source: trunk/grails-app/controllers/dbnp/query/AdvancedQueryController.groovy @ 1969

Last change on this file since 1969 was 1969, checked in by robert@…, 9 years ago

Added the possibility to export assay data for samples after searching. This also works for samples with multiple assays.

  • Property svn:keywords set to Rev Author Date
File size: 23.6 KB
Line 
1package dbnp.query
2
3import dbnp.modules.*
4import org.dbnp.gdt.*
5import dbnp.studycapturing.*;
6import grails.converters.JSON
7
8/**
9 * Basic web interface for searching within studies
10 *
11 * @author Robert Horlings (robert@isdat.nl)
12 */
13class AdvancedQueryController {
14        def moduleCommunicationService;
15        def authenticationService
16
17        def entitiesToSearchFor = [ 'Study': 'Studies', 'Sample': 'Samples', 'Assay': 'Assays']
18
19        /**
20         * Shows search screen
21         */
22        def index = {
23                // Check whether criteria have been given before
24                def criteria = [];
25                if( params.criteria ) {
26                        criteria = parseCriteria( params.criteria, false )
27                }
28                [searchModes: SearchMode.values(), entitiesToSearchFor: entitiesToSearchFor, searchableFields: getSearchableFields(), criteria: criteria, previousSearches: session.queries ]
29        }
30
31        /**
32         * Searches for studies or samples based on the user parameters.
33         *
34         * @param       entity          The entity to search for ( 'Study' or 'Sample' )
35         * @param       criteria        HashMap with the values being hashmaps with field, operator and value.
36         *                                              [ 0: [ field: 'Study.name', operator: 'equals', value: 'term' ], 1: [..], .. ]
37         */
38        def search = {
39                if( !params.criteria ) {
40                        flash.error = "No criteria given to search for. Please try again.";
41                        redirect( action: 'index' )
42                }
43
44                if( !params.entity || !entitiesToSearchFor*.key.contains( params.entity ) ) {
45                        flash.error = "No or incorrect entity given to search for. Please try again.";
46                        redirect( action: 'index', params: [ criteria: parseCriteria( params.criteria ) ] )
47                }
48
49                // Create a search object and let it do the searching
50                Search search = determineSearch( params.entity );
51                String view = determineView( params.entity );
52
53                // Choose between AND and OR search. Default is given by the Search class itself.
54                switch( params.operator?.toString()?.toLowerCase() ) {
55                        case "or":
56                                search.searchMode = SearchMode.or;
57                                break;
58                        case "and":
59                                search.searchMode = SearchMode.and;
60                                break;
61                }
62
63                search.execute( parseCriteria( params.criteria ) );
64
65                // Save search in session
66                def queryId = saveSearch( search );
67                render( view: view, model: [search: search, queryId: queryId, actions: determineActions(search)] );
68        }
69
70        /**
71         * Removes a specified search from session
72         * @param       id      queryId of the search to discard
73         */
74        def discard = {
75                def queryIds = params.list( 'id' );
76                queryIds = queryIds.findAll { it.isInteger() }.collect { Integer.valueOf( it ) }
77
78                if( queryIds.size() == 0 ) {
79                        flash.error = "Incorrect search ID given to discard"
80                        redirect( action: "index" );
81                        return
82                }
83
84                queryIds.each { queryId ->
85                        discardSearch( queryId );
86                }
87
88                if( queryIds.size() > 1 ) {
89                        flash.message = "Searches have been discarded"
90                } else {
91                        flash.message = "Search has been discarded"
92                }
93                redirect( action: "list" );
94        }
95
96        /**
97         * Shows a specified search from session
98         * @param       id      queryId of the search to show
99         */
100        def show = {
101                def queryId = params.int( 'id' );
102
103                if( !queryId ) {
104                        flash.error = "Incorrect search ID given to show"
