root/trunk/grails-app/services/dbnp/importer/ImporterService.groovy @ 1044

Revision 1044, 16.9 KB (checked in by t.w.abma@…, 3 years ago)

- added record which contains failed columns, should be passed to an overview in step 2a

  • Property svn:keywords set to Date Author Rev
Line 
1/**
2 * Importer service
3 *
4 * The importer service handles the import of tabular, comma delimited and Excel format
5 * based files.
6 *
7 * @package     importer
8 * @author      t.w.abma@umcutrecht.nl
9 * @since       20100126
10 *
11 * Revision information:
12 * $Rev$
13 * $Author$
14 * $Date$
15 */
16
17package dbnp.importer
18import org.apache.poi.hssf.usermodel.*
19import org.apache.poi.poifs.filesystem.POIFSFileSystem
20import org.apache.poi.ss.usermodel.DataFormatter
21
22import dbnp.studycapturing.TemplateFieldType
23import dbnp.studycapturing.Template
24import dbnp.studycapturing.SamplingEvent
25import dbnp.studycapturing.Study
26import dbnp.studycapturing.Subject
27import dbnp.studycapturing.Event
28import dbnp.studycapturing.Sample
29
30import dbnp.data.Term
31
32class ImporterService {
33
34    boolean transactional = true
35
36    /**
37    * @param is input stream representing the (workbook) resource
38    * @return high level representation of the workbook
39    */
40    HSSFWorkbook getWorkbook(InputStream is) {
41        POIFSFileSystem fs = new POIFSFileSystem(is)
42        HSSFWorkbook    wb = new HSSFWorkbook(fs);
43        return wb;
44    }
45
46    /**
47     * @param wb high level representation of the workbook
48     * @param sheetindex sheet to use within the workbook
49     * @return header representation as a MappingColumn hashmap
50     */
51    def getHeader(HSSFWorkbook wb, int sheetindex, int headerrow, int datamatrix_start, theEntity=null){
52
53        def sheet = wb.getSheetAt(sheetindex)   
54        def sheetrow = sheet.getRow(datamatrix_start)
55        //def header = []
56        def header = [:]
57        def df = new DataFormatter()
58        def property = new String()
59
60        //for (HSSFCell c: sheet.getRow(datamatrix_start)) {
61
62        (0..sheetrow.getLastCellNum() -1 ).each { columnindex ->
63
64            //def index =   c.getColumnIndex()
65            def datamatrix_celltype = sheet.getRow(datamatrix_start).getCell(columnindex, org.apache.poi.ss.usermodel.Row.CREATE_NULL_AS_BLANK).getCellType()
66            def datamatrix_celldata = df.formatCellValue(sheet.getRow(datamatrix_start).getCell(columnindex))
67            def datamatrix_cell     = sheet.getRow(datamatrix_start).getCell(columnindex)
68            println "frn is "+sheet.getFirstRowNum()
69                def headercell = sheet.getRow(headerrow-1+sheet.getFirstRowNum()).getCell(columnindex)
70            def tft = TemplateFieldType.STRING //default templatefield type
71
72            // Check for every celltype, currently redundant code, but possibly this will be
73            // a piece of custom code for every cell type like specific formatting         
74               
75            switch (datamatrix_celltype) {
76                    case HSSFCell.CELL_TYPE_STRING:
77                            //parse cell value as double
78                            def doubleBoolean = true
79                            def fieldtype = TemplateFieldType.STRING
80
81                            // is this string perhaps a double?
82                            try {
83                                formatValue(datamatrix_celldata, TemplateFieldType.DOUBLE)
84                            } catch (NumberFormatException nfe) { doubleBoolean = false }
85                            finally {
86                                if (doubleBoolean) fieldtype = TemplateFieldType.DOUBLE
87                            }
88
89                            header[columnindex] = new dbnp.importer.MappingColumn(name:df.formatCellValue(headercell),
90                                                                            templatefieldtype:fieldtype,
91                                                                            index:columnindex,
92                                                                            entity:theEntity,
93                                                                            property:property);
94
95                            break
96                    case HSSFCell.CELL_TYPE_NUMERIC:
97                            def fieldtype = TemplateFieldType.INTEGER
98                            def doubleBoolean = true
99                            def integerBoolean = true
100
101                            // is this cell really an integer?
