source: trunk/grails-app/controllers/LoadController.groovy @ 63

Last change on this file since 63 was 63, checked in by ademcan, 10 years ago

Parsing and Loading information from an IDF file (MageTab?). Actually working for Person, Publication and Protocol attributs.
The file path has to be changed for every user in LoadController?.groovy

File size: 5.6 KB
Line 
1/*
2 * To change this template, choose Tools | Templates
3 * and open the template in the editor.
4 */
5
6/**
7 *
8 * @author ademcan
9 */
10class LoadController {
11
12    String path;
13    String delim;
14    static Map att_list = new HashMap<String, ArrayList>();
15
16    def index = {}
17
18    def load = {
19
20        static ArrayList attributs = new ArrayList();
21
22        render("Loading ...\n");
23
24        File file = new File("/home/ademcan/Desktop/magetab/examples/E-GEOD-2354.idf.txt");
25
26        def person = new magetab.idf.Person();
27        def protocol = new magetab.idf.Protocol();
28        def publication = new magetab.idf.Publication();
29
30        ArrayList rows = new ArrayList();
31
32        for (i in file.readLines()){
33            String line = i.toString() ;
34            ArrayList tmp_list = new ArrayList();
35            List parsedTab = line.split("\t");
36
37            for (j in parsedTab) {
38                tmp_list.add(j);
39            }   
40           
41            if (tmp_list.size() > 1){
42                if (tmp_list[0]=="Investigation Title"){
43                    magetab.idf.InvestigationDesign investigationDesign = new magetab.idf.InvestigationDesign();
44                    investigationDesign.title=tmp_list[1];
45                }
46                else if (tmp_list[0]=="Experimental Design") {
47
48                }
49                else if (tmp_list[0]=="Experimental Term Source REF") {
50
51                }
52                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Name") {
53
54                }
55                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Type") {
56
57                }
58                else if (tmp_list[0]=="Experimental Factor Term Source REF") {
59
60                }
61                else if (tmp_list[0]=="Person Last Name") {
62                    person.lastName = tmp_list[1];
63                }
64                else if (tmp_list[0]=="Person First Name") {
65                    person.firstName = tmp_list[1];
66                }
67                else if (tmp_list[0]=="Person Mid Initials") {
68                    person.midInitials = tmp_list[1];
69                }
70                else if (tmp_list[0]=="Person Email") {
71                    person.email = tmp_list[1];
72                }
73                else if (tmp_list[0]=="Person Phone") {
74                    person.phone = tmp_list[1];
75                }
76                else if (tmp_list[0]=="Person Fax") {
77                    person.fax = tmp_list[1];
78                }
79                else if (tmp_list[0]=="Person Address") {
80                    person.address = tmp_list[1];
81                }
82                else if (tmp_list[0]=="Person Affiliation") {
83                    person.affiliation = tmp_list[1];
84                }
85                else if (tmp_list[0]=="Person Roles") {
86                    person.roles = tmp_list[1];
87                }
88                else if (tmp_list[0]=="Person Roles Term Source REF") {
89                    person.roles_ref = tmp_list[1];
90                }
91                else if (tmp_list[0]=="Quality Control Type") {
92
93                }
94                else if (tmp_list[0]=="Quality Control Term Source REF") {
95
96                }
97                else if (tmp_list[0]=="Replicate Type") {
98
99                }
100                else if (tmp_list[0]=="Replicate Term Source REF") {
101
102                }
103                else if (tmp_list[0]=="Normalization Type") {
104
105                }
106                else if (tmp_list[0]=="Normalization Term Source REF") {
107
108                }
109                else if (tmp_list[0]=="Date Of Experiment") {
110
111                }
112                else if (tmp_list[0]=="Public Release Date") {
113
114                }
115                else if (tmp_list[0]=="PubMed ID") {
116                    publication.pubMedID = tmp_list[1];
117                }
118                else if (tmp_list[0]=="Publication DOI") {
119                    publication.DOI = tmp_list[1];
120                }
121                else if (tmp_list[0]=="Publication Author List") {
122
123                }
124                else if (tmp_list[0]=="Publication Title") {
125                    publication.title = tmp_list[1];
126                }
127                else if (tmp_list[0]=="Publication Status") {
128
129                }
130                else if (tmp_list[0]=="Publication Status Term Source REF") {
131
132                }
133                else if (tmp_list[0]=="Experiment Description") {
134
135                }
136                else if (tmp_list[0]=="Protocol Name") {
137                    protocol.name = tmp_list[1];
138                }
139                else if (tmp_list[0]=="Protocol Type") {
140                   
141                }
142                else if (tmp_list[0]=="Protocol Description") {
143                    protocol.description = tmp_list[1];
144                }
145                else if (tmp_list[0]=="Protocol Parameters") {
146                    protocol.parameters = tmp_list[1];
147                }
148                else if (tmp_list[0]=="Protocol Hardware") {
149                    protocol.hardware = tmp_list[1];
150                }
151                else if (tmp_list[0]=="Protocol Software") {
152                    protocol.software = tmp_list[1];
153                }
154                else if (tmp_list[0]=="Protocol Contact") {
155                    protocol.contact = tmp_list[1];
156                }
157                else if (tmp_list[0]=="Protocol Term Source REF") {
158
159                }
160                else if (tmp_list[0]=="SDRF File") {
161
162                }
163                else if (tmp_list[0]=="Term Source Name") {
164
165                }
166                else if (tmp_list[0]=="Term Source File") {
167
168                }
169                else if (tmp_list[0]=="Term Source Version") {
170
171                }
172
173            }
174
175            person.save();
176            protocol.save();
177            publication.save();
178
179        }
180
181    }
182
183}
184
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.