source: trunk/grails-app/conf/BootStrapStudies.groovy @ 1107

Last change on this file since 1107 was 1107, checked in by work@…, 12 years ago
  • changed SAM url configuration
  • guys, bootstrap is a terrible mess... let's make a ticket for that to clean this shite up...
  • Property svn:keywords set to Author Date Rev
File size: 18.2 KB
Line 
1/**
2 * @Author kees
3 * @Since Jun 25, 2010
4 *
5 * Revision information:
6 * $Rev: 1107 $
7 * $Author: work@osx.eu $
8 * $Date: 2010-11-09 17:12:29 +0000 (di, 09 nov 2010) $
9 */
10
11import dbnp.studycapturing.*
12import dbnp.data.Term
13import dbnp.data.Ontology
14import org.codehaus.groovy.grails.commons.GrailsApplication
15import grails.util.GrailsUtil
16import dbnp.rest.common.CommunicationManager
17
18class BootStrapStudies {
19
20        /**
21         * Add example studies. This function is meant to be called only in development mode
22         */
23
24        public static void addExampleStudies(dbnp.authentication.SecUser owner, dbnp.authentication.SecUser otherUser ) {
25
26                // Look up the used ontologies which should be in the database by now
27                def speciesOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1132)
28                def brendaOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1005)
29                def nciOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1032)
30                def chebiOntology = Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1007)
31
32                // Look up the used templates which should also be in the database by now
33                def studyTemplate = Template.findByName("Academic study")
34                def mouseTemplate = Template.findByName("Mouse")
35                def humanTemplate = Template.findByName("Human")
36                def dietTreatmentTemplate = Template.findByName("Diet treatment")
37                def boostTreatmentTemplate = Template.findByName("Compound challenge")
38                def liverSamplingEventTemplate = Template.findByName("Liver extraction")
39                def fastingTreatmentTemplate = Template.findByName("Fasting treatment")
40                def bloodSamplingEventTemplate = Template.findByName("Blood extraction")
41                def humanTissueSampleTemplate = Template.findByName("Human tissue sample")
42                def humanBloodSampleTemplate = Template.findByName("Human blood sample")
43                def ccAssayTemplate = Template.findByName("Clinical chemistry assay")
44                def metAssayTemplate = Template.findByName("Metabolomics assay")
45
46                // Add terms manually, to avoid having to do many HTTP requests to the BioPortal website
47                println ".adding terms"
48
49
50                def mouseTerm = new Term(
51                        name: 'Mus musculus',
52                        ontology: speciesOntology,
53                        accession: '10090'
54                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
55
56                def humanTerm = new Term(
57                        name: 'Homo sapiens',
58                        ontology: speciesOntology,
59                        accession: '9606'
60                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
61
62                def arabTerm = new Term(
63                        name: 'Arabidopsis thaliana',
64                        ontology: speciesOntology,
65                        accession: '3702'
66                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
67
68                def tomatoTerm = new Term(
69                        name: 'Solanum lycopersicum',
70                        ontology: speciesOntology,
71                        accession: '4081'
72                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
73
74                def potatoTerm = new Term(
75                        name: 'Solanum tuberosum',
76                        ontology: speciesOntology,
77                        accession: '0000'
78                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
79
80                def bloodTerm = new Term(
81                        name: 'blood plasma',
82                        ontology: brendaOntology,
83                        accession: 'BTO:0000131'
84                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
85
86                def c57bl6Term = new Term(
87                        name: 'C57BL/6 Mouse',
88                        ontology: nciOntology,
89                        accession: 'C14424'
90                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
91
92                def glucoseTerm = new Term(
93                        name: 'glucose',
94                        ontology: chebiOntology,
95                        accession: 'CHEBI:17234'
96                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
97
98                // Create a few persons, roles and Affiliations
99                println ".adding persons, roles and affiliations"
100                def affiliation1 = new PersonAffiliation(
101                        institute: "Science Institute NYC",
102                        department: "Department of Mathematics"
103                ).save();
104                def affiliation2 = new PersonAffiliation(
105                        institute: "InfoStats GmbH, Hamburg",
106                        department: "Life Sciences"
107                ).save();
108                def role1 = new PersonRole(
109                        name: "Principal Investigator"
110                ).save();
111                def role2 = new PersonRole(
112                        name: "Statician"
113                ).save();
114
115                // Create persons
116                def person1 = new Person(
117                        lastName: "Scientist",
118                        firstName: "John",
119                        gender: "Male",
120                        initials: "J.R.",
121                        email: "john@scienceinstitute.com",
122                        phone: "1-555-3049",
123                        address: "First street 2,NYC"
124                )