102                            try {
103                                Integer.valueOf(datamatrix_celldata)
104                            } catch (NumberFormatException nfe) { integerBoolean = false }
105                            finally {
106                                if (integerBoolean) fieldtype = TemplateFieldType.INTEGER
107                            }
108
109                            // it's not an integer, perhaps a double?
110                            if (!integerBoolean)
111                                try {
112                                    formatValue(datamatrix_celldata, TemplateFieldType.DOUBLE)
113                                } catch (NumberFormatException nfe) { doubleBoolean = false }
114                                finally {
115                                    if (doubleBoolean) fieldtype = TemplateFieldType.DOUBLE
116                                }
117
118                            if (HSSFDateUtil.isCellDateFormatted(datamatrix_cell)) fieldtype = TemplateFieldType.DATE
119
120                            header[columnindex] = new dbnp.importer.MappingColumn(name:df.formatCellValue(headercell),
121                                                                            templatefieldtype:fieldtype,
122                                                                            index:columnindex,
123                                                                            entity:theEntity,
124                                                                            property:property);
125                            break
126                    case HSSFCell.CELL_TYPE_BLANK:
127                            header[columnindex] = new dbnp.importer.MappingColumn(name:df.formatCellValue(headercell),
128                                                                            templatefieldtype:TemplateFieldType.STRING,
129                                                                            index:columnindex,
130                                                                            entity:theEntity,
131                                                                            property:property);
132                            break
133                    default:
134                            header[columnindex] = new dbnp.importer.MappingColumn(name:df.formatCellValue(headercell),
135                                                                            templatefieldtype:TemplateFieldType.STRING,
136                                                                            index:columnindex,
137                                                                            entity:theEntity,
138                                                                            property:property);
139                            break
140            } // end of switch
141        } // end of cell loop
142        return header
143    }
144
145    /**
146     * This method is meant to return a matrix of the rows and columns
147     * used in the preview
148     *
149     * @param wb workbook object
150     * @param sheetindex sheet index used
151     * @param rows amount of rows returned
152     * @return two dimensional array (matrix) of HSSFCell objects
153     */
154
155    HSSFCell[][] getDatamatrix(HSSFWorkbook wb, header, int sheetindex, int datamatrix_start, int count) {
156        def sheet = wb.getSheetAt(sheetindex)
157        def rows  = []
158        def df = new DataFormatter()   
159
160        // walk through all rows
161        (count <= sheet.getLastRowNum()) ?
162        ((datamatrix_start+sheet.getFirstRowNum())..count).each { rowindex ->
163            def row = []
164
165            // walk through every cell
166            /*for (HSSFCell c: sheet.getRow(rowindex)) {
167                row.add(c)
168                println c.getColumnIndex() + "=" +c
169            }*/
170           
171            (0..header.size()-1).each { columnindex ->
172                def c = sheet.getRow(rowindex).getCell(columnindex, org.apache.poi.ss.usermodel.Row.CREATE_NULL_AS_BLANK)               
173                //row.add(df.formatCellValue(c))
174                row.add(c)
175                //if (c.getCellType() == c.CELL_TYPE_STRING) println "STR"+c.getStringCellValue()
176                //if (c.getCellType() == c.CELL_TYPE_NUMERIC) println "INT" +c.getNumericCellValue()
177            }
178                //row.add(df.formatCellValue(c))
179            rows.add(row)
180        } : 0
181
182        return rows
183    }
184
185    /**
186    * This method will move a file to a new location.
187    *
188    * @param file File object to move
189    * @param folderpath folder to move the file to
190    * @param filename (new) filename to give
191    * @return if file has been moved succesful, the new path and filename will be returned, otherwise an empty string will be returned
192    */
193    def moveFile(File file, String folderpath, String filename) {
194        try {
195                def rnd = ""; //System.currentTimeMillis()
196                file.transferTo(new File(folderpath, rnd+filename))
197                return folderpath + filename
198            } catch(Exception exception) {
199                log.error "File move error, ${exception}"
200                return ""
201                }
202    }
203
204    /**
205    * @return random numeric value
206    */
207    def random = {
208            return System.currentTimeMillis() + Runtime.runtime.freeMemory()
209        }
210
211    /**
212    * Method to read data from a workbook and to import data into a two dimensional
213    * array
214    *
215    * @param template_id template identifier to use fields from
216    * @param wb POI horrible spreadsheet formatted workbook object
217    * @param mcmap linked hashmap (preserved order) of MappingColumns
218    * @param sheetindex sheet to use when using multiple sheets
219    * @param rowindex first row to start with reading the actual data (NOT the header)
220    * @return two dimensional array containing records (with entities)
221    *
222    * @see dbnp.importer.MappingColumn
223    */
224    def importData(template_id, HSSFWorkbook wb, int sheetindex, int rowindex, mcmap) {
225        def sheet = wb.getSheetAt(sheetindex)
226        def table = []
227       
228        // walk through all rows and fill the table with records
229        (rowindex..sheet.getLastRowNum()).each { i ->
230            table.add(createRecord(template_id, sheet.getRow(i), mcmap))
231        }
232        return table   
233    }
234   
235    /**
236     * Method to store a matrix containing the entities in a record like structure. Every row in the table
237     * contains one or more entity objects (which contain fields with values). So actually a row represents
238     * a record with fields from one or more different entities.