105                        redirect( action: "index" );
106                        return
107                }
108
109                // Retrieve the search from session
110                Search s = retrieveSearch( queryId );
111                if( !s ) {
112                        flash.message = "Specified search could not be found"
113                        redirect( action: "index" );
114                        return;
115                }
116
117                // Attach all objects to the current hibernate thread, because the
118                // object might be attached to an old thread, since the results are
119                // saved in session
120                s.getResults().each {
121                        it.attach();
122                }
123
124                // Determine which view to show
125                def view = determineView( s.entity );
126                render( view: view, model: [search: s, queryId: queryId, actions: determineActions(s)] );
127        }
128
129        /**
130         * Shows a list of searches that have been saved in session
131         * @param       id      queryId of the search to show
132         */
133        def list = {
134                def searches = listSearches();
135
136                if( !searches || searches.size() == 0 ) {
137                        flash.message = "No previous searches found";
138                        redirect( action: "index" );
139                        return;
140                }
141                [searches: searches]
142        }
143
144        /**
145         * Shows a search screen where the user can search within the results of another search
146         * @param       id      queryId of the search to search in
147         */
148        def searchIn = {
149                def queryIds = params.list( 'id' );
150                queryIds = queryIds.findAll { it.isInteger() }.collect { Integer.valueOf( it ) }
151
152                if( queryIds.size() == 0 ) {
153                        flash.error = "Incorrect search ID given to search in"
154                        redirect( action: "list" );
155                        return
156                }
157
158                // Retrieve the searches from session
159                def params = [:]
160                queryIds.eachWithIndex { queryId, idx ->
161                        Search s = retrieveSearch( queryId );
162                        if( !s ) {
163                                flash.message = "Specified search " + queryId + " could not be found"
164                                return;
165                        } else {
166                                params[ "criteria." + idx + ".entityfield" ] = s.entity;
167                                params[ "criteria." + idx + ".operator" ] = "in";
168                                params[ "criteria." + idx + ".value" ] = queryId;
169                        }
170                }
171
172                redirect( action: "index", params: params)
173        }
174
175        /**
176         * Combines the results of multiple searches
177         * @param       id      queryIds of the searches to combine
178         */
179        def combine = {
180                def queryIds = params.list( 'id' );
181                queryIds = queryIds.findAll { it.isInteger() }.collect { Integer.valueOf( it ) }
182
183                if( queryIds.size() == 0 ) {
184                        flash.error = "Incorrect search ID given to combine"
185                        redirect( action: "index" );
186                        return
187                }
188
189                // First determine whether the types match
190                def searches = [];
191                def type = "";
192                flash.error = "";
193                queryIds.eachWithIndex { queryId, idx ->
194                        Search s = retrieveSearch( queryId );
195                        if( !s ) {
196                                return;
197                        }
198
199                        if( type ) {
200                                if( type != s.entity ) {
201                                        flash.error = type + " and " + s.entity.toLowerCase() + " queries can't be combined. Selected queries of one type.";
202                                        return
203                                }
204                        } else {
205                                type = s.entity
206                        }
207                }
208
209                if( flash.error ) {
210                        redirect( action: "list" );
211                        return;
212                }
213
214                if( !type ) {
215                        flash.error = "No correct query ids were given."