125                .addToAffiliations( affiliation1 )
126                .addToAffiliations( affiliation2 )
127                .save();
128
129                def person2 = new Person(
130                        lastName: "Statician",
131                        firstName: "Jane",
132                        gender: "Female",
133                        initials: "W.J.",
134                        email: "jane@statisticalcompany.de",
135                        phone: "49-555-8291",
136                        address: "Dritten strasse 38, Hamburg, Germany"
137                )
138                .addToAffiliations( affiliation2 )
139                .save();
140
141                // Create 30 persons to test pagination
142                def personCounter = 1;
143                30.times { new Person( firstName: "Person #${personCounter}", lastName: "Testperson", email: "email${personCounter++}@testdomain.com" ).save() }
144
145                // Create a few publications
146                println ".adding publications"
147                def publication1 = new Publication(
148                        title: "Postnatal development of hypothalamic leptin receptors",
149                        authorsList: "Cottrell EC, Mercer JG, Ozanne SE.",
150                        pubMedID: "20472140",
151                        comments: "Not published yet",
152                        DOI: "unknown"
153                )
154                .save();
155
156                def publication2 = new Publication(
157                        title: "Induction of regulatory T cells decreases adipose inflammation and alleviates insulin resistance in ob/ob mice",
158                        authorsList: "Ilan Y, Maron R, Tukpah AM, Maioli TU, Murugaiyan G, Yang K, Wu HY, Weiner HL.",
159                        pubMedID: "20445103",
160                        comments: "",
161                        DOI: ""
162                )
163                .save();
164
165                // Add example mouse study
166                println ".adding NuGO PPS3 leptin example study..."
167                def mouseStudy = new Study(
168                        template: studyTemplate,
169                        title:"NuGO PPS3 mouse study leptin module",
170                        code:"PPS3_leptin_module",
171                        researchQuestion:"Leptin etc.",
172                        ecCode:"2007117.c",
173                        startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-02'),
174                        owner: owner,
175                        readers: [otherUser]
176                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
177
178                mouseStudy.setFieldValue('Description', "C57Bl/6 mice were fed a high fat (45 en%) or low fat (10 en%) diet after a four week run-in on low fat diet.");// After 1 week 10 mice that received a low fat diet were given an IP leptin challenge and 10 mice of the low-fat group received placebo injections. The same procedure was performed with mice that were fed the high-fat diet. After 4 weeks the procedure was repeated. In total 80 mice were culled." )
179                mouseStudy.save()
180
181                def evLF = new Event(
182                        startTime: 3600,
183                        endTime: 3600 +7 * 24 * 3600,
184                        template: dietTreatmentTemplate
185                )
186                .setFieldValue( 'Diet','low fat')
187
188                def evHF = new Event(
189                        startTime: 3600,
190                        endTime: 3600 +7 * 24 * 3600,
191                        template: dietTreatmentTemplate
192                )
193                .setFieldValue( 'Diet','high fat' )
194
195                def evBV = new Event(
196                        startTime: 3600,
197                        endTime: 3600 +7 * 24 * 3600,
198                        template: boostTreatmentTemplate
199                )
200                .setFieldValue( 'Control','true' )
201
202                def evBL = new Event(
203                        startTime: 3600,
204                        endTime: 3600 +7 * 24 * 3600,
205                        template: boostTreatmentTemplate
206                )
207                .setFieldValue( 'Control','false' )
208
209                def evLF4 = new Event(
210                        startTime: 3600,
211                        endTime: 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
212                        template: dietTreatmentTemplate
213                )
214                .setFieldValue( 'Diet','low fat')
215
216                def evHF4 = new Event(
217                        startTime: 3600,
218                        endTime: 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
219                        template: dietTreatmentTemplate
220                )
221                .setFieldValue( 'Diet','high fat' )
222
223                def evBV4 = new Event(
224                        startTime: 3600,
225                        endTime: 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
226                        template: boostTreatmentTemplate
227                )
228                .setFieldValue( 'Control','true' )
229
230                def evBL4 = new Event(
231                        startTime: 3600,
232                        endTime: 3600 + 4 * 7 * 24 * 3600,
233                        template: boostTreatmentTemplate
234                )
235                .setFieldValue( 'Control','false' )
236
237                def evS = new SamplingEvent(
238                        startTime: 3600 +7 * 24 * 3600,
239                        template: liverSamplingEventTemplate,
240                        sampleTemplate: humanTissueSampleTemplate)
241                .setFieldValue('Sample weight',5F)
242
243                def evS4 = new SamplingEvent(
244                        startTime: 3600 +7 * 24 * 3600,
245                        template: liverSamplingEventTemplate,
246                        sampleTemplate: humanTissueSampleTemplate)
247                .setFieldValue('Sample weight',5F)
248
249                // Add events to study
250                mouseStudy
