source: trunk/grails-app/views/study/show.gsp @ 1201

Last change on this file since 1201 was 1201, checked in by robert@…, 11 years ago

Made the size of the subjects column in the events table overview smaller. The subjects can be seen after a mouseover. See #199

  • Property svn:keywords set to Author Date Rev
File size: 37.6 KB
Line 
1
2<%@ page import="dbnp.studycapturing.Study" %>
3<%@ page import="dbnp.studycapturing.EventGroup" %>
4<%@ page import="dbnp.studycapturing.RelTime" %>
5<html>
6  <head>
7    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
8    <meta name="layout" content="main" />
9    <g:set var="entityName" value="${message(code: 'study.label', default: 'Study')}" />
10    <title><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></title>
11    <script type="text/javascript">
12      // Flag whether the timelines have been loaded
13      var timelineloaded = false;
14     
15      // Number of timelines that should be loaded
16      var numTimelines = ${studyList?.size()};
17     
18      // This method is called on the event body.onLoad
19      $(function() {
20              $("#tabs").tabs({
21                show: function(event, ui) {
22                  // If the events tab is shown, the timeline should be redrawn
23                  if( ui.tab.hash == '#events-timeline' && !timelineloaded ) {
24                    loadTimeline( 'eventstimeline', 'eventtitles', 0 );
25                    timelineloaded = true;
26                  }
27                }
28              });
29      });
30    </script>
31    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="${resource(dir: 'css', file: 'studies.css')}"/>
32
33    <!-- Include scripts for the SIMILE timeline. See http://simile-widgets.org/wiki/ -->
34    <script type="text/javascript">
35      Timeline_ajax_url="${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/timeline_ajax/simile-ajax-api.js')}";
36      Timeline_urlPrefix='${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/')}';
37      Timeline_parameters='bundle=true';
38    </script>
39    <script src="${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/timeline-api.js')}" type="text/javascript"></script>
40    <script src="${resource(dir: 'js', file: 'timeline-simile/custom-timeline.js')}" type="text/javascript"></script>
41    <script src="${resource(dir: 'js', file: 'jquery-callback-1.2.js')}" type="text/javascript"></script>
42
43    <!-- Create the JSON objects for the timeline with events -->
44    <script type="text/javascript">
45         /*
46          * Creates timeline bands for displaying different timelines
47          *
48          * @returns array with BandInfo objects, as described on http://simile-widgets.org/wiki/Timeline_GettingStarted
49          */
50        function createTimelineBands( timelineNr ) {
51          var bandInfos = [];
52          var eventSources = [];
53          var overviewEventSource = new Timeline.DefaultEventSource();
54
55          // The way the timeline should look. See http://www.linuxjournal.com/article/9301
56          var theme = Timeline.ClassicTheme.create();
57          var emptyEtherPainter = new Timeline.EmptyEtherPainter( { theme: theme } )
58
59          // Now create the bands for all studies, and add them to one timeline
60          // Multiple timeline on one page do not seem to work
61          <g:set var="bandNr" value="${0}" />
62          <g:each in="${studyList}" var="study" status="timelineNr">
63              // The date that the timeline should start on
64              var dateStr = "<g:formatDate format="yyyy/MM/dd HH:mm:ss" date="${study.startDate}"/>";
65              firstDate = new Date ( dateStr );
66
67              //------------- Eventgroup overview ---------------
68
69              <g:set var="datesBandNr" value="${bandNr}" />
70              // Add an empty band to show the dates
71              bandInfos[${bandNr}] =
72                     Timeline.createBandInfo({
73                        width:          40,
74                        intervalUnit:   Timeline.DateTime.DAY,
75                        intervalPixels: 40,
76                        showEventText:  false,
77                        date:           firstDate,
78                        timeZone:       +1,
79                        layout:         'original',
80                        theme:          theme
81                     });
82              bandTitleInfo[ timelineNr ][ ${bandNr} ] = {
83                title: "${study.title}",
84                subjects: "",
85                className: "studytitle"
86              };
87
88              <g:set var="bandNr" value="${bandNr+1}" />
89              <%
90                def sortedEventGroups = study.eventGroups.sort( { a, b ->
91                    return a.name <=> b.name;
92                }  as Comparator );
93
94                def orphans = study.getOrphanEvents();
95                if( orphans?.size() > 0 ) {
96                  sortedEventGroups.add( new EventGroup(
97                    id: -1,
98                    name: 'No group',
99                    events: orphans,
100                    subjects: []
101                  ));
102                }
103
104              %>
