source: trunk/grails-app/views/study/show.gsp @ 211

Last change on this file since 211 was 211, checked in by ademcan, 7 years ago

Study List and Study Overview with Events, eventDescripiton, assays and samples
File size: 11.9 KB
Line 
1
2<%@ page import="dbnp.studycapturing.Study" %>
3<html>
4  <head>
5    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
6    <meta name="layout" content="main" />
7  <g:set var="entityName" value="${message(code: 'study.label', default: 'Study')}" />
8  <title><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></title>
9      <script type="text/javascript">
10        $(function() {
11                $("#accordion").accordion();
12        });
13      </script>
14
15</head>
16<body>
17
18<div class="nav">
19  <span class="menuButton"><a class="home" href="${createLink(uri: '/')}">Home</a></span>
20  <span class="menuButton"><g:link class="list" action="list"><g:message code="default.list.label" args="[entityName]" /></g:link></span>
21  <span class="menuButton"><g:link class="create" action="create"><g:message code="default.new.label" args="[entityName]" /></g:link></span>
22</div>
23
24<div class="body">
25  <h1><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></h1>
26  <g:if test="${flash.message}">
27    <div class="message">${flash.message}</div>
28  </g:if>
29  <div class="dialog">
30
31    <% protocolList = dbnp.studycapturing.Protocol.list() %>
32
33    <div id="accordion">
34      <a href="#"> Study Information </a>
35       
36       <div><b> Id </b>: ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "id")} <br>
37         <b>Template </b>:<g:link controller="template" action="show" id="${studyInstance?.template?.id}">${studyInstance?.template?.encodeAsHTML()}</g:link><br>
38         <b> Start </b>:<g:formatDate date="${studyInstance?.startDate}" /> <br>
39         <b> Events </b>:
40         <% def eventList = [] %>
41
42          <g:each in="${studyInstance.events}" var="s">
43            <%  eventList.add(s.eventDescription) %>
44          </g:each>
45
46         <g:if test="${eventList.size()==0}">
47          -
48         </g:if>
49
50         <g:else>
51           <% def sampEvent = eventList.get(0).name %>
52           ${sampEvent}
53         <g:each in="${eventList}" var="samplingEvent">
54           <g:if test="${(samplingEvent.name!=sampEvent)}">
55            ${samplingEvent.name}
56         </g:if>
57          </g:each>
58         </g:else>
59           <br>
60
61
62         <b>Sampling Events </b>:
63           <% def tmpList = [] %>
64
65          <g:each in="${studyInstance.samplingEvents}" var="s">
66            <%  tmpList.add(s.eventDescription) %>
67          </g:each>
68
69         <g:if test="${tmpList.size()==0}">
70          -
71         </g:if>
72
73         <g:else>
74           <% def sampEvent = tmpList.get(0).name %>
75           ${sampEvent}
76         <g:each in="${tmpList}" var="samplingEvent">
77           <g:if test="${(samplingEvent.name!=sampEvent)}">
78            ${samplingEvent.name}
79         </g:if>
80          </g:each>
81         </g:else>
82           <br>
83        <b>Last Updated </b>:<g:formatDate date="${studyInstance?.lastUpdated}" /><br>
84        <b>Readers </b>:
85
86        <g:if test="${studyInstance.readers.size()==0}">
87          -
88        </g:if>
89        <g:else>
90        <ul>
91          <g:each in="${studyInstance.readers}" var="r">
92            <li><g:link controller="user" action="show" id="${r.id}">${r?.encodeAsHTML()}</g:link></li>
93          </g:each>
94        </ul>
95        </g:else>
96          <br>
97        <b>Code </b>: ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "code")} <br>
98        <b>Editors </b>:
99          <g:if test="${studyInstance.editors.size()==0}">
100          -
101        </g:if>
102        <g:else>
103        <ul>
104          <g:each in="${studyInstance.editors}" var="e">
105            <li><g:link controller="user" action="show" id="${e.id}">${e?.encodeAsHTML()}</g:link></li>
106          </g:each>
107        </ul>
108        </g:else>
109          <br>
110        <b>EC Code </b>: ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "ecCode")} <br>
111        <b>Research Question </b>: ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "researchQuestion")} <br>
112        <b>Title </b>: ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "title")} <br>
113        <b>Description </b>: ${fieldValue(bean: studyInstance, field: "description")} <br>