251                .addToEvents(evLF)
252                .addToEvents(evHF)
253                .addToEvents(evBV)
254                .addToEvents(evBL)
255                .addToEvents(evLF4)
256                .addToEvents(evHF4)
257                .addToEvents(evBV4)
258                .addToEvents(evBL4)
259                .addToSamplingEvents(evS)
260                .addToSamplingEvents(evS4)
261                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
262
263                // Extra check if the SamplingEvents are saved correctly
264                evS.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
265                evS4.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
266
267                def LFBV1 = new EventGroup(name:"10% fat + vehicle for 1 week")
268                .addToEvents(evLF)
269                .addToEvents(evBV)
270                .addToSamplingEvents(evS)
271
272                def LFBL1 = new EventGroup(name:"10% fat + leptin for 1 week")
273                .addToEvents(evLF)
274                .addToEvents(evBL)
275                .addToSamplingEvents(evS)
276
277                def HFBV1 = new EventGroup(name:"45% fat + vehicle for 1 week")
278                .addToEvents(evHF)
279                .addToEvents(evBV)
280                .addToSamplingEvents(evS)
281
282                def HFBL1 = new EventGroup(name:"45% fat + leptin for 1 week")
283                .addToEvents(evHF)
284                .addToEvents(evBL)
285                .addToSamplingEvents(evS)
286
287                def LFBV4 = new EventGroup(name:"10% fat + vehicle for 4 weeks")
288                .addToEvents(evLF4)
289                .addToEvents(evBV4)
290                .addToSamplingEvents(evS4)
291
292                def LFBL4 = new EventGroup(name:"10% fat + leptin for 4 weeks")
293                .addToEvents(evLF4)
294                .addToEvents(evBL4)
295                .addToSamplingEvents(evS4)
296
297                def HFBV4 = new EventGroup(name:"45% fat + vehicle for 4 weeks")
298                .addToEvents(evHF4)
299                .addToEvents(evBV4)
300                .addToSamplingEvents(evS4)
301
302                def HFBL4 = new EventGroup(name:"45% fat + leptin for 4 weeks")
303                .addToEvents(evHF4)
304                .addToEvents(evBL4)
305                .addToSamplingEvents(evS4)
306               
307        // Add subjects and samples and compose EventGroups
308                def x=1
309                80.times {
310                        def currentSubject = new Subject(
311                                name: "A" + x++,
312                                species: mouseTerm,
313                                template: mouseTemplate,
314                        )
315                        .setFieldValue("Gender", "Male")
316                        .setFieldValue("Genotype", c57bl6Term)
317                        .setFieldValue("Age", 17)
318                        .setFieldValue("Cage", "" + (int)(x/2))
319
320                        // We have to save the subject first, otherwise the parentEvent property of the sample cannot be set
321                        // (this is possibly a Grails or Hibernate bug)
322                        mouseStudy.addToSubjects(currentSubject)
323                        currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
324
325                        // Add subject to appropriate EventGroup
326                        if (x > 70) { HFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() }
327                        else if (x > 60) { HFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() }
328                        else if (x > 50) { LFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() }
329                        else if (x > 40) { LFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() }
330                        else if (x > 30) { HFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() }
331                        else if (x > 20) { HFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() }
332                        else if (x > 10) { LFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() }
333                        else             { LFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() }
334
335                        // Create sample
336                        def currentSample = new Sample(
337                                name: currentSubject.name + '_B',
338                                material: bloodTerm,
339                                template: humanBloodSampleTemplate,
340                                parentSubject: currentSubject,
341                                parentEvent: evS //x > 40 ? evS4 : evS
342                        );
343                        mouseStudy.addToSamples(currentSample)
344                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
345                        currentSample.setFieldValue( "Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L) )
346                }
347
348                // Add EventGroups to study
349                mouseStudy
350                .addToEventGroups(LFBV1)
351                .addToEventGroups(LFBL1)
352                .addToEventGroups(HFBV1)
353                .addToEventGroups(HFBL1)
354                .addToEventGroups(LFBV4)
355                .addToEventGroups(LFBL4)
356                .addToEventGroups(HFBV4)
357                .addToEventGroups(HFBL4)
358                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
359
360                // Add persons and publications to study
361                def studyperson1 = new StudyPerson( person: person1, role: role1 )
362                def studyperson2 = new StudyPerson( person: person2, role: role2 )
363
364                mouseStudy
365                .addToPersons( studyperson1 )
366                .addToPersons( studyperson2 )
367        .addToPublications( publication1 )
368        .addToPublications( publication2 )
369                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
370
371                // Add example human study
372                println ".adding NuGO PPSH example study..."
