source: trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy @ 366

Last change on this file since 366 was 366, checked in by keesvb, 13 years ago

added missing fields for study template
  • Property svn:keywords set to Author Rev Date
File size: 27.5 KB
Line 
1import dbnp.studycapturing.*
2
3import dbnp.data.Ontology
4import dbnp.data.Term
5
6/**
7 * Application Bootstrapper
8 * @Author Jeroen Wesbeek
9 * @Since 20091021
10 *
11 * Revision information:
12 * $Rev: 366 $
13 * $Author: keesvb $
14 * $Date: 2010-04-21 13:36:37 +0000 (wo, 21 apr 2010) $
15 */
16class BootStrap {
17        def init = {servletContext ->
18                // define timezone
19                System.setProperty('user.timezone', 'CET')
20
21                // we could also check if we are in development by GrailsUtil.environment == GrailsApplication.ENV_DEVELOPMENT
22                if (Study.count() == 0) {
23                        println ".development bootstrapping...";
24
25                        // add NCBI species ontology
26                        println ".adding NCBI species ontology"
27                        def speciesOntology = new Ontology(
28                                name: 'NCBI organismal classification',
29                                description: 'A taxonomic classification of living organisms and associated artifacts for their controlled description within the context of databases.',
30                                url: 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/',
31                                versionNumber: '1.2',
32                                ncboId: '1132',
33                                ncboVersionedId: '38802'
34                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
35
36                        // add TERMS
37                        println ".adding mouse term"
38                        def mouseTerm = new Term(
39                                name: 'Mus musculus',
40                                ontology: speciesOntology,
41                                accession: '10090'
42                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
43                        println ".adding human term"
44                        def humanTerm = new Term(
45                                name: 'Homo sapiens',
46                                ontology: speciesOntology,
47                                accession: '9606'
48                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
49
50
51 /*   COMMENTED OUT BECAUSE IT BREAKS EVERYTHING AFTER REFACTORING THE DATAMODEL
52
53                        // ontologies
54                        def speciesOntology = new Ontology(
55                                name: 'NCBI Taxonomy',
56                                shortName: 'Taxon',
57                                url: 'http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=ncbi_taxonomy'
58                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
59
60                        def humanBodyOntology = new Ontology(
61                                name: 'Foundational Model of Anatomy',
62                                shortName: 'HumanBody',
63                                url: 'http://bioportal.bioontology.org/ontologies/39966'
64                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
65
66                        def nciOntology = new Ontology(
67                                name: 'NCI Thesaurus',
68                                shortName: 'NCI',
69                                url: 'http://bioportal.bioontology.org/ontologies/42331'
70                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
71
72                        // terms
73                        def mouseTerm = new Term(
74                                name: 'Mus musculus',
75                                ontology: speciesOntology,
76                                accession: '10090'
77                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
78                        def humanTerm = new Term(
79                                name: 'Homo sapiens',
80                                ontology: speciesOntology,
81                                accession: '9606'
82                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
83                        def arabTerm = new Term(
84                                name: 'Arabidopsis thaliana',
85                                ontology: speciesOntology,
86                                accession: '3702'
87                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
88                       
89                        def bloodTerm = new Term(
90                                name: 'Portion of blood',
91                                ontology: humanBodyOntology,
92                                accession: '9670'
93                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
94
95                        def c57bl6Term = new Term(
96                                name: 'C57BL/6 Mouse',
97                                ontology: nciOntology,
98                                accession: 'C14424'
99                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
100
101                        def madmaxOntology = new Ontology(
102                                name: 'Madmax ontology',
103                                shortName: 'MDMX',
104                                url: 'madmax.bioinformatics.nl'
105                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
106
107                        def treatmentTerm = new Term(
108                                name: 'ExperimentalProtocol',
109                                ontology: madmaxOntology,
110                                accession: 'P-MDMXGE-264'
111                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
112
113                        def dietProtocol = new Protocol(
114                                name: 'Diet treatment Protocol NuGO PPS3 leptin module',
115                                reference: treatmentTerm
116                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
117
118                        def boostProtocol = new Protocol(
119                                name: 'Boost treatment Protocol NuGO PPS3 leptin module',
120                                reference: treatmentTerm
121                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
122
123                        def fastingProtocol = new Protocol(
124                                name: 'Fasting',
125                                reference: treatmentTerm
126                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
127
128
129                        // ParameterStringListItems
130                        def oil10= new ParameterStringListItem(
131                                name: '10% fat (palm oil)'
132                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
133                        def oil45= new ParameterStringListItem(
134                                name: '45% fat (palm oil)'
135                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
136                        def vehicle= new ParameterStringListItem(
137                                name: 'Vehicle'
138                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
