source: trunk/grails-app/services/dbnp/studycapturing/AssayService.groovy @ 2049

Last change on this file since 2049 was 2049, checked in by s.h.sikkema@…, 11 years ago

enabled collecting module measurements for galaxy integration

  • Property svn:keywords set to Rev Author Date
File size: 25.4 KB
Line 
1/**
2 * AssayService Service
3 *
4 * @author  s.h.sikkema@gmail.com
5 * @since       20101216
6 * @package     dbnp.studycapturing
7 *
8 * Revision information:
9 * $Rev: 2049 $
10 * $Author: s.h.sikkema@gmail.com $
11 * $Date: 2011-10-06 11:19:21 +0000 (do, 06 okt 2011) $
12 */
13package dbnp.studycapturing
14
15import org.apache.poi.ss.usermodel.*
16import org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFWorkbook
17import org.apache.poi.hssf.usermodel.HSSFWorkbook
18import org.codehaus.groovy.grails.web.json.JSONObject
19import org.dbnp.gdt.RelTime
20import org.dbnp.gdt.TemplateFieldType
21import java.text.NumberFormat
22import dbnp.authentication.SecUser
23
24class AssayService {
25
26        boolean transactional = false
27        def authenticationService
28        def moduleCommunicationService
29
30        /**
31         * Collects the assay field names per category in a map as well as the
32         * module's measurements.
33         *
34         * @param assay         the assay for which to collect the fields
35         * @param samples       list of samples to retrieve the field names for. If not given, all samples from the assay are used.
36         * @return a map of categories as keys and field names or measurements as
37         *  values
38         */
39        def collectAssayTemplateFields(assay, samples, SecUser remoteUser = null) throws Exception {
40
41                def getUsedTemplateFields = { templateEntities ->
42
43                        // gather all unique and non null template fields that haves values
44                        templateEntities*.giveFields().flatten().unique().findAll{ field ->
45
46                                field && templateEntities.any { it?.fieldExists(field.name) && it.getFieldValue(field.name) != null }
47
48                        }.collect{[name: it.name, comment: it.comment, displayName: it.name + (it.unit ? " ($it.unit)" : '')]}
49                }
50
51                def moduleError = '', moduleMeasurements = []
52
53                try {
54                        moduleMeasurements = requestModuleMeasurementNames(assay, remoteUser)
55                } catch (e) {
56                        moduleError = e.message
57                }
58
59                if( !samples )
60                        samples = assay.samples
61
62                [               'Subject Data' :            getUsedTemplateFields( samples*."parentSubject".unique() ),
63                                        'Sampling Event Data' :     getUsedTemplateFields( samples*."parentEvent".unique() ),
64                                        'Sample Data' :             getUsedTemplateFields( samples ),
65                                        'Event Group' :             [[name: 'name', comment: 'Name of Event Group', displayName: 'name']],
66                                        'Module Measurement Data':  moduleMeasurements,
67                                        'Module Error':             moduleError
68                                ]
69
70        }
71
72        /**
73         * Gathers all assay related data, including measurements from the module,
74         * into 1 hash map containing: Subject Data, Sampling Event Data, Sample
75         * Data, and module specific measurement data.
76         * Data from each of the 4 hash map entries are themselves hash maps
77         * representing a descriptive header (field name) as key and the data as
78         * value.
79         *
80         * @param assay                                 the assay to collect data for
81         * @param fieldMap                              map with categories as keys and fields as values
82         * @param measurementTokens     selection of measurementTokens
83         * @param samples                               list of samples for which the data should be retrieved.
84         *                                                              Defaults to all samples from this assay.
85         * @return                              The assay data structure as described above.
