source: trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy @ 232

Last change on this file since 232 was 232, checked in by keesvb, 9 years ago

adjusted Event-Sample relationship to go into EventGroup?, added EventGroups? in BootStrap?, added a Study template to BootStrap?
  • Property svn:keywords set to
    Date
    Author
    Rev
File size: 18.9 KB
Line 
1import org.codehaus.groovy.grails.commons.GrailsApplication
2import grails.util.GrailsUtil
3import dbnp.studycapturing.*
4
5import dbnp.data.Ontology
6import dbnp.data.Term
7import java.text.SimpleDateFormat
8
9/**
10 * Application Bootstrapper
11 * @Author Jeroen Wesbeek
12 * @Since 20091021
13 *
14 * Revision information:
15 * $Rev: 232 $
16 * $Author: keesvb $
17 * $Date: 2010-03-03 16:18:22 +0000 (wo, 03 mrt 2010) $
18 */
19class BootStrap {
20        def init = {servletContext ->
21                // define timezone
22                System.setProperty('user.timezone', 'CET')     
23
24                if (GrailsUtil.environment == GrailsApplication.ENV_DEVELOPMENT) {
25                        printf("development bootstrapping....\n\n");
26
27                        // ontologies
28                        def speciesOntology = new Ontology(
29                                name: 'NCBI Taxonomy',
30                                shortName: 'Taxon',
31                                url: 'http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=ncbi_taxonomy'
32                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
33
34                        def humanBodyOntology = new Ontology(
35                                name: 'Foundational Model of Anatomy',
36                                shortName: 'HumanBody',
37                                url: 'http://bioportal.bioontology.org/ontologies/39966'
38                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
39
40                        // terms
41                        def mouseTerm = new Term(
42                                name: 'Mus musculus',
43                                ontology: speciesOntology,
44                                accession: '10090'
45                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
46                        def humanTerm = new Term(
47                                name: 'Homo sapiens',
48                                ontology: speciesOntology,
49                                accession: '9606'
50                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
51
52                        def bloodTerm = new Term(
53                                name: 'Portion of blood',
54                                ontology: humanBodyOntology,
55                                accession: '9670'
56                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
57
58                        def madmaxOntology = new Ontology(
59                                name: 'Madmax ontology',
60                                shortName: 'MDMX',
61                                url: 'madmax.bioinformatics.nl'
62                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
63
64                        def treatmentTerm = new Term(
65                                name: 'ExperimentalProtocol',
66                                ontology: madmaxOntology,
67                                accession: 'P-MDMXGE-264'
68                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
69
70                        def dietProtocol = new Protocol(
71                                name: 'Diet treatment Protocol NuGO PPS3 leptin module',
72                                reference: treatmentTerm
73                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
74
75                        def boostProtocol = new Protocol(
76                                name: 'Boost treatment Protocol NuGO PPS3 leptin module',
77                                reference: treatmentTerm
78                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
79
80                        def fastingProtocol = new Protocol(
81                                name: 'Fasting',
82                                reference: treatmentTerm
83                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
84
85                        dietProtocol
86                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
87                                name: 'Diet',
88                                type: ProtocolParameterType.STRINGLIST,
89                                listEntries: ['10% fat (palm oil)','45% fat (palm oil)']))
90                        .save()
91
92                        boostProtocol
93                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
94                                name: 'Compound',
95                                type: ProtocolParameterType.STRINGLIST,
96                                listEntries: ['Vehicle','Leptin']))
97                        .save()
98
99                        fastingProtocol
100                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
101                                name: 'Fasting period',
102                                type: ProtocolParameterType.STRING))
103                        .save()
104
105                        // sampling event protocols
106
107                        def liverSamplingProtocol = new Protocol(
108                                name: 'Liver sampling'
109                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
110
111                        liverSamplingProtocol
112                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
113                                name: 'Sample weight',
114                                unit: 'mg',
115                                type: ProtocolParameterType.FLOAT))
116                        .save()
117
118                        def bloodSamplingProtocol = new Protocol(
119                                name: 'Liver sampling'
120                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
121
122                        bloodSamplingProtocol