105              <g:each in="${sortedEventGroups}" var="eventGroup" status="i">
106
107                //------------- Eventgroup ${bandNr} ---------------
108
109                // Create an eventsource for all events
110                eventSources[${bandNr}] = new Timeline.DefaultEventSource();
111
112                // Load events for this eventsource (using jquery)
113                var event_url = '${createLink(controller:'study', action:'events', id:( eventGroup.id ? eventGroup.id : -1 ), params: [ startDate: study.startDate.getTime(), study: study.id ])}';
114                $.getJSON(event_url, $.callback( _loadJSONEvents, [0, ${bandNr}, eventSources[${bandNr}], overviewEventSource, event_url] ) );
115
116                // Create a new timeline band
117                bandInfos[${bandNr}] =
118                       Timeline.createBandInfo({
119                           eventSource:    eventSources[${bandNr}],
120                           width:          30,
121                           intervalUnit:   Timeline.DateTime.DAY,
122                           intervalPixels: 40,
123                           date:           firstDate,
124                           timeZone:       +1,
125                           syncWith:       1,
126                           layout:         'original',
127                           theme:          theme
128                       });
129
130                // Make sure the date isn't printed by using the empty ether painter
131                bandInfos[${bandNr}].etherPainter = emptyEtherPainter;
132
133                // Add a title to the bandinfo
134                <%
135                  sortedGroupSubjects = eventGroup.subjects.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator );
136                  def simpleSubjects = sortedGroupSubjects.name.join( ', ' );
137
138                  // We can only show appr. 30 characters per line and as many lines as there are events
139                  def charsPerLine = 30;
140                  def numEvents = eventGroup.events?.size();
141                  def maxChars = numEvents * charsPerLine;
142
143                  // If the subjects will fit, show them all
144                  if( simpleSubjects?.size() < maxChars ) {
145                    showSubjects = simpleSubjects;
146                  } else {
147                    // Always add the first name
148                    def subjectNames = sortedGroupSubjects[0]?.name;
149
150                    // Continue adding names until the length is to long
151                    id = 0;
152                    sortedGroupSubjects.each { subject ->
153                      if( id > 0 ) {
154                        println( "ID: " + id + " - " + subjectNames?.size() + " - " + subject.name?.size() + " - " + maxChars );
155                        if( subjectNames?.size() + subject.name?.size() < maxChars - 15 ) {
156                          subjectNames += ", " + subject.name;
157                        } else {
158                          return;
159                        }
160                      }
161                      id++;
162                    }
163
164                    // Add a postfix
165                    subjectNames += " and " + ( sortedGroupSubjects?.size() - id ) + " more";
166
167                    showSubjects = subjectNames;
168                  }
169
170
171                %>
172                bandTitleInfo[ timelineNr ][ ${bandNr} ] = {
173                  title: "${eventGroup.name}",
174                  className: "<g:if test="${ eventGroup.id == -1 || !eventGroup.id  }">no_group</g:if>",
175                  subjects: "${showSubjects}"
176                };
177
178                <g:set var="bandNr" value="${bandNr+1}" />
179              </g:each>
180
181              // Synchronize all bands
182              <g:each in="${sortedEventGroups}" var="eventGroup" status="i">
183                bandInfos[${i + datesBandNr +1}].syncWith = ${datesBandNr};
184              </g:each>
185
186          </g:each>
187
188          return bandInfos;
189        }
190     </script>
191</head>
192<body>
193
194  <div class="body" id="studies">
195    <h1><g:message code="default.show.label" args="[entityName]" /></h1>
196    <g:if test="${flash.message}">
197      <div class="message">${flash.message}</div>
198    </g:if>
199    <div class="dialog">
200      <div id="tabs">
201        <ul>
202          <li><a href="#study">Study Information</a></li>
203          <li><a href="#subjects">Subjects</a></li>
204          <li><a href="#events-timeline">Events timeline</a></li>
205          <li><a href="#events-table">Events table</a></li>
206          <li><a href="#assays">Assays</a></li>
207          <li><a href="#samples">Samples</a></li>
208          <li><a href="#persons">Persons</a></li>
209          <li><a href="#publications">Publications</a></li>
210        </ul>
211
212        <div id="study">
213          <table>
214            <!-- only show the head section if there are multiple studies -->
215            <g:if test="${multipleStudies}">
216              <thead>
217                <tr>
218                  <th></th>
