source: trunk/grails-app/controllers/dbnp/studycapturing/AssayController.groovy @ 1632

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Fixed 'Assay has no value (null)' error in assay exporter

  • Property svn:keywords set to Rev Author Date
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Line 
1package dbnp.studycapturing
2
3class AssayController {
4
5    def assayService
6    def authenticationService
7   
8    static allowedMethods = [save: "POST", update: "POST", delete: "POST"]
9
10    def index = {
11        redirect(action: "list", params: params)
12    }
13
14    def list = {
15        params.max = Math.min(params.max ? params.int('max') : 10, 100)
16        [assayInstanceList: Assay.list(params), assayInstanceTotal: Assay.count()]
17    }
18
19    def create = {
20        def assayInstance = new Assay()
21        assayInstance.properties = params
22        return [assayInstance: assayInstance]
23    }
24
25    def save = {
26        def assayInstance = new Assay(params)
27
28        // The following lines deviate from the generate-all generated code.
29        // See http://jira.codehaus.org/browse/GRAILS-3783 for why we have this shameful workaround...
30        def study = assayInstance.parent
31        study.addToAssays(assayInstance)
32
33        if (assayInstance.save(flush: true)) {
34            flash.message = "${message(code: 'default.created.message', args: [message(code: 'assay.label', default: 'Assay'), assayInstance.id])}"
35            redirect(action: "show", id: assayInstance.id)
36        }
37        else {
38            render(view: "create", model: [assayInstance: assayInstance])
39        }
40    }
41
42    def show = {
43        def assayInstance = Assay.get(params.id)
44        if (!assayInstance) {
45            flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'assay.label', default: 'Assay'), params.id])}"
46            redirect(action: "list")
47        }
48        else {
49            [assayInstance: assayInstance]
50        }
51    }
52
53        def showByToken = {
54            def assayInstance = Assay.findByAssayUUID(params.id)
55            if (!assayInstance) {
56                flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'assay.label', default: 'Assay'), params.id])}"
57                redirect(action: "list")
58            }
59            else {
60                    redirect(action: "show", id: assayInstance.id)
61            }
62        }
63
64    def edit = {
65        def assayInstance = Assay.get(params.id)
66        if (!assayInstance) {
67            flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'assay.label', default: 'Assay'), params.id])}"
68            redirect(action: "list")
69        }
70        else {
71            return [assayInstance: assayInstance]
72        }
73    }
74
75    def update = {
76        def assayInstance = Assay.get(params.id)
77        if (assayInstance) {
78            if (params.version) {
79                def version = params.version.toLong()
80                if (assayInstance.version > version) {
81                   
82                    assayInstance.errors.rejectValue("version", "default.optimistic.locking.failure", [message(code: 'assay.label', default: 'Assay')] as Object[], "Another user has updated this Assay while you were editing")
83                    render(view: "edit", model: [assayInstance: assayInstance])
84                    return
85                }
86            }
87            assayInstance.properties = params
88            if (!assayInstance.hasErrors() && assayInstance.save(flush: true)) {
89                flash.message = "${message(code: 'default.updated.message', args: [message(code: 'assay.label', default: 'Assay'), assayInstance.id])}"
90                redirect(action: "show", id: assayInstance.id)
91            }
92            else {
93                render(view: "edit", model: [assayInstance: assayInstance])
94            }
95        }
96        else {
97            flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'assay.label', default: 'Assay'), params.id])}"
98            redirect(action: "list")
99        }
100    }
101
102    def delete = {
103        def assayInstance = Assay.get(params.id)
104        if (assayInstance) {
105            try {
106                assayInstance.delete(flush: true)
107                flash.message = "${message(code: 'default.deleted.message', args: [message(code: 'assay.label', default: 'Assay'), params.id])}"
108                redirect(action: "list")
109            }
110            catch (org.springframework.dao.DataIntegrityViolationException e) {
111                flash.message = "${message(code: 'default.not.deleted.message', args: [message(code: 'assay.label', default: 'Assay'), params.id])}"
112                redirect(action: "show", id: params.id)
113            }
114        }
115        else {
116            flash.message = "${message(code: 'default.not.found.message', args: [message(code: 'assay.label', default: 'Assay'), params.id])}"
117            redirect(action: "list")
118        }
119    }
120
121    /**
122     * Shows a page where an assay from a study can be selected
123     *
124     * @param none
125     */
126    def selectAssay = {
127        def user = authenticationService.getLoggedInUser()
128        def studies = Study.findAllByOwner(user)
129        def assays = Assay.findAllByParent(studies[0])
130
131        [userStudies: studies, assays: assays]
132    }
133
134    /**
135     * Shows a page where individual fields for the different categories (ie.