114        <b>Owner </b>:<g:link controller="user" action="show" id="${studyInstance?.owner?.id}">${studyInstance?.owner?.encodeAsHTML()}</g:link> <br>
115        <b>Date Created </b>:<g:formatDate date="${studyInstance?.dateCreated}" /> <br>
116       </div>
117
118      <a href="#"> Subjects </a><div>
119        <table>
120          <tr>
121            <td><b>Id </b></td>
122            <td><b>Species</b></td>
123            <td><b>Name</b></td>
124          <g:each in="${studyInstance.template.subjectFields}" var="g">
125            <td><b>
126              <g:link controller="templateSubjectField" action="show" id="${g.id}">
127              ${g}</b></td>
128            </g:link>
129          </g:each>
130          </tr>
131
132          <g:each in="${studyInstance.subjects}" var="s">
133            <tr>
134              <td><g:link controller="subject" action="show" id="${s.id}">${s.id}</g:link></td>
135              <td>${s.species}</td>
136              <td>${s.name}</td>
137
138                <g:each in="${studyInstance.template.subjectFields}" var="g">
139               <td>
140              <% if (g.type==dbnp.studycapturing.TemplateFieldType.INTEGER){ %>
141                  <% print s.templateIntegerFields.get(g.toString())  %>
142              <% } %>
143               <% if (g.type==dbnp.studycapturing.TemplateFieldType.STRINGLIST){ %>
144                <% print s.templateStringFields.get(g.toString())  %>
145              <% } %>
146             <% if (g.type==dbnp.studycapturing.TemplateFieldType.FLOAT){ %>
147                <% print s.templateFloatFields.get(g.toString())  %>
148              <% } %>
149
150            </td>
151          </g:each>
152          </tr>
153          </g:each>
154          </table>
155      </div>
156
157       <a href="#"> Groups </a> <div>
158         <g:if test="${studyInstance.groups.size()==0}">
159           No groups in this study
160         </g:if>
161         <g:else>
162          <g:each in="${studyInstance.groups}" var="g">
163            ${g.name}
164          </g:each>
165         </g:else>
166         </div>
167
168       <a href="#"> Protocols </a><div>
169             <table>
170          <tr>
171            <td><b>Id </b></td>
172            <td><b>Name</b></td>
173            <td><b>Parameters</b></td>
174            <td><b>Reference</b></td>
175          </tr>
176          <g:each in="${dbnp.studycapturing .Protocol.list()}" var="s">
177           
178            <% if  ((studyInstance.events.eventDescription.protocol.contains(s))||
179              (studyInstance.samplingEvents.eventDescription.protocol.contains(s))) { %>
180           
181            <tr>
182              <td><g:link controller="protocol" action="show" id="${s.id}">${s.id}</g:link></td>
183          <td>${s.name}</td>
184          <td>
185          <g:each in="${s.parameters}" var="p"><ul><li>
186            <g:link controller="protocolParameter" action="show" id="${p.id}">${p.name}</g:link>
187            </li></ul>
188          </g:each>
189          </td>
190          <td>${s.reference}</td>
191          </tr>
192 <%  } %>
193
194          </g:each>
195             </table>
196       </div>
197
198      <a href="#"> Events </a><div>
199          <table>
200          <tr>
201           
202            <td><b>Subject</b></td>
203            <td><b>Start Time</b></td>
204            <td><b>Duration</b></td>
205            <td><b>Event Description</b></td>
206            <td><b>Sampling Event</b></td>
207            <td><b>Parameters</b></td>
208          </tr>
209          <g:each in="${studyInstance.events}" var="e">
210            <tr>
211          <td><g:link controller="event" action="edit" id="${e.id}">${e.subject.id}</g:link></td>
212          <td>${e.getPrettyDuration(studyInstance.startDate,e.startTime)}</td>
213          <td>${e.getPrettyDuration()}</td>
214           <td><g:link controller="event" action="show" id="${e.id}">  ${e.eventDescription.name}</g:link></td>
215            <td><g:checkBox name="event" disabled="${true}" value="${false}"/></td>
216          <td>${e.eventDescription.protocol.parameters.name}</td>
217          </tr>
218          </g:each>
219
220          <g:each in="${studyInstance.samplingEvents}" var="e">
221            <tr>
222          <td><g:link controller="event" action="edit" id="${e.id}">${e.subject.id}</g:link></td>
223          <td>${e.getPrettyDuration(studyInstance.startDate,e.startTime)}</td>
