root/trunk/grails-app/conf/BootStrapStudies.groovy @ 1245

Revision 1245, 17.0 KB (checked in by work@…, 3 years ago)

- moved 'description' from study template fields into domain variables so that every study will contain a -non required- description which is more logical

  • Property svn:keywords set to Author Date Rev
Line 
1/**
2 * @Author kees
3 * @Since Jun 25, 2010
4 *
5 * Revision information:
6 * $Rev$
7 * $Author$
8 * $Date$
9 */
10
11import dbnp.studycapturing.*
12import dbnp.data.Term
13import dbnp.data.Ontology
14import org.codehaus.groovy.grails.commons.GrailsApplication
15import grails.util.GrailsUtil
16import dbnp.rest.common.CommunicationManager
17import org.codehaus.groovy.grails.commons.*
18
19
20class BootStrapStudies {
21
22        /**
23         * Add example studies. This function is meant to be called only in development mode
24         */
25        public static void addExampleStudies(dbnp.authentication.SecUser owner, dbnp.authentication.SecUser otherUser) {
26                "inserting initial studies".grom()
27
28                // get configuration
29                def config = ConfigurationHolder.config
30
31                // Look up the used ontologies which should be in the database by now
32                def speciesOntology                             = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1132)
33                def brendaOntology                              = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1005)
34                def nciOntology                                 = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1032)
35                def chebiOntology                               = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1007)
36
37                // Look up the used templates which should also be in the database by now
38                def studyTemplate                               = Template.findByName("Academic study")
39                def mouseTemplate                               = Template.findByName("Mouse")
40                def humanTemplate                               = Template.findByName("Human")
41                def dietTreatmentTemplate               = Template.findByName("Diet treatment")
42                def boostTreatmentTemplate              = Template.findByName("Compound challenge")
43                def liverSamplingEventTemplate  = Template.findByName("Liver extraction")
44                def fastingTreatmentTemplate    = Template.findByName("Fasting treatment")
45                def bloodSamplingEventTemplate  = Template.findByName("Blood extraction")
46                def humanTissueSampleTemplate   = Template.findByName("Human tissue sample")
47                def humanBloodSampleTemplate    = Template.findByName("Human blood sample")
48                def ccAssayTemplate                             = Template.findByName("Clinical chemistry assay")
49                def metAssayTemplate                    = Template.findByName("Metabolomics assay")
50
51                // Add terms manually, to avoid having to do many HTTP requests to the BioPortal website
52                def mouseTerm = new Term(
53                        name            : 'Mus musculus',
54                        ontology        : speciesOntology,
55                        accession       : '10090'
56                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
57
58                def humanTerm = new Term(
59                        name            : 'Homo sapiens',
60                        ontology        : speciesOntology,
61                        accession       : '9606'
62                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
63
64                def arabTerm = new Term(
65                        name            : 'Arabidopsis thaliana',
66                        ontology        : speciesOntology,
67                        accession       : '3702'
68                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
69
70                def tomatoTerm = new Term(
71                        name            : 'Solanum lycopersicum',
72                        ontology        : speciesOntology,
73                        accession       : '4081'
74                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
75
76                def potatoTerm = new Term(
77                        name            : 'Solanum tuberosum',
78                        ontology        : speciesOntology,
79                        accession       : '0000'
80                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
81
82                def bloodTerm = new Term(
83                        name            : 'blood plasma',
84                        ontology        : brendaOntology,
85                        accession       : 'BTO:0000131'
86                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
87
88                def c57bl6Term = new Term(
89                        name            : 'C57BL/6 Mouse',
90                        ontology        : nciOntology,
91                        accession       : 'C14424'
92                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
93
94                def glucoseTerm = new Term(
95                        name            : 'glucose',
96                        ontology        : chebiOntology,
97                        accession       : 'CHEBI:17234'
98                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