139                        def leptin= new ParameterStringListItem(
140                                name: 'Leptin'
141                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
142
143
144                        dietProtocol
145                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
146                                name: 'Diet',
147                                type: ProtocolParameterType.STRINGLIST,
148                                listEntries: [oil10,oil45]))
149                        .save()
150
151                        boostProtocol
152                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
153                                name: 'Compound',
154                                type: ProtocolParameterType.STRINGLIST,
155                                listEntries: [vehicle,leptin]))
156                        .save()
157
158                        fastingProtocol
159                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
160                                name: 'Fasting period',
161                                type: ProtocolParameterType.STRING))
162                        .save()
163
164
165                        // sampling event protocols
166
167                        def liverSamplingProtocol = new Protocol(
168                                name: 'Liver sampling'
169                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
170
171                        liverSamplingProtocol
172                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
173                                name: 'Sample weight',
174                                unit: 'mg',
175                                type: ProtocolParameterType.FLOAT))
176                        .save()
177
178                        def bloodSamplingProtocol = new Protocol(
179                                name: 'Blood sampling'
180                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
181
182                        bloodSamplingProtocol
183                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
184                                name: 'Sample volume',
185                                unit: 'ml',
186                                type: ProtocolParameterType.FLOAT))
187                        .save()
188 */
189                        // create system user
190
191                        /*def systemUser = userService.createUser(InstanceGenerator.user(
192                                username: 'system',
193                                pass: 'system',
194                                passConfirm: 'system',
195                                enabled: true
196                        ))*/
197
198 
199                        def genderField = new TemplateField(
200                                name: 'Gender',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
201                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Male'),new TemplateFieldListItem(name: 'Female')])
202                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
203
204                        def ageField = new TemplateField(
205                                name: 'Age (years)',type: TemplateFieldType.INTEGER,unit: 'years')
206                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
207
208                        def genotypeField = new TemplateField(
209                                name: 'Genotype', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM)
210                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
211
212                        def genotypeTypeField = new TemplateField(
213                                name: 'Genotype type',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
214                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'transgenic'),
215                                        new TemplateFieldListItem(name:'knock-out'),
216                                        new TemplateFieldListItem(name:'knock-in')])
217                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
218
219
220                        // Nutritional study template
221
222                        println ".adding academic study template..."
223                        def studyTemplate = new Template(
224                                name: 'Academic study', entity: dbnp.studycapturing.Study)
225                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Description',type: TemplateFieldType.TEXT))
226                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Study code',type: TemplateFieldType.STRING))
227                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Objectives',type: TemplateFieldType.TEXT))
228                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Consortium',type: TemplateFieldType.STRING))
229                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Cohort name',type: TemplateFieldType.STRING))
230                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Time zone',type: TemplateFieldType.STRING))
231                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Responsible scientist',type: TemplateFieldType.STRING))
232                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Lab id',type: TemplateFieldType.STRING))
233                                .addToFields(new TemplateField(name: 'Institute',type: TemplateFieldType.STRING))
234                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
235
236                        // Mouse template
237                        println ".adding mouse subject template..."
238                        def mouseTemplate = new Template(
239                                name: 'Mouse', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
240                        .addToFields(new TemplateField(
241                                name: 'Strain', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM))
242                        .addToFields(genotypeField)
243                        .addToFields(genotypeTypeField)
244                        .addToFields(genderField)
245                        .addToFields(new TemplateField(
246                                name: 'Age (weeks)', type: TemplateFieldType.INTEGER, unit: 'weeks'))
247                        .addToFields(new TemplateField(
248                                name: 'Age type',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
249                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'postnatal'),new TemplateFieldListItem(name:'embryonal')]))
250                        .addToFields(new TemplateField(
251                                name: 'Cage',type: TemplateFieldType.STRING))
252                        .addToFields(new TemplateField(
253                                name: '#Mice in cage',type: TemplateFieldType.INTEGER))
254                        .addToFields(new TemplateField(
255                                name: 'Litter size',type: TemplateFieldType.INTEGER))
256                        .addToFields(new TemplateField(
257                                name: 'Weight (g)', type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'gram'))
258                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
259
260                        // Human template
261                        println ".adding human subject template..."