86         */
87        def collectAssayData(assay, fieldMap, measurementTokens, samples = null, SecUser remoteUser = null) throws Exception {
88
89                def collectFieldValuesForTemplateEntities = { headerFields, templateEntities ->
90
91                        // return a hash map with for each field name all values from the
92                        // template entity list
93                        headerFields.inject([:]) { map, headerField ->
94
95                                map + [(headerField.displayName): templateEntities.collect { entity ->
96
97                                                // default to an empty string
98                                                def val = ''
99
100                                                if (entity) {
101                                                        def field
102                                                        try {
103
104                                                                val = entity.getFieldValue(headerField.name)
105
106                                                                // Convert RelTime fields to human readable strings
107                                                                field = entity.getField(headerField.name)
108                                                                if (field.type == TemplateFieldType.RELTIME)
109                                                                        val = new RelTime( val as long )
110
111                                                        } catch (NoSuchFieldException e) { /* pass */ }
112                                                }
113
114                                                (val instanceof Number) ? val : val.toString()}]
115                        }
116                }
117
118                def getFieldValues = { templateEntities, headerFields, propertyName = '' ->
119
120                        def returnValue
121
122                        // if no property name is given, simply collect the fields and
123                        // values of the template entities themselves
124                        if (propertyName == '') {
125
126                                returnValue = collectFieldValuesForTemplateEntities(headerFields, templateEntities)
127
128                        } else {
129
130                                // if a property name is given, we'll have to do a bit more work
131                                // to ensure efficiency. The reason for this is that for a list
132                                // of template entities, the properties referred to by
133                                // propertyName can include duplicates. For example, for 10
134                                // samples, there may be less than 10 parent subjects. Maybe
135                                // there's only 1 parent subject. We don't want to collect field
136                                // values for this single subject 10 times ...
137                                def fieldValues
138
139                                // we'll get the unique list of properties to make sure we're
140                                // not getting the field values for identical template entity
141                                // properties more then once.
142                                def uniqueProperties = templateEntities*."$propertyName".unique()
143
144                                fieldValues = collectFieldValuesForTemplateEntities(headerFields, uniqueProperties)
145
146                                // prepare a lookup hashMap to be able to map an entities'
147                                // property (e.g. a sample's parent subject) to an index value
148                                // from the field values list
149                                int i = 0
150                                def propertyToFieldValueIndexMap = uniqueProperties.inject([:]) { map, item -> map + [(item):i++]}
151
152                                // prepare the return value so that it has an entry for field
153                                // name. This will be the column name (second header line).
154                                returnValue = headerFields*.displayName.inject([:]) { map, item -> map + [(item):[]] }
155
156                                // finally, fill map the unique field values to the (possibly
157                                // not unique) template entity properties. In our example with
158                                // 1 unique parent subject, this means copying that subject's
159                                // field values to all 10 samples.
160                                templateEntities.each{ te ->
161
162                                        headerFields*.displayName.each{
163
164                                                returnValue[it] << fieldValues[it][propertyToFieldValueIndexMap[te[propertyName]]]
165
166                                        }
167
168                                }
169
170                        }
171
172                        returnValue
173
174                }
175
176                // Find samples and sort by name
177                if( !samples )
178                        samples = assay.samples.toList().sort { it.name }
179
180                def eventFieldMap = [:]
181
182                // check whether event group data was requested
183                if (fieldMap['Event Group']) {
184
185                        def names = samples*.parentEventGroup*.name.flatten()
186
187                        // only set name field when there's actual data
188                        if (!names.every {!it}) eventFieldMap['name'] = names
189
190                }
191
192                def moduleError = '', moduleMeasurementData = [:]
193
194                if (measurementTokens) {
195
196                        try {
197                                moduleMeasurementData = requestModuleMeasurements(assay, measurementTokens, samples, remoteUser)
198                        } catch (e) {