239     *
240     * @param study entity Study
241     * @param datamatrix two dimensional array containing entities with values read from Excel file
242     */   
243    def saveDatamatrix(Study study, datamatrix) {
244        def validatedSuccesfully = 0
245        def entitystored = null
246        study.refresh()       
247       
248        // go through the data matrix, read every record and validate the entity and try to persist it
249        datamatrix.each { record ->
250            record.each { entity ->
251                        switch (entity.getClass()) {
252                        case Study       :  print "Persisting Study `" + entity + "`: "
253                                                if (persistEntity(entity)) validatedSuccesfully++
254                                                break
255                        case Subject     :  print "Persisting Subject `" + entity + "`: "
256                                                entity.parent = study
257                                               
258                                                // is the current entity not already in the database?
259                                                entitystored = isEntityStored(entity)
260                                               
261                                                // this entity is new, so add it to the study
262                                                if (entitystored==null) study.addToSubjects(entity)
263                                                else // existing entity, so update it
264                                                    updateEntity(entitystored, entity)
265
266                                                if (persistEntity(study)) validatedSuccesfully++
267                                                break
268                        case Event       :  print "Persisting Event `" + entity + "`: "
269                                                entity.parent = study
270                                                study.addToEvents(entity)
271                                                if (persistEntity(entity)) validatedSuccesfully++
272                                                break
273                        case Sample      :  print "Persisting Sample `" + entity +"`: "
274                                                entity.parent = study
275                                                study.addToSamples(entity)
276                                                if (persistEntity(entity)) validatedSuccesfully++
277                                                break
278                        case SamplingEvent: print "Persisting SamplingEvent `" + entity + "`: "
279                                                entity.parent = study
280                                                study.addToSamplingEvents(entity)
281                                                if (persistEntity(entity)) validatedSuccesfully++
282                                                break
283                        default          :  println "Skipping persisting of `" + entity.getclass() +"`"
284                                                break
285                        } // end switch
286            } // end record
287        } // end datamatrix
288        return validatedSuccesfully
289    }
290
291    /**
292     * Check whether an entity already exists within a study. A combination of
293     * the study where the entity will be stored and a unique field in the entity is
294     * used to check whether the instantiated entity (read from Excel) is new.
295     * If the entity is found in the database it will be returned as so and
296     * it should update the entity-values (read from Ecel) into the record in the database.
297     *
298     * @param entity entity object like a Study, Subject, Sample et cetera
299     * @return entity if found, otherwise null
300     */
301    def isEntityStored(entity) {
302            switch (entity.getClass()) {
303                        case Study          :  return Study.findByCode(entity.code)
304                                               break
305                        case Subject        :  return Subject.findByParentAndName(entity.parent, entity.name)
306                                               break
307                        case Event          :  break
308                        case Sample         :  break
309                        case SamplingEvent  :  break
310                        default             :  // unknown entity
311                                               return null
312            }
313    }
314
315    /**
316     * Find the entity and update the fields. The entity is an instance
317     * read from Excel. This method looks in the database for the entity
318     * having the same identifier. If it has found the same entity
319     * already in the database, it will update the record.
320     *
321     * @param entitystored existing record in the database to update
322     * @param entity entity read from Excel
323     */
324    def updateEntity(entitystored, entity) {
325        switch (entity.getClass()) {
326                        case Study          :  break
327                        case Subject        :  entitystored.properties = entity.properties
328                                               entitystored.save()
329                                               break
330                        case Event          :  break
331                        case Sample         :  break
332                        case SamplingEvent  :  break
333                        default             :  // unknown entity
334                                               return null
335        }
336    }
337
338    /**
339     * Method to persist entities into the database
340     * Checks whether entity already exists (based on identifier column 'name')
341     *
342     * @param entity entity object like Study, Subject, Protocol et cetera
343     *
344     */
345    boolean persistEntity(entity) {
346            println "persisting ${entity}"           
347            // if not validated
348                if (entity.validate()) {
349                        if (entity.save()) { //.merge?
