source: trunk/grails-app/conf/dbnp/configuration/ExampleStudies.groovy @ 1588

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Fixed tests (except webtests); cleaned up Example{Studies,Templates}.groovy; decapitalized injected services; made 'transactional' properties static
  • Property svn:keywords set to Rev Author Date
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Line 
1package dbnp.configuration
2
3/**
4 * @Author kees
5 * @Since Jun 25, 2010
6 *
7 * Revision information:
8 * $Rev: 1588 $
9 * $Author: s.h.sikkema@gmail.com $
10 * $Date: 2011-03-04 11:30:52 +0000 (vr, 04 mrt 2011) $
11 */
12
13import dbnp.studycapturing.*
14import org.dbnp.gdt.*
15import org.codehaus.groovy.grails.commons.GrailsApplication
16import grails.util.GrailsUtil
17import dbnp.rest.common.CommunicationManager
18import org.codehaus.groovy.grails.commons.*
19
20
21class ExampleStudies {
22
23        /**
24         * Add example studies. This function is meant to be called only in development mode
25         */
26        public static void addExampleStudies(dbnp.authentication.SecUser owner, dbnp.authentication.SecUser otherUser) {
27                "inserting initial studies".grom()
28
29                // get configuration
30                def config = ConfigurationHolder.config
31
32                // Look up the used ontologies which should be in the database by now
33                def speciesOntology                             = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1132)
34                def brendaOntology                              = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1005)
35                def nciOntology                                 = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1032)
36                def chebiOntology                               = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1007)
37
38                // Look up the used templates which should also be in the database by now
39                def studyTemplate                               = Template.findByName("Academic study")
40                def mouseTemplate                               = Template.findByName("Mouse")
41                def humanTemplate                               = Template.findByName("Human")
42                def dietTreatmentTemplate               = Template.findByName("Diet treatment")
43                def boostTreatmentTemplate              = Template.findByName("Compound challenge")
44                def liverSamplingEventTemplate  = Template.findByName("Liver extraction")
45                def fastingTreatmentTemplate    = Template.findByName("Fasting treatment")
46                def bloodSamplingEventTemplate  = Template.findByName("Blood extraction")
47                def humanTissueSampleTemplate   = Template.findByName("Human tissue sample")
48                def humanBloodSampleTemplate    = Template.findByName("Human blood sample")
49                def ccAssayTemplate                             = Template.findByName("Clinical chemistry assay")
50                def metAssayTemplate                    = Template.findByName("Metabolomics assay")
51
52                // Add terms manually, to avoid having to do many HTTP requests to the BioPortal website
53                def mouseTerm = new Term(
54                        name            : 'Mus musculus',
55                        ontology        : speciesOntology,
56                        accession       : '10090'
57                ).save(failOnError:true)
58
59                def humanTerm = new Term(
60                        name            : 'Homo sapiens',
61                        ontology        : speciesOntology,
62                        accession       : '9606'
63                ).save(failOnError:true)
64
65                def arabTerm = new Term(
66                        name            : 'Arabidopsis thaliana',
67                        ontology        : speciesOntology,
68                        accession       : '3702'
69        ).save(failOnError:true)
70
71                def tomatoTerm = new Term(
72                        name            : 'Solanum lycopersicum',
73                        ontology        : speciesOntology,
74                        accession       : '4081'
75        ).save(failOnError:true)
76
77                def potatoTerm = new Term(
78                        name            : 'Solanum tuberosum',
79                        ontology        : speciesOntology,
80                        accession       : '0000'
81        ).save(failOnError:true)
82
83                def bloodTerm = new Term(
84                        name            : 'blood plasma',
85                        ontology        : brendaOntology,
86                        accession       : 'BTO:0000131'
87        ).save(failOnError:true)
88
89                def c57bl6Term = new Term(
90                        name            : 'C57BL/6 Mouse',
91                        ontology        : nciOntology,
92                        accession       : 'C14424'
93        ).save(failOnError:true)
94
95                def glucoseTerm = new Term(
96                        name            : 'glucose',
97                        ontology        : chebiOntology,
98                        accession       : 'CHEBI:17234'
99        ).save(failOnError:true)
100
101                // Create a few persons, roles and Affiliations
102                def affiliation1 = new PersonAffiliation(
103                        institute       : "Science Institute NYC",
104                        department      : "Department of Mathematics"
105        ).save(failOnError:true)
106
107                def affiliation2 = new PersonAffiliation(
108                        institute       : "InfoStats GmbH, Hamburg",
109                        department      : "Life Sciences"
110        ).save(failOnError:true)
111
112                def role1 = new PersonRole(
113                        name            : "Principal Investigator"
114        ).save(failOnError:true)
115
116                def role2 = new PersonRole(
117                        name            : "Statician"
118        ).save(failOnError:true)
119
120                // Create persons
121                def person1 = new Person(
122                        lastName        : "Scientist",
123                        firstName       : "John",
124                        gender          : "Male",
125                        initials        : "J.R.",
126                        email           : "john@scienceinstitute.com",
127                        phone           : "1-555-3049",
128                        address         : "First street 2,NYC"
129                ).addToAffiliations(affiliation1).addToAffiliations(affiliation2).save(failOnError:true)
130
131                def person2 = new Person(
132                        lastName        : "Statician",
133                        firstName       : "Jane",
134                        gender          : "Female",
135                        initials        : "W.J.",
136                        email           : "jane@statisticalcompany.de",
137                        phone           : "49-555-8291",