199                                moduleMeasurementData = ['error' : ['Module error, module not available or unknown assay'] * samples.size() ]
200                                moduleError =  e.message
201                        }
202
203                }
204
205                [   'Subject Data' :            getFieldValues(samples, fieldMap['Subject Data'], 'parentSubject'),
206                        'Sampling Event Data' :     getFieldValues(samples, fieldMap['Sampling Event Data'], 'parentEvent'),
207                        'Sample Data' :             getFieldValues(samples, fieldMap['Sample Data']),
208                        'Event Group' :             eventFieldMap,
209                        'Module Measurement Data' : moduleMeasurementData,
210                        'Module Error' :            moduleError
211                ]
212        }
213
214        /**
215         * Prepend data from study to the data structure
216         * @param assayData             Column wise data structure of samples
217         * @param assay                 Assay object the data should be selected from
218         * @param numValues             Number of values for this assay
219         * @return                              Extended column wise data structure
220         */
221        def prependStudyData( inputData, Assay assay, numValues ) {
222                if( !assay )
223                        return inputData;
224
225                // Retrieve study data
226                def studyData =[:]
227                assay.parent?.giveFields().each {
228                        def value = assay.parent.getFieldValue( it.name )
229                        if( value )
230                                studyData[ it.name ] = [value] * numValues
231                }
232
233                return [
234                        'Study Data': studyData
235                ] + inputData
236        }
237
238        /**
239         * Prepend data from assay to the data structure
240         * @param assayData             Column wise data structure of samples
241         * @param assay                 Assay object the data should be selected from
242         * @param numValues             Number of values for this assay
243         * @return                              Extended column wise data structure
244         */
245        def prependAssayData( inputData, Assay assay, numValues ) {
246                if( !assay )
247                        return inputData;
248
249                // Retrieve assay data
250                def assayData = [:]
251                assay.giveFields().each {
252                        def value = assay.getFieldValue( it.name )
253                        if( value )
254                                assayData[ it.name ] = [value] * numValues
255                }
256
257                return [
258                        'Assay Data': assayData
259                ] + inputData
260        }
261
262        /**
263         * Retrieves measurement names from the module through a rest call
264         *
265         * @param consumer the url of the module
266         * @param path path of the rest call to the module
267         * @return
268         */
269        def requestModuleMeasurementNames(assay, SecUser remoteUser = null) {
270
271                def moduleUrl = assay.module.url
272
273                def path = moduleUrl + "/rest/getMeasurements/query"
274                def query = "assayToken=${assay.giveUUID()}"
275                def jsonArray
276
277                try {
278                        jsonArray = moduleCommunicationService.callModuleMethod(moduleUrl, path, query, "POST", remoteUser)
279                } catch (e) {
280                        throw new Exception("An error occured while trying to get the measurement tokens from the $assay.module.name. \
281             This means the module containing the measurement data is not available right now. Please try again \
282             later or notify the system administrator if the problem persists. URL: $path?$query.")
283                }
284
285                def result = jsonArray.collect {
286                        if( it == JSONObject.NULL )
287                                return ""
288                        else
289                                return it.toString()
290                }
291
292                return result
293        }
294
295        /**
296         * Retrieves module measurement data through a rest call to the module
297         *
298         * @param assay                         Assay for which the module measurements should be retrieved
299         * @param measurementTokens     List with the names of the fields to be retrieved. Format: [ 'measurementName1', 'measurementName2' ]
300         * @param samples                       Samples to collect measurements for
301         * @return
302         */
303        def requestModuleMeasurements(assay, inputMeasurementTokens, samples, SecUser remoteUser = null) {
304
305                def moduleUrl = assay.module.url
306
307                def tokenString = ''
308
309                inputMeasurementTokens.each{
310                        tokenString+="&measurementToken=${it.encodeAsURL()}"
311                }
312
313                def path = moduleUrl + "/rest/getMeasurementData/query"
314
315                def query = "assayToken=$assay.assayUUID$tokenString"
316
317                def sampleTokens = [], measurementTokens = [], moduleData = []
318
319                try {
320                        (sampleTokens, measurementTokens, moduleData) = moduleCommunicationService.callModuleMethod(moduleUrl, path, query, "POST", remoteUser)
321                } catch (e) {
322                        throw new Exception("An error occured while trying to get the measurement data from the $assay.module.name. \
323             This means the module containing the measurement data is not available right now. Please try again \
324             later or notify the system administrator if the problem persists. URL: $path?$query.")
