source: trunk/grails-app/controllers/LoadController.groovy @ 796

Last change on this file since 796 was 397, checked in by duh, 12 years ago
  • reformatted source code
  • added mega huge big ASCII comments to UNDOCUMMENTED of not properly DOCUMENTED classess... we have agreed many many MANY times that everyone should document their code according to JavaDoc? style... but why does nobody do it, or just keep SLACKING! /annoyed modus
  • Property svn:keywords set to Date Author Rev
File size: 15.0 KB
Line 
1/**
2 * 888       888 888    888 8888888888 8888888b.  8888888888
3 * 888   o   888 888    888 888        888   Y88b 888
4 * 888  d8b  888 888    888 888        888    888 888
5 * 888 d888b 888 8888888888 8888888    888   d88P 8888888
6 * 888d88888b888 888    888 888        8888888P"  888
7 * 88888P Y88888 888    888 888        888 T88b   888
8 * 8888P   Y8888 888    888 888        888  T88b  888
9 * 888P     Y888 888    888 8888888888 888   T88b 8888888888
10 *
11 * 8888888 .d8888b.     88888888888 888    888 8888888888
12 *   888  d88P  Y88b        888     888    888 888
13 *   888  Y88b.             888     888    888 888
14 *   888   "Y888b.          888     8888888888 8888888
15 *   888      "Y88b.        888     888    888 888
16 *   888        "888        888     888    888 888
17 *   888  Y88b  d88P        888     888    888 888
18 * 8888888 "Y8888P"         888     888    888 8888888888
19 *
20 *   888888        d8888 888     888     d8888 8888888b.   .d88888b.   .d8888b.
21 *     "88b       d88888 888     888    d88888 888  "Y88b d88P" "Y88b d88P  Y88b
22 *      888      d88P888 888     888   d88P888 888    888 888     888 888    888
23 *      888     d88P 888 Y88b   d88P  d88P 888 888    888 888     888 888
24 *      888    d88P  888  Y88b d88P  d88P  888 888    888 888     888 888
25 *      888   d88P   888   Y88o88P  d88P   888 888    888 888     888 888    888
26 *      88P  d8888888888    Y888P  d8888888888 888  .d88P Y88b. .d88P Y88b  d88P
27 *      888 d88P     888     Y8P  d88P     888 8888888P"   "Y88888P"   "Y8888P"
28 *    .d88P
29 *  .d88P"
30 * 888P"
31 *
32 *  .d8888b.  888  .d8888b.  888  .d8888b.  888
33 * d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888 d88P  Y88b 888
34 *      .d88P 888      .d88P 888      .d88P 888
35 *    .d88P"  888    .d88P"  888    .d88P"  888
36 *    888"    888    888"    888    888"    888
37 *    888     Y8P    888     Y8P    888     Y8P
38 *             "              "              "
39 *    888     888    888     888    888     888
40 *
41 *
42 * TODO: add PROPER class and method documentation, just like have
43 *       agreed upon hundreds of times!!!!
44 */
45
46import dbnp.studycapturing.*
47import dbnp.data.Term
48
49class LoadController {
50
51    String path;
52    String delim;
53    static Map att_list = new HashMap<String, ArrayList>();
54
55    def index = {}
56
57    def get_string(ArrayList tmp_list) {
58        String value = tmp_list[1];
59        for (a in 2..tmp_list.size()-1){
60            value = value + " , " +tmp_list[a];
61        }
62        return value;
63    }
64
65    def load = {
66
67        //ArrayList attributes = new ArrayList();
68
69        render("Loading ...<br>");
70
71        InputStream inputStream = request.getFile("uploadfile").inputStream;
72        BufferedReader fileReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(inputStream));
73
74        def study = new Study();
75        def person = new Person();
76        //def protocol = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.MAGEProtocol();
77        def publication = Publication();
78        //def normalization = new dbnp.transcriptomics.magetab.sdrf.Normalization();
79        //def termSource = new dbnp.transcriptomics.magetab.adf.Termsource();
80        //def comment = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.Comment();
81        //def experimentalInfo = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.ExperimentalInfo();
82        //def factor = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.Factor();
83
84        //ArrayList rows = new ArrayList();
85
86        // TODO: remap to dbnp studycapturing data model + extra template fields for MIAMI studies
87
88        for (i in fileReader.readLines()){
89            //render(i);
90            String line = i.toString() ;
91            ArrayList tmp_list = new ArrayList();
92            def parsedTab = line.split("\t");
93
94            for (j in parsedTab) {
95                tmp_list.add(j);
96            }   
97           
98            if (tmp_list.size() > 1){
99                if (tmp_list[0]=="Investigation Title"){
100                    investigationDesign.title = tmp_list[1];
101                }
102                else if (tmp_list[0]=="Comment[AEMIAMESCORE]") {
103                    comment.aemiameScore = tmp_list[1];
104                }
105                else if (tmp_list[0]=="Comment[SecondaryAccession]") {
106                    comment.secondaryAccession = tmp_list[1];
107                }
108                else if (tmp_list[0]=="Comment[ArrayExpressReleaseDate]") {
109                    comment.arrayExpressReleaseDate = tmp_list[1];
110                }
111                else if (tmp_list[0]=="Comment[ArrayExpressAccession]") {
112                    comment.arrayExpressAccession = tmp_list[1];
113                }
114                else if (tmp_list[0]=="Comment[MAGETAB TimeStamp_Version]") {
115                    comment.timestamp_version = tmp_list[1];
116                }
117                else if (tmp_list[0]=="Experimental Design") {
118                    String design = tmp_list[1];
119                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
120                        design = design + " , " +tmp_list[a];