138                        address         : "Dritten strasse 38, Hamburg, Germany"
139                ).addToAffiliations(affiliation2).save(failOnError:true)
140
141                // Create 30 persons to test pagination
142                def personCounter = 1
143                30.times {
144                        new Person(
145                                firstName       : "Person #${personCounter}",
146                                lastName        : "Testperson",
147                                email           : "email${personCounter++}@testdomain.com"
148                        ).save(failOnError:true)
149                }
150
151                // Create a few publications
152                def publication1 = new Publication(
153                        title           : "Postnatal development of hypothalamic leptin receptors",
154                        authorsList     : "Cottrell EC, Mercer JG, Ozanne SE.",
155                        pubMedID        : "20472140",
156                        comments        : "Not published yet",
157                        DOI                     : "unknown"
158                ).save(failOnError:true)
159
160                def publication2 = new Publication(
161                        title           : "Induction of regulatory T cells decreases adipose inflammation and alleviates insulin resistance in ob/ob mice",
162                        authorsList     : "Ilan Y, Maron R, Tukpah AM, Maioli TU, Murugaiyan G, Yang K, Wu HY, Weiner HL.",
163                        pubMedID        : "20445103",
164                        comments        : "",
165                        DOI                     : ""
166                ).save(failOnError:true)
167
168                // Add example mouse study
169                def mouseStudy = new Study(
170                        template        : studyTemplate,
171                        title           : "NuGO PPS3 mouse study leptin module",
172                        description     : "C57Bl/6 mice were fed a high fat (45 en%) or low fat (10 en%) diet after a four week run-in on low fat diet.",
173                        code            : "PPS3_leptin_module",
174                        researchQuestion: "Leptin etc.",
175                        ecCode          : "2007117.c",
176                        startDate       : Date.parse('yyyy-MM-dd', '2008-01-02'),
177                        owner           : owner,
178                        readers         : [otherUser]
179        ).save(failOnError:true)
180
181                def evLF = new Event(
182                        startTime       : 3600,
183                        endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
184                        template        : dietTreatmentTemplate
185                ).setFieldValue('Diet', 'low fat')
186
187                def evHF = new Event(
188                        startTime       : 3600,
189                        endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
190                        template        : dietTreatmentTemplate
191                ).setFieldValue('Diet', 'high fat')
192
193                def evBV = new Event(
194                        startTime       : 3600,
195                        endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
196                        template        : boostTreatmentTemplate
197                ).setFieldValue('Control', 'true')
198
199                def evBL = new Event(
200                        startTime       : 3600,
201                        endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
202                        template        : boostTreatmentTemplate
203                ).setFieldValue('Control', 'false')
204
205                def evLF4 = new Event(
206                        startTime       : 3600,
207                        endTime         : 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
208                        template        : dietTreatmentTemplate
209                ).setFieldValue('Diet', 'low fat')
210
211                def evHF4 = new Event(
212                        startTime       : 3600,
213                        endTime         : 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
214                        template        : dietTreatmentTemplate
215                ).setFieldValue('Diet', 'high fat')
216
217                def evBV4 = new Event(
218                        startTime       : 3600,
219                        endTime         : 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
220                        template        : boostTreatmentTemplate
221                ).setFieldValue('Control', 'true')
222
223                def evBL4 = new Event(
224                        startTime       : 3600,
225                        endTime         : 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
226                        template        : boostTreatmentTemplate
227                ).setFieldValue('Control', 'false')
228
229                def evS = new SamplingEvent(
230                        startTime       : 3600 + 7 * 24 * 3600,
231                        template        : liverSamplingEventTemplate,
232                        sampleTemplate: humanTissueSampleTemplate).setFieldValue('Sample weight', 5F)
233
234                def evS4 = new SamplingEvent(
235                        startTime       : 3600 + 7 * 24 * 3600,
236                        template        : liverSamplingEventTemplate,
237                        sampleTemplate: humanTissueSampleTemplate).setFieldValue('Sample weight', 5F)
238
239                // Add events to study
240                mouseStudy.addToEvents(evLF).addToEvents(evHF).addToEvents(evBV).addToEvents(evBL).addToEvents(evLF4).addToEvents(evHF4).addToEvents(evBV4).addToEvents(evBL4).addToSamplingEvents(evS).addToSamplingEvents(evS4).save(failOnError:true)
241
242                // Extra check if the SamplingEvents are saved correctly
243                evS.save(failOnError:true)
244                evS4.save(failOnError:true)
245
246                def LFBV1 = new EventGroup(name: "10% fat + vehicle for 1 week").addToEvents(evLF).addToEvents(evBV).addToSamplingEvents(evS)
247
248                def LFBL1 = new EventGroup(name: "10% fat + leptin for 1 week").addToEvents(evLF).addToEvents(evBL).addToSamplingEvents(evS)
249
250                def HFBV1 = new EventGroup(name: "45% fat + vehicle for 1 week").addToEvents(evHF).addToEvents(evBV).addToSamplingEvents(evS)
251
252                def HFBL1 = new EventGroup(name: "45% fat + leptin for 1 week").addToEvents(evHF).addToEvents(evBL).addToSamplingEvents(evS)
253
254                def LFBV4 = new EventGroup(name: "10% fat + vehicle for 4 weeks").addToEvents(evLF4).addToEvents(evBV4).addToSamplingEvents(evS4)
255
256                def LFBL4 = new EventGroup(name: "10% fat + leptin for 4 weeks").addToEvents(evLF4).addToEvents(evBL4).addToSamplingEvents(evS4)
257
258                def HFBV4 = new EventGroup(name: "45% fat + vehicle for 4 weeks").addToEvents(evHF4).addToEvents(evBV4).addToSamplingEvents(evS4)
259
260                def HFBL4 = new EventGroup(name: "45% fat + leptin for 4 weeks").addToEvents(evHF4).addToEvents(evBL4).addToSamplingEvents(evS4)