219                  <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
220                    <th>${studyInstance.title}</th>
221                  </g:each>
222                </tr>
223              </thead>
224            </g:if>
225            <%
226              // Determine a union of the fields from all studies, in order
227              // to show a proper list. We want every field to appear just once,
228              // so the list is filtered for unique values
229              studyFields = studyList[0].giveDomainFields() + studyList*.giveTemplateFields()?.flatten().unique()
230            %>
231            <!-- Show all template and domain fields, if filled -->
232            <g:each in="${studyFields}" var="field">
233              <%
234                // If a value is not set for any of the selected studies, the
235                // field should not appear in the list
236                showField = true in studyList.collect { it.fieldExists( field.name ) && it.getFieldValue( field.name ) != null }?.flatten()
237              %>
238              <g:if test="${showField}">
239                <tr>
240                  <td>${field}</td>
241                  <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
242                    <td>
243                                          <g:if test="${studyInstance.fieldExists(field.name)}">
244                                                <wizard:showTemplateField field="${field}" entity="${studyInstance}" />
245                                          </g:if>
246                                          <g:else>
247                                                -
248                                          </g:else>
249                                        </td>
250                  </g:each>
251                </tr>
252              </g:if>
253            </g:each>
254
255            <!-- Add some extra fields -->
256            <tr>
257              <td>Events</td>
258              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
259                <td>
260                  <g:if test="${studyInstance.giveEventTemplates()?.size()==0}">
261                    -
262                  </g:if>
263                  <g:else>
264                                        ${studyInstance.giveEventTemplates().name.join(", ")}
265                  </g:else>
266                </td>
267              </g:each>
268            </tr>
269            <tr>
270              <td>Sampling events</td>
271              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
272                <td>
273                  <g:if test="${studyInstance.giveSamplingEventTemplates()?.size()==0}">
274                    -
275                  </g:if>
276                  <g:else>
277                   ${studyInstance.giveSamplingEventTemplates().name.join(", ")}
278                  </g:else>
279                </td>
280              </g:each>
281            </tr>
282            <tr>
283              <td>Public</td>
284              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
285                <td>
286                   ${studyInstance.publicstudy}
287                </td>
288              </g:each>
289            </tr>
290            <tr>
291              <td>Owner</td>
292              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
293                <td>
294                   ${studyInstance.owner?.username}
295                </td>
296              </g:each>
297            </tr>
298            <tr>
299              <td>Readers</td>
300              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
301                <td>
302                  <g:if test="${studyInstance.readers.size() == 0}">
303                    -
304                  </g:if>
305                  <g:else>
306                    ${studyInstance.readers.username.join( ", " )}
307                  </g:else>
308                </td>
309              </g:each>
310            </tr>
311            <tr>
312              <td>Writers</td>
313              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
314                <td>
315                  <g:if test="${studyInstance.writers?.size()==0}">
316                    -
317                  </g:if>
318                  <g:else>
319                    ${studyInstance.writers.username.join( ", " )}
320                  </g:else>
321                </td>
322              </g:each>
323            </tr>
324          </table>
325        </div>
326
327        <div id="subjects">
328
329          <g:if test="${studyList*.subjects?.flatten()?.size()==0}">
330            No subjects in the selected studies
331          </g:if>
332          <g:else>
333            <table>
334              <thead>
335                <tr>
336                  <g:if test="${multipleStudies}">
337                    <th></th>
338                  </g:if>
339                  <g:each in="${new dbnp.studycapturing.Subject().giveDomainFields()}" var="field">
340                    <th>${field}</th>
341                  </g:each>
342
343                  <%
344                    // Determine a union of the fields for all different
345                    // subjects in all studies. In order to show a proper list.
