
355                </tr>
356              </g:each>
357
358            </table>
359          </g:else>
360        </div>
361
362      </div>
363    </div>
364    <br>
365    <div class="buttons">
366      <g:form>
367        <g:hiddenField name="id" value="${studyInstance?.id}" />
368        <span class="button"><g:actionSubmit class="edit" action="edit" value="${message(code: 'default.button.edit.label', default: 'Edit')}" /></span>
369        <span class="button"><g:actionSubmit class="delete" action="delete" value="${message(code: 'default.button.delete.label', default: 'Delete')}" onclick="return confirm('${message(code: 'default.button.delete.confirm.message', default: 'Are you sure?')}');" /></span>
370      </g:form>
371    </div>
372  </div>
373</body>
374</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.