261
262                // Add subjects and samples and compose EventGroups
263                def x = 1
264                80.times {
265                        def currentSubject = new Subject(
266                                name: "A" + x++,
267                                species: mouseTerm,
268                                template: mouseTemplate,
269                        ).setFieldValue("Gender", "Male").setFieldValue("Genotype", c57bl6Term).setFieldValue("Age", 17).setFieldValue("Cage", "" + (int) (x / 2))
270
271                        // We have to save the subject first, otherwise the parentEvent property of the sample cannot be set
272                        // (this is possibly a Grails or Hibernate bug)
273                        mouseStudy.addToSubjects(currentSubject)
274
275            currentSubject.save(failOnError:true)
276
277                        // Add subject to appropriate EventGroup
278            def tmpEventGroup
279                        if (x > 70) { tmpEventGroup = HFBL4 }
280                        else if (x > 60) { tmpEventGroup = HFBV4 }
281                        else if (x > 50) { tmpEventGroup = LFBL4 }
282                        else if (x > 40) { tmpEventGroup = LFBV4 }
283                        else if (x > 30) { tmpEventGroup = HFBL1 }
284                        else if (x > 20) { tmpEventGroup = HFBV1 }
285                        else if (x > 10) { tmpEventGroup = LFBL1 }
286                        else { tmpEventGroup = LFBV1 }
287
288            tmpEventGroup.addToSubjects(currentSubject)
289
290                        // Create sample
291                        def currentSample = new Sample(
292                                name: currentSubject.name + '_B',
293                                material: bloodTerm,
294                                template: humanBloodSampleTemplate,
295                                parentSubject: currentSubject,
296                                parentEvent: evS //x > 40 ? evS4 : evS
297                        )
298
299                        mouseStudy.addToSamples(currentSample)
300            currentSample.setFieldValue("Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L))
301            currentSample.save(failOnError:true)
302        }
303
304                // Add EventGroups to study
305                mouseStudy.addToEventGroups(LFBV1).addToEventGroups(LFBL1).addToEventGroups(HFBV1).addToEventGroups(HFBL1).addToEventGroups(LFBV4).addToEventGroups(LFBL4).addToEventGroups(HFBV4).addToEventGroups(HFBL4).save(failOnError:true)
306
307                // Add persons and publications to study
308                def studyperson1 = new StudyPerson(person: person1, role: role1)
309                def studyperson2 = new StudyPerson(person: person2, role: role2)
310
311                mouseStudy.addToPersons(studyperson1).addToPersons(studyperson2).addToPublications(publication1).addToPublications(publication2).save(failOnError:true)
312
313                def humanStudy = new Study(
314                        template                : studyTemplate,
315                        title                   : "NuGO PPS human study",
316                        code                    : "PPSH",
317                        researchQuestion: "How much are fasting plasma and urine metabolite levels affected by prolonged fasting ?",
318                        description             : "Human study performed at RRI; centres involved: RRI, IFR, TUM, Maastricht U.",
319                        ecCode                  : "unknown",
320                        startDate               : Date.parse('yyyy-MM-dd', '2008-01-14'),
321                        owner                   : owner
322                ).addToWriters(otherUser).save(failOnError:true)
323
324                def rootGroup = new EventGroup(name: 'Root group')
325
326                def fastingEvent = new Event(
327                        startTime               : 3 * 24 * 3600 + 22 * 3600,
328                        endTime                 : 3 * 24 * 3600 + 30 * 3600,
329                        template                : fastingTreatmentTemplate).setFieldValue('Fasting period', '8h')
330
331                def bloodSamplingEventBefore = new SamplingEvent(
332                        startTime               : 0,
333                        template                : bloodSamplingEventTemplate,
334                        sampleTemplate  : humanBloodSampleTemplate).setFieldValue('Sample volume', 4.5F)
335
336                def bloodSamplingEventAfter = new SamplingEvent(
337                        startTime               : 3 * 24 * 3600 + 30 * 3600,
338                        template                : bloodSamplingEventTemplate,
339                        sampleTemplate  : humanBloodSampleTemplate).setFieldValue('Sample volume', 4.5F)
340
341                rootGroup.addToEvents fastingEvent
342                rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventBefore
343                rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventAfter
344
345                humanStudy.addToEvents(fastingEvent)
346                humanStudy.addToSamplingEvents(bloodSamplingEventBefore)
347                humanStudy.addToSamplingEvents(bloodSamplingEventAfter)
348                humanStudy.addToEventGroups rootGroup
349
350                humanStudy.save(failOnError:true)
351
352                def y = 1
353                11.times {
354                        def currentSubject = new Subject(
355                                name            : "" + y++,
356                                species         : humanTerm,
357                                template        : humanTemplate
358                        ).setFieldValue("Gender", (Math.random() > 0.5) ? "Male" : "Female")
359                                //.setFieldValue("DOB", new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19" + (10 + (int) (Math.random() * 80)))).setFieldValue("DOB", new Date().parse("dd/mm/yyyy", ((10 + (int) Math.random() * 18) + "/0" + (1 + (int) (Math.random() * 8)) + "/19" + (10 + (int) (Math.random() * 80))))).setFieldValue("Age", 30).setFieldValue("Height", Math.random() * 2F).setFieldValue("Weight", Math.random() * 150F).setFieldValue("BMI", 20 + Math.random() * 10F)
360
361                        humanStudy.addToSubjects(currentSubject)
362                        currentSubject.save(failOnError:true)
363
364                        rootGroup.addToSubjects currentSubject
365                        rootGroup.save(failOnError:true)
366
367                        def currentSample = new Sample(
368                                name            : currentSubject.name + '_B',
369                                material        : bloodTerm,
370                                template        : humanBloodSampleTemplate,
371                                parentSubject: currentSubject,
372                                parentEvent     : bloodSamplingEventBefore
373                        )
374
375                        humanStudy.addToSamples(currentSample)
376            currentSample.setFieldValue("Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L))