216                        redirect( action: "list" );
217                        return;
218                }
219
220                // Retrieve the searches from session
221                Search combined = determineSearch( type );
222                combined.searchMode = SearchMode.or;
223
224                queryIds.eachWithIndex { queryId, idx ->
225                        Search s = retrieveSearch( queryId );
226                        if( s ) {
227                                combined.addCriterion( new Criterion( entity: type, field: null, operator: Operator.insearch, value: s ) );
228                        }
229                }
230
231                // Execute search to combine the results
232                combined.execute();
233
234                def queryId = saveSearch( combined );
235                redirect( action: "show", id: queryId );
236        }
237
238        /**
239         * Registers a search from a module with GSCF, in order to be able to refine the searches
240         */
241        def refineExternal = {
242                // Determine parameters and retrieve objects based on the tokens
243                def name = params.name
244                def url = params.url
245                def entity = params.entity
246                def tokens = params.list( 'tokens' );
247                def results
248
249                switch( entity ) {
250                        case "Study":
251                                results = Study.findAll( "from Study s where s.studyUUID IN (:tokens)", [ 'tokens': tokens ] )
252                                break;
253                        case "Assay":
254                                results = Assay.findAll( "from Assay a where a.assayUUID IN (:tokens)", [ 'tokens': tokens ] )
255                                break;
256                        case "Sample":
257                                results = Sample.findAll( "from Sample s where s.sampleUUID IN (:tokens)", [ 'tokens': tokens ] )
258                                break;
259                        default:
260                                response.sendError( 400 );
261                                render "The given entity is not supported. Choose one of Study, Assay or Sample"
262                                return;
263                }
264
265                // Register and save search
266                Search s = Search.register( name, url, entity, results );
267                int searchId = saveSearch( s );
268
269                // Redirect to the search screen
270                def params = [
271                                        "criteria.0.entityfield": s.entity,
272                                        "criteria.0.operator": "in",
273                                        "criteria.0.value": searchId
274                                ];
275
276                redirect( action: "index", params: params)
277        }
278
279        /**
280         * Retrieves a list of distinct values that have been entered for the given field.
281         */
282        def getFieldValues = {
283                def entityField = params.entityfield;
284                entityField = entityField.split( /\./ );
285                def entity = entityField[ 0 ];
286                def field = entityField[ 1 ];
287               
288                def term = params.term
289                def termLike = "%" + term + "%"
290               
291                // Skip searching all fields
292                if( entity == "*" || field == "*" ) {
293                        render [] as JSON
294                        return;
295                }
296               
297                def entityClass = TemplateEntity.parseEntity( 'dbnp.studycapturing.' + entity)
298               
299                // Domain fields can be easily found
300                if( field == "Template" ) {
301                        render Template.executeQuery( "select distinct t.name FROM Template t where t.entity = :entity AND t.name LIKE :term", [ "entity": entityClass, "term": termLike ] ) as JSON
302                        return;
303                }
304               
305                // Determine domain fields of the entity
306                def domainFields = entityClass.giveDomainFields();
307                def domainField = domainFields.find { it.name == field };
308               
309                // The values of a domainfield can be determined easily
310                if( domainField ) {
311                        render entityClass.executeQuery( "select distinct e." + field + " FROM " + entity + " e WHERE e." + field + " LIKE :term", [ "term": termLike ] ) as JSON
312                        return;
313                }
314               
315                // Find all fields with this name and entity, in order to determine the type of the field
316                def fields = TemplateField.findAll( "FROM TemplateField t WHERE t.name = :name AND t.entity = :entity", [ "name": field, "entity": entityClass ] );
317
318                // If the field is not found, return an empty list
319                def listValues = [];
320                if( !fields ) {
321                        render listValues as JSON
322                }
323
324                // Determine the type (or types) of the field
325                def fieldTypes = fields*.type.unique()*.casedName;
326               
327                // Now create a list of possible values, based on the fieldType(s)
328               
329                // Several types of fields are handled differently.
330                // The 'simple' types (string, double) are handled by searching in the associated 'templateXXXXFields' table
331                // The 'complex' types (stringlist, template etc., referencing another database table) can't be
332                // handled correctly (the same way), since the HQL INDEX() function doesn't work on those relations.
333                // We do a search for these types to see whether any field with that type fits this criterion, in order to
334                // filter out false positives later on.