346                    // We want every field to appear just once,
347                    // so the list is filtered for unique values
348                    subjectTemplates = studyList*.giveSubjectTemplates()?.flatten().unique()
349                    if( !subjectTemplates ) {
350                      subjectTemplates = [];
351                      subjectFields = [];
352                    } else {
353                      subjectFields = subjectTemplates*.fields?.flatten().unique()
354                      if( !subjectFields ) {
355                        subjectFields = [];
356                      }
357                    }
358
359                    /*
360                     * These lines are rewritten because
361                     * performance sucked
362                     *
363                     *   // These took about 9 seconds (for 31 subjects and
364                     *   allSubjects = studyList*.subjects?.flatten()
365                     *
366                     *   subjectFields = subjectFields.findAll { subjectField ->
367                     *     ( true in allSubjects.collect { subject -> subject.fieldExists( subjectField.name ) && subject.getFieldValue( subjectField.name ) != null }.flatten() )
368                     *   }
369                     */
370
371                    // Filter out all fields that are left blank for all subjects
372                    allSubjects = studyList*.subjects?.flatten()
373
374                    showSubjectFields = []
375                    subjectFields.each { subjectField ->
376                      for( subject in allSubjects )
377                      {
378                        // If the field is filled for this subject, we have to
379                        // show the field and should not check any other
380                        // subjects (hence the break)
381                        if( subject.fieldExists( subjectField.name ) && subject.getFieldValue( subjectField.name ) ) {
382                          showSubjectFields << subjectField;
383                          break;
384                        }
385                      }
386                    }
387                  %>
388
389                  <g:each in="${showSubjectFields}" var="field">
390                    <th>${field}</th>
391                  </g:each>
392
393                </tr>
394              </thead>
395
396              <g:set var="i" value="${1}" />
397
398              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
399                <%
400                  // Sort subjects by name
401                  subjects = studyInstance.subjects;
402                  sortedSubjects = subjects.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )
403                %>
404
405                <g:each in="${sortedSubjects}" var="subject" status="j">
406                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
407                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
408                      <td class="studytitle" rowspan="${sortedSubjects?.size()}">
409                        ${studyInstance.title}
410                      </td>
411                    </g:if>
412                    <g:each in="${subject.giveDomainFields()}" var="field">
413                      <td><wizard:showTemplateField field="${field}" entity="${subject}" /></td>
414                    </g:each>
415                 
416                    <g:each in="${showSubjectFields}" var="field">
417                      <td>
418                        <g:if test="${subject.fieldExists(field.name)}">
419                                <wizard:showTemplateField field="${field}" entity="${subject}" />
420                        </g:if>
421                        <g:else>
422                          N/A
423                        </g:else>
424                      </td>
425                    </g:each>
426
427                  </tr>
428                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
429                </g:each>
430              </g:each>
431            </table>
432          </g:else>
433        </div>
434
435        <div id="events-timeline">
436          <g:if test="${studyList*.events?.flatten()?.size()==0 && studyInstance*.samplingEvents?.flatten()?.size()==0 }">
437            No events in these studies
438          </g:if>
439          <g:else>
440            <g:each in="${studyList}" var="study" status="i">
441              <div style="margin: 10px; ">
442                <div class="eventtitles" id="eventtitles-${i}"></div>
443                <div class="eventstimeline" id="eventstimeline-${i}"></div>
444              </div>
445            </g:each>
446            <noscript>
447              <table>
448                <thead>
449                  <tr>
450                    <g:if test="${multipleStudies}">
451                      <th></th>
452                    </g:if>
453                    <th>Start time</th>
454                    <th>Duration</th>
455                    <th>Type</th>
456                    <th>Sampling event</th>
457                    <th>Parameters</th>
458                  </tr>
459                </thead>
460
461                <g:set var="i" value="${1}" />
462
463                <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
464                  <%
465                    // Sort events by starttime and duration
466                    events = studyInstance.events + studyInstance.samplingEvents;
467                    sortedEvents = events.sort( { a, b ->
468                          //a.startTime == b.startTime ?