377            currentSample.save(failOnError:true)
378
379                        currentSample = new Sample(
380                                name            : currentSubject.name + '_A',
381                                material        : bloodTerm,
382                                template        : humanBloodSampleTemplate,
383                                parentSubject: currentSubject,
384                                parentEvent     : bloodSamplingEventAfter
385                        )
386
387                        humanStudy.addToSamples(currentSample)
388            currentSample.setFieldValue("Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L))
389            currentSample.save(failOnError:true)
390        }
391
392                // Add persons to study
393                def studyperson3 = new StudyPerson(person: person1, role: role2)
394                humanStudy.addToPersons(studyperson3).addToPublications(publication2).save(failOnError:true)
395
396                // Add SAM assay reference
397                def clinicalModule = new AssayModule(
398                        name: 'SAM module for clinical data',
399                        platform: 'clinical measurements',
400                        url: config.modules.sam.url.toString()
401                ).save(failOnError:true)
402
403                // Add metabolomics assay reference
404                def metabolomicsModule = new AssayModule(
405                        name: 'Metabolomics module',
406                        platform: 'GCMS/LCMS',
407                        url: config.modules.metabolomics.url.toString()
408                ).save(failOnError:true)
409
410                // Add metabolomics assay reference
411                def metagenomicsModule = new AssayModule(
412                        name: 'Metagenomics module',
413                        platform: 'High throughput sequencing',
414                        url: config.modules.metagenomics.url.toString()
415                ).save(failOnError:true)
416
417                def lipidAssayRef = new Assay(
418                        name: 'Lipid profiling',
419                        template: ccAssayTemplate,
420                        module: clinicalModule,
421                        externalAssayID: 'PPS3_SAM'
422                )
423
424                def metAssayRef = new Assay(
425                        name: 'Lipidomics profile',
426                        template: metAssayTemplate,
427                        module: metabolomicsModule,
428                        externalAssayID: 'PPS3_Lipidomics'
429                ).setFieldValue('Spectrometry technique', 'LC/MS')
430
431                mouseStudy.samples*.each {
432                        lipidAssayRef.addToSamples(it)
433                        metAssayRef.addToSamples(it)
434                }
435
436                mouseStudy.addToAssays(lipidAssayRef);
437                mouseStudy.addToAssays(metAssayRef);
438                mouseStudy.save(failOnError:true)
439
440                def glucoseAssayBRef = new Assay(
441                        name            : 'Glucose assay before',
442                        template        : ccAssayTemplate,
443                        module          : clinicalModule,
444                        externalAssayID: 'PPSH-Glu-B'
445                )
446
447                def glucoseAssayARef = new Assay(
448                        name            : 'Glucose assay after',
449                        template        : ccAssayTemplate,
450                        module          : clinicalModule,
451                        externalAssayID: 'PPSH-Glu-A'
452                )
453
454                def metAssayRefB = new Assay(
455                        name            : 'Lipidomics profile before',
456                        template        : metAssayTemplate,
457                        module          : metabolomicsModule,
458                        externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_start'
459                ).setFieldValue('Spectrometry technique', 'GC/MS')
460
461                def metAssayRefA = new Assay(
462                        name            : 'Lipidomics profile after',
463                        template        : metAssayTemplate,
464                        module          : metabolomicsModule,
465                        externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_end'
466                ).setFieldValue('Spectrometry technique', 'GC/MS')
467
468
469                // Add sequencing (metagenomics) assays
470                def sequencingAssay16SRef = new Assay(
471                        name            : '16S Sequencing assay',
472                        template        : ccAssayTemplate,
473                        module          : metagenomicsModule,
474                        externalAssayID: 'PPSH-SEQ-16S'
475                )
476
477                // Add sequencing (metagenomics) assays
478                def sequencingAssay18SRef = new Assay(
479                        name            : '18S Sequencing assay',
480                        template        : ccAssayTemplate,
481                        module          : metagenomicsModule,
482                        externalAssayID: 'PPSH-SEQ-18S'
483                )
484
485                humanStudy.samples*.each {
486                        if (it.parentEvent.startTime == 0) {
487                                glucoseAssayBRef.addToSamples(it)
488                                metAssayRefB.addToSamples(it)
489                        }
490                        else {
491                                glucoseAssayARef.addToSamples(it)
492                                metAssayRefA.addToSamples(it)
493                                sequencingAssay16SRef.addToSamples(it)
494                                sequencingAssay18SRef.addToSamples(it)
495                        }
496                }
497
498                humanStudy.addToAssays(sequencingAssay16SRef)
499                humanStudy.addToAssays(sequencingAssay18SRef)
500                humanStudy.addToAssays(glucoseAssayARef)
501                humanStudy.addToAssays(glucoseAssayBRef)
502                humanStudy.addToAssays(metAssayRefA)
503                humanStudy.addToAssays(metAssayRefB)
504                humanStudy.save(failOnError:true)
505        }
506
507    /**
508     * Add test studies. This function is meant to be called only in test mode
509     */
510    static addTestStudies() {
511
512        final String testStudyName = "Test study"
513        final String testStudyTemplateName = "Academic study"
514        final String testStudyCode = "AAA-Test"
515        final String testStudyDescription = "Description of Test Study"
516        final Date testStudyStartDate = Date.parse('yyyy-MM-dd','2007-12-11')
517
518        def studyTemplate = Template.findByName(testStudyTemplateName)
519        assert studyTemplate
520
521        def study = new Study(
522            title: testStudyName,
523            template: studyTemplate,
524            startDate: testStudyStartDate,
525            code: testStudyCode,
526            description: testStudyDescription
