source: trunk/grails-app/services/dbnp/importer/ImporterService.groovy @ 1492

Last change on this file since 1492 was 1492, checked in by t.w.abma@…, 7 years ago
  • corrected StringList? items in the mappings page are now also correctly removed (just like Ontology terms) from the failedcells flow variable
  • Property svn:keywords set to Rev Author Date
File size: 18.9 KB
Line 
1/**
2 * Importer service
3 *
4 * The importer service handles the import of tabular, comma delimited and Excel format
5 * based files.
6 *
7 * @package importer
8 * @author t.w.abma@umcutrecht.nl
9 * @since 20100126
10 *
11 * Revision information:
12 * $Rev: 1492 $
13 * $Author: t.w.abma@umcutrecht.nl $
14 * $Date: 2011-02-04 10:16:53 +0000 (vr, 04 feb 2011) $
15 */
16package dbnp.importer
17import org.dbnp.gdt.*
18import org.apache.poi.ss.usermodel.*
19import dbnp.studycapturing.*
20
21class ImporterService {
22        def authenticationService
23
24        boolean transactional = true
25
26        /**
27         * @param is input stream representing the (workbook) resource
28         * @return high level representation of the workbook
29         */
30        Workbook getWorkbook(InputStream is) {
31                WorkbookFactory.create(is)
32        }
33
34        /**
35         * @param wb high level representation of the workbook
36         * @param sheetindex sheet to use within the workbook
37         * @return header representation as a MappingColumn hashmap
38         */
39        def getHeader(Workbook wb, int sheetindex, int headerrow, int datamatrix_start, theEntity = null) {
40                def sheet = wb.getSheetAt(sheetindex)
41                def sheetrow = sheet.getRow(datamatrix_start)
42                //def header = []
43                def header = [:]
44                def df = new DataFormatter()
45                def property = new String()
46
47                //for (Cell c: sheet.getRow(datamatrix_start)) {
48
49                (0..sheetrow.getLastCellNum() - 1).each { columnindex ->
50
51                        //def index     =   c.getColumnIndex()
52                        def datamatrix_celltype = sheet.getRow(datamatrix_start).getCell(columnindex, Row.CREATE_NULL_AS_BLANK).getCellType()
53                        def datamatrix_celldata = df.formatCellValue(sheet.getRow(datamatrix_start).getCell(columnindex))
54                        def datamatrix_cell = sheet.getRow(datamatrix_start).getCell(columnindex)
55                        def headercell = sheet.getRow(headerrow - 1 + sheet.getFirstRowNum()).getCell(columnindex)
56                        def tft = TemplateFieldType.STRING //default templatefield type
57
58                        // Check for every celltype, currently redundant code, but possibly this will be
59                        // a piece of custom code for every cell type like specific formatting
60
61                        switch (datamatrix_celltype) {
62                                case Cell.CELL_TYPE_STRING:
63                                        //parse cell value as double
64                                        def doubleBoolean = true
65                                        def fieldtype = TemplateFieldType.STRING
66
67                                        // is this string perhaps a double?
68                                        try {
69                                                formatValue(datamatrix_celldata, TemplateFieldType.DOUBLE)
70                                        } catch (NumberFormatException nfe) { doubleBoolean = false }
71                                        finally {
72                                                if (doubleBoolean) fieldtype = TemplateFieldType.DOUBLE
73                                        }
74
75                                        header[columnindex] = new dbnp.importer.MappingColumn(name: df.formatCellValue(headercell),
76                                                templatefieldtype: fieldtype,
77                                                index: columnindex,
78                                                entity: theEntity,
79                                                property: property);
80
81                                        break
82                                case Cell.CELL_TYPE_NUMERIC:
83                                        def fieldtype = TemplateFieldType.LONG
84                                        def doubleBoolean = true
85                                        def longBoolean = true
86
87                                        // is this cell really an integer?
88                                        try {
89                                                Long.valueOf(datamatrix_celldata)
90                                        } catch (NumberFormatException nfe) { longBoolean = false }
91                                        finally {
92                                                if (longBoolean) fieldtype = TemplateFieldType.LONG
93                                        }
94
95                                        // it's not an long, perhaps a double?