469                            //a.getDuration().getValue() <=> b.getDuration().getValue() :
470                          a.startTime <=> b.startTime
471                      } as Comparator )
472                  %>
473
474                  <g:each in="${sortedEvents}" var="event" status="j">
475                    <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
476                      <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
477                        <td class="studytitle" rowspan="${sortedEvents?.size()}">
478                          ${studyInstance.title}
479                        </td>
480                      </g:if>
481                      <td>${event.getStartTimeString()}</td>
482                      <td>${((event.getClass() == 'Event') ? event.getDurationString() : '')}</td>
483                      <td>${event.template.name}</td>
484                      <td>
485                        <g:if test="${event instanceof dbnp.studycapturing.SamplingEvent}">
486                          <g:checkBox name="samplingEvent" disabled="${true}" value="${true}"/>
487                        </g:if>
488                        <g:else>
489                          <g:checkBox name="event" disabled="${true}" value="${false}" />
490                        </g:else>
491                      </td>
492                      <td>
493                        <g:set var="fieldCounter" value="${1}" />
494                        <g:each in="${event.giveTemplateFields()}" var="field">
495                          <g:if test="${event.getFieldValue(field.name)}">
496                            <g:if test="${fieldCounter > 1}">, </g:if>
497                              ${field.name} = <wizard:showTemplateField field="${field}" entity="${event}" />
498                            <g:set var="fieldCounter" value="${fieldCounter + 1}" />
499                          </g:if>
500                        </g:each>
501                      </td>
502                    </tr>
503
504                    <g:set var="i" value="${i + 1}" />
505                  </g:each>
506                </g:each>
507              </table>
508
509            </noscript>
510
511          </g:else>
512        </div>
513
514        <div id="events-table">
515          <g:if test="${studyList*.eventGroups?.flatten()?.size()==0}">
516            No event groups in this study
517          </g:if>
518          <g:else>
519            <%
520              // Determine a union of the event templates for all different
521              // eventgroups in all studies, in order to show a proper list.
522              // We want every field to appear just once,
523              // so the list is filtered for unique values
524              def groupTemplates = studyList*.giveAllEventTemplates()?.flatten().unique()
525                          def showTemplates = groupTemplates;
526
527                          def showProperties = [:];
528                          def allEvents = studyList*.events.flatten() + studyList*.samplingEvents.flatten();
529                          def eventColumns = 0;
530
531                          showTemplates.each { template ->
532                                // We want to show all properties only once. If the properties are never filled
533                                // we shouldn't show them at all.
534                                def showFields = []
535                                template.fields.each { field ->
536                                  for( def event: allEvents.findAll { it.template == template } ) {
537                                        if( event.getFieldValue( field.name ) ) {
538                                          showFields << field;
539                                          break;
540                                        }
541                                  }
542                                }
543
544                                showProperties[ template.name ] = showFields;
545
546                                // Compute the total number of columns under 'Events' (the +1 is
547                                // because of the 'start time' column)
548                                eventColumns += [ 1, showFields.size() + 1 ].max();
549                          }
550
551            %>
552            <table>
553              <thead>
554                <tr>
555                  <g:if test="${multipleStudies}">
556                    <th></th>
557                  </g:if>
558                  <th>Name</th>
559                  <th colspan="${eventColumns}">Events</th>
560                  <th>Subjects</th>
561                </tr>
562                <tr>
563                  <g:if test="${multipleStudies}">
564                    <th></th>
565                  </g:if>
566                  <th></th>
567                  <g:each in="${showTemplates}" var="eventTemplate">
568                    <th colspan="${[1, showProperties[ eventTemplate.name ].size() + 1 ].max()}">${eventTemplate.name}</th>
569                  </g:each>
570                  <th></th>
571                </tr>
572                <tr class="templateFields">
573                  <g:if test="${multipleStudies}">
574                    <th></th>
575                  </g:if>
576                  <th></th>
577                  <g:each in="${showTemplates}" var="eventTemplate">
578                                        <th>start time</th>
579                                        <g:if test="${showProperties[ eventTemplate.name ].size() > 0}">
580                                          <g:each in="${showProperties[ eventTemplate.name ]}" var="field">
581                                                <th>${field.name}</th>
582                                          </g:each>
583                                        </g:if>
584                  </g:each>
585                  <th></th>
586                </tr>
587              </thead>
588
589              <g:set var="i" value="${1}" />
590
591              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