99
100                // Create a few persons, roles and Affiliations
101                def affiliation1 = new PersonAffiliation(
102                        institute       : "Science Institute NYC",
103                        department      : "Department of Mathematics"
104                ).save();
105                def affiliation2 = new PersonAffiliation(
106                        institute       : "InfoStats GmbH, Hamburg",
107                        department      : "Life Sciences"
108                ).save();
109                def role1 = new PersonRole(
110                        name            : "Principal Investigator"
111                ).save();
112                def role2 = new PersonRole(
113                        name            : "Statician"
114                ).save();
115
116                // Create persons
117                def person1 = new Person(
118                        lastName        : "Scientist",
119                        firstName       : "John",
120                        gender          : "Male",
121                        initials        : "J.R.",
122                        email           : "john@scienceinstitute.com",
123                        phone           : "1-555-3049",
124                        address         : "First street 2,NYC"
125                ).addToAffiliations(affiliation1).addToAffiliations(affiliation2).save();
126
127                def person2 = new Person(
128                        lastName        : "Statician",
129                        firstName       : "Jane",
130                        gender          : "Female",
131                        initials        : "W.J.",
132                        email           : "jane@statisticalcompany.de",
133                        phone           : "49-555-8291",
134                        address         : "Dritten strasse 38, Hamburg, Germany"
135                ).addToAffiliations(affiliation2).save();
136
137                // Create 30 persons to test pagination
138                def personCounter = 1;
139                30.times {
140                        new Person(
141                                firstName       : "Person #${personCounter}",
142                                lastName        : "Testperson",
143                                email           : "email${personCounter++}@testdomain.com"
144                        ).save()
145                }
146
147                // Create a few publications
148                def publication1 = new Publication(
149                        title           : "Postnatal development of hypothalamic leptin receptors",
150                        authorsList     : "Cottrell EC, Mercer JG, Ozanne SE.",
151                        pubMedID        : "20472140",
152                        comments        : "Not published yet",
153                        DOI                     : "unknown"
154                ).save();
155
156                def publication2 = new Publication(
157                        title           : "Induction of regulatory T cells decreases adipose inflammation and alleviates insulin resistance in ob/ob mice",
158                        authorsList     : "Ilan Y, Maron R, Tukpah AM, Maioli TU, Murugaiyan G, Yang K, Wu HY, Weiner HL.",
159                        pubMedID        : "20445103",
160                        comments        : "",
161                        DOI                     : ""
162                ).save();
163
164                // Add example mouse study
165                def mouseStudy = new Study(
166                        template        : studyTemplate,
167                        title           : "NuGO PPS3 mouse study leptin module",
168                        description     : "C57Bl/6 mice were fed a high fat (45 en%) or low fat (10 en%) diet after a four week run-in on low fat diet.",
169                        code            : "PPS3_leptin_module",
170                        researchQuestion: "Leptin etc.",
171                        ecCode          : "2007117.c",
172                        startDate       : Date.parse('yyyy-MM-dd', '2008-01-02'),
173                        owner           : owner,
174                        readers         : [otherUser]
175                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
176
177                def evLF = new Event(
178                        startTime       : 3600,
179                        endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
180                        template        : dietTreatmentTemplate
181                ).setFieldValue('Diet', 'low fat')
182
183                def evHF = new Event(
184                        startTime       : 3600,
185                        endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
186                        template        : dietTreatmentTemplate
187                ).setFieldValue('Diet', 'high fat')
188
189                def evBV = new Event(
190                        startTime       : 3600,
191                        endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
192                        template        : boostTreatmentTemplate
193                ).setFieldValue('Control', 'true')
194
195                def evBL = new Event(
196                        startTime       : 3600,
197                        endTime         : 3600 + 7 * 24 * 3600,
198                        template        : boostTreatmentTemplate