335                fieldTypes.each { type ->
336                        // Determine field name
337                        def fieldName = "template" + type + 'Fields'
338
339                        switch( type ) {
340                                case 'String':
341                                case 'Text':
342                                case 'File':
343                                        // 'Simple' field types (string values)
344                                        listValues += entityClass.executeQuery( "SELECT DISTINCT f FROM " + entity + " s left join s." + fieldName + " f WHERE index(f) = :field AND f LIKE :term", [ "field": field, "term": termLike ] );
345                                        break;
346                                       
347                                case 'Date':
348                                case 'Double':
349                                case 'Long':
350                                        // 'Simple' field types that can be converted to string and compared
351                                        listValues += entityClass.executeQuery( "SELECT DISTINCT f FROM " + entity + " s left join s." + fieldName + " f WHERE index(f) = :field AND str(f) LIKE :term", [ "field": field, "term": termLike ] );
352                                        break;
353                                case 'Boolean':
354                                        // Simple field types that don't support like
355                                        listValues += entityClass.executeQuery( "SELECT DISTINCT f FROM " + entity + " s left join s." + fieldName + " f WHERE index(f) = :field", [ "field": field ] );
356                                        break;
357                               
358                                case 'RelTime':
359                                        // RelTime values should be formatted before returning
360                                        def reltimes = entityClass.executeQuery( "SELECT DISTINCT f FROM " + entity + " s left join s." + fieldName + " f WHERE index(f) = :field", [ "field": field ] );
361                                        listValues += reltimes.collect { def rt = new RelTime( it ); return rt.toString(); }
362                                        break;
363
364                                case 'StringList':
365                                case 'ExtendableStringList':
366                                case 'Term':
367                                case 'Template':
368                                case 'Module':
369                                        // 'Complex' field types: select all possible names for the given field, that have ever been used
370                                        // (i.e. all ontologies that have ever been used in any field). We have to do it this way, because the HQL
371                                        // index() function (see simple fields) doesn't work on many-to-many relations
372                                        listValues += entityClass.executeQuery( "SELECT DISTINCT f.name FROM " + entity + " s left join s." + fieldName + " f WHERE f.name LIKE :term", [ "term": termLike ] );
373                                default:
374                                        break;
375                        }
376                }
377               
378                render listValues as JSON
379        }
380
381        protected String determineView( String entity ) {
382                switch( entity ) {
383                        case "Study":   return "studyresults";  break;
384                        case "Sample":  return "sampleresults"; break;
385                        case "Assay":   return "assayresults";  break;
386                        default:                return "results"; break;
387                }
388        }
389
390        /**
391         * Returns the search object used for searching
392         */
393        protected Search determineSearch( String entity ) {
394                switch( entity ) {
395                        case "Study":   return new StudySearch();
396                        case "Sample":  return new SampleSearch();
397                        case "Assay":   return new AssaySearch();
398
399                        // This exception will only be thrown if the entitiesToSearchFor contains more entities than
400                        // mentioned in this switch structure.
401                        default:                throw new Exception( "Can't search for entities of type " + entity );
402                }
403        }
404
405        /**
406         * Returns a map of entities with the names of the fields the user can search on
407         * @return
408         */
409        protected def getSearchableFields() {
410                def fields = [ '*' : [ '*' ] ]; // Searches for all fields in all objects
411
412                // Retrieve all local search fields
413                getEntities().each {
414                        def entity = getEntity( 'dbnp.studycapturing.' + it );
415
416                        if( entity ) {
417                                def domainFields = entity.giveDomainFields();
418                                def templateFields = TemplateField.findAllByEntity( entity )
419
420                                def fieldNames = ( domainFields + templateFields ).collect { it.name }.unique() + 'Template' + '*'
421
422                                fields[ it ] = fieldNames.sort { a, b ->
423                                        def aUC = a.size() > 1 ? a[0].toUpperCase() + a[1..-1] : a;
424                                        def bUC = b.size() > 1 ? b[0].toUpperCase() + b[1..-1] : b;
425                                        aUC <=> bUC
426                                };
427                        }
428                }
429
430                // Loop through all modules and check which fields are searchable
431                // Right now, we just combine the results for different entities
432                AssayModule.list().each { module ->