123                        .addToParameters(new ProtocolParameter(
124                                name: 'Sample volume',
125                                unit: 'ml',
126                                type: ProtocolParameterType.FLOAT))
127                        .save()
128
129                        // create system user
130
131                        /*def systemUser = userService.createUser(InstanceGenerator.user(
132                                username: 'system',
133                                pass: 'system',
134                                passConfirm: 'system',
135                                enabled: true
136                        ))*/
137                       
138
139                        def genderField = new TemplateField(
140                                name: 'Gender',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
141                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'Male'),new TemplateFieldListItem(name: 'Female')])
142                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
143                                               
144                        def ageField = new TemplateField(
145                                name: 'Age',type: TemplateFieldType.INTEGER)
146                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
147
148                        // Nutritional study template
149
150                        def studyTemplate = new Template(
151                                name: 'Nutritional study', entity: dbnp.studycapturing.Study
152                        ).addToFields(new TemplateField(
153                                name: 'NuGO Code',type: TemplateFieldType.STRING)
154                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
155
156
157                        // Mouse template
158                        def mouseTemplate = new Template(
159                                name: 'Mouse', entity: dbnp.studycapturing.Subject
160                        ).addToFields(new TemplateField(
161                                name: 'Genotype',type: TemplateFieldType.STRINGLIST,
162                                listEntries: [new TemplateFieldListItem(name:'C57/Bl6j'),new TemplateFieldListItem(name:'wild type')]))
163                        .addToFields(genderField)
164                        .addToFields(ageField)
165                        .addToFields(new TemplateField(
166                                name: 'Cage',type: TemplateFieldType.INTEGER))
167                        .addToFields(new TemplateField(
168                                name: 'Some double', type: TemplateFieldType.DOUBLE))
169                        .addToFields(new TemplateField(
170                                name: 'Some ontology', type: TemplateFieldType.ONTOLOGYTERM))
171                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
172
173                        // Human template
174                        def humanTemplate = new Template(
175                                name: 'Human', entity: dbnp.studycapturing.Subject)
176                        .addToFields(genderField)
177                        .addToFields(ageField)
178                        .addToFields(new TemplateField(
179                                name: 'DOB',type: TemplateFieldType.DATE))
180                        .addToFields(new TemplateField(
181                                name: 'Height',type: TemplateFieldType.DOUBLE))
182                        .addToFields(new TemplateField(
183                                name: 'Weight',type: TemplateFieldType.DOUBLE))
184                        .addToFields(new TemplateField(
185                                name: 'BMI',type: TemplateFieldType.DOUBLE))
186                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
187
188                        //events
189                        def eventDiet = new EventDescription(
190                                name: 'Diet treatment',
191                                description: 'Diet treatment (fat percentage)',
192                                classification: treatmentTerm,
193                                protocol: dietProtocol,
194                                isSamplingEvent: false
195                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
196
197                        def eventBoost = new EventDescription(
198                                name: 'Boost treatment',
199                                description: 'Boost treatment (leptin or vehicle)',
200                                classification: treatmentTerm,
201                                protocol: boostProtocol,
202                                isSamplingEvent: false
203                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
204
205                        def samplingEvent = new EventDescription(
206                                name: 'Liver extraction',
207                                description: 'Liver sampling for transcriptomics arrays',
208                                protocol: liverSamplingProtocol,
209                                isSamplingEvent: true
210                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
211
212                        def bloodSamplingEventDescription = new EventDescription(
213                                name: 'Blood extraction',
214                                description: 'Blood extraction targeted at lipid assays',
215                                protocol: bloodSamplingProtocol,
216                                isSamplingEvent: true
217                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
218
219
220                        def fastingTreatment = new EventDescription(
221                                name: 'Fasting treatment',
222                                description: 'Fasting Protocol NuGO PPSH',
223                                protocol: fastingProtocol,
224                                isSamplingEvent: false
225                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
226
227                        println('Adding PPS3 study...')