527        )
528
529        study.save(failOnError: true)
530
531    }
532}
533
534//package dbnp.configuration
535//
536///**
537// * @Author kees
538// * @Since Jun 25, 2010
539// *
540// * Revision information:
541// * $Rev: 1588 $
542// * $Author: s.h.sikkema@gmail.com $
543// * $Date: 2011-03-04 11:30:52 +0000 (vr, 04 mrt 2011) $
544// */
545//
546//import dbnp.studycapturing.*
547//import org.dbnp.gdt.*
548//import org.codehaus.groovy.grails.commons.GrailsApplication
549//import grails.util.GrailsUtil
550//import dbnp.rest.common.CommunicationManager
551//import org.codehaus.groovy.grails.commons.*
552//
553//
554//class ExampleStudies {
555//
556//      /**
557//       * Add example studies. This function is meant to be called only in development mode
558//       */
559//      public static void addExampleStudies(dbnp.authentication.SecUser owner, dbnp.authentication.SecUser otherUser) {
560//              "inserting initial studies".grom()
561//
562//              // get configuration
563//              def config = ConfigurationHolder.config
564//
565//              // Look up the used ontologies which should be in the database by now
566//              def speciesOntology                             = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1132)
567//              def brendaOntology                              = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1005)
568//              def nciOntology                                 = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1032)
569//              def chebiOntology                               = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1007)
570//
571//              // Look up the used templates which should also be in the database by now
572//              def studyTemplate                               = Template.findByName("Academic study")
573//              def mouseTemplate                               = Template.findByName("Mouse")
574//              def humanTemplate                               = Template.findByName("Human")
575//              def dietTreatmentTemplate               = Template.findByName("Diet treatment")
576//              def boostTreatmentTemplate              = Template.findByName("Compound challenge")
577//              def liverSamplingEventTemplate  = Template.findByName("Liver extraction")
578//              def fastingTreatmentTemplate    = Template.findByName("Fasting treatment")
579//              def bloodSamplingEventTemplate  = Template.findByName("Blood extraction")
580//              def humanTissueSampleTemplate   = Template.findByName("Human tissue sample")
581//              def humanBloodSampleTemplate    = Template.findByName("Human blood sample")
582//              def ccAssayTemplate                             = Template.findByName("Clinical chemistry assay")
583//              def metAssayTemplate                    = Template.findByName("Metabolomics assay")
584//
585//              // Add terms manually, to avoid having to do many HTTP requests to the BioPortal website
586//              def mouseTerm = new Term(
587//                      name            : 'Mus musculus',
588//                      ontology        : speciesOntology,
589//                      accession       : '10090'
590//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
591//
592//              def humanTerm = new Term(
593//                      name            : 'Homo sapiens',
594//                      ontology        : speciesOntology,
595//                      accession       : '9606'
596//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
597//
598//              def arabTerm = new Term(
599//                      name            : 'Arabidopsis thaliana',
600//                      ontology        : speciesOntology,
601//                      accession       : '3702'
602//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
603//
604//              def tomatoTerm = new Term(
605//                      name            : 'Solanum lycopersicum',
606//                      ontology        : speciesOntology,
607//                      accession       : '4081'
608//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
609//
610//              def potatoTerm = new Term(
611//                      name            : 'Solanum tuberosum',
612//                      ontology        : speciesOntology,
613//                      accession       : '0000'
614//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
615//
616//              def bloodTerm = new Term(
617//                      name            : 'blood plasma',
618//                      ontology        : brendaOntology,
619//                      accession       : 'BTO:0000131'
620//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
621//
622//              def c57bl6Term = new Term(
623//                      name            : 'C57BL/6 Mouse',
624//                      ontology        : nciOntology,
625//                      accession       : 'C14424'
626//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
627//
628//              def glucoseTerm = new Term(
629//                      name            : 'glucose',
630//                      ontology        : chebiOntology,
631//                      accession       : 'CHEBI:17234'
632//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
633//
634//              // Create a few persons, roles and Affiliations
635//              def affiliation1 = new PersonAffiliation(
636//                      institute       : "Science Institute NYC",
637//                      department      : "Department of Mathematics"
638//              ).save();
639//              def affiliation2 = new PersonAffiliation(
640//                      institute       : "InfoStats GmbH, Hamburg",
641//                      department      : "Life Sciences"
642//              ).save();
643//              def role1 = new PersonRole(
644//                      name            : "Principal Investigator"
645//              ).save();
646//              def role2 = new PersonRole(
647//                      name            : "Statician"
648//              ).save();
649//
650//              // Create persons
651//              def person1 = new Person(
652//                      lastName        : "Scientist",
653//                      firstName       : "John",
654//                      gender          : "Male",
655//                      initials        : "J.R.",
656//                      email           : "john@scienceinstitute.com",
657//                      phone           : "1-555-3049",
658//                      address         : "First street 2,NYC"
659//              ).addToAffiliations(affiliation1).addToAffiliations(affiliation2).save();
660//
661//              def person2 = new Person(
662//                      lastName        : "Statician",
663//                      firstName       : "Jane",
664//                      gender          : "Female",
665//                      initials        : "W.J.",
666//                      email           : "jane@statisticalcompany.de",
667//                      phone           : "49-555-8291",