199                ).setFieldValue('Control', 'false')
200
201                def evLF4 = new Event(
202                        startTime       : 3600,
203                        endTime         : 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
204                        template        : dietTreatmentTemplate
205                ).setFieldValue('Diet', 'low fat')
206
207                def evHF4 = new Event(
208                        startTime       : 3600,
209                        endTime         : 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
210                        template        : dietTreatmentTemplate
211                ).setFieldValue('Diet', 'high fat')
212
213                def evBV4 = new Event(
214                        startTime       : 3600,
215                        endTime         : 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
216                        template        : boostTreatmentTemplate
217                ).setFieldValue('Control', 'true')
218
219                def evBL4 = new Event(
220                        startTime       : 3600,
221                        endTime         : 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
222                        template        : boostTreatmentTemplate
223                ).setFieldValue('Control', 'false')
224
225                def evS = new SamplingEvent(
226                        startTime       : 3600 + 7 * 24 * 3600,
227                        template        : liverSamplingEventTemplate,
228                        sampleTemplate: humanTissueSampleTemplate).setFieldValue('Sample weight', 5F)
229
230                def evS4 = new SamplingEvent(
231                        startTime       : 3600 + 7 * 24 * 3600,
232                        template        : liverSamplingEventTemplate,
233                        sampleTemplate: humanTissueSampleTemplate).setFieldValue('Sample weight', 5F)
234
235                // Add events to study
236                mouseStudy.addToEvents(evLF).addToEvents(evHF).addToEvents(evBV).addToEvents(evBL).addToEvents(evLF4).addToEvents(evHF4).addToEvents(evBV4).addToEvents(evBL4).addToSamplingEvents(evS).addToSamplingEvents(evS4).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
237
238                // Extra check if the SamplingEvents are saved correctly
239                evS.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
240                evS4.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
241
242                def LFBV1 = new EventGroup(name: "10% fat + vehicle for 1 week").addToEvents(evLF).addToEvents(evBV).addToSamplingEvents(evS)
243
244                def LFBL1 = new EventGroup(name: "10% fat + leptin for 1 week").addToEvents(evLF).addToEvents(evBL).addToSamplingEvents(evS)
245
246                def HFBV1 = new EventGroup(name: "45% fat + vehicle for 1 week").addToEvents(evHF).addToEvents(evBV).addToSamplingEvents(evS)
247
248                def HFBL1 = new EventGroup(name: "45% fat + leptin for 1 week").addToEvents(evHF).addToEvents(evBL).addToSamplingEvents(evS)
249
250                def LFBV4 = new EventGroup(name: "10% fat + vehicle for 4 weeks").addToEvents(evLF4).addToEvents(evBV4).addToSamplingEvents(evS4)
251
252                def LFBL4 = new EventGroup(name: "10% fat + leptin for 4 weeks").addToEvents(evLF4).addToEvents(evBL4).addToSamplingEvents(evS4)
253
254                def HFBV4 = new EventGroup(name: "45% fat + vehicle for 4 weeks").addToEvents(evHF4).addToEvents(evBV4).addToSamplingEvents(evS4)
255
256                def HFBL4 = new EventGroup(name: "45% fat + leptin for 4 weeks").addToEvents(evHF4).addToEvents(evBL4).addToSamplingEvents(evS4)
257
258                // Add subjects and samples and compose EventGroups
259                def x = 1
260                80.times {
261                        def currentSubject = new Subject(
262                                name: "A" + x++,
263                                species: mouseTerm,
264                                template: mouseTemplate,
265                        ).setFieldValue("Gender", "Male").setFieldValue("Genotype", c57bl6Term).setFieldValue("Age", 17).setFieldValue("Cage", "" + (int) (x / 2))
266
267                        // We have to save the subject first, otherwise the parentEvent property of the sample cannot be set
268                        // (this is possibly a Grails or Hibernate bug)
269                        mouseStudy.addToSubjects(currentSubject)
270                        currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
271
272                        // Add subject to appropriate EventGroup
273                        if (x > 70) { HFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() }
274                        else if (x > 60) { HFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() }
275                        else if (x > 50) { LFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() }
276                        else if (x > 40) { LFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() }
277                        else if (x > 30) { HFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() }
278                        else if (x > 20) { HFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() }
279                        else if (x > 10) { LFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() }
280                        else { LFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() }
281