262                        def humanTemplate = new Template(
263                                name: 'Human', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
264                        .addToFields(genderField)
265                        .addToFields(ageField)
266                        .addToFields(new TemplateField(
267                                name: 'DOB',type: TemplateFieldType.DATE))
268                        .addToFields(new TemplateField(
269                                name: 'Height',type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'm'))
270                        .addToFields(new TemplateField(
271                                name: 'Weight (kg)',type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'kg'))
272                        .addToFields(new TemplateField(
273                                name: 'BMI',type: TemplateFieldType.DOUBLE, unit: 'kg/m2'))
274                        .addToFields(new TemplateField(
275                                name: 'Race',type: TemplateFieldType.STRING))
276                        .addToFields(new TemplateField(
277                                name: 'Waist circumference',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm'))
278                        .addToFields(new TemplateField(
279                                name: 'Hip circumference',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'cm'))
280                        .addToFields(new TemplateField(
281                                name: 'Systolic blood pressure',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'mmHg'))
282                        .addToFields(new TemplateField(
283                                name: 'Diastolic blood pressure',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'mmHg'))
284                        .addToFields(new TemplateField(
285                                name: 'Heart rate',type: TemplateFieldType.FLOAT, unit: 'beats/min'))
286                        .addToFields(new TemplateField(
287                                name: 'Run-in-food',type: TemplateFieldType.TEXT))
288                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
289
290
291                        def sampleDescriptionField = new TemplateField(
292                                name: 'Description',type: TemplateFieldType.TEXT)
293                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
294                        def sampleTypeField = new TemplateField(
295                                name: 'SampleType',type: TemplateFieldType.STRING)
296                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
297                        def sampleProtocolField = new TemplateField(
298                                name: 'SampleProtocol',type: TemplateFieldType.STRING)
299                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
300                        def sampleVialTextField = new TemplateField(
301                                name: 'Text on vial',type: TemplateFieldType.STRING)
302                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
303
304                        // Human sample template
305                        def humanSampleTemplate = new Template(
306                                name: 'Human tissue sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample)
307                        .addToFields(sampleDescriptionField)
308                        .addToFields(sampleTypeField)
309                        .addToFields(sampleProtocolField)
310                        .addToFields(sampleVialTextField)
311                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
312
313                        //Plant template
314                        def plantTemplate = new Template(
315                                name: 'Plant template', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
316                        .addToFields(new TemplateField(
317                                name: 'Variety', type: TemplateFieldType.STRING))
318                        .addToFields(new TemplateField(
319                                name: 'Ecotype', type: TemplateFieldType.STRING))
320                        .addToFields(genotypeField)
321                        .addToFields(genotypeTypeField)
322                        .addToFields(new TemplateField(
323                                name: 'Growth location', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
324                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Greenhouse'),new TemplateFieldListItem(name: 'Field')]))
325                        .addToFields(new TemplateField(
326                                name: 'Room', type: TemplateFieldType.STRING,
327                                comment: 'Chamber number in case of Greenhouse'))
328                        .addToFields(new TemplateField(
329                                name: 'Position X', type: TemplateFieldType.FLOAT))
330                        .addToFields(new TemplateField(
331                                name: 'Position Y', type: TemplateFieldType.FLOAT))
332                        .addToFields(new TemplateField(
333                                name: 'Block', type: TemplateFieldType.STRING))
334                        .addToFields(new TemplateField(
335                                name: 'Temperature at day', type: TemplateFieldType.FLOAT))
336                        .addToFields(new TemplateField(
337                                name: 'Temperature at night', type: TemplateFieldType.FLOAT))
338                        .addToFields(new TemplateField(
339                                name: 'Photo period', type: TemplateFieldType.STRING))
340                        .addToFields(new TemplateField(
341                                name: 'Light intensity', type: TemplateFieldType.STRING))
342                        .addToFields(new TemplateField(
343                                name: 'Start date', type: TemplateFieldType.DATE))
344                        .addToFields(new TemplateField(
345                                name: 'Harvest date', type: TemplateFieldType.DATE))
346                        .addToFields(new TemplateField(
347                                name: 'Growth type', type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
348                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Standard'),new TemplateFieldListItem(name: 'Experimental')]))
349                        .addToFields(new TemplateField(
350                                name: 'Growth protocol', type: TemplateFieldType.TEXT))
351                        .addToFields(new TemplateField(
352                                name: 'Harvest delay', type: TemplateFieldType.TEXT))
353                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
354
355                        def plantSampleTemplate = new Template(
356                                name: 'Plant sample', entity: dbnp.studycapturing.Sample)
357                        .addToFields(sampleDescriptionField)
358                        .addToFields(sampleTypeField)
359                        .addToFields(sampleProtocolField)