228
229                        // studies
230                        def exampleStudy = new Study(
231                                template: studyTemplate,
232                                title:"NuGO PPS3 mouse study leptin module",
233                                code:"PPS3_leptin_module",
234                                researchQuestion:"Leptin etc.",
235                                description:"C57Bl/6 mice were fed a high fat (45 en%) or low fat (10 en%) diet after a four week run-in on low fat diet. After 1 week 10 mice that received a low fat diet were given an IP leptin challenge and 10 mice of the low-fat group received placebo injections. The same procedure was performed with mice that were fed the high-fat diet. After 4 weeks the procedure was repeated. In total 80 mice were culled.",
236                                ecCode:"2007117.c",
237                                startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2007-12-11')
238                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
239
240                        def evLF = new Event(
241                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
242                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
243                                eventDescription: eventDiet,
244                                parameterStringValues: ['Diet':'10% fat (palm oil)']
245                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
246
247                        def evHF = new Event(
248                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
249                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
250                                eventDescription: eventDiet,
251                                parameterStringValues: ['Diet':'45% fat (palm oil)']
252                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
253
254                        def evBV = new Event(
255                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
256                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
257                                eventDescription: eventBoost,
258                                parameterStringValues: ['Compound':'Vehicle']
259                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
260
261                        def evBL = new Event(
262                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
263                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
264                                eventDescription: eventBoost,
265                                parameterStringValues: ['Compound':'Leptin']
266                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
267
268                        def evLF4 = new Event(
269                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
270                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-02-04'),
271                                eventDescription: eventDiet,
272                                parameterStringValues: ['Diet':'10% fat (palm oil)']
273                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
274
275                        def evHF4 = new Event(
276                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
277                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-02-04'),
278                                eventDescription: eventDiet,
279                                parameterStringValues: ['Diet':'45% fat (palm oil)']
280                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
281
282                        def evBV4 = new Event(
283                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
284                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-02-04'),
285                                eventDescription: eventBoost,
286                                parameterStringValues: ['Compound':'Vehicle']
287                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
288
289                        def evBL4 = new Event(
290                                startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-07'),
291                                endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-02-04'),
292                                eventDescription: eventBoost,
293                                parameterStringValues: ['Compound':'Leptin']
294                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
295
296                        def evS = new SamplingEvent(
297                                        startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
298                                        endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
299                                        eventDescription: samplingEvent,
300                                        parameterFloatValues: ['Sample weight':5F]
301                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
302
303                        def evS4 = new SamplingEvent(
304                                        startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-02-04'),
305                                        endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-02-04'),
306                                        eventDescription: samplingEvent,
307                                        parameterFloatValues: ['Sample weight':5F]
308                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
309
310                        // Add events to study
311                        exampleStudy
312                        .addToEvents(evLF)
313                        .addToEvents(evHF)
314                        .addToEvents(evBV)
315                        .addToEvents(evBL)
316                        .addToEvents(evLF4)
317                        .addToEvents(evHF4)
318                        .addToEvents(evBV4)
319                        .addToEvents(evBL4)
320                        .addToSamplingEvents(evS)
321                        .addToSamplingEvents(evS4)
322                        .save()
323
324                        def LFBV1 = new EventGroup(name:"10% fat + vehicle for 1 week")
325                        .addToEvents(evLF)