325                }
326
327                if (!sampleTokens?.size()) return []
328
329                // Convert the three different maps into a map like:
330                //
331                // [ "measurement 1": [ value1, value2, value3 ],
332                //   "measurement 2": [ value4, value5, value6 ] ]
333                //
334                // The returned values should be in the same order as the given samples-list
335                def map = [:]
336                def numSampleTokens = sampleTokens.size();
337
338                measurementTokens.eachWithIndex { measurementToken, measurementIndex ->
339                        def measurements = [];
340                        samples.each { sample ->
341
342                                // Do measurements for this sample exist? If not, a null value is returned
343                                // for this sample. Otherwise, the measurement is looked up in the list with
344                                // measurements, based on the sample token
345                                if( sampleTokens.collect{ it.toString() }.contains( sample.giveUUID() ) ) {
346                                        def tokenIndex = sampleTokens.indexOf( sample.giveUUID() );
347                                        def valueIndex = measurementIndex * numSampleTokens + tokenIndex;
348
349                                        // If the module data is in the wrong format, show an error in the log file
350                                        // and return a null value for this measurement.
351                                        if( valueIndex >= moduleData.size() ) {
352                                                log.error "Module measurements given by module " + assay.module.name + " are not in the right format: " + measurementTokens?.size() + " measurements, " + sampleTokens?.size() + " samples, " + moduleData?.size() + " values"
353                                                measurements << null
354                                        }  else {
355
356                                                def val
357                                                def measurement = moduleData[ valueIndex ]
358
359                                                if          (measurement == JSONObject.NULL)    val = ""
360                                                else if     (measurement instanceof Number)     val = measurement
361                                                else if     (measurement.isDouble())            val = measurement.toDouble()
362                                                else val =   measurement.toString()
363                                                measurements << val
364                                        }
365                                } else {
366                                        measurements << null
367                                }
368                        }
369                        map[ measurementToken.toString() ] = measurements
370                }
371
372                return map;
373        }
374
375        /**
376         * Merges the data from multiple studies into a structure that can be exported to an excel file. The format for each assay is
377         *
378         *      [Category1:
379         *      [Column1: [1,2,3], Column2: [4,5,6]],
380         *   Category2:
381         *      [Column3: [7,8,9], Column4: [10,11,12], Column5: [13,14,15]]]
382         *
383         * Where the category describes the category of data that is presented (e.g. subject, sample etc.) and the column names describe
384         * the fields that are present. Each entry in the lists shows the value for that column for an entity. In this case, 3 entities are described.
385         * Each field should give values for all entities, so the length of all value-lists should be the same.
386         *
387         * Example: If the following input is given (2 assays)
388         *
389         *      [
390         *    [Category1:
391         *      [Column1: [1,2,3], Column2: [4,5,6]],
392         *     Category2:
393         *      [Column3: [7,8,9], Column4: [10,11,12], Column5: [13,14,15]]],
394         *    [Category1:
395         *      [Column1: [16,17], Column6: [18,19]],
396         *     Category3:
397         *      [Column3: [20,21], Column8: [22,23]]]
398         * ]
399         *
400         * the output will be (5 entries for each column, empty values for fields that don't exist in some assays)
401         *
402         *      [
403         *    [Category1:
404         *      [Column1: [1,2,3,16,17], Column2: [4,5,6,,], Column6: [,,,18,19]],
405         *     Category2:
406         *      [Column3: [7,8,9,,], Column4: [10,11,12,,], Column5: [13,14,15,,]],
407         *     Category3:
408         *      [Column3: [,,,20,21], Column8: [,,,22,23]]
409         * ]
410         *
411         *
412         * @param columnWiseAssayData   List with each entry being the column wise data of an assay. The format for each
413         *                                                              entry is described above
414         * @return      Hashmap                         Combined assay data, in the same structure as each input entry. Empty values are given as an empty string.
