source: trunk/grails-app/controllers/LoadController.groovy @ 70

Last change on this file since 70 was 70, checked in by keesvb, 10 years ago

updated to Grails 1.2, restructured packages, added some domain classes, removed obsolete code

File size: 9.2 KB
Line 
1/*
2 * To change this template, choose Tools | Templates
3 * and open the template in the editor.
4 */
5
6/**
7 *
8 * @author ademcan
9 */
10class LoadController {
11
12    String path;
13    String delim;
14    static Map att_list = new HashMap<String, ArrayList>();
15
16    def index = {}
17
18    def load = {
19
20        //ArrayList attributes = new ArrayList();
21
22        render("Loading ...\n");
23
24        InputStream inputStream = request.getFile("uploadfile").inputStream;
25        BufferedReader fileReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(inputStream));
26
27        def investigationDesign = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.InvestigationDesign();
28        def person = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.Person();
29        def protocol = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.MAGEProtocol();
30        def publication = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.Publication();
31        def normalization = new dbnp.transcriptomics.magetab.sdrf.Normalization();
32        //def termSource = new dbnp.transcriptomics.magetab.adf.Termsource();
33        def comment = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.Comment();
34        def experimentalInfo = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.ExperimentalInfo();
35
36        //ArrayList rows = new ArrayList();
37
38        for (i in fileReader.readLines()){
39            String line = i.toString() ;
40            ArrayList tmp_list = new ArrayList();
41            def parsedTab = line.split("\t");
42
43            for (j in parsedTab) {
44                tmp_list.add(j);
45            }   
46           
47            if (tmp_list.size() > 1){
48                if (tmp_list[0]=="Investigation Title"){
49                    investigationDesign.title = tmp_list[1];
50                }
51                else if (tmp_list[0]=="Comment[AEMIAMESCORE]") {
52                    comment.aemiameScore = tmp_list[1];
53                }
54                else if (tmp_list[0]=="Comment[SecondaryAccession]") {
55                    comment.secondaryAccession = tmp_list[1];
56                }
57                else if (tmp_list[0]=="Comment[ArrayExpressReleaseDate]") {
58                    comment.arrayExpressReleaseDate = tmp_list[1];
59                }
60                else if (tmp_list[0]=="Comment[ArrayExpressAccession]") {
61                    comment.arrayExpressAccession = tmp_list[1];
62                }
63                else if (tmp_list[0]=="Comment[MAGETAB TimeStamp_Version]") {
64                    comment.timestamp_version = tmp_list[1];
65                }
66                else if (tmp_list[0]=="Experimental Design") {
67                    String design = tmp_list[1];
68                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
69                        design = design + " , " +tmp_list[a];
70                    }
71                    experimentalInfo.design = design;
72                }
73                else if (tmp_list[0]=="Experimental Design Term Source REF") {
74                    String term_ref = tmp_list[1];
75                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
76                        term_ref = term_ref + " , " +tmp_list[a];
77                    }
78                    experimentalInfo.design_term_source_ref = term_ref;
79                }
80                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Name") {
81                    String factor_name = tmp_list[1];
82                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
83                        factor_name = factor_name + " , " +tmp_list[a];
84                    }
85                    experimentalInfo.factor_name = factor_name;
86                }
87                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Type") {
88                    String factor_type = tmp_list[1];
89                    for (a in 2..tmp_list.size()-1){
90                        factor_type = factor_type + " , " +tmp_list[a];
91                    }
92                    experimentalInfo.factor_type = factor_type;
93                }
94                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Term Source REF") {
95                    experimentalInfo.factor_term_source_ref = tmp_list[1];
96                }
97                else if (tmp_list[0]=="Person Last Name") {
98                    person.lastName = tmp_list[1];
99                }
100                else if (tmp_list[0]=="Person First Name") {
101                    person.firstName = tmp_list[1];
102                }
103                else if (tmp_list[0]=="Person Mid Initials") {
104                    person.midInitials = tmp_list[1];
105                }
106                else if (tmp_list[0]=="Person Email") {
107                    person.email = tmp_list[1];
108                }
109                else if (tmp_list[0]=="Person Phone") {
110                    person.phone = tmp_list[1];