96                                        if (!longBoolean)
97                                                try {
98                                                        formatValue(datamatrix_celldata, TemplateFieldType.DOUBLE)
99                                                } catch (NumberFormatException nfe) { doubleBoolean = false }
100                                                finally {
101                                                        if (doubleBoolean) fieldtype = TemplateFieldType.DOUBLE
102                                                }
103
104                                        if (DateUtil.isCellDateFormatted(datamatrix_cell)) fieldtype = TemplateFieldType.DATE
105
106                                        header[columnindex] = new dbnp.importer.MappingColumn(name: df.formatCellValue(headercell),
107                                                templatefieldtype: fieldtype,
108                                                index: columnindex,
109                                                entity: theEntity,
110                                                property: property);
111                                        break
112                                case Cell.CELL_TYPE_BLANK:
113                                        header[columnindex] = new dbnp.importer.MappingColumn(name: df.formatCellValue(headercell),
114                                                templatefieldtype: TemplateFieldType.STRING,
115                                                index: columnindex,
116                                                entity: theEntity,
117                                                property: property);
118                                        break
119                                default:
120                                        header[columnindex] = new dbnp.importer.MappingColumn(name: df.formatCellValue(headercell),
121                                                templatefieldtype: TemplateFieldType.STRING,
122                                                index: columnindex,
123                                                entity: theEntity,
124                                                property: property);
125                                        break
126                        } // end of switch
127                } // end of cell loop
128                return header
129        }
130
131        /**
132         * This method is meant to return a matrix of the rows and columns
133         * used in the preview
134         *
135         * @param wb workbook object
136         * @param sheetindex sheet index used
137         * @param rows amount of rows returned
138         * @return two dimensional array (matrix) of Cell objects
139         */
140        Object[][] getDatamatrix(Workbook wb, header, int sheetindex, int datamatrix_start, int count) {
141                def sheet = wb.getSheetAt(sheetindex)
142                def rows = []
143                def df = new DataFormatter()
144
145                count = (count < sheet.getLastRowNum()) ? count : sheet.getLastRowNum()
146
147                // walk through all rows
148                ((datamatrix_start + sheet.getFirstRowNum())..count).each { rowindex ->
149                        def row = []
150
151                        (0..header.size() - 1).each { columnindex ->
152                if (sheet.getRow(rowindex))
153                    row.add( sheet.getRow(rowindex).getCell(columnindex, Row.CREATE_NULL_AS_BLANK) )
154                        }
155
156                        rows.add(row)
157                }
158
159                return rows
160        }
161
162        /**
163         * This method will move a file to a new location.
164         *
165         * @param file File object to move
166         * @param folderpath folder to move the file to
167         * @param filename (new) filename to give
168         * @return if file has been moved succesful, the new path and filename will be returned, otherwise an empty string will be returned
169         */
170        def moveFile(File file, String folderpath, String filename) {
171                try {
172                        def rnd = ""; //System.currentTimeMillis()
173                        file.transferTo(new File(folderpath, rnd + filename))
174                        return folderpath + filename
175                } catch (Exception exception) {
176                        log.error "File move error, ${exception}"
177                        return ""
178                }
179        }
180
181        /**
182         * @return random numeric value
183         */
184        def random = {
185                return System.currentTimeMillis() + Runtime.runtime.freeMemory()
186        }
187
188        /**
189         * Method to read data from a workbook and to import data into a two dimensional
190         * array
191         *
192         * @param template_id template identifier to use fields from
193         * @param wb POI horrible spreadsheet formatted workbook object
194         * @param mcmap linked hashmap (preserved order) of MappingColumns
195         * @param sheetindex sheet to use when using multiple sheets
196         * @param rowindex first row to start with reading the actual data (NOT the header)
197         * @return two dimensional array containing records (with entities)
198         *
199         * @see dbnp.importer.MappingColumn
200         */
201        def importData(template_id, Workbook wb, int sheetindex, int rowindex, mcmap) {
202                def sheet = wb.getSheetAt(sheetindex)
203                def template = Template.get(template_id)
204                def table = []
205                def failedcells = [] // list of records
206
207                // walk through all rows and fill the table with records
208                (rowindex..sheet.getLastRowNum()).each { i ->
209                        // Create an entity record based on a row read from Excel and store the cells which failed to be mapped
210                        def (record, failed) = createRecord(template, sheet.getRow(i), mcmap)
211
212                        // Add record with entity and its values to the table
213                        table.add(record)
214
215                        // If failed cells have been found, add them to the failed cells list
216                        if (failed?.importcells?.size() > 0) failedcells.add(failed)
217                }
218
219                return [table, failedcells]
220        }
221
222        /** Method to put failed cells back into the datamatrix. Failed cells are cell values
223         * which could not be stored in an entity (e.g. Humu Supiuns in an ontology field).