433                        def callUrl = module.url + '/rest/getQueryableFields'
434                        try {
435                                def json = moduleCommunicationService.callModuleMethod( module.url, callUrl );
436                                def moduleFields = [];
437                                entitiesToSearchFor.each { entity ->
438                                        if( json[ entity.key ] ) {
439                                                json[ entity.key ].each { field ->
440                                                        moduleFields << field.toString();
441                                                }
442                                        }
443                                }
444
445                                // Remove 'module' from module name
446                                def moduleName = module.name.replace( 'module', '' ).trim()
447
448                                fields[ moduleName ] = moduleFields.unique() + '*';
449                        } catch( Exception e ) {
450                                log.error( "Error while retrieving queryable fields from " + module.name + ": " + e.getMessage() )
451                        }
452                }
453
454                return fields;
455        }
456
457        /**
458         * Parses the criteria from the query form given by the user
459         * @param       c       Data from the input form and had a form like
460         *
461         *      [
462         *              0: [entityfield:a.b, operator: b, value: c],
463         *              0.entityfield: a.b,
464         *              0.operator: b,
465         *              0.field: c
466         *              1: [entityfield:f.q, operator: e, value: d],
467         *              1.entityfield: f.q,
468         *              1.operator: e,
469         *              1.field: d
470         *      ]
471         * @param parseSearchIds        Determines whether searches are returned instead of their ids
472         * @return                                      List with Criterion objects
473         */
474        protected List parseCriteria( def formCriteria, def parseSearchIds = true ) {
475                ArrayList list = [];
476                flash.error = "";
477
478                // Loop through all keys of c and remove the non-numeric ones
479                for( c in formCriteria ) {
480                        if( c.key ==~ /[0-9]+/ && c.value.entityfield ) {
481                                def formCriterion = c.value;
482
483                                Criterion criterion = new Criterion();
484
485                                // Split entity and field
486                                def field = formCriterion.entityfield?.split( /\./ );
487                                if( field.size() > 1 ) {
488                                        criterion.entity = field[0].toString();
489                                        criterion.field = field[1].toString();
490                                } else {
491                                        criterion.entity = field[0];
492                                        criterion.field = null;
493                                }
494
495                                // Convert operator string to Operator-enum field
496                                try {
497                                        criterion.operator = Criterion.parseOperator( formCriterion.operator );
498                                } catch( Exception e) {
499                                        log.debug "Operator " + formCriterion.operator + " could not be parsed: " + e.getMessage();
500                                        flash.error += "Criterion could not be used: operator " + formCriterion.operator + " is not valid.<br />\n";
501                                        continue;
502                                }
503
504                                // Special case of the 'in' operator
505                                if( criterion.operator == Operator.insearch ) {
506                                        Search s
507                                        try {
508                                                s = retrieveSearch( Integer.parseInt( formCriterion.value ) );
509                                        } catch( Exception e ) {}
510
511                                        if( !s ) {
512                                                flash.error += "Can't search within previous query: query not found";
513                                                continue;
514                                        }
515
516                                        if( parseSearchIds ) {
517                                                criterion.value = s
518                                        } else {
519                                                criterion.value = s.id
520                                        }
521                                } else {
522                                        // Copy value
523                                        criterion.value = formCriterion.value;
524                                }
525
526                                list << criterion;
527                        }
528                }
529
530                return list;
531        }
532
533        /**
534         * Returns all entities for which criteria can be entered
535         * @return
536         */
537        protected def getEntities() {
538                return [ 'Study', 'Subject', 'Sample', 'Event', 'SamplingEvent', 'Assay' ]
539        }
540
541        /**
542         * Creates an object of the given entity.
543         *
544         * @return False if the entity is not a subclass of TemplateEntity
545         */
546        protected def getEntity( entityName ) {
547                // Find the templates
548                def entity
549                try {
550                        entity = Class.forName(entityName, true, this.getClass().getClassLoader())
551
552                        // succes, is entity an instance of TemplateEntity?