326                        .addToEvents(evBV)
327                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
328
329                        def LFBL1 = new EventGroup(name:"10% fat + leptin for 1 week")
330                        .addToEvents(evLF)
331                        .addToEvents(evBL)
332                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
333
334                        def HFBV1 = new EventGroup(name:"45% fat + vehicle for 1 week")
335                        .addToEvents(evHF)
336                        .addToEvents(evBV)
337                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
338
339                        def HFBL1 = new EventGroup(name:"45% fat + leptin for 1 week")
340                        .addToEvents(evHF)
341                        .addToEvents(evBL)
342                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
343
344                        def LFBV4 = new EventGroup(name:"10% fat + vehicle for 4 weeks")
345                        .addToEvents(evLF4)
346                        .addToEvents(evBV4)
347                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
348
349                        def LFBL4 = new EventGroup(name:"10% fat + leptin for 4 weeks")
350                        .addToEvents(evLF4)
351                        .addToEvents(evBL4)
352                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
353
354                        def HFBV4 = new EventGroup(name:"45% fat + vehicle for 4 weeks")
355                        .addToEvents(evHF4)
356                        .addToEvents(evBV4)
357                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
358
359                        def HFBL4 = new EventGroup(name:"45% fat + leptin for 4 weeks")
360                        .addToEvents(evHF4)
361                        .addToEvents(evBL4)
362                        .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
363
364
365
366                        def x=1
367                        80.times {
368                                def currentSubject = new Subject(
369                                        name: "A" + x++,
370                                        species: mouseTerm,
371                                        template: mouseTemplate,
372                                        templateStringFields: ["Genotype" : "C57/Bl6j", "Gender" : "Male"],
373                                        templateIntegerFields: ["Age" : 17, "Cage" : (int)(x/2)]
374                                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
375
376                                exampleStudy.addToSubjects(currentSubject)
377                                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
378
379                                // Add subject to appropriate EventGroup
380                                if (x > 70) { HFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() }
381                                else if (x > 60) { HFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() }
382                                else if (x > 50) { LFBL4.addToSubjects(currentSubject).save() }
383                                else if (x > 40) { LFBV4.addToSubjects(currentSubject).save() }
384                                else if (x > 30) { HFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() }
385                                else if (x > 20) { HFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() }
386                                else if (x > 10) { LFBL1.addToSubjects(currentSubject).save() }
387                                else             { LFBV1.addToSubjects(currentSubject).save() }
388
389                        }
390
391                        println 'Adding PPSH study'
392
393                        def humanStudy = new Study(
394                                template: studyTemplate,
395                                title:"NuGO PPS human study",
396                                code:"PPSH",
397                                researchQuestion:"How much are fasting plasma and urine metabolite levels affected by prolonged fasting ?",
398                                description:"Human study",
399                                ecCode:"unknown",
400                                startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2009-01-01')
401                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
402
403                        def fastingEvent = new Event(
404                                        startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
405                                        endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
406                                        eventDescription: fastingTreatment,
407                                        parameterStringValues: ['Fasting period':'8h']);
408
409                        def bloodSamplingEvent = new SamplingEvent(
410                                        startTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
411                                        endTime: Date.parse('yyyy-MM-dd','2008-01-14'),
412                                        eventDescription: bloodSamplingEventDescription,
413                                        parameterFloatValues: ['Sample volume':4.5F]);
414
415                        def rootGroup = new EventGroup(name: 'Root group');
416                        rootGroup.addToEvents fastingEvent
417                        rootGroup.addToEvents bloodSamplingEvent
418                        rootGroup.save()
419
420                        def y=1
421                        11.times {
422                                def currentSubject = new Subject(
423                                        name: "" + y++,
424                                        species: humanTerm,
425                                        template: humanTemplate,
426                                        templateStringFields: [
427                                                "Gender" : (boolean)(x/2) ? "Male" : "Female"
428                                                ],
429                                        templateDateFields: [
430                                                "DOB" : new java.text.SimpleDateFormat("dd-mm-yy").parse("01-02-19"+(10+(int)(Math.random()*80)))