360                        .addToFields(sampleVialTextField)
361                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
362
363
364                        /*
365                        //events
366                        def eventDiet = new EventDescription(
367                                name: 'Diet treatment',
368                                description: 'Diet treatment (fat percentage)',
369                                classification: treatmentTerm,
370                                protocol: dietProtocol,
371                                isSamplingEvent: false
372                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
373
374                        def eventBoost = new EventDescription(
375                                name: 'Boost treatment',
376                                description: 'Boost treatment (leptin or vehicle)',
377                                classification: treatmentTerm,
378                                protocol: boostProtocol,
379                                isSamplingEvent: false
380                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
381
382                        def samplingEvent = new EventDescription(
383                                name: 'Liver extraction',
384                                description: 'Liver sampling for transcriptomics arrays',
385                                protocol: liverSamplingProtocol,
386                                isSamplingEvent: true
387                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
388
389                        def bloodSamplingEventDescription = new EventDescription(
390                                name: 'Blood extraction',
391                                description: 'Blood extraction targeted at lipid assays',
392                                protocol: bloodSamplingProtocol,
393                                isSamplingEvent: true
394                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
395
396
397            def fastingTreatment = new EventDescription(
398                                name: 'Fasting treatment',
399                                description: 'Fasting Protocol NuGO PPSH',
400                                protocol: fastingProtocol,
401                                isSamplingEvent: false
402                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
403
404                        println('Adding PPS3 study...')
405                        */
406                        // studies
407                        def exampleStudy = new Study(
408                                template: studyTemplate,
409                                title:"NuGO PPS3 mouse study leptin module",
410                                code:"PPS3_leptin_module",
411                                researchQuestion:"Leptin etc.",
412                                description:"C57Bl/6 mice were fed a high fat (45 en%) or low fat (10 en%) diet after a four week run-in on low fat diet. After 1 week 10 mice that received a low fat diet were given an IP leptin challenge and 10 mice of the low-fat group received placebo injections. The same procedure was performed with mice that were fed the high-fat diet. After 4 weeks the procedure was repeated. In total 80 mice were culled.",
413                                ecCode:"2007117.c",
414                                startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2007-12-11')
415                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
416
417                        def exampleHumanStudy = new Study(
418                                template: humanTemplate,
419                                title:"Human example template",
420                                code:"Human example code",
421                                researchQuestion:"Leptin etc.",
422                                description:"C57Bl/6 mice were fed a high fat (45 en%) or low fat (10 en%) diet after a four week run-in on low fat diet. After 1 week 10 mice that received a low fat diet were given an IP leptin challenge and 10 mice of the low-fat group received placebo injections. The same procedure was performed with mice that were fed the high-fat diet. After 4 weeks the procedure was repeated. In total 80 mice were culled.",
423                                ecCode:"2007117.c",
424                                startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2007-12-11')
425                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
426
427                        /*def evLF = new Event(
428                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
429                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
430                                eventDescription: eventDiet,
431                                parameterStringValues: ['Diet':'10% fat (palm oil)']
432                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
433
434                        def evHF = new Event(
435                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
436                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
437                                eventDescription: eventDiet,
438                                parameterStringValues: ['Diet':'45% fat (palm oil)']
439                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
440
441                        def evBV = new Event(
442                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
443                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
444                                eventDescription: eventBoost,
445                                parameterStringValues: ['Compound':'Vehicle']
446                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
447
448                        def evBL = new Event(
449                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
450                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
451                                eventDescription: eventBoost,
452                                parameterStringValues: ['Compound':'Leptin']
453                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
454
455                        def evLF4 = new Event(
456                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
457                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-02-04'),
458                                eventDescription: eventDiet,
459                                parameterStringValues: ['Diet':'10% fat (palm oil)']
460                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
461
462                        def evHF4 = new Event(
463                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
464                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-02-04'),
465                                eventDescription: eventDiet,
466                                parameterStringValues: ['Diet':'45% fat (palm oil)']
467                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
468
469                        def evBV4 = new Event(