224         * Empty corrections should not be stored
225         *
226         * @param datamatrix two dimensional array containing entities and possibly also failed cells
227         * @param failedcells list with maps of failed cells in [mappingcolumn, cell] format
228         * @param correctedcells map of corrected cells in [cellhashcode, value] format
229         * */
230        def saveCorrectedCells(datamatrix, failedcells, correctedcells) {
231
232                // Loop through all failed cells (stored as
233                failedcells.each { record ->
234                        record.value.importcells.each { cell ->
235
236                                // Get the corrected value
237                                def correctedvalue = correctedcells.find { it.key.toInteger() == cell.getIdentifier()}.value
238
239                                // Find the record in the table which the mappingcolumn belongs to
240                                def tablerecord = datamatrix.find { it.hashCode() == record.key }
241
242                                // Loop through all entities in the record and correct them if necessary
243                                tablerecord.each { rec ->
244                                        rec.each { entity ->
245                                                try {
246                                                        // Update the entity field
247                                                        entity.setFieldValue(cell.mappingcolumn.property, correctedvalue)
248                                                        //log.info "Adjusted " + cell.mappingcolumn.property + " to " + correctedvalue
249                                                }
250                                                catch (Exception e) {
251                                                        //log.info "Could not map corrected ontology: " + cell.mappingcolumn.property + " to " + correctedvalue
252                                                }
253                                        }
254                                } // end of table record
255                        } // end of cell record
256                } // end of failedlist
257        }
258
259        /**
260         * Method to store a matrix containing the entities in a record like structure. Every row in the table
261         * contains one or more entity objects (which contain fields with values). So actually a row represents
262         * a record with fields from one or more different entities.
263         *
264         * @param study entity Study
265         * @param datamatrix two dimensional array containing entities with values read from Excel file
266         */
267        static saveDatamatrix(Study study, datamatrix, authenticationService, log) {
268                def validatedSuccesfully = 0
269                def entitystored = null
270
271                // Study passed? Sync data
272                if (study != null) study.refresh()
273
274                // go through the data matrix, read every record and validate the entity and try to persist it
275                datamatrix.each { record ->
276                        record.each { entity ->
277                                switch (entity.getClass()) {
278                                        case Study: log.info ".importer wizard, persisting Study `" + entity + "`: "
279                                                entity.owner = authenticationService.getLoggedInUser()
280                       
281                        if (study.validate()) {
282                            if (!entity.save(flush:true)) {
283                                log.error ".importer wizard, study could not be saved: " + entity
284                                throw new Exception('.importer wizard, study could not be saved: ' + entity)
285                            }
286                        } else {
287                            log.error ".importer wizard, study could not be validated: " + entity
288                            throw new Exception('.importer wizard, study could not be validated: ' + entity)
289                        }
290
291                        break
292                                        case Subject: log.info ".importer wizard, persisting Subject `" + entity + "`: "
293
294                                                // is the current entity not already in the database?
295                                                //entitystored = isEntityStored(entity)
296
297                                                // this entity is new, so add it to the study
298                                                //if (entitystored==null)
299
300                                                study.addToSubjects(entity)
301                                        println "subject persisting" + entity.dump()
302
303                                                break
304                                        case Event: log.info ".importer wizard, persisting Event `" + entity + "`: "
305                                                study.addToEvents(entity)
306                                                break
307                                        case Sample: log.info ".importer wizard, persisting Sample `" + entity + "`: "
308
309                                                // is this sample validatable (sample name unique for example?)
310                                                study.addToSamples(entity)
311
312                                                break
313                                        case SamplingEvent: log.info ".importer wizard, persisting SamplingEvent `" + entity + "`: "
314                                                study.addToSamplingEvents(entity)
315                                                break
316                                        default: log.info ".importer wizard, skipping persisting of `" + entity.getclass() + "`"
317                                                break
318                                } // end switch
319                        } // end record
320                } // end datamatrix
321
322                // validate study
323                if (study.validate()) {
324                        if (!study.save(flush: true)) {
325                                //this.appendErrors(flow.study, flash.wizardErrors)
326                                throw new Exception('.importer wizard [saveDatamatrix] error while saving study')
327                        }
328                } else {
329                        throw new Exception('.importer wizard [saveDatamatrix] study does not validate')
330                }
331
332                //persistEntity(study)
333
334                //return [validatedSuccesfully, updatedentities, failedtopersist]
335                //return [0,0,0]
336                return true
337        }
338
339        /**
340         * Check whether an entity already exist. A unique field in the entity is
341         * used to check whether the instantiated entity (read from Excel) is new.