431                                        ],
432                                        templateIntegerFields: [
433                                                "Age" : 30
434                                        ],
435                                        templateDoubleFields: [
436                                                "Height" : Math.random()*2F,
437                                                "Weight" : Math.random()*150F,
438                                                "BMI" : 20 + Math.random()*10F
439                                        ]
440                                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
441
442                                def currentSample = new Sample(
443                                        name: currentSubject.name + '_B',
444                                        material: bloodTerm,
445                                        parentSubject: currentSubject,
446                                        parentEvent: bloodSamplingEvent);
447
448                                rootGroup.addToSubjects currentSubject
449                                rootGroup.save()
450
451                                humanStudy.addToSubjects(currentSubject)
452                                .addToSamples(currentSample)
453                                .addToEventGroups rootGroup
454                                .with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
455                        }
456
457//                        new Study(title:"example",code:"Excode",researchQuestion:"ExRquestion",description:"Exdescription",ecCode:"ExecCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
458//                        new Study(title:"testAgain",code:"testcode",researchQuestion:"testRquestion",description:"testdescription",ecCode:"testCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
459//                        new Study(title:"Exampletest",code:"Examplecode",researchQuestion:"ExampleRquestion",description:"Exampledescription",ecCode:"ExampleecCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
460
461                        // Add clinical data
462
463                        def lipidAssay = new dbnp.clinicaldata.ClinicalAssay(
464                                name: 'Lipid profile',
465                                approved: true
466                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
467
468                        def ldlMeasurement = new dbnp.clinicaldata.ClinicalMeasurement(
469                                name: 'LDL',
470                                unit: 'mg/dL',
471                                type: dbnp.data.FeatureType.QUANTITATIVE,
472                                referenceValues: '100 mg/dL',
473                                detectableLimit: 250,
474                                isDrug: false, isIntake: true, inSerum: true
475                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
476
477                        def hdlMeasurement = new dbnp.clinicaldata.ClinicalMeasurement(
478                                name: 'HDL',
479                                unit: 'mg/dL',
480                                type: dbnp.data.FeatureType.QUANTITATIVE,
481                                referenceValues: '50 mg/dL',
482                                detectableLimit: 100,
483                                isDrug: false, isIntake: true, inSerum: true
484                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
485
486                        lipidAssay.addToMeasurements ldlMeasurement
487                        lipidAssay.addToMeasurements hdlMeasurement
488
489                        def lipidAssayInstance = new dbnp.clinicaldata.ClinicalAssayInstance(
490                                assay: lipidAssay
491                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
492
493                        humanStudy.samples*.each {
494                                new dbnp.clinicaldata.ClinicalFloatData(
495                                        assay: lipidAssayInstance,
496                                        measurement: ldlMeasurement,
497                                        sample: it.name,
498                                        value: Math.round(Math.random()*ldlMeasurement.detectableLimit)
499                                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
500
501                                new dbnp.clinicaldata.ClinicalFloatData(
502                                        assay: lipidAssayInstance,
503                                        measurement: hdlMeasurement,
504                                        sample: it.name,
505                                        value: Math.round(Math.random()*hdlMeasurement.detectableLimit)
506                                ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
507                        }
508
509                        // Add assay to study capture module
510
511                        def clinicalModule = new AssayModule(
512                                name: 'Clinical data',
513                                type: AssayType.CLINICAL_DATA,
514                                platform: 'clinical measurements',
515                                url: 'http://localhost:8080/gscf'
516                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
517
518                        def lipidAssayRef = new Assay(
519                                name: 'Lipid profiling',
520                                module: clinicalModule,
521                                externalAssayId: lipidAssayInstance.id
522                        ).with { if (!validate()) { errors.each { println it} } else save()}
523
524                        humanStudy.samples*.each {
525                                lipidAssayRef.addToSamples(it)
526                        }
527                        lipidAssayRef.save()
528
529                        humanStudy.addToAssays(lipidAssayRef);
530                        humanStudy.save()
531
532                }
533        }
534
535        def destroy = {
536        }
537} 
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.