source: trunk/grails-app/controllers/LoadController.groovy @ 959

Last change on this file since 959 was 959, checked in by j.a.m.wesbeek@…, 10 years ago
  • set keyword expansion
  • Property svn:keywords set to Author Date Rev
File size: 15.0 KB
Line 
1/**
2 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
3 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
4 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
5 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
6 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
7 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
8 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
9 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
10 *
11 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
12 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
13 *   888  Y88b.             888     888    888 888
14 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
15 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
16 *   888        "888        888     888    888 888
17 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
18 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
19 *
20 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
21 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
22 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
23 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
24 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
25 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
26 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
27 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
28 *    .d88P
29 *  .d88P"
30 * 888P"
31 *
32 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
33 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
34 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
35 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
36 *    888"    888    888"    888    888"    888
37 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
38 *             "              "              "
39 *    888     888    888     888    888     888
40 *
41 *
42 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
43 *       agreed upon hundreds of times!!!!
44 */
45
46import dbnp.studycapturing.*
47import dbnp.data.Term
48
49class LoadController {
50
51    String path;
52    String delim;
53    static Map att_list = new HashMap<String, ArrayList>();
54
55    def index = {}
56
57    def get_string(ArrayList tmp_list) {
58        String value = tmp_list[1];
59        for (a in 2..tmp_list.size()-1){
60            value = value + " , " +tmp_list[a];
61        }
62        return value;
63    }
64
65    def load = {
66
67        //ArrayList attributes = new ArrayList();
68
69        render("Loading ...<br>");
70
71        InputStream inputStream = request.getFile("uploadfile").inputStream;
72        BufferedReader fileReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(inputStream));
73
74        def study = new Study();
75        def person = new Person();
76        //def protocol = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.MAGEProtocol();
77        def publication = Publication();
78        //def normalization = new dbnp.transcriptomics.magetab.sdrf.Normalization();
79        //def termSource = new dbnp.transcriptomics.magetab.adf.Termsource();
80        //def comment = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.Comment();
81        //def experimentalInfo = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.ExperimentalInfo();
82        //def factor = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.Factor();
83
84        //ArrayList rows = new ArrayList();
85
86        // TODO: remap to dbnp studycapturing data model + extra template fields for MIAMI studies
87
88        for (i in fileReader.readLines()){
89            //render(i);
90            String line = i.toString() ;
91            ArrayList tmp_list = new ArrayList();
92            def parsedTab = line.split("\t");
93
94            for (j in parsedTab) {
95                tmp_list.add(j);
96            }   
97           
98            if (tmp_list.size() > 1){
99                if (tmp_list[0]=="Investigation Title"){
100                    investigationDesign.title = tmp_list[1];
101                }
102                else if (tmp_list[0]=="Comment[AEMIAMESCORE]") {
103                    comment.aemiameScore = tmp_list[1];
104                }
105                else if (tmp_list[0]=="Comment[SecondaryAccession]") {
106                    comment.secondaryAccession = tmp_list[1];
107                }
108                else if (tmp_list[0]=="Comment[ArrayExpressReleaseDate]") {
109                    comment.arrayExpressReleaseDate = tmp_list[1];
110                }
111                else if (tmp_list[0]=="Comment[ArrayExpressAccession]") {
112                    comment.arrayExpressAccession = tmp_list[1];
113                }
114                else if (tmp_list[0]=="Comment[MAGETAB TimeStamp_Version]") {
115                    comment.timestamp_version = tmp_list[1];
116                }
117                else if (tmp_list[0]=="Experimental Design") {
118                    String design = tmp_list[1];
119                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
120                        design = design + " , " +tmp_list[a];
121                    }
122                    experimentalInfo.design = design;
123                }
124                else if (tmp_list[0]=="Experimental Design Term Source REF") {
125                    String value = get_string(tmp_list);
126                    experimentalInfo.design_term_source_ref = value;