342         * If the entity is found in the database it will be returned as is.
343         *
344         * @param entity entity object like a Study, Subject, Sample et cetera
345         * @return entity if found, otherwise null
346         */
347        def isEntityStored(entity) {
348                switch (entity.getClass()) {
349                        case Study: return Study.findByCode(entity.code)
350                                break
351                        case Subject: return Subject.findByParentAndName(entity.parent, entity.name)
352                                break
353                        case Event: break
354                        case Sample:
355                                break
356                        case SamplingEvent: break
357                        default:  // unknown entity
358                                return null
359                }
360        }
361
362        /**
363         * Find the entity and update the fields. The entity is an instance
364         * read from Excel. This method looks in the database for the entity
365         * having the same identifier. If it has found the same entity
366         * already in the database, it will update the record.
367         *
368         * @param entitystored existing record in the database to update
369         * @param entity entity read from Excel
370         */
371        def updateEntity(entitystored, entity) {
372                switch (entity.getClass()) {
373                        case Study: break
374                        case Subject: entitystored.properties = entity.properties
375                                entitystored.save()
376                                break
377                        case Event: break
378                        case Sample: break
379                        case SamplingEvent: break
380                        default:  // unknown entity
381                                return null
382                }
383        }
384
385        /**
386         * Method to persist entities into the database
387         * Checks whether entity already exists (based on identifier column 'name')
388         *
389         * @param entity entity object like Study, Subject, Protocol et cetera
390         *
391         */
392        boolean persistEntity(entity) {
393                /*log.info ".import wizard persisting ${entity}"
394
395                try {           
396                        entity.save(flush: true)
397                        return true
398
399                } catch (Exception e) {
400                        def session = sessionFactory.currentSession
401                        session.setFlushMode(org.hibernate.FlushMode.MANUAL)
402                        log.error ".import wizard, failed to save entity:\n" + org.apache.commons.lang.exception.ExceptionUtils.getRootCauseMessage(e)
403                }
404
405                return true*/
406        //println "persistEntity"
407        }
408
409        /**
410         * This method creates a record (array) containing entities with values
411         *
412         * @param template_id template identifier
413         * @param excelrow POI based Excel row containing the cells
414         * @param mcmap map containing MappingColumn objects
415         * @return list of entities and list of failed cells
416         */
417        def createRecord(template, Row excelrow, mcmap) {
418                def df = new DataFormatter()
419                def tft = TemplateFieldType
420                def record = [] // list of entities and the read values
421                def failed = new ImportRecord() // map with entity identifier and failed mappingcolumn
422
423                // Initialize all possible entities with the chosen template
424                def study = new Study(template: template)
425                def subject = new Subject(template: template)
426                def samplingEvent = new SamplingEvent(template: template)
427                def event = new Event(template: template)
428                def sample = new Sample(template: template)
429
430                // Go through the Excel row cell by cell
431                for (Cell cell: excelrow) {
432                        // get the MappingColumn information of the current cell
433                        def mc = mcmap[cell.getColumnIndex()]
434                        def value
435
436                        // Check if column must be imported
437                        if (mc != null) if (!mc.dontimport) {
438                                try {
439                                        value = formatValue(df.formatCellValue(cell), mc.templatefieldtype)
440                                } catch (NumberFormatException nfe) {
441                                        value = ""
442                                }
443
444                                try {
445                                        // which entity does the current cell (field) belong to?
446                                        switch (mc.entity) {
447                                                case Study: // does the entity already exist in the record? If not make it so.