592                <%
593                  // Sort the groups by name
594                                  def sortedEventGroups = studyInstance.eventGroups.sort( { a, b ->
595                      return a.name <=> b.name;
596                  }  as Comparator );
597
598                                  // Determine the number of rows per group (depending on the max
599                                  // number of events per template in a group)
600                                  def maxNumberEventsPerTemplate = [:];
601                                  def rowsPerStudy = 0;
602                                  sortedEventGroups.each { group ->
603                                        def max = 1;
604                                        showTemplates.each { template ->
605                                          def num = ( group.events + group.samplingEvents ).findAll { it.template == template }.size();
606                                          if( num > max )
607                                                max = num;
608                                        }
609                                        maxNumberEventsPerTemplate[group.name] = max;
610                                        rowsPerStudy += max;
611                                  }
612
613                  def orphans = studyInstance.getOrphanEvents();
614                  if( orphans?.size() > 0 ) {
615                    sortedEventGroups.add( new EventGroup(
616                      id: -1,
617                      name: 'No group',
618                      events: orphans,
619                      subjects: []
620                    ));
621                  }
622                %>
623                <g:each in="${sortedEventGroups}" var="eventGroup" status="j">
624                                  <g:set var="n" value="${1}" />
625                  <g:while test="${n <= maxNumberEventsPerTemplate[ eventGroup.name ]}">
626
627                                        <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
628                                          <g:if test="${n == 1}">
629                                                <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
630                                                  <td class="studytitle" rowspan="${rowsPerStudy}">
631                                                        ${studyInstance.title}
632                                                  </td>
633                                                </g:if>
634                                                <td rowspan="${maxNumberEventsPerTemplate[ eventGroup.name ]}">${eventGroup.name}</td>
635                                          </g:if>
636                                       
637                                          <g:each in="${showTemplates}" var="currentEventTemplate">
638                                                <g:if test="${showProperties[ currentEventTemplate.name ].size() == 0}">
639                                                  <td>&nbsp;</td>
640                                                </g:if>
641                                                <g:else>
642                                                  <%
643                                                        def templateEvents = (eventGroup.events + eventGroup.samplingEvents).findAll { it.template == currentEventTemplate }.sort { a, b -> a.startTime <=> b.startTime }.asType(List)
644                                                        def event = templateEvents.size() >= n ? templateEvents[ n - 1 ] : null;
645                                                  %>
646                                                  <td class="templateFieldValue"><g:if test="${event}">${new RelTime( event.startTime ).toString()}</g:if></td>
647                                                  <g:each in="${showProperties[ currentEventTemplate.name ]}" var="field">
648                                                        <td class="templateFieldValue"><wizard:showTemplateField field="${field}" entity="${event}" /></td>
649                                                  </g:each>
650                                                </g:else>
651                                          </g:each>
652                                       
653                                          <g:if test="${n == 1}">
654                                                <% sortedGroupSubjects = eventGroup.subjects.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )  %>
655
656                                                <td rowspan="${maxNumberEventsPerTemplate[ eventGroup.name ]}" title="${sortedGroupSubjects.name.join( ', ' )}">
657                                                        <g:if test="${eventGroup.subjects.size()==0}">
658                                                                -
659                                                        </g:if>
660                                                        <g:else>
661                                                                <g:each in="${eventGroup.subjects.species.unique()}" var="currentSpecies" status="k">
662                                                                        <g:if test="${k > 0}">,</g:if>
663                                                                        <%=eventGroup.subjects.findAll { return it.species == currentSpecies; }.size() %>
664                                                                        ${currentSpecies}
665                                                                </g:each>
666                                                        </g:else>
667                                                </td>
668                                          </g:if>
669                                        </tr>
670
671
672                                        <g:set var="n" value="${n+1}" />
673                                  </g:while>
674
675                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