111                }
112                else if (tmp_list[0]=="Person Fax") {
113                    person.fax = tmp_list[1];
114                }
115                else if (tmp_list[0]=="Person Address") {
116                    person.address = tmp_list[1];
117                }
118                else if (tmp_list[0]=="Person Affiliation") {
119                    person.affiliation = tmp_list[1];
120                }
121                else if (tmp_list[0]=="Person Roles") {
122                    person.roles = tmp_list[1];
123                }
124                else if (tmp_list[0]=="Person Roles Term Source REF") {
125                    person.roles_ref = tmp_list[1];
126                }
127                else if (tmp_list[0]=="Quality Control Type") {
128
129                }
130                else if (tmp_list[0]=="Quality Control Term Source REF") {
131
132                }
133                else if (tmp_list[0]=="Replicate Type") {
134
135                }
136                else if (tmp_list[0]=="Replicate Term Source REF") {
137
138                }
139                else if (tmp_list[0]=="Normalization Type") {
140                    normalization.type = tmp_list[1];
141                }
142                else if (tmp_list[0]=="Normalization Term Source REF") {
143                    normalization.term_source_ref = tmp_list[1];
144                }
145                else if (tmp_list[0]=="Date Of Experiment") {
146                    investigationDesign.dateOfExperiment = tmp_list[1];
147                }
148                else if (tmp_list[0]=="Public Release Date") {
149                    investigationDesign.publicReleaseDate = tmp_list[1];
150                }
151                else if (tmp_list[0]=="PubMed ID") {
152                    publication.pubMedID = tmp_list[1];
153                }
154                else if (tmp_list[0]=="Publication DOI") {
155                    publication.DOI = tmp_list[1];
156                }
157                else if (tmp_list[0]=="Publication Author List") {
158                    publication.authors_list = tmp_list[1];
159                }
160                else if (tmp_list[0]=="Publication Title") {
161                    publication.title = tmp_list[1];
162                }
163                else if (tmp_list[0]=="Publication Status") {
164                    def status = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.OntologyTerm();
165                    status.text = tmp_list[1];
166                    status.save();
167                    publication.status = status;
168                }
169                else if (tmp_list[0]=="Publication Status Term Source REF") {
170                    publication.status_term_source_ref = tmp_list[1];
171                }
172                else if (tmp_list[0]=="Experiment Description") {
173                    investigationDesign.experimentDescription = tmp_list[1];
174                }
175                else if (tmp_list[0]=="Protocol Name") {
176                    protocol.name = tmp_list[1];
177                }
178                else if (tmp_list[0]=="Protocol Type") {
179                    def type = new dbnp.transcriptomics.magetab.idf.OntologyTerm();
180                    for (j in 1..tmp_list.size()){
181                        type.text = tmp_list[j];
182                        type.save();
183                    }
184                    protocol.type = type;
185                }
186                else if (tmp_list[0]=="Protocol Description") {
187                    protocol.description = tmp_list[1];
188                }
189                else if (tmp_list[0]=="Protocol Parameters") {
190                    protocol.parameters = tmp_list[1];
191                }
192                else if (tmp_list[0]=="Protocol Hardware") {
193                    protocol.hardware = tmp_list[1];
194                }
195                else if (tmp_list[0]=="Protocol Software") {
196                    protocol.software = tmp_list[1];
197                }
198                else if (tmp_list[0]=="Protocol Contact") {
199                    protocol.contact = tmp_list[1];
200                }
201                else if (tmp_list[0]=="Protocol Term Source REF") {
202                    protocol.term_source_ref = tmp_list[1];
203                }
204                else if (tmp_list[0]=="SDRF File") {
205
206                }
207                else if (tmp_list[0]=="Term Source Name") {
208                    //termSource.name = tmp_list[1];
209                }
210                else if (tmp_list[0]=="Term Source File") {
211                    //termSource.file = tmp_list[1];
212                }
213                else if (tmp_list[0]=="Term Source Version") {
214                    //termSource.version = tmp_list[1];
215                }
216            }
217
218            person.save();
219            protocol.save();
220            publication.save();
221            normalization.save();
222            investigationDesign.save();
223            comment.save();
224            experimentalInfo.save();
225            //termSource.save();
226
227        }
228
229    }
230
231}
232
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.