415         *                                                              So for input entries
416         */
417        def mergeColumnWiseDataOfMultipleStudies(def columnWiseAssayData) {
418                // Compute the number of values that is expected for each assay. This number is
419                // used later on to determine the number of empty fields to add if a field is not present in this
420                // assay
421                def numValues = columnWiseAssayData.collect { assay ->
422                        for( cat in assay ) {
423                                if( cat ) {
424                                        for( field in cat.value ) {
425                                                if( field?.value?.size() > 0 ) {
426                                                        return field.value.size();
427                                                }
428                                        }
429                                }
430                        }
431
432                        return 0;
433                }
434
435                // Merge categories from all assays. Create a list for all categories
436                def categories = columnWiseAssayData*.keySet().toList().flatten().unique();
437                def mergedColumnWiseData = [:]
438                categories.each { category ->
439                        // Only work with this category for all assays
440                        def categoryData = columnWiseAssayData*.getAt( category );
441
442                        // Find the different fields in all assays
443                        def categoryFields = categoryData.findAll{ it }*.keySet().toList().flatten().unique();
444
445                        // Find data for all assays for these fields. If the fields do not exist, return an empty string
446                        def categoryValues = [:]
447                        categoryFields.each { field ->
448                                categoryValues[ field ] = [];
449
450                                // Loop through all assays
451                                categoryData.eachWithIndex { assayValues, idx ->
452                                        if( assayValues && assayValues.containsKey( field ) ) {
453                                                // Append the values if they exist
454                                                categoryValues[ field ] += assayValues[ field ];
455                                        } else {
456                                                // Append empty string for each entity if the field doesn't exist
457                                                categoryValues[ field ] += [""] * numValues[ idx ]
458                                        }
459                                }
460                        }
461
462                        mergedColumnWiseData[ category ] = categoryValues
463                }
464
465                return mergedColumnWiseData;
466        }
467
468        /**
469         * Merges the data from multiple studies into a structure that can be exported to an excel file. The format for each assay is
470         *
471         *      [Category1:
472         *      [Column1: [1,2,3], Column2: [4,5,6]],
473         *   Category2:
474         *      [Column3: [7,8,9], Column4: [10,11,12], Column5: [13,14,15]]]
475         *
476         * Where the category describes the category of data that is presented (e.g. subject, sample etc.) and the column names describe
477         * the fields that are present. Each entry in the lists shows the value for that column for an entity. In this case, 3 entities are described.
478         * Each field should give values for all entities, so the length of all value-lists should be the same.
479         *
480         * Example: If the following input is given (2 assays)
481         *
482         *      [
483         *    [Category1:
484         *      [Column1: [1,2,3], Column2: [4,5,6]],
485         *     Category2:
486         *      [Column3: [7,8,9], Column4: [10,11,12], Column5: [13,14,15]]],
487         *    [Category1:
488         *      [Column1: [16,17], Column6: [18,19]],
489         *     Category3:
490         *      [Column3: [20,21], Column8: [22,23]]]
491         * ]
492         *
493         * the output will be (5 entries for each column, empty values for fields that don't exist in some assays)
494         *
495         *      [
496         *    [Category1:
497         *      [Column1: [1,2,3,16,17], Column2: [4,5,6,,], Column6: [,,,18,19]],
498         *     Category2:
499         *      [Column3: [7,8,9,,], Column4: [10,11,12,,], Column5: [13,14,15,,]],
500         *     Category3:
501         *      [Column3: [,,,20,21], Column8: [,,,22,23]]
502         * ]
503         *
504         *
505         * @param columnWiseAssayData   List with each entry being the column wise data of an assay. The format for each
506         *                                                              entry is described above. The data MUST have a category named 'Sample Data' and in that map a field
507         *                                                              named 'id'. This field is used for matching rows. However, the column is removed, unless
508         *                                                              removeIdColumn is set to false
509         * @param removeIdColumn                If set to true (default), the values for the sample id are removed from the output.
510         * @return      Hashmap                         Combined assay data, in the same structure as each input entry. Empty values are given as an empty string.
511         *                                                              So for input entries
512         */
513        def mergeColumnWiseDataOfMultipleStudiesForASetOfSamples(def columnWiseAssayData, boolean removeIdColumn = true ) {
514                // Merge all assays and studies into one list
515                def mergedData = mergeColumnWiseDataOfMultipleStudies( columnWiseAssayData )
516
517                // A map with keys being the sampleIds, and the values are the indices of that sample in the values list
518                def idMap = [:]
519               
520                // A map with the key being an index in the value list, and the value is the index the values should be copied to
521                def convertMap = [:]
522
523                for( int i = 0; i < mergedData[ "Sample Data" ][ "id" ].size(); i++ ) {
524                        def id = mergedData[ "Sample Data" ][ "id" ][ i ];
525
526                        if( idMap[ id ] == null ) {
527                                // This id occurs for the first time
528                                idMap[ id ] = i;
529                                convertMap[ i ] = i;
530                        } else {
531                                convertMap[ i ] = idMap[ id ];
532                        }
533                }
534               
535                /*
536                 * Example output:
537                 * idMap:      [ 12: 0, 24: 1, 26: 3 ]
538                 * convertMap: [ 0: 0, 1: 1, 2: 0, 3: 3, 4: 3 ]
539                 *   (meaning: rows 0, 1 and 3 should remain, row 2 should be merged with row 0 and row 4 should be merged with row 3)
540                 *   
541                 * The value in the convertMap is always lower than its key. So we sort the convertMap on the keys. That way, we can
542                 * loop through the values and remove the row that has been merged.