676                </g:each>
677
678              </g:each>
679
680            </table>
681          </g:else>
682        </div>
683
684        <div id="assays">
685          <g:if test="${studyList*.assays?.flatten()?.size()==0}">
686            No assays in these studies
687          </g:if>
688          <g:else>
689            <table>
690              <thead>
691                <tr>
692                  <g:if test="${multipleStudies}">
693                    <th></th>
694                  </g:if>
695                        <th width="100">Assay Code</th>
696                  <th width="100">Assay Name</th>
697                  <th width="100">Module</th>
698                  <th width="150">Platform</th>
699                  <th>Link</th>
700                  <th>Samples</th>
701                </tr>
702              </thead>
703              <g:set var="i" value="${1}" />
704
705              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
706                <g:each in="${studyInstance.assays}" var="assay" status="j">
707                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
708                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
709                      <td class="studytitle" rowspan="${studyInstance.assays?.size()}">
710                        ${studyInstance.title}
711                      </td>
712                    </g:if>
713                          <td>${assay.token}</td>
714                    <td>${assay.name}</td>
715                    <td>${assay.module.name}</td>
716                    <td>${assay.module.platform}</td>
717                    %{--<td><a href="${assay.module.url}/assay/${assay.externalAssayID}">view</a></td>--}%
718                    <td><jumpbar:link
719                      linkDest="${createLink(action:'show', id:studyInstance.id)}"
720                      linkText='Go back to GSCF'
721                      frameSource="${assay.module.url}/assay/showByToken/${assay.externalAssayID}"
722                      pageTitle="Assay View in Module">
723                      view
724                    </jumpbar:link></td>
725                    <td>
726                      <% sortedAssaySamples = assay.samples.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )  %>
727                      ${sortedAssaySamples.name.join( ', ' )}
728                    </td>
729                  </tr>
730                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
731
732                </g:each>
733              </g:each>
734            </table>
735          </g:else>
736        </div>
737
738        <div id="samples">
739
740          <g:if test="${studyList*.samples.flatten()?.size()==0}">
741            No samples in the selected studies
742          </g:if>
743          <g:else>
744            <table>
745              <thead>
746                <tr>
747                  <g:if test="${multipleStudies}">
748                    <th></th>
749                  </g:if>
750
751                        <th>Parent Subject</th>
752                        <th>Parent Sampling Event</th>
753
754
755                  <g:each in="${new dbnp.studycapturing.Sample().giveDomainFields()}" var="field">
756                    <th>${field}</th>
757                  </g:each>
758
759                  <%
760                    // Determine a union of the fields for all different
761                    // samples in all studies. In order to show a proper list.
762                    // We want every field to appear just once,
763                    // so the list is filtered for unique values
764                    sampleTemplates = studyList*.giveSampleTemplates().flatten().unique()
765
766                    if( !sampleTemplates ) {
767                      sampleTemplates = [];
768                      sampleFields = [];
769                      showSampleFields = [];
770                    } else {
771                      sampleFields = sampleTemplates*.fields.flatten().unique()
772                      if( !sampleFields ) {
773                        sampleFields = [];
774                        showSampleFields = [];
775                      } else {
776                        // Filter out all fields that are left blank for all samples
777                        allSamples = studyList*.samples.flatten()
778
779                        showSampleFields = [];
780                        sampleFields.each { sampleField ->
781                          for( sample in allSamples )
782                          {
783                            // If the field is filled for this subject, we have to
784                            // show the field and should not check any other
785                            // samples (hence the break)
786                            if( sample.fieldExists( sampleField.name ) && sample.getFieldValue( sampleField.name ) ) {
787                              showSampleFields << sampleField;
788                              break;
789                            }
790                          }
791                        }
792                      }
793                    }
794                  %>
795
796                  <g:each in="${showSampleFields}" var="field">
797                    <th>${field}</th>
798                  </g:each>
799
800                </tr>
801              </thead>
802
803              <g:set var="i" value="${1}" />
804
805              <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
806                <%
807                  // Sort samples by name
808                  samples = studyInstance.samples;
809                  sortedSamples = samples.sort( { a, b -> a.name <=> b.name } as Comparator )
810                %>
811
812                <g:each in="${sortedSamples}" var="sample" status="j">
813                  <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
814                    <g:if test="${multipleStudies && j==0}">
815                      <td class="studytitle" rowspan="${sortedSamples?.size()}">