136     * subject data, sampling events... etc.) can be selected for export
137     *
138     * @param params.id Assay id
139     */
140    def selectFields = {
141        // receives an assay id
142        def assay = Assay.get(params.assayId)
143
144        // obtain fields for each category
145                def fieldMap
146        try {
147            fieldMap = assayService.collectAssayTemplateFields(assay)
148        } catch (Exception e) {
149                        e.printStackTrace();
150            flash.errorMessage = e.message
151            redirect action: 'selectAssay'
152                        return
153
154        }
155        def measurementTokens = fieldMap.remove('Module Measurement Data')
156
157        flash.fieldMap = fieldMap
158        flash.measurementTokens = measurementTokens
159        flash.assayId = params.assayId
160
161        [fieldMap: fieldMap, measurementTokens: measurementTokens.name]
162    }
163
164    /**
165     * Exports all assay information as an Excel file.
166     *
167     * @param params.id Assay id
168     */
169    def compileExportData = {
170
171        def fieldMap = flash.fieldMap
172        def assayId = flash.assayId
173
174        println assayId
175
176        // did the assay id value come across?
177        if (!assayId) {
178            flash.errorMessage = "An error occurred: assayId = ${assayId}."
179            redirect action: 'selectAssay'
180            return
181        }
182
183        Assay assay = Assay.get(assayId)
184
185        // check if assay exists
186        if (!assay) {
187
188            flash.errorMessage = "No assay found with id: ${assayId}"
189            redirect action: 'selectAssay'
190            return
191
192        }
193
194        def fieldMapSelection = [:]
195
196        fieldMap.eachWithIndex { cat, cat_i ->
197
198            if (params."cat_$cat_i" == 'on') {
199                fieldMapSelection[cat.key] = []
200
201                cat.value.eachWithIndex { field, field_i ->
202
203                    if (params."cat_${cat_i}_${field_i}" == 'on') {
204
205                        fieldMapSelection[cat.key] += field
206
207                    }
208
209                }
210
211                if (fieldMapSelection[cat.key] == []) fieldMapSelection.remove(cat.key)
212
213            }
214
215        }
216
217        def measurementTokensSelection = []
218
219        if (params."cat_4" == 'on') {
220
221            def measurementToken = params.measurementToken
222
223            if (measurementToken) {
224
225                if (measurementToken instanceof String)
226                    measurementTokensSelection = [[name: measurementToken]]
227                else
228                    measurementTokensSelection = measurementToken.collect{[name: it]}
229
230            } else {
231                measurementTokensSelection = flash.measurementTokens
232            }
233
234        }
235
236        try {
237
238            def assayData = assayService.collectAssayData(assay, fieldMapSelection, measurementTokensSelection)
239
240            def rowData = assayService.convertColumnToRowStructure(assayData)
241
242            flash.rowData = rowData
243
244            def assayDataPreview = rowData[0..4].collect{it[0..4]}
245
246            [assayDataPreview: assayDataPreview]
247
248        } catch (Exception e) {
249
250            flash.errorMessage = e.message
251            redirect action: 'selectAssay'
252
253        }
254    }
255
256    def doExport = {
257
258        def filename = 'export.xlsx'
259        response.setHeader("Content-disposition", "attachment;filename=\"${filename}\"")
260        response.setContentType("application/octet-stream")
261        try {
262           
263            assayService.exportRowWiseDataToExcelFile(flash.rowData, response.outputStream)
264
265        } catch (Exception e) {
266
267            flash.errorMessage = e.message
268            redirect action: 'selectAssay'
269
270        }
271
272
273    }
274}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.