373
374                def humanStudy = new Study(
375                        template: studyTemplate,
376                        title:"NuGO PPS human study",
377                        code:"PPSH",
378                        researchQuestion:"How much are fasting plasma and urine metabolite levels affected by prolonged fasting ?",
379                        description:"Human study",
380                        ecCode:"unknown",
381                        startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
382                        owner: owner,
383                        writers: [otherUser]
384                )
385                .setFieldValue( 'Description', "Human study performed at RRI; centres involved: RRI, IFR, TUM, Maastricht U." )
386                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
387
388                def rootGroup = new EventGroup(name: 'Root group');
389
390                def fastingEvent = new Event(
391                        startTime: 3 * 24 * 3600 + 22 * 3600,
392                        endTime: 3 * 24 * 3600 + 30 * 3600,
393                        template: fastingTreatmentTemplate)
394                .setFieldValue('Fasting period','8h');
395
396                def bloodSamplingEventBefore = new SamplingEvent(
397                        startTime: 0,
398                        template: bloodSamplingEventTemplate,
399                        sampleTemplate: humanBloodSampleTemplate)
400                .setFieldValue('Sample volume',4.5F);
401
402                def bloodSamplingEventAfter = new SamplingEvent(
403                        startTime: 3 * 24 * 3600 + 30 * 3600,
404                        template: bloodSamplingEventTemplate,
405                        sampleTemplate: humanBloodSampleTemplate)
406                .setFieldValue('Sample volume',4.5F);
407
408                rootGroup.addToEvents fastingEvent
409                rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventBefore
410                rootGroup.addToSamplingEvents bloodSamplingEventAfter
411                rootGroup.save()
412
413                humanStudy.addToEvents(fastingEvent)
414                humanStudy.addToSamplingEvents(bloodSamplingEventBefore)
415                humanStudy.addToSamplingEvents(bloodSamplingEventAfter)
416                humanStudy.addToEventGroups rootGroup
417
418                humanStudy.save()               
419
420                def y = 1
421                11.times {
422                        def currentSubject = new Subject(
423                                name: "" + y++,
424                                species: humanTerm,
425                                template: humanTemplate
426                        )
427                        .setFieldValue("Gender", (Math.random() > 0.5) ? "Male" : "Female")
428                        //.setFieldValue("DOB", new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19" + (10 + (int) (Math.random() * 80))))
429                        .setFieldValue("DOB", new Date().parse("dd/mm/yyyy", ((10 + (int) Math.random() * 18) + "/0" + (1 + (int) (Math.random() * 8)) + "/19" + (10 + (int) (Math.random() * 80))) ))
430                        .setFieldValue("Age", 30)
431                        .setFieldValue("Height", Math.random() * 2F)
432                        .setFieldValue("Weight", Math.random() * 150F)
433                        .setFieldValue("BMI", 20 + Math.random() * 10F)
434
435                        humanStudy.addToSubjects(currentSubject)
436                        currentSubject.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
437
438                        rootGroup.addToSubjects currentSubject
439                        rootGroup.save()
440
441                        def currentSample = new Sample(
442                                name: currentSubject.name + '_B',
443                                material: bloodTerm,
444                                template: humanBloodSampleTemplate,
445                                parentSubject: currentSubject,
446                                parentEvent: bloodSamplingEventBefore
447                        );
448
449                        humanStudy.addToSamples(currentSample)
450                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
451                        currentSample.setFieldValue( "Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L) )
452
453                        currentSample = new Sample(
454                                name: currentSubject.name + '_A',
455                                material: bloodTerm,
456                                template: humanBloodSampleTemplate,
457                                parentSubject: currentSubject,
458                                parentEvent: bloodSamplingEventAfter
459                        );
460
461                        humanStudy.addToSamples(currentSample)
462                        currentSample.with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
463                        currentSample.setFieldValue( "Text on vial", "T" + (Math.random() * 100L) )
464                }
465
466                println ".adding persons and saving PPSH study..."