668//                      address         : "Dritten strasse 38, Hamburg, Germany"
669//              ).addToAffiliations(affiliation2).save();
670//
671//              // Create 30 persons to test pagination
672//              def personCounter = 1;
673//              30.times {
674//                      new Person(
675//                              firstName       : "Person #${personCounter}",
676//                              lastName        : "Testperson",
677//                              email           : "email${personCounter++}@testdomain.com"
678//                      ).save()
679//              }
680//
681//              // Create a few publications
682//              def publication1 = new Publication(
683//                      title           : "Postnatal development of hypothalamic leptin receptors",
684//                      authorsList     : "Cottrell EC, Mercer JG, Ozanne SE.",
685//                      pubMedID        : "20472140",
686//                      comments        : "Not published yet",
687//                      DOI                     : "unknown"
688//              ).save();
689//
690//              def publication2 = new Publication(
691//                      title           : "Induction of regulatory T cells decreases adipose inflammation and alleviates insulin resistance in ob/ob mice",
692//                      authorsList     : "Ilan Y, Maron R, Tukpah AM, Maioli TU, Murugaiyan G, Yang K, Wu HY, Weiner HL.",
693//                      pubMedID        : "20445103",
694//                      comments        : "",
695//                      DOI                     : ""
696//              ).save();
697//
698//              // Add example mouse study
699//              def mouseStudy = new Study(
700//                      template        : studyTemplate,
701//                      title           : "NuGO PPS3 mouse study leptin module",
702//                      description     : "C57Bl/6 mice were fed a high fat (45 en%) or low fat (10 en%) diet after a four week run-in on low fat diet.",
703//                      code            : "PPS3_leptin_module",
704//                      researchQuestion: "Leptin etc.",
705//                      ecCode          : "2007117.c",
706//                      startDate       : Date.parse('yyyy-MM-dd', '2008-01-02'),
707//                      owner           : owner,
708//                      readers         : [otherUser]
709//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
710//
711//              def evLF = new Event(
712//                      startTime       : 3600,
713//                      endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
714//                      template        : dietTreatmentTemplate
715//              ).setFieldValue('Diet', 'low fat')
716//
717//              def evHF = new Event(
718//                      startTime       : 3600,
719//                      endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
720//                      template        : dietTreatmentTemplate
721//              ).setFieldValue('Diet', 'high fat')
722//
723//              def evBV = new Event(
724//                      startTime       : 3600,
725//                      endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
726//                      template        : boostTreatmentTemplate
727//              ).setFieldValue('Control', 'true')
728//
729//              def evBL = new Event(
730//                      startTime       : 3600,
731//                      endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
732//                      template        : boostTreatmentTemplate
733//              ).setFieldValue('Control', 'false')
734//
735//              def evLF4 = new Event(
736//                      startTime       : 3600,
737//                      endTime         : 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
738//                      template        : dietTreatmentTemplate
739//              ).setFieldValue('Diet', 'low fat')
740//
741//              def evHF4 = new Event(
742//                      startTime       : 3600,
743//                      endTime         : 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
744//                      template        : dietTreatmentTemplate
745//              ).setFieldValue('Diet', 'high fat')
746//
747//              def evBV4 = new Event(
748//                      startTime       : 3600,
749//                      endTime         : 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
750//                      template        : boostTreatmentTemplate
751//              ).setFieldValue('Control', 'true')
752//
753//              def evBL4 = new Event(
754//                      startTime       : 3600,
755//                      endTime         : 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
756//                      template        : boostTreatmentTemplate
757//              ).setFieldValue('Control', 'false')
758//
759//              def evS = new SamplingEvent(
760//                      startTime       : 3600 + 7 * 24 * 3600,
761//                      template        : liverSamplingEventTemplate,
762//                      sampleTemplate: humanTissueSampleTemplate).setFieldValue('Sample weight', 5F)
763//
764//              def evS4 = new SamplingEvent(
765//                      startTime       : 3600 + 7 * 24 * 3600,
766//                      template        : liverSamplingEventTemplate,
767//                      sampleTemplate: humanTissueSampleTemplate).setFieldValue('Sample weight', 5F)
768//
769//              // Add events to study
770//              mouseStudy.addToEvents(evLF).addToEvents(evHF).addToEvents(evBV).addToEvents(evBL).addToEvents(evLF4).addToEvents(evHF4).addToEvents(evBV4).addToEvents(evBL4).addToSamplingEvents(evS).addToSamplingEvents(evS4).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
771//
772//              // Extra check if the SamplingEvents are saved correctly
773//              evS.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
774//              evS4.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
775//
776//              def LFBV1 = new EventGroup(name: "10% fat + vehicle for 1 week").addToEvents(evLF).addToEvents(evBV).addToSamplingEvents(evS)
777//
778//              def LFBL1 = new EventGroup(name: "10% fat + leptin for 1 week").addToEvents(evLF).addToEvents(evBL).addToSamplingEvents(evS)
779//
780//              def HFBV1 = new EventGroup(name: "45% fat + vehicle for 1 week").addToEvents(evHF).addToEvents(evBV).addToSamplingEvents(evS)
781//
782//              def HFBL1 = new EventGroup(name: "45% fat + leptin for 1 week").addToEvents(evHF).addToEvents(evBL).addToSamplingEvents(evS)
783//
784//              def LFBV4 = new EventGroup(name: "10% fat + vehicle for 4 weeks").addToEvents(evLF4).addToEvents(evBV4).addToSamplingEvents(evS4)
785//
786//              def LFBL4 = new EventGroup(name: "10% fat + leptin for 4 weeks").addToEvents(evLF4).addToEvents(evBL4).addToSamplingEvents(evS4)
787//
788//              def HFBV4 = new EventGroup(name: "45% fat + vehicle for 4 weeks").addToEvents(evHF4).addToEvents(evBV4).addToSamplingEvents(evS4)
789//