350                                return true
351                        }
352                        else { // if save was unsuccesful
353                                entity.errors.allErrors.each {
354                                        println it
355                                }
356                                return false
357                        }
358                }
359            else { // if not validated
360                    entity.errors.each {
361                            println it
362                    }
363                        return false
364            }
365         }
366
367        /**
368         * This method creates a record (array) containing entities with values
369         *
370         * @param template_id template identifier
371         * @param excelrow POI based Excel row containing the cells
372         * @param mcmap map containing MappingColumn objects
373         */
374        def createRecord(template_id, HSSFRow excelrow, mcmap) {
375                def df = new DataFormatter()
376                def template = Template.get(template_id)
377                def record = []
378                def failed = [:]
379
380                // Initialize all possible entities with the chosen template
381                def study = new Study(template: template)
382                def subject = new Subject(template: template)
383                def samplingEvent = new SamplingEvent(template: template)
384                def event = new Event(template: template)
385                def sample = new Sample(template: template)
386
387                // Go through the Excel row cell by cell
388                for (HSSFCell cell: excelrow) {
389                        // get the MappingColumn information of the current cell
390                        def mc = mcmap[cell.getColumnIndex()]
391                        def value                       
392
393                        // Check if column must be imported
394                        if (mc!=null) if (!mc.dontimport) {
395                                try {
396                                        value = formatValue(df.formatCellValue(cell), mc.templatefieldtype)
397                                } catch (NumberFormatException nfe) {
398                                        value = ""
399                                }
400
401                                try {
402
403                                // which entity does the current cell (field) belong to?
404                                    switch (mc.entity) {
405                                        case Study: // does the entity already exist in the record? If not make it so.
406                                                (record.any {it.getClass() == mc.entity}) ? 0 : record.add(study)
407                                                study.setFieldValue(mc.property, value)
408                                                break
409                                        case Subject: (record.any {it.getClass() == mc.entity}) ? 0 : record.add(subject)
410                                                subject.setFieldValue(mc.property, value)
411                                                break
412                                        case SamplingEvent: (record.any {it.getClass() == mc.entity}) ? 0 : record.add(samplingEvent)
413                                                samplingEvent.setFieldValue(mc.property, value)
414                                                break
415                                        case Event: (record.any {it.getClass() == mc.entity}) ? 0 : record.add(event)
416                                                event.setFieldValue(mc.property, value)
417                                                break
418                                        case Sample: (record.any {it.getClass() == mc.entity}) ? 0 : record.add(sample)
419                                                sample.setFieldValue(mc.property, value)
420                                                break
421                                        case Object:   // don't import
422                                                break
423                                    } // end switch
424                                } catch (IllegalArgumentException iae) {
425                                    // leave the field empty and let the user choose the ontology manually in a later step
426                                    failed.put(mc, value)
427                                }
428                        } // end
429                } // end for
430
431        // add the failed columns to the record (might also be just an empty map if nothing failed)
432        // a failed column means that using the entity.setFieldValue() threw an exception
433        record.add(failed)
434       
435        return record
436    }
437
438    /**
439    * Method to parse a value conform a specific type
440    * @param value string containing the value
441    * @return object corresponding to the TemplateFieldType
442    */
443    def formatValue(String value, TemplateFieldType type) throws NumberFormatException {
444            switch (type) {
445                case TemplateFieldType.STRING       :   return value.trim()
446                case TemplateFieldType.TEXT         :   return value.trim()
447                case TemplateFieldType.INTEGER      :   return (int) Double.valueOf(value)
448                case TemplateFieldType.FLOAT        :   return Float.valueOf(value.replace(",","."));
449                case TemplateFieldType.DOUBLE       :   return Double.valueOf(value.replace(",","."));
450                case TemplateFieldType.STRINGLIST   :   return value.trim()
451                case TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM :   return value.trim()
452                case TemplateFieldType.DATE         :   return value
453                default                             :   return value
454            }
455    }
456
457}
Note: See TracBrowser for help on using the browser.