224          <td>${e.getPrettyDuration()}</td>
225           <td><g:link controller="event" action="show" id="${e.id}">  ${e.eventDescription.name}</g:link></td>
226            <td><g:checkBox name="samplingEvent" disabled="${true}" value="${true}"/>
227            </td>
228          <td>${e.eventDescription.protocol.parameters.name}</td>
229          </tr>
230          </g:each>
231
232          </table>
233      </div>
234
235      <a href="#"> Event Description </a><div>
236          <table>
237          <tr>
238
239            <td><b>Event Name</b></td>
240            <td><b>Parameters </b></td>
241          </tr>
242          <tr>
243            <td><b></b></td>
244            <td><b>Name</b></td>
245            <td><b>Description</b></td>
246            <td><b>Unit</b></td>
247            <td><b>Reference</b></td>
248            <td><b>Options</b></td>
249            <td><b>Type</b></td>
250          </tr>
251          <g:each in="${dbnp.studycapturing.EventDescription.list()}" var="e">
252          <g:if test="${(studyInstance.events.eventDescription.contains(e))}" >
253            <tr>
254              <td>${e.name} </td></tr><tr>
255            <g:each in="${e.protocol.parameters}" var="p">
256              <td></td>
257          <td>${p.name}</td>
258          <td>${p.description}</td>
259          <td>${p.unit}</td>
260          <td>${p.reference}</td>
261          <g:if test="${(p.listEntries.size()==0)}" >
262          <td>-</td>
263            </g:if>
264          <g:else>
265          <td>${p.listEntries}</td>
266          </g:else>
267          <td>${p.type}</td>
268            </tr>
269            </g:each>
270            </g:if>
271            </g:each>
272
273           <g:each in="${dbnp.studycapturing.EventDescription.list()}" var="e">
274          <g:if test="${(studyInstance.samplingEvents.eventDescription.contains(e))}" >
275            <tr>
276              <td>${e.name} </td></tr><tr>
277            <g:each in="${e.protocol.parameters}" var="p">
278              <td></td>
279          <td>${p.name}</td>
280          <td>${p.description}</td>
281          <td>${p.unit}</td>
282          <td>${p.reference}</td>
283          <g:if test="${(p.listEntries.size()==0)}" >
284          <td>-</td>
285            </g:if>
286          <g:else>
287          <td>${p.listEntries}</td>
288          </g:else>
289          <td>${p.type}</td>
290            </tr>
291            </g:each>
292            </g:if>
293            </g:each>
294
295          </table>
296
297        <g:form controller="eventDescription" action="create">
298         <INPUT TYPE=submit name=submit Value="New Event Description">
299    </g:form>
300
301      </div>
302
303      <a href="#"> Assays </a><div>
304        <g:if test="${studyInstance.assays.size()==0}">
305          No assays in this study
306        </g:if>
307        <g:else>
308          <table>
309            <tr>
310              <td width="100"><b>Assay Name</b></td>
311              <td width="100"><b>Module</b></td>
312              <td><b>Type</b></td>
313              <td width="150"><b>Platform</b></td>
314              <td><b>Url</b></td>
315              <td><b>Samples</b></td>
316            </tr>
317          <g:each in="${studyInstance.assays}" var="assay">
318            <tr>
319            <td>${assay.name}</td>
320            <td>${assay.module.name}</td>
321            <td>${assay.module.type}</td>
322            <td>${assay.module.platform}</td>
323            <td>${assay.module.url}</td>
324            <td>
325              <g:each in="${assay.samples}" var="assaySample">
326                ${assaySample.name}<br>
327              </g:each>
328            </td>
329            </tr>
330          </g:each>
331
332          </table>
333        </g:else>
334      </div>
335
336  </div>
337    </div>
338  <br>
339  <div class="buttons">
340    <g:form>
341      <g:hiddenField name="id" value="${studyInstance?.id}" />
342      <span class="button"><g:actionSubmit class="edit" action="edit" value="${message(code: 'default.button.edit.label', default: 'Edit')}" /></span>
343      <span class="button"><g:actionSubmit class="delete" action="delete" value="${message(code: 'default.button.delete.label', default: 'Delete')}" onclick="return confirm('${message(code: 'default.button.delete.confirm.message', default: 'Are you sure?')}');" /></span>
344    </g:form>
345  </div>
346</div>
347</div>
348</body>
349</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.