553                        if (entity.superclass =~ /TemplateEntity$/ || entity.superclass.superclass =~ /TemplateEntity$/) {
554                                return entity;
555                        } else {
556                                return false;
557                        }
558                } catch( ClassNotFoundException e ) {
559                        log.error "Class " + entityName + " not found: " + e.getMessage()
560                        return null;
561                }
562
563        }
564
565
566        /***************************************************************************
567         *
568         * Methods for saving results in session
569         *
570         ***************************************************************************/
571
572        /**
573         * Saves the given search in session. Any search with the same criteria will be overwritten
574         * 
575         * @param s             Search to save
576         * @return              Id of the search for later reference
577         */
578        protected int saveSearch( Search s ) {
579                if( !session.queries )
580                        session.queries = [:]
581
582                // First check whether a search with the same criteria is already present
583                def previousSearch = retrieveSearch( s );
584
585                def id
586                if( previousSearch ) {
587                        id = previousSearch.id;
588                } else {
589                        // Determine unique id
590                        id = ( session.queries*.key.max() ?: 0 ) + 1;
591                }
592
593                s.id = id;
594
595                if( !s.url )
596                        s.url = g.createLink( controller: "advancedQuery", action: "show", id: id, absolute: true );
597
598                session.queries[ id ] = s;
599
600                return id;
601        }
602
603        /**
604         * Retrieves a search from session with the same criteria as given
605         * @param s                     Search that is used as an example to search for
606         * @return                      Search that has this criteria, or null if no such search is found.
607         */
608        protected Search retrieveSearch( Search s ) {
609                if( !session.queries )
610                        return null
611
612                for( query in session.queries ) {
613                        def value = query.value;
614
615                        if( s.equals( value ) )
616                                return value
617                }
618
619                return null;
620        }
621
622
623        /**
624         * Retrieves a search from session
625         * @param id    Id of the search
626         * @return              Search that belongs to this ID or null if no search is found
627         */
628        protected Search retrieveSearch( int id ) {
629                if( !session.queries || !session.queries[ id ] )
630                        return null
631
632                if( !( session.queries[ id ] instanceof Search ) )
633                        return null;
634
635                return (Search) session.queries[ id ]
636        }
637
638        /**
639         * Removes a search from session
640         * @param id    Id of the search
641         * @return      Search that belonged to this ID or null if no search is found
642         */
643        protected Search discardSearch( int id ) {
644                if( !session.queries || !session.queries[ id ] )
645                        return null
646
647                def sessionSearch = session.queries[ id ];
648
649                session.queries.remove( id );
650
651                if( !( sessionSearch instanceof Search ) )
652                        return null;
653
654                return (Search) sessionSearch
655        }
656
657        /**
658         * Retrieves a list of searches from session
659         * @return      List of searches from session
660         */
661        protected List listSearches() {
662                if( !session.queries )
663                        return []
664
665                return session.queries*.value.toList()
666        }
667
668        /**
669         * Determine a list of actions that can be performed on specific entities
670         * @param entity                Name of the entity that the actions could be performed on
671         * @param selectedIds   List with ids of the selected items to perform an action on
672         * @return
673         */
674        protected List determineActions( Search s, def selectedIds = null ) {
675                return gscfActions( s, selectedIds ) + moduleActions( s, selectedIds );
676        }
677
678        /**
679         * Determine a list of actions that can be performed on specific entities by GSCF
680         * @param entity        Name of the entity that the actions could be performed on
681         * @param selectedTokens        List with tokens (UUID) of the selected items to perform an action on
682         */
683        protected List gscfActions(Search s, def selectedTokens = null) {
684                switch(s.entity) {
685                        case "Study":
686                                def ids = []
687                                s.filterResults(selectedTokens).each {
688                                        ids << it.id
689                                }
690
691                                def paramString = ids.collect { return 'ids=' + it }.join( '&' );
692
693                                return [[
694                                                module: "gscf",
695                                                name:"simpletox",
696                                                type: "export",
697                                                description: "Export as SimpleTox",
698                                                url: createLink( controller: "exporter", action: "export", params: [ 'format': 'list', 'ids' : ids ] ),
699                                                submitUrl: createLink( controller: "exporter", action: "export", params: [ 'format': 'list' ] ),
700                                                paramString: paramString
701                                        ], [