127                    //render("value : " + value );
128                    println("value : "+value);
129                }
130                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Name") {
131                    String factor_name = tmp_list[1];
132                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
133                        factor_name = factor_name + " , " +tmp_list[a];
134                    }
135                    factor.name = factor_name;
136                }
137                //else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Type") {
138//                    String factor_type = tmp_list[1];
139//                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
140//                        factor_type = factor_type + " , " +tmp_list[a];
141//                    }
142//                    factor.type = factor_type;
143                //}
144                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Term Source REF") {
145                    String exp_ref  = tmp_list[1];
146                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
147                        exp_ref = exp_ref + " , " +tmp_list[a];
148                    }
149                    experimentalInfo.factor_term_source_ref = exp_ref;
150                }
151                else if (tmp_list[0]=="Person Last Name") {
152                    String last_name = tmp_list[1];
153                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
154                        last_name = last_name  + " , " +tmp_list[a];
155                    }
156                    person.lastName = last_name;
157                }
158                else if (tmp_list[0]=="Person First Name") {
159                    String first_name = tmp_list[1];
160                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
161                        first_name = first_name  + " , " +tmp_list[a];
162                    }
163                    person.firstName = first_name;
164                }
165                else if (tmp_list[0]=="Person Mid Initials") {
166                    String mid_initials = tmp_list[1];
167                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
168                        mid_initials = mid_initials  + " , " +tmp_list[a];
169                    }
170                    person.midInitials = mid_initials;
171                }
172                else if (tmp_list[0]=="Person Email") {
173                    String pemail = tmp_list[1];
174                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
175                        pemail = pemail + " , " +tmp_list[a];
176                    }
177                    person.email = pemail;
178                }
179                else if (tmp_list[0]=="Person Phone") {
180                    String pphone = tmp_list[1];
181                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
182                        pphone = pphone + " , " +tmp_list[a];
183                    }
184                    person.phone = pphone;
185                }
186                else if (tmp_list[0]=="Person Fax") {
187                    String pfax = tmp_list[1];
188                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
189                        pfax = pfax + " , " +tmp_list[a];
190                    }
191                    person.fax = pfax;
192                }
193                else if (tmp_list[0]=="Person Address") {
194                    String paddress = tmp_list[1];
195                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
196                        paddress = paddress + " , " +tmp_list[a];
197                    }
198                    person.address = paddress;
199                }
200                else if (tmp_list[0]=="Person Affiliation") {
201                    String paffiliation = tmp_list[1];
202                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
203                        paffiliation = paffiliation + " , " +tmp_list[a];
204                    }
205                    person.affiliation = paffiliation;
206                }
207                else if (tmp_list[0]=="Person Roles") {
208                    String proles = tmp_list[1];
209                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
210                        proles = proles + " , " +tmp_list[a];
211                    }
212                    person.roles = proles;
213                }
214                else if (tmp_list[0]=="Person Roles Term Source REF") {
215                    person.roles_ref = tmp_list[1];
216                }
217                else if (tmp_list[0]=="Quality Control Type") {
218
219                }
220                else if (tmp_list[0]=="Quality Control Term Source REF") {
221
222                }
223                else if (tmp_list[0]=="Replicate Type") {
224
225                }
226                else if (tmp_list[0]=="Replicate Term Source REF") {
227
228                }
229                else if (tmp_list[0]=="Normalization Type") {
230                    normalization.type = tmp_list[1];
231                }
232                else if (tmp_list[0]=="Normalization Term Source REF") {
233                    normalization.term_source_ref = tmp_list[1];
234                }
235                else if (tmp_list[0]=="Date Of Experiment") {
236                    investigationDesign.dateOfExperiment = tmp_list[1];
237                }
238                else if (tmp_list[0]=="Public Release Date") {
239                    investigationDesign.publicReleaseDate = tmp_list[1];