121                    }
122                    experimentalInfo.design = design;
123                }
124                else if (tmp_list[0]=="Experimental Design Term Source REF") {
125                    String value = get_string(tmp_list);
126                    experimentalInfo.design_term_source_ref = value;
127                    //render("value : " + value );
128                    println("value : "+value);
129                }
130                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Name") {
131                    String factor_name = tmp_list[1];
132                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
133                        factor_name = factor_name + " , " +tmp_list[a];
134                    }
135                    factor.name = factor_name;
136                }
137                //else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Type") {
138//                    String factor_type = tmp_list[1];
139//                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
140//                        factor_type = factor_type + " , " +tmp_list[a];
141//                    }
142//                    factor.type = factor_type;
143                //}
144                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Term Source REF") {
145                    String exp_ref  = tmp_list[1];
146                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
147                        exp_ref = exp_ref + " , " +tmp_list[a];
148                    }
149                    experimentalInfo.factor_term_source_ref = exp_ref;
150                }
151                else if (tmp_list[0]=="Person Last Name") {
152                    String last_name = tmp_list[1];
153                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
154                        last_name = last_name  + " , " +tmp_list[a];
155                    }
156                    person.lastName = last_name;
157                }
158                else if (tmp_list[0]=="Person First Name") {
159                    String first_name = tmp_list[1];
160                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
161                        first_name = first_name  + " , " +tmp_list[a];
162                    }
163                    person.firstName = first_name;
164                }
165                else if (tmp_list[0]=="Person Mid Initials") {
166                    String mid_initials = tmp_list[1];
167                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
168                        mid_initials = mid_initials  + " , " +tmp_list[a];
169                    }
170                    person.midInitials = mid_initials;
171                }
172                else if (tmp_list[0]=="Person Email") {
173                    String pemail = tmp_list[1];
174                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
175                        pemail = pemail + " , " +tmp_list[a];
176                    }
177                    person.email = pemail;
178                }
179                else if (tmp_list[0]=="Person Phone") {
180                    String pphone = tmp_list[1];
181                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
182                        pphone = pphone + " , " +tmp_list[a];
183                    }
184                    person.phone = pphone;
185                }
186                else if (tmp_list[0]=="Person Fax") {
187                    String pfax = tmp_list[1];
188                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
189                        pfax = pfax + " , " +tmp_list[a];
190                    }
191                    person.fax = pfax;
192                }
193                else if (tmp_list[0]=="Person Address") {
194                    String paddress = tmp_list[1];
195                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
196                        paddress = paddress + " , " +tmp_list[a];
197                    }
198                    person.address = paddress;
199                }
200                else if (tmp_list[0]=="Person Affiliation") {
201                    String paffiliation = tmp_list[1];
202                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
203                        paffiliation = paffiliation + " , " +tmp_list[a];
204                    }
205                    person.affiliation = paffiliation;
206                }
207                else if (tmp_list[0]=="Person Roles") {
208                    String proles = tmp_list[1];
209                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
210                        proles = proles + " , " +tmp_list[a];
211                    }
212                    person.roles = proles;
213                }
214                else if (tmp_list[0]=="Person Roles Term Source REF") {
215                    person.roles_ref = tmp_list[1];
216                }
217                else if (tmp_list[0]=="Quality Control Type") {
218
219                }
220                else if (tmp_list[0]=="Quality Control Term Source REF") {
221
222                }
223                else if (tmp_list[0]=="Replicate Type") {
224
225                }
226                else if (tmp_list[0]=="Replicate Term Source REF") {
227
228                }
229                else if (tmp_list[0]=="Normalization Type") {
230                    normalization.type = tmp_list[1];
231                }
232                else if (tmp_list[0]=="Normalization Term Source REF") {
233                    normalization.term_source_ref = tmp_list[1];
234                }
235                else if (tmp_list[0]=="Date Of Experiment") {
236                    investigationDesign.dateOfExperiment = tmp_list[1];