790//              def HFBL4 = new EventGroup(name: "45% fat + leptin for 4 weeks").addToEvents(evHF4).addToEvents(evBL4).addToSamplingEvents(evS4)
791//
792//              // Add subjects and samples and compose EventGroups
793//              def x = 1
794//              80.times {
795//                      def currentSubject = new Subject(
796//                              name: "A" + x++,
797//                              species: mouseTerm,
798//                              template: mouseTemplate,
799//                      ).setFieldValue("Gender", "Male").setFieldValue("Genotype", c57bl6Term).setFieldValue("Age", 17).setFieldValue("Cage", "" + (int) (x / 2))
800//
801//                      // We have to save the subject first, otherwise the parentEvent property of the sample cannot be set
802//                      // (this is possibly a Grails or Hibernate bug)
803//                      mouseStudy.addToSubjects(currentSubject)
804//                      currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
805//
806//                      // Add subject to appropriate EventGroup
807//                      if (x > 70) { HFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() }
808//                      else if (x > 60) { HFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() }
809//                      else if (x > 50) { LFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() }
810//                      else if (x > 40) { LFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() }
811//                      else if (x > 30) { HFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() }
812//                      else if (x > 20) { HFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() }
813//                      else if (x > 10) { LFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() }
814//                      else { LFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() }
815//
816//                      // Create sample
817//                      def currentSample = new Sample(
818//                              name: currentSubject.name + '_B',
819//                              material: bloodTerm,
820//                              template: humanBloodSampleTemplate,
821//                              parentSubject: currentSubject,
822//                              parentEvent: evS //x > 40 ? evS4 : evS
823//                      );
824//                      mouseStudy.addToSamples(currentSample)
825//                      currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
826//                      currentSample.setFieldValue("Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L))
827//              }
828//
829//              // Add EventGroups to study
830//              mouseStudy.addToEventGroups(LFBV1).addToEventGroups(LFBL1).addToEventGroups(HFBV1).addToEventGroups(HFBL1).addToEventGroups(LFBV4).addToEventGroups(LFBL4).addToEventGroups(HFBV4).addToEventGroups(HFBL4).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
831//
832//              // Add persons and publications to study
833//              def studyperson1 = new StudyPerson(person: person1, role: role1)
834//              def studyperson2 = new StudyPerson(person: person2, role: role2)
835//
836//              mouseStudy.addToPersons(studyperson1).addToPersons(studyperson2).addToPublications(publication1).addToPublications(publication2).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
837//
838//              def humanStudy = new Study(
839//                      template                : studyTemplate,
840//                      title                   : "NuGO PPS human study",
841//                      code                    : "PPSH",
842//                      researchQuestion: "How much are fasting plasma and urine metabolite levels affected by prolonged fasting ?",
843//                      description             : "Human study performed at RRI; centres involved: RRI, IFR, TUM, Maastricht U.",
844//                      ecCode                  : "unknown",
845//                      startDate               : Date.parse('yyyy-MM-dd', '2008-01-14'),
846//                      owner                   : owner,
847//                      writers                 : [otherUser]
848//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
849//
850//              def rootGroup = new EventGroup(name: 'Root group');
851//
852//              def fastingEvent = new Event(
853//                      startTime               : 3 * 24 * 3600 + 22 * 3600,
854//                      endTime                 : 3 * 24 * 3600 + 30 * 3600,
855//                      template                : fastingTreatmentTemplate).setFieldValue('Fasting period', '8h');
856//
857//              def bloodSamplingEventBefore = new SamplingEvent(
858//                      startTime               : 0,
859//                      template                : bloodSamplingEventTemplate,
860//                      sampleTemplate  : humanBloodSampleTemplate).setFieldValue('Sample volume', 4.5F);
861//
862//              def bloodSamplingEventAfter = new SamplingEvent(
863//                      startTime               : 3 * 24 * 3600 + 30 * 3600,
864//                      template                : bloodSamplingEventTemplate,
865//                      sampleTemplate  : humanBloodSampleTemplate).setFieldValue('Sample volume', 4.5F);
866//
867//              rootGroup.addToEvents fastingEvent
868//              rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventBefore
869//              rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventAfter
870//              rootGroup.save()
871//
872//              humanStudy.addToEvents(fastingEvent)
873//              humanStudy.addToSamplingEvents(bloodSamplingEventBefore)
874//              humanStudy.addToSamplingEvents(bloodSamplingEventAfter)
875//              humanStudy.addToEventGroups rootGroup
876//
877//              humanStudy.save()
878//
879//              def y = 1
880//              11.times {
881//                      def currentSubject = new Subject(
882//                              name            : "" + y++,
883//                              species         : humanTerm,
884//                              template        : humanTemplate
885//                      ).setFieldValue("Gender", (Math.random() > 0.5) ? "Male" : "Female")
886//                              //.setFieldValue("DOB", new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19" + (10 + (int) (Math.random() * 80)))).setFieldValue("DOB", new Date().parse("dd/mm/yyyy", ((10 + (int) Math.random() * 18) + "/0" + (1 + (int) (Math.random() * 8)) + "/19" + (10 + (int) (Math.random() * 80))))).setFieldValue("Age", 30).setFieldValue("Height", Math.random() * 2F).setFieldValue("Weight", Math.random() * 150F).setFieldValue("BMI", 20 + Math.random() * 10F)
887//
888//                      humanStudy.addToSubjects(currentSubject)
889//                      currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
890//
891//                      rootGroup.addToSubjects currentSubject
892//                      rootGroup.save()
893//
894//                      def currentSample = new Sample(