543                 */
544               
545                convertMap.sort { a, b -> b.key <=> a.key }.each { 
546                        def row = it.key;
547                        def mergeWith = it.value;
548                       
549                        if( row != mergeWith ) {
550                                // Combine the data on row [row] with the data on row [mergeWith]
551                               
552                                mergedData.each { 
553                                        def cat = it.key; def fields = it.value;
554                                        fields.each { fieldData ->
555                                                def fieldName = fieldData.key; 
556                                                def fieldValues = fieldData.value;
557                                               
558                                                // If one of the fields to merge is empty, use the other one
559                                                // Otherwise the values should be the same (e.g. study, subject, sample data)
560                                                fieldValues[ mergeWith ] = ( fieldValues[ mergeWith ] == null || fieldValues[ mergeWith ] == "" ) ? fieldValues[ row ] : fieldValues[ mergeWith ]
561                                               
562                                                // Remove the row from this list
563                                                fieldValues.remove( row );
564                                        }
565                                }
566                        }
567                }
568               
569                // Remove sample id if required
570                if( removeIdColumn )
571                        mergedData[ "Sample Data" ].remove( "id" );
572               
573                return mergedData
574        }
575
576        /**
577         * Converts column
578         * @param columnData multidimensional map containing column data.
579         * On the top level, the data must be grouped by category. Each key is the
580         * category title and the values are maps representing the columns. Each
581         * column also has a title (its key) and a list of values. Columns must be
582         * equally sized.
583         *
584         * For example, consider the following map:
585         * [Category1:
586         *      [Column1: [1,2,3], Column2: [4,5,6]],
587         *  Category2:
588         *      [Column3: [7,8,9], Column4: [10,11,12], Column5: [13,14,15]]]
589         *
590         * which will be written as:
591         *
592         * | Category1  |           | Category2 |           |           |
593         * | Column1    | Column2   | Column3   | Column4   | Column5   |
594         * | 1          | 4         | 7         | 10        | 13        |
595         * | 2          | 5         | 8         | 11        | 14        |
596         * | 3          | 6         | 9         | 12        | 15        |
597         *
598         * @return row wise data
599         */
600        def convertColumnToRowStructure(columnData) {
601
602                // check if all columns have the dimensionality 2
603                if (columnData.every { it.value.every { it.value instanceof ArrayList } }) {
604
605                        def headers = [[],[]]
606
607                        columnData.each { category ->
608
609                                if (category.value.size()) {
610
611                                        // put category keys into first row separated by null values
612                                        // wherever there are > 1 columns per category
613                                        headers[0] += [category.key] + [null] * (category.value.size() - 1)
614
615                                        // put non-category column headers into 2nd row
616                                        headers[1] += category.value.collect{it.key}
617
618                                }
619
620                        }
621
622                        def d = []
623
624                        // add all column wise data into 'd'
625                        columnData.each { it.value.each { d << it.value } }
626
627                        // transpose d into row wise data and combine with header rows
628                        headers + d.transpose()
629                } else []
630
631        }
632
633        /**
634         * Export column wise data in Excel format to a stream.
635         *
636         * @param columnData Multidimensional map containing column data
637         * @param outputStream Stream to write to
638         * @param useOfficeOpenXML Flag to specify xlsx (standard) or xls output
639         * @return
640         */
641        def exportColumnWiseDataToExcelFile(columnData, outputStream, useOfficeOpenXML = true) {
642
643                // transform data into row based structure for easy writing
644                def rows = convertColumnToRowStructure(columnData)
645
646                if (rows) {
647
648                        exportRowWiseDataToExcelFile(rows, outputStream, useOfficeOpenXML)
649
650                } else {
651
652                        throw new Exception('Wrong column data format.')
