source: trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy @ 106

Last change on this file since 106 was 106, checked in by keesvb, 11 years ago

added first version of clean data layer specification and clinical data module

  • Property svn:keywords set to Date Author Rev
File size: 1.6 KB
Line 
1import org.codehaus.groovy.grails.commons.GrailsApplication
2import grails.util.GrailsUtil
3import dbnp.studycapturing.*
4
5import dbnp.data.Ontology
6import dbnp.data.Term
7
8/**
9 * Application Bootstrapper
10 * @Author Jeroen Wesbeek
11 * @Since 20091021
12 *
13 * Revision information:
14 * $Rev: 106 $
15 * $Author: keesvb $
16 * $Date: 2010-01-22 12:02:40 +0000 (vr, 22 jan 2010) $
17 */
18class BootStrap {
19        def init = {servletContext ->
20
21                if (GrailsUtil.environment == GrailsApplication.ENV_DEVELOPMENT) {
22                        printf("development bootstrapping....\n\n");
23
24                        // ontologies
25                        def speciesOntology = new Ontology(
26                                name: 'Species',
27                                shortName: 'Species',
28                                url: 'http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=ncbi_taxonomy'
29                        ).save()
30
31                        // terms
32                        def mouseTerm = new Term(
33                                name: 'Mus musculus',
34                                ontology: speciesOntology,
35                                accession: '10090'
36                        ).save()
37                        def humanTerm = new Term(
38                                name: 'Homo sapiens',
39                                ontology: speciesOntology,
40                                accession: '9606'
41                        ).save()
42
43                        // create system user
44                        /*
45                        def systemUser = userService.createUser(InstanceGenerator.user(
46                                username: 'system',
47                                pass: 'system',
48                                passConfirm: 'system',
49                                enabled: true
50                        ))
51                        */
52
53                        // define template fields
54                        def genotypeTemplateField = new TemplateSubjectField(
55                                name: 'Genotype',
56                                type: TemplateFieldType.STRINGLIST
57                        ).save()
58
59                        // Mouse template
60                        def mouseTemplate = new Template(
61                                name: 'Mouse'
62                        ).addToSubjectFields(genotypeTemplateField).save()
63
64                        // studies
65                        new Study(title:"test",code:"code",researchQuestion:"Rquestion",description:"description",ecCode:"ecCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
66                }
67        }
68
69        def destroy = {
70        }
71} 
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.