895//                              name            : currentSubject.name + '_B',
896//                              material        : bloodTerm,
897//                              template        : humanBloodSampleTemplate,
898//                              parentSubject: currentSubject,
899//                              parentEvent     : bloodSamplingEventBefore
900//                      );
901//
902//                      humanStudy.addToSamples(currentSample)
903//                      currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
904//                      currentSample.setFieldValue("Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L))
905//
906//                      currentSample = new Sample(
907//                              name            : currentSubject.name + '_A',
908//                              material        : bloodTerm,
909//                              template        : humanBloodSampleTemplate,
910//                              parentSubject: currentSubject,
911//                              parentEvent     : bloodSamplingEventAfter
912//                      );
913//
914//                      humanStudy.addToSamples(currentSample)
915//                      currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
916//                      currentSample.setFieldValue("Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L))
917//              }
918//
919//              // Add persons to study
920//              def studyperson3 = new StudyPerson(person: person1, role: role2)
921//              humanStudy.addToPersons(studyperson3).addToPublications(publication2).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
922//
923//              // Add SAM assay reference
924//              def clinicalModule = new AssayModule(
925//                      name: 'SAM module for clinical data',
926//                      platform: 'clinical measurements',
927//                      url: config.modules.sam.url.toString()
928//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
929//
930//              // Add metabolomics assay reference
931//              def metabolomicsModule = new AssayModule(
932//                      name: 'Metabolomics module',
933//                      platform: 'GCMS/LCMS',
934//                      url: config.modules.metabolomics.url.toString()
935//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
936//
937//              // Add metabolomics assay reference
938//              def metagenomicsModule = new AssayModule(
939//                      name: 'Metagenomics module',
940//                      platform: 'High throughput sequencing',
941//                      url: config.modules.metagenomics.url.toString()
942//              ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
943//
944//              def lipidAssayRef = new Assay(
945//                      name: 'Lipid profiling',
946//                      template: ccAssayTemplate,
947//                      module: clinicalModule,
948//                      externalAssayID: 'PPS3_SAM'
949//              )
950//
951//              def metAssayRef = new Assay(
952//                      name: 'Lipidomics profile',
953//                      template: metAssayTemplate,
954//                      module: metabolomicsModule,
955//                      externalAssayID: 'PPS3_Lipidomics'
956//              ).setFieldValue('Spectrometry technique', 'LC/MS')
957//
958//              mouseStudy.samples*.each {
959//                      lipidAssayRef.addToSamples(it)
960//                      metAssayRef.addToSamples(it)
961//              }
962//
963//              mouseStudy.addToAssays(lipidAssayRef);
964//              mouseStudy.addToAssays(metAssayRef);
965//              mouseStudy.save()
966//
967//              def glucoseAssayBRef = new Assay(
968//                      name            : 'Glucose assay before',
969//                      template        : ccAssayTemplate,
970//                      module          : clinicalModule,
971//                      externalAssayID: 'PPSH-Glu-B'
972//              )
973//
974//              def glucoseAssayARef = new Assay(
975//                      name            : 'Glucose assay after',
976//                      template        : ccAssayTemplate,
977//                      module          : clinicalModule,
978//                      externalAssayID: 'PPSH-Glu-A'
979//              )
980//
981//              def metAssayRefB = new Assay(
982//                      name            : 'Lipidomics profile before',
983//                      template        : metAssayTemplate,
984//                      module          : metabolomicsModule,
985//                      externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_start'
986//              ).setFieldValue('Spectrometry technique', 'GC/MS')
987//
988//              def metAssayRefA = new Assay(
989//                      name            : 'Lipidomics profile after',
990//                      template        : metAssayTemplate,
991//                      module          : metabolomicsModule,
992//                      externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_end'
993//              ).setFieldValue('Spectrometry technique', 'GC/MS')
994//
995//
996//              // Add sequencing (metagenomics) assays
997//              def sequencingAssay16SRef = new Assay(
998//                      name            : '16S Sequencing assay',
999//                      template        : ccAssayTemplate,
1000//                      module          : metagenomicsModule,
1001//                      externalAssayID: 'PPSH-SEQ-16S'
1002//              )
1003//
1004//              // Add sequencing (metagenomics) assays
1005//              def sequencingAssay18SRef = new Assay(
1006//                      name            : '18S Sequencing assay',
1007//                      template        : ccAssayTemplate,
1008//                      module          : metagenomicsModule,
1009//                      externalAssayID: 'PPSH-SEQ-18S'
1010//              )
1011//
1012//              humanStudy.samples*.each {
1013//                      if (it.parentEvent.startTime == 0) {
1014//                              glucoseAssayBRef.addToSamples(it)
1015//                              metAssayRefB.addToSamples(it)
1016//                      }
1017//                      else {
1018//                              glucoseAssayARef.addToSamples(it)
1019//                              metAssayRefA.addToSamples(it)
1020//                              sequencingAssay16SRef.addToSamples(it)
1021//                              sequencingAssay18SRef.addToSamples(it)
1022//                      }
1023//              }
1024//
1025//              humanStudy.addToAssays(sequencingAssay16SRef)
1026//              humanStudy.addToAssays(sequencingAssay18SRef)
1027//              humanStudy.addToAssays(glucoseAssayARef)
1028//              humanStudy.addToAssays(glucoseAssayBRef)
1029//              humanStudy.addToAssays(metAssayRefA)
1030//              humanStudy.addToAssays(metAssayRefB)
1031//              humanStudy.save()
1032//      }
1033//}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.