240                }
241                else if (tmp_list[0]=="PubMed ID") {
242                    publication.pubMedID = tmp_list[1];
243                }
244                else if (tmp_list[0]=="Publication DOI") {
245                    String doi = tmp_list[1];
246                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
247                        doi = doi + " , " +tmp_list[a];
248                    }
249                    publication.DOI = doi;
250                }
251                else if (tmp_list[0]=="Publication Author List") {
252                    publication.authors_list = tmp_list[1];
253                }
254                else if (tmp_list[0]=="Publication Title") {
255                    String pubTitle = tmp_list[1];
256                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
257                        pubTitle = pubTitle + " , " +tmp_list[a];
258                    }
259                    publication.title = pubTitle;
260                }
261                else if (tmp_list[0]=="Publication Status") {
262                    def status = new Term();
263                    status.text = tmp_list[1];
264                    status.save();
265                    publication.status = status;
266                }
267                else if (tmp_list[0]=="Publication Status Term Source REF") {
268                    publication.status_term_source_ref = tmp_list[1];
269                }
270                else if (tmp_list[0]=="Experiment Description") {
271                    investigationDesign.experimentDescription = tmp_list[1];
272                }
273                else if (tmp_list[0]=="Protocol Name") {
274                    String protocol_name = tmp_list[1];
275                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
276                        protocol_name = protocol_name + " , " +tmp_list[a];
277                    }
278                    protocol.name = protocol_name;
279                }
280                //todo list of type
281                else if (tmp_list[0]=="Protocol Type") {
282                    def type = new Term();
283                    for (j in 1..tmp_list.size()){
284                        type.text = tmp_list[j];
285                        type.save();
286                    }
287                    protocol.type = type;
288                }
289                else if (tmp_list[0]=="Protocol Description") {
290                    String protocol_description = tmp_list[1];
291                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
292                        protocol_description = protocol_description + " , " +tmp_list[a];
293                    }
294                    protocol.description = protocol_description;
295                }
296                else if (tmp_list[0]=="Protocol Parameters") {
297                    String protocol_parameters = tmp_list[1];
298                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
299                        protocol_parameters = protocol_parameters + " , " +tmp_list[a];
300                    }
301                    protocol.parameters = protocol_parameters;
302                }
303                else if (tmp_list[0]=="Protocol Hardware") {
304                    String phardware = tmp_list[1];
305                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
306                        phardware = phardware + " , " +tmp_list[a];
307                    }
308                    protocol.hardware = phardware;
309                }
310                else if (tmp_list[0]=="Protocol Software") {
311                    String psoftware = tmp_list[1];
312                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
313                        psoftware = psoftware + " , " +tmp_list[a];
314                    }
315                    protocol.software = psoftware;
316                }
317                else if (tmp_list[0]=="Protocol Contact") {
318                    String pcontact = tmp_list[1];
319                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
320                        pcontact = pcontact + " , " +tmp_list[a];
321                    }
322                    protocol.contact = pcontact;
323                }
324                else if (tmp_list[0]=="Protocol Term Source REF") {
325                    protocol.term_source_ref = tmp_list[1];
326                }
327                else if (tmp_list[0]=="SDRF File") {
328                    String sdrf = tmp_list[1];
329                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
330                        sdrf = sdrf + " , " +tmp_list[a];
331                    }
332                    investigationDesign.sdrf_file = sdrf;
333                }
334                else if (tmp_list[0]=="Term Source Name") {
335                    //termSource.name = tmp_list[1];
336                }
337                else if (tmp_list[0]=="Term Source File") {
338                    //termSource.file = tmp_list[1];
339                }
340                else if (tmp_list[0]=="Term Source Version") {
341                    //termSource.version = tmp_list[1];
342                }
343            }
344
345            person.save();
346            protocol.save();
347            publication.save();
348            normalization.save();
349            investigationDesign.save();
350            comment.save();
351            experimentalInfo.save();
352            //factor.save();
353            //termSource.save();
354        }
355    }
356}
357
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.