702                                                module: "gscf",
703                                                name:"excel",
704                                                type: "export",
705                                                description: "Export as CSV",
706                                                url: createLink( controller: "study", action: "exportToExcel", params: [ 'format': 'list', 'ids' : ids ] ),
707                                                submitUrl: createLink( controller: "study", action: "exportToExcel", params: [ 'format': 'list' ] ),
708                                                paramString: paramString
709                                        ]]
710                        case "Assay":
711                                def ids = []
712                                s.filterResults(selectedTokens).each {
713                                        ids << it.id
714                                }
715
716                                def paramString = ids.collect { return 'ids=' + it }.join( '&' );
717
718                                return [[
719                                                module: "gscf",
720                                                name:"excel",
721                                                type: "export",
722                                                description: "Export as CSV",
723                                                url: createLink( controller: "assay", action: "exportToExcel", params: [ 'format': 'list', 'ids' : ids ] ),
724                                                submitUrl: createLink( controller: "assay", action: "exportToExcel", params: [ 'format': 'list' ] ),
725                                                paramString: paramString
726                                        ]]
727                        case "Sample":
728                                def ids = []
729                                s.filterResults(selectedTokens).each {
730                                        ids << it.id
731                                }
732
733                                def paramString = ids.collect { return 'ids=' + it }.join( '&' );
734
735                                return [[
736                                                module: "gscf",
737                                                name:"excel",
738                                                type: "export",
739                                                description: "Export as CSV",
740                                                url: createLink( controller: "assay", action: "exportToSamplesToCsv", params: [ 'ids' : ids ] ),
741                                                submitUrl: createLink( controller: "assay", action: "exportSamplesToCsv" ),
742                                                paramString: paramString
743                                        ]]
744                        default:
745                                return [];
746                }
747        }
748
749        /**
750         * Determine a list of actions that can be performed on specific entities by other modules
751         * @param entity        Name of the entity that the actions could be performed on
752         */
753        protected List moduleActions(Search s, def selectedTokens = null) {
754                def actions = []
755
756                if( !s.getResults() || s.getResults().size() == 0 )
757                        return []
758
759                // Loop through all modules and check which actions can be performed on the
760                AssayModule.list().each { module ->
761                        // Remove 'module' from module name
762                        def moduleName = module.name.replace( 'module', '' ).trim()
763                        try {
764                                def callUrl = module.url + "/rest/getPossibleActions?entity=" + s.entity
765                                def json = moduleCommunicationService.callModuleRestMethodJSON( module.url, callUrl );
766
767                                // Check whether the entity is present in the return value
768                                if( json[ s.entity ] ) {
769                                        json[ s.entity ].each { action ->
770                                                def baseUrl = action.url ?: module.url + "/action/" + action.name
771                                                def paramString = s.filterResults(selectedTokens).collect { "tokens=" + it.giveUUID() }.join( "&" )
772
773                                                def url = baseUrl;
774
775                                                if( url.find( /\?/ ) )
776                                                        url += "&"
777                                                else
778                                                        url += "?"
779
780                                                paramString += "&entity=" + s.entity
781
782                                                actions << [
783                                                                        module: moduleName,
784                                                                        name: action.name,
785                                                                        type: action.type ?: 'default',
786                                                                        description: action.description + " (" + moduleName + ")",
787                                                                        url: url + "&" + paramString,
788                                                                        submitUrl: baseUrl,
789                                                                        paramString: paramString
790                                                                ];
791                                        }
792                                }
793                        } catch( Exception e ) {
794                                // Exception is thrown when the call to the module fails. No problems though.
795                                log.error "Error while fetching possible actions from " + module.name + ": " + e.getMessage()
796                        }
797                }
798
799                return actions;
800        }
801
802}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.