237                }
238                else if (tmp_list[0]=="Public Release Date") {
239                    investigationDesign.publicReleaseDate = tmp_list[1];
240                }
241                else if (tmp_list[0]=="PubMed ID") {
242                    publication.pubMedID = tmp_list[1];
243                }
244                else if (tmp_list[0]=="Publication DOI") {
245                    String doi = tmp_list[1];
246                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
247                        doi = doi + " , " +tmp_list[a];
248                    }
249                    publication.DOI = doi;
250                }
251                else if (tmp_list[0]=="Publication Author List") {
252                    publication.authors_list = tmp_list[1];
253                }
254                else if (tmp_list[0]=="Publication Title") {
255                    String pubTitle = tmp_list[1];
256                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
257                        pubTitle = pubTitle + " , " +tmp_list[a];
258                    }
259                    publication.title = pubTitle;
260                }
261                else if (tmp_list[0]=="Publication Status") {
262                    def status = new Term();
263                    status.text = tmp_list[1];
264                    status.save();
265                    publication.status = status;
266                }
267                else if (tmp_list[0]=="Publication Status Term Source REF") {
268                    publication.status_term_source_ref = tmp_list[1];
269                }
270                else if (tmp_list[0]=="Experiment Description") {
271                    investigationDesign.experimentDescription = tmp_list[1];
272                }
273                else if (tmp_list[0]=="Protocol Name") {
274                    String protocol_name = tmp_list[1];
275                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
276                        protocol_name = protocol_name + " , " +tmp_list[a];
277                    }
278                    protocol.name = protocol_name;
279                }
280                //todo list of type
281                else if (tmp_list[0]=="Protocol Type") {
282                    def type = new Term();
283                    for (j in 1..tmp_list.size()){
284                        type.text = tmp_list[j];
285                        type.save();
286                    }
287                    protocol.type = type;
288                }
289                else if (tmp_list[0]=="Protocol Description") {
290                    String protocol_description = tmp_list[1];
291                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
292                        protocol_description = protocol_description + " , " +tmp_list[a];
293                    }
294                    protocol.description = protocol_description;
295                }
296                else if (tmp_list[0]=="Protocol Parameters") {
297                    String protocol_parameters = tmp_list[1];
298                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
299                        protocol_parameters = protocol_parameters + " , " +tmp_list[a];
300                    }
301                    protocol.parameters = protocol_parameters;
302                }
303                else if (tmp_list[0]=="Protocol Hardware") {
304                    String phardware = tmp_list[1];
305                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
306                        phardware = phardware + " , " +tmp_list[a];
307                    }
308                    protocol.hardware = phardware;
309                }
310                else if (tmp_list[0]=="Protocol Software") {
311                    String psoftware = tmp_list[1];
312                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
313                        psoftware = psoftware + " , " +tmp_list[a];
314                    }
315                    protocol.software = psoftware;
316                }
317                else if (tmp_list[0]=="Protocol Contact") {
318                    String pcontact = tmp_list[1];
319                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
320                        pcontact = pcontact + " , " +tmp_list[a];
321                    }
322                    protocol.contact = pcontact;
323                }
324                else if (tmp_list[0]=="Protocol Term Source REF") {
325                    protocol.term_source_ref = tmp_list[1];
326                }
327                else if (tmp_list[0]=="SDRF File") {
328                    String sdrf = tmp_list[1];
329                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
330                        sdrf = sdrf + " , " +tmp_list[a];
331                    }
332                    investigationDesign.sdrf_file = sdrf;
333                }
334                else if (tmp_list[0]=="Term Source Name") {
335                    //termSource.name = tmp_list[1];
336                }
337                else if (tmp_list[0]=="Term Source File") {
338                    //termSource.file = tmp_list[1];
339                }
340                else if (tmp_list[0]=="Term Source Version") {
341                    //termSource.version = tmp_list[1];
342                }
343            }
344
345            person.save();
346            protocol.save();
347            publication.save();
348            normalization.save();
349            investigationDesign.save();
350            comment.save();
351            experimentalInfo.save();
352            //factor.save();
353            //termSource.save();
354        }
355    }
356}
357
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.