282                        // Create sample
283                        def currentSample = new Sample(
284                                name: currentSubject.name + '_B',
285                                material: bloodTerm,
286                                template: humanBloodSampleTemplate,
287                                parentSubject: currentSubject,
288                                parentEvent: evS //x > 40 ? evS4 : evS
289                        );
290                        mouseStudy.addToSamples(currentSample)
291                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
292                        currentSample.setFieldValue("Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L))
293                }
294
295                // Add EventGroups to study
296                mouseStudy.addToEventGroups(LFBV1).addToEventGroups(LFBL1).addToEventGroups(HFBV1).addToEventGroups(HFBL1).addToEventGroups(LFBV4).addToEventGroups(LFBL4).addToEventGroups(HFBV4).addToEventGroups(HFBL4).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
297
298                // Add persons and publications to study
299                def studyperson1 = new StudyPerson(person: person1, role: role1)
300                def studyperson2 = new StudyPerson(person: person2, role: role2)
301
302                mouseStudy.addToPersons(studyperson1).addToPersons(studyperson2).addToPublications(publication1).addToPublications(publication2).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
303
304                def humanStudy = new Study(
305                        template                : studyTemplate,
306                        title                   : "NuGO PPS human study",
307                        code                    : "PPSH",
308                        researchQuestion: "How much are fasting plasma and urine metabolite levels affected by prolonged fasting ?",
309                        description             : "Human study performed at RRI; centres involved: RRI, IFR, TUM, Maastricht U.",
310                        ecCode                  : "unknown",
311                        startDate               : Date.parse('yyyy-MM-dd', '2008-01-14'),
312                        owner                   : owner,
313                        writers                 : [otherUser]
314                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
315
316                def rootGroup = new EventGroup(name: 'Root group');
317
318                def fastingEvent = new Event(
319                        startTime               : 3 * 24 * 3600 + 22 * 3600,
320                        endTime                 : 3 * 24 * 3600 + 30 * 3600,
321                        template                : fastingTreatmentTemplate).setFieldValue('Fasting period', '8h');
322
323                def bloodSamplingEventBefore = new SamplingEvent(
324                        startTime               : 0,
325                        template                : bloodSamplingEventTemplate,
326                        sampleTemplate  : humanBloodSampleTemplate).setFieldValue('Sample volume', 4.5F);
327
328                def bloodSamplingEventAfter = new SamplingEvent(
329                        startTime               : 3 * 24 * 3600 + 30 * 3600,
330                        template                : bloodSamplingEventTemplate,
331                        sampleTemplate  : humanBloodSampleTemplate).setFieldValue('Sample volume', 4.5F);
332
333                rootGroup.addToEvents fastingEvent
334                rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventBefore
335                rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventAfter
336                rootGroup.save()
337
338                humanStudy.addToEvents(fastingEvent)
339                humanStudy.addToSamplingEvents(bloodSamplingEventBefore)
340                humanStudy.addToSamplingEvents(bloodSamplingEventAfter)
341                humanStudy.addToEventGroups rootGroup
342
343                humanStudy.save()
344
345                def y = 1
346                11.times {
347                        def currentSubject = new Subject(
348                                name            : "" + y++,
349                                species         : humanTerm,
350                                template        : humanTemplate
351                        ).setFieldValue("Gender", (Math.random() > 0.5) ? "Male" : "Female")
352                                //.setFieldValue("DOB", new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19" + (10 + (int) (Math.random() * 80)))).setFieldValue("DOB", new Date().parse("dd/mm/yyyy", ((10 + (int) Math.random() * 18) + "/0" + (1 + (int) (Math.random() * 8)) + "/19" + (10 + (int) (Math.random() * 80))))).setFieldValue("Age", 30).setFieldValue("Height", Math.random() * 2F).setFieldValue("Weight", Math.random() * 150F).setFieldValue("BMI", 20 + Math.random() * 10F)
353
354                        humanStudy.addToSubjects(currentSubject)
355                        currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
356
357                        rootGroup.addToSubjects currentSubject
358                        rootGroup.save()
359
360                        def currentSample = new Sample(
361                                name            : currentSubject.name + '_B',
362                                material        : bloodTerm,
363                                template        : humanBloodSampleTemplate,