470                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
471                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-02-04'),
472                                eventDescription: eventBoost,
473                                parameterStringValues: ['Compound':'Vehicle']
474                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
475
476                        def evBL4 = new Event(
477                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
478                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-02-04'),
479                                eventDescription: eventBoost,
480                                parameterStringValues: ['Compound':'Leptin']
481                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
482
483                        def evS = new SamplingEvent(
484                                        startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
485                                        endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
486                                        eventDescription: samplingEvent,
487                                        parameterFloatValues: ['Sample weight':5F]
488                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
489
490                        def evS4 = new SamplingEvent(
491                                        startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-02-04'),
492                                        endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-02-04'),
493                                        eventDescription: samplingEvent,
494                                        parameterFloatValues: ['Sample weight':5F]
495                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
496
497                        // Add events to study
498                        exampleStudy
499                        .addToEvents(evLF)
500                        .addToEvents(evHF)
501                        .addToEvents(evBV)
502                        .addToEvents(evBL)
503                        .addToEvents(evLF4)
504                        .addToEvents(evHF4)
505                        .addToEvents(evBV4)
506                        .addToEvents(evBL4)
507                        .addToSamplingEvents(evS)
508                        .addToSamplingEvents(evS4)
509                        .save()
510
511                        def LFBV1 = new EventGroup(name:"10% fat + vehicle for 1 week")
512                        .addToEvents(evLF)
513                        .addToEvents(evBV)
514                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
515
516                        def LFBL1 = new EventGroup(name:"10% fat + leptin for 1 week")
517                        .addToEvents(evLF)
518                        .addToEvents(evBL)
519                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
520
521                        def HFBV1 = new EventGroup(name:"45% fat + vehicle for 1 week")
522                        .addToEvents(evHF)
523                        .addToEvents(evBV)
524                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
525
526                        def HFBL1 = new EventGroup(name:"45% fat + leptin for 1 week")
527                        .addToEvents(evHF)
528                        .addToEvents(evBL)
529                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
530
531                        def LFBV4 = new EventGroup(name:"10% fat + vehicle for 4 weeks")
532                        .addToEvents(evLF4)
533                        .addToEvents(evBV4)
534                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
535
536                        def LFBL4 = new EventGroup(name:"10% fat + leptin for 4 weeks")
537                        .addToEvents(evLF4)
538                        .addToEvents(evBL4)
539                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
540
541                        def HFBV4 = new EventGroup(name:"45% fat + vehicle for 4 weeks")
542                        .addToEvents(evHF4)
543                        .addToEvents(evBV4)
544                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
545
546                        def HFBL4 = new EventGroup(name:"45% fat + leptin for 4 weeks")
547                        .addToEvents(evHF4)
548                        .addToEvents(evBL4)
549                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
550
551            // Add subjects and samples and compose EventGroups
552
553                        def x=1
554                        80.times {
555                                def currentSubject = new Subject(
556                                        name: "A" + x++,
557                                        species: mouseTerm,
558                                        template: mouseTemplate,
559                                )
560                                .setFieldValue("Gender", "Male")
561                                .setFieldValue("Genotype", c57bl6Term)
562                                .setFieldValue("Age (weeks)", 17)
563                                .setFieldValue("Cage", "" + (int)(x/2))
564                                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
565
566                                exampleStudy.addToSubjects(currentSubject)
567                                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
568
569                                // Add subject to appropriate EventGroup
570                                if (x > 70) { HFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() }
571                                else if (x > 60) { HFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() }
572                                else if (x > 50) { LFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() }
573                                else if (x > 40) { LFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() }
574                                else if (x > 30) { HFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() }
575                                else if (x > 20) { HFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() }
576                                else if (x > 10) { LFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() }
577                                else             { LFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() }
578
579                        }
580
581                        // Add EventGroups to study
582                        exampleStudy
583                        .addToEventGroups(LFBV1)
584                        .addToEventGroups(LFBL1)
585                        .addToEventGroups(HFBV1)
586                        .addToEventGroups(HFBL1)
587                        .addToEventGroups(LFBV4)
588                        .addToEventGroups(LFBL4)
589                        .addToEventGroups(HFBV4)
590                        .addToEventGroups(HFBL4)
591                        .save()
592
593                        println 'Adding PPSH study'
594
595                        def humanStudy = new Study(
596                                template: studyTemplate,