467                // Add persons to study
468                def studyperson3 = new StudyPerson( person: person1, role: role2 )
469                humanStudy
470                .addToPersons( studyperson3 )
471                .addToPublications( publication2 )
472                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
473
474                println ".adding assay references to mouse example study..."
475
476                // sam urls are in config.groovy, where they belong...
477                // if that doesn't work for you, make it work... now you're
478                // breaking the other environments....
479                //def samURL = GrailsUtil.environment == GrailsApplication.ENV_PRODUCTION ? 'http://sam.nmcdsp.org' : 'http://localhost:8182/sam'
480                //def nmcdspURL = GrailsUtil.environment == GrailsApplication.ENV_PRODUCTION ? 'http://nmcdsp.nmcdsp.org' : 'http://localhost:8183/nmcdsp'
481                def samURL = CommunicationManager.SAMServerURL
482                def nmcdspURL = samURL.replace("sam","metabolomics")
483
484
485                // Add SAM assay reference
486                def clinicalModule = new AssayModule(
487                        name: 'SAM module for clinical data',
488                        platform: 'clinical measurements',
489                        url: samURL
490                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
491
492                // Add metabolomics assay reference
493                def metabolomicsModule = new AssayModule(
494                        name: 'Metabolomics module',
495                        platform: 'GCMS/LCMS',
496                        url: nmcdspURL
497                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
498
499                def lipidAssayRef = new Assay(
500                        name: 'Lipid profiling',
501                        template: ccAssayTemplate,
502                        module: clinicalModule,
503                        externalAssayID: 'PPS3_SAM'
504                )
505
506                def metAssayRef = new Assay(
507                        name: 'Lipidomics profile',
508                        template: metAssayTemplate,
509                        module: metabolomicsModule,
510                        externalAssayID: 'PPS3_Lipidomics'
511                )
512                .setFieldValue('Spectrometry technique','LC/MS')
513
514                mouseStudy.samples*.each {
515                        lipidAssayRef.addToSamples(it)
516                        metAssayRef.addToSamples(it)
517                }
518
519                mouseStudy.addToAssays(lipidAssayRef);
520                mouseStudy.addToAssays(metAssayRef);
521                mouseStudy.save()
522
523                println ".adding assay references to human example study..."
524
525                def  glucoseAssayBRef = new Assay(
526                        name: 'Glucose assay before',
527                        template: ccAssayTemplate,
528                        module: clinicalModule,
529                        externalAssayID: 'PPSH-Glu-B'
530                )
531
532                def  glucoseAssayARef = new Assay(
533                        name: 'Glucose assay after',
534                        template: ccAssayTemplate,
535                        module: clinicalModule,
536                        externalAssayID: 'PPSH-Glu-A'
537                )
538
539                def metAssayRefB = new Assay(
540                        name: 'Lipidomics profile before',
541                        template: metAssayTemplate,
542                        module: metabolomicsModule,
543                        externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_start'
544                )
545                .setFieldValue('Spectrometry technique','GC/MS')
546
547                def metAssayRefA = new Assay(
548                        name: 'Lipidomics profile after',
549                        template: metAssayTemplate,
550                        module: metabolomicsModule,
551                        externalAssayID: 'PPSH_Lipidomics_end'
552                )
553                .setFieldValue('Spectrometry technique','GC/MS')
554
555                humanStudy.samples*.each {
556                        if (it.parentEvent.startTime == 0) {
557                                glucoseAssayBRef.addToSamples(it)
558                                metAssayRefB.addToSamples(it)
559                        }
560                        else {
561                                glucoseAssayARef.addToSamples(it)
562                                metAssayRefA.addToSamples(it)
563                        }
564                }
565
566                humanStudy.addToAssays(glucoseAssayARef)
567                humanStudy.addToAssays(glucoseAssayBRef)
568                humanStudy.addToAssays(metAssayRefA)
569                humanStudy.addToAssays(metAssayRefB)
570                humanStudy.save()
571
572        }
573
574}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.