653
654                }
655
656        }
657
658        /**
659         * Export row wise data in Excel format to a stream
660         *
661         * @param rowData List of lists containing for each row all cell values
662         * @param outputStream Stream to write to
663         * @param useOfficeOpenXML Flag to specify xlsx (standard) or xls output
664         * @return
665         */
666        def exportRowWiseDataToExcelFile(rowData, outputStream, useOfficeOpenXML = true) {
667                Workbook wb = useOfficeOpenXML ? new XSSFWorkbook() : new HSSFWorkbook()
668                Sheet sheet = wb.createSheet()
669
670                exportRowWiseDataToExcelSheet( rowData, sheet );
671
672                wb.write(outputStream)
673                outputStream.close()
674        }
675
676        /**
677         * Export row wise data in CSV to a stream. All values are surrounded with
678         * double quotes (" ").
679         *
680         * @param rowData List of lists containing for each row all cell values
681         * @param outputStream Stream to write to
682         * @return
683         */
684        def exportRowWiseDataToCSVFile(rowData, outputStream, outputDelimiter = '\t', locale = java.util.Locale.US) {
685
686                def formatter = NumberFormat.getNumberInstance(locale)
687                formatter.setGroupingUsed false // we don't want grouping (thousands) separators
688
689                outputStream << rowData.collect { row ->
690                        row.collect{
691
692                                // omit quotes in case of numeric values and format using chosen locale
693                                if (it instanceof Number) return formatter.format(it)
694
695                                def s = it?.toString() ?: ''
696
697                                def addQuotes = false
698
699                                // escape double quotes with double quotes if they exist and
700                                // enable surround with quotes
701                                if (s.contains('"')) {
702                                        addQuotes = true
703                                        s = s.replaceAll('"','""')
704                                } else {
705                                        // enable surround with quotes in case of comma's
706                                        if (s.contains(',') || s.contains('\n')) addQuotes = true
707                                }
708
709                                addQuotes ? "\"$s\"" : s
710
711                        }.join(outputDelimiter)
712                }.join('\n')
713
714                outputStream.close()
715        }
716
717        /**
718         * Export row wise data for multiple assays in Excel format (separate sheets) to a stream
719         *
720         * @param rowData       List of structures with rowwise data for each assay
721         * @param outputStream Stream to write to
722         * @param useOfficeOpenXML Flag to specify xlsx (standard) or xls output
723         * @return
724         */
725        def exportRowWiseDataForMultipleAssaysToExcelFile(assayData, outputStream, useOfficeOpenXML = true) {
726                Workbook wb = useOfficeOpenXML ? new XSSFWorkbook() : new HSSFWorkbook()
727
728                assayData.each { rowData ->
729                        Sheet sheet = wb.createSheet()
730
731                        exportRowWiseDataToExcelSheet( rowData, sheet );
732                }
733
734                wb.write(outputStream)
735                outputStream.close()
736        }
737
738        /**
739         * Export row wise data in Excel format to a given sheet in an excel workbook
740         *
741         * @param rowData       List of lists containing for each row all cell values
742         * @param sheet         Excel sheet to append the
743         * @return
744         */
745        def exportRowWiseDataToExcelSheet(rowData, Sheet sheet) {
746                // create all rows
747                rowData.size().times { sheet.createRow it }
748
749                sheet.eachWithIndex { Row row, ri ->
750                        if( rowData[ ri ] ) {
751                                // create appropriate number of cells for this row
752                                rowData[ri].size().times { row.createCell it }
753
754                                row.eachWithIndex { Cell cell, ci ->
755
756                                        // Numbers and values of type boolean, String, and Date can be
757                                        // written as is, other types need converting to String
758                                        def value = rowData[ri][ci]
759
760                                        value = (value instanceof Number | value?.class in [boolean.class, String.class, Date.class]) ? value : value?.toString()
761
762                                        // write the value (or an empty String if null) to the cell
763                                        cell.setCellValue(value ?: '')
764
765                                }
766                        }
767                }
768        }
769}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.