364                                parentSubject: currentSubject,
365                                parentEvent     : bloodSamplingEventBefore
366                        );
367
368                        humanStudy.addToSamples(currentSample)
369                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
370                        currentSample.setFieldValue("Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L))
371
372                        currentSample = new Sample(
373                                name            : currentSubject.name + '_A',
374                                material        : bloodTerm,
375                                template        : humanBloodSampleTemplate,
376                                parentSubject: currentSubject,
377                                parentEvent     : bloodSamplingEventAfter
378                        );
379
380                        humanStudy.addToSamples(currentSample)
381                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
382                        currentSample.setFieldValue("Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L))
383                }
384
385                // Add persons to study
386                def studyperson3 = new StudyPerson(person: person1, role: role2)
387                humanStudy.addToPersons(studyperson3).addToPublications(publication2).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
388
389                // Add SAM assay reference
390                def clinicalModule = new AssayModule(
391                        name: 'SAM module for clinical data',
392                        platform: 'clinical measurements',
393                        url: config.modules.sam.url
394                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
395
396                // Add metabolomics assay reference
397                def metabolomicsModule = new AssayModule(
398                        name: 'Metabolomics module',
399                        platform: 'GCMS/LCMS',
400                        url: config.modules.metabolomics.url
401                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
402
403                def lipidAssayRef = new Assay(
404                        name: 'Lipid profiling',
405                        template: ccAssayTemplate,
406                        module: clinicalModule,
407                        externalAssayID: 'PPS3_SAM'
408                )
409
410                def metAssayRef = new Assay(
411                        name: 'Lipidomics profile',
412                        template: metAssayTemplate,
413                        module: metabolomicsModule,
414                        externalAssayID: 'PPS3_Lipidomics'
415                ).setFieldValue('Spectrometry technique', 'LC/MS')
416
417                mouseStudy.samples*.each {
418                        lipidAssayRef.addToSamples(it)
419                        metAssayRef.addToSamples(it)
420                }
421
422                mouseStudy.addToAssays(lipidAssayRef);
423                mouseStudy.addToAssays(metAssayRef);
424                mouseStudy.save()
425
426                def glucoseAssayBRef = new Assay(
427                        name            : 'Glucose assay before',
428                        template        : ccAssayTemplate,
429                        module          : clinicalModule,
430                        externalAssayID: 'PPSH-Glu-B'
431                )
432
433                def glucoseAssayARef = new Assay(
434                        name            : 'Glucose assay after',
435                        template        : ccAssayTemplate,
436                        module          : clinicalModule,
437                        externalAssayID: 'PPSH-Glu-A'
438                )
439
440                def metAssayRefB = new Assay(
441                        name            : 'Lipidomics profile before',
442                        template        : metAssayTemplate,
443                        module          : metabolomicsModule,
444                        externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_start'
445                ).setFieldValue('Spectrometry technique', 'GC/MS')
446
447                def metAssayRefA = new Assay(
448                        name            : 'Lipidomics profile after',
449                        template        : metAssayTemplate,
450                        module          : metabolomicsModule,
451                        externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_end'
452                ).setFieldValue('Spectrometry technique', 'GC/MS')
453
454                humanStudy.samples*.each {
455                        if (it.parentEvent.startTime == 0) {
456                                glucoseAssayBRef.addToSamples(it)
457                                metAssayRefB.addToSamples(it)
458                        }
459                        else {
460                                glucoseAssayARef.addToSamples(it)
461                                metAssayRefA.addToSamples(it)
462                        }
463                }
464
465                humanStudy.addToAssays(glucoseAssayARef)
466                humanStudy.addToAssays(glucoseAssayBRef)
467                humanStudy.addToAssays(metAssayRefA)
468                humanStudy.addToAssays(metAssayRefB)
469                humanStudy.save()
470        }
471}
Note: See TracBrowser for help on using the browser.