597                                title:"NuGO PPS human study",
598                                code:"PPSH",
599                                researchQuestion:"How much are fasting plasma and urine metabolite levels affected by prolonged fasting ?",
600                                description:"Human study",
601                                ecCode:"unknown",
602                                startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2009-01-01')
603                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
604
605                        def fastingEvent = new Event(
606                                        startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
607                                        endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
608                                        eventDescription: fastingTreatment,
609                                        parameterStringValues: ['Fasting period':'8h']);
610
611                        def bloodSamplingEvent = new SamplingEvent(
612                                        startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
613                                        endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
614                                        eventDescription: bloodSamplingEventDescription,
615                                        parameterFloatValues: ['Sample volume':4.5F]);
616
617                        def rootGroup = new EventGroup(name: 'Root group');
618                        rootGroup.addToEvents fastingEvent
619                        rootGroup.addToEvents bloodSamplingEvent
620                        rootGroup.save()
621
622            def y = 1
623            11.times {
624              def currentSubject = new Subject(
625                      name: "" + y++,
626                      species: humanTerm,
627                      template: humanTemplate).setFieldValue("Gender", (boolean) (x / 2) ? "Male" : "Female").setFieldValue("DOB", new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19" + (10 + (int) (Math.random() * 80)))).setFieldValue("Age (years)", 30).setFieldValue("Height", Math.random() * 2F).setFieldValue("Weight (kg)", Math.random() * 150F).setFieldValue("BMI", 20 + Math.random() * 10F).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
628
629              rootGroup.addToSubjects currentSubject
630              rootGroup.save()
631
632              def currentSample = new Sample(
633                      name: currentSubject.name + '_B',
634                      material: bloodTerm,
635                      parentSubject: currentSubject,
636                      parentEvent: bloodSamplingEvent);
637
638
639              humanStudy.addToSubjects(currentSubject).addToSamples(currentSample).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
640          }
641
642          humanStudy.addToEvents(fastingEvent)
643          humanStudy.addToSamplingEvents(bloodSamplingEvent)
644          humanStudy.addToEventGroups rootGroup
645          humanStudy.save()
646
647                        // Add clinical data
648
649                        def lipidAssay = new dbnp.clinicaldata.ClinicalAssay(
650                                name: 'Lipid profile',
651                                approved: true
652                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
653
654                        def ldlMeasurement = new dbnp.clinicaldata.ClinicalMeasurement(
655                                name: 'LDL',
656                                unit: 'mg/dL',
657                                type: dbnp.data.FeatureType.QUANTITATIVE,
658                                referenceValues: '100 mg/dL',
659                                detectableLimit: 250,
660                                isDrug: false, isIntake: true, inSerum: true
661                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
662
663                        def hdlMeasurement = new dbnp.clinicaldata.ClinicalMeasurement(
664                                name: 'HDL',
665                                unit: 'mg/dL',
666                                type: dbnp.data.FeatureType.QUANTITATIVE,
667                                referenceValues: '50 mg/dL',
668                                detectableLimit: 100,
669                                isDrug: false, isIntake: true, inSerum: true
670                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
671
672                        lipidAssay.addToMeasurements ldlMeasurement
673                        lipidAssay.addToMeasurements hdlMeasurement
674
675                        def lipidAssayInstance = new dbnp.clinicaldata.ClinicalAssayInstance(
676                                assay: lipidAssay
677                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
678
679                        humanStudy.samples*.each {
680                                new dbnp.clinicaldata.ClinicalFloatData(
681                                        assay: lipidAssayInstance,
682                                        measurement: ldlMeasurement,
683                                        sample: it.name,
684                                        value: Math.round(Math.random()*ldlMeasurement.detectableLimit)
685                                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
686
687                                new dbnp.clinicaldata.ClinicalFloatData(
688                                        assay: lipidAssayInstance,
689                                        measurement: hdlMeasurement,
690                                        sample: it.name,
691                                        value: Math.round(Math.random()*hdlMeasurement.detectableLimit)
692                                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
693                        }
694
695                        // Add assay to study capture module
696
697                        def clinicalModule = new AssayModule(
698                                name: 'Clinical data',
699                                type: AssayType.CLINICAL_DATA,
700                                platform: 'clinical measurements',
701                                url: 'http://localhost:8080/gscf'
702                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
703
704                        def lipidAssayRef = new Assay(
705                                name: 'Lipid profiling',
706                                module: clinicalModule,
707                                externalAssayId: lipidAssayInstance.id
708                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
709
710                        humanStudy.samples*.each {
711                                lipidAssayRef.addToSamples(it)
712                        }
713                        lipidAssayRef.save()
714
715                        humanStudy.addToAssays(lipidAssayRef);
716                        humanStudy.save()
717*/
718                }
719        }
720
721        def destroy = {
722        }
723} 
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.