816                        ${studyInstance.title}
817                      </td>
818                    </g:if>
819                          <td>${sample.parentSubject?.name}</td>
820                          <td>${sample.parentEvent?.template?.name} at ${sample.parentEvent?.getStartTimeString()}</td>
821                    <g:each in="${sample.giveDomainFields()}" var="field">
822                      <td><wizard:showTemplateField field="${field}" entity="${sample}" /></td>
823                    </g:each>
824
825                    <g:each in="${showSampleFields}" var="field">
826                      <td>
827                        <g:if test="${sample.fieldExists(field.name)}">
828                          <wizard:showTemplateField field="${field}" entity="${sample}" />
829                        </g:if>
830                        <g:else>
831                          N/A
832                        </g:else>
833                      </td>
834                    </g:each>
835
836                  </tr>
837                  <g:set var="i" value="${i + 1}" />
838                </g:each>
839              </g:each>
840
841            </table>
842          </g:else>
843        </div>
844
845        <div id="persons">
846          <%
847            // Determine a list of all persons
848            allPersons = studyList*.persons*.person.flatten().unique()
849          %>
850          <g:if test="${allPersons?.size()==0}">
851            No persons involved in these studies
852          </g:if>
853          <g:else>
854            <table>
855              <tr>
856                <thead>
857                  <th>Name</th>
858                  <th>Affiliations</th>
859                  <th>Phone</th>
860                  <th>Email</th>
861                  <g:if test="${multipleStudies}">
862                    <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
863                      <th>${studyInstance.title}</th>
864                    </g:each>
865                  </g:if>
866                  <g:else>
867                    <th>Role</th>
868                  </g:else>
869                </thead>
870              </tr>
871              <g:each in="${allPersons}" var="person" status="i">
872                <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
873                  <td>${person.firstName} ${person.prefix} ${person.lastName}</td>
874                  <td>
875                    ${person.affiliations.join(', ')}
876                  </td>
877                  <td>${person.phone}</td>
878                  <td>${person.email}</td>
879                  <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
880                    <%
881                      studyperson = studyInstance.persons.find { it.person == person }
882                    %>
883                    <td>
884                      <g:if test="${studyperson}">
885                        ${studyperson.role.name}
886                      </g:if>
887                     </td>
888                  </g:each>
889
890                </tr>
891              </g:each>
892            </table>
893          </g:else>
894        </div>
895
896        <div id="publications">
897          <%
898            // Determine a list of all persons
899            allPublications = studyList*.publications.flatten().unique()
900          %>
901          <g:if test="${allPublications?.size()==0}">
902            No publications attached to these studies
903          </g:if>
904          <g:else>
905            <table>
906              <tr>
907                <thead>
908                  <th>Title</th>
909                  <th>Authors</th>
910                  <th>Comments</th>
911
912                  <g:if test="${multipleStudies}">
913                    <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
914                      <th>${studyInstance.title}</th>
915                    </g:each>
916                  </g:if>
917                </thead>
918              </tr>
919              <g:each in="${allPublications}" var="publication" status="i">
920                <tr class="${(i % 2) == 0 ? 'odd' : 'even'}">
921                  <td>${publication.title}</td>
922                  <td>
923                    ${publication.authorsList}
924                  </td>
925                  <td>${publication.comments}</td>
926                  <g:if test="${multipleStudies}">
927                    <g:each in="${studyList}" var="studyInstance">
928                      <td>
929                        <g:if test="${publication in studyInstance.publications}">
930                          x
931                        </g:if>
932                      </td>
933                    </g:each>
934                  </g:if>
935                </tr>
936              </g:each>
937            </table>
938          </g:else>
939        </div>
940
941      </div>
942    </div>
943    <br>
944    <div class="buttons">
945      <g:form action="delete">
946        <g:if test="${studyList?.size() == 1}">
947          <g:set var="studyInstance" value="${studyList[0]}" />
948          <g:hiddenField name="id" value="${studyInstance?.id}" />
949          <g:if test="${studyInstance.canWrite(loggedInUser)}">
950            <span class="button"><g:link class="edit" controller="wizard" params="[jump:'edit']" id="${studyInstance?.id}">${message(code: 'default.button.edit.label', default: 'Edit')}</g:link></span>
951          </g:if>
952          <g:if test="${studyInstance.isOwner(loggedInUser)}">
953            <span class="button"><g:actionSubmit class="delete" action="delete" value="${message(code: 'default.button.delete.label', default: 'Delete')}" onclick="return confirm('${message(code: 'default.button.delete.confirm.message', default: 'Are you sure?')}');" /></span>
954          </g:if>
955          </g:if>
956        <span class="button"><g:link class="backToList" action="list">Back to list</g:link></span>
957      </g:form>
958    </div>
959
960  </div>
961</body>
962</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.