448                                                        (record.any {it.getClass() == mc.entity}) ? 0 : record.add(study)
449                                                        study.setFieldValue(mc.property, value)
450                                                        break
451                                                case Subject: (record.any {it.getClass() == mc.entity}) ? 0 : record.add(subject)
452                                                        subject.setFieldValue(mc.property, value)
453                                                        break
454                                                case SamplingEvent: (record.any {it.getClass() == mc.entity}) ? 0 : record.add(samplingEvent)
455                                                        samplingEvent.setFieldValue(mc.property, value)
456                                                        break
457                                                case Event: (record.any {it.getClass() == mc.entity}) ? 0 : record.add(event)
458                                                        event.setFieldValue(mc.property, value)
459                                                        break
460                                                case Sample: (record.any {it.getClass() == mc.entity}) ? 0 : record.add(sample)
461                                                        sample.setFieldValue(mc.property, value)
462                                                        break
463                                                case Object:   // don't import
464                                                        break
465                                        } // end switch
466                                } catch (Exception iae) {
467                                        log.error ".import wizard error could not set property `" + mc.property + "` to value `" + value + "`"
468                                        // store the mapping column and value which failed
469                    def identifier
470
471                                        switch (mc.entity) {
472                                                case Study: identifier = "entity_" + study.getIdentifier() + "_" + mc.property
473                                                        break
474                                                case Subject: identifier = "entity_" + subject.getIdentifier() + "_" + mc.property
475                                                        break
476                                                case SamplingEvent: identifier = "entity_" + samplingEvent.getIdentifier() + "_" + mc.property
477                                                        break
478                                                case Event: identifier = "entity_" + event.getIdentifier() + "_" + mc.property
479                                                        break
480                                                case Sample: identifier = "entity_" + sample.getIdentifier() + "_" + mc.property
481                                                        break
482                                                case Object:   // don't import
483                                                        break
484                                        }
485
486                                        def mcInstance = new MappingColumn()
487                                        mcInstance.properties = mc.properties
488                                        failed.addToImportcells(new ImportCell(mappingcolumn: mcInstance, value: value, entityidentifier: identifier))
489                                }
490                        } // end
491                } // end for
492                // a failed column means that using the entity.setFieldValue() threw an exception
493                return [record, failed]
494        }
495
496        /**
497         * Method to parse a value conform a specific type
498         * @param value string containing the value
499         * @return object corresponding to the TemplateFieldType
500         */
501        def formatValue(String value, TemplateFieldType type) throws NumberFormatException {
502                switch (type) {
503                        case TemplateFieldType.STRING: return value.trim()
504                        case TemplateFieldType.TEXT: return value.trim()
505                        case TemplateFieldType.LONG: return (long) Double.valueOf(value)
506                //case TemplateFieldType.FLOAT      :   return Float.valueOf(value.replace(",","."));
507                        case TemplateFieldType.DOUBLE: return Double.valueOf(value.replace(",", "."));
508                        case TemplateFieldType.STRINGLIST: return value.trim()
509                        case TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM: return value.trim()
510                        case TemplateFieldType.DATE: return value
511                        default: return value
512                }
513        }
514
515        // classes for fuzzy string matching
516        // <FUZZY MATCHING>
517
518        static def similarity(l_seq, r_seq, degree = 2) {
519                def l_histo = countNgramFrequency(l_seq, degree)
520                def r_histo = countNgramFrequency(r_seq, degree)
521
522                dotProduct(l_histo, r_histo) /
523                        Math.sqrt(dotProduct(l_histo, l_histo) *
524                                dotProduct(r_histo, r_histo))
525        }
526
527        static def countNgramFrequency(sequence, degree) {
528                def histo = [:]
529                def items = sequence.size()
530
531                for (int i = 0; i + degree <= items; i++) {
532                        def gram = sequence[i..<(i + degree)]
533                        histo[gram] = 1 + histo.get(gram, 0)
534                }
535                histo
536        }
537
538        static def dotProduct(l_histo, r_histo) {
539                def sum = 0
540                l_histo.each { key, value ->
541                        sum = sum + l_histo[key] * r_histo.get(key, 0)
542                }
543                sum
544        }
545
546        static def stringSimilarity(l_str, r_str, degree = 2) {
547
548                similarity(l_str.toString().toLowerCase().toCharArray(),
549                        r_str.toString().toLowerCase().toCharArray(),
550                        degree)
551        }
552
553        static def mostSimilar(pattern, candidates, threshold = 0) {
554                def topScore = 0
555                def bestFit = null
556
557                candidates.each { candidate ->
558                        def score = stringSimilarity(pattern, candidate)
559                        if (score > topScore) {
560                                topScore = score
561                                bestFit = candidate
562                        }
563                }
564
565                if (topScore < threshold)
566                        bestFit = null
567
568                bestFit
569        }
570        // </FUZZY MATCHING>
571
572}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.