source: trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy @ 776

Last change on this file since 776 was 775, checked in by duh, 12 years ago

set keyword expansion

  • Property svn:keywords set to Author Date Rev
File size: 2.1 KB
RevLine 
[92]1import dbnp.studycapturing.*
[15]2
[106]3import dbnp.data.Ontology
4import dbnp.data.Term
[636]5import dbnp.rest.common.CommunicationManager
[406]6import org.codehaus.groovy.grails.commons.GrailsApplication
[550]7import grails.util.GrailsUtil
[106]8
[15]9/**
10 * Application Bootstrapper
[92]11 * @Author Jeroen Wesbeek
12 * @Since 20091021
[15]13 *
14 * Revision information:
15 * $Rev: 775 $
16 * $Author: duh $
17 * $Date: 2010-08-05 10:14:55 +0000 (do, 05 aug 2010) $
18 */
[4]19class BootStrap {
[626]20        def init = {servletContext ->
[138]21                // define timezone
[246]22                System.setProperty('user.timezone', 'CET')
[95]23
[662]24                // If there are no templates yet in the database
[626]25                if (Template.count() == 0) {
26                        println "No templates in the current database.";
[662]27
28                        // If in development or test mode, add the ontologies manually to the database
29                        // without contacting the BioPortal website, to avoid annoying hiccups when the server is busy
30                        if (grails.util.GrailsUtil.environment != GrailsApplication.ENV_PRODUCTION) {
31                                println "Adding ontology descriptors"
32                                BootStrapTemplates.initTemplateOntologies()
33                        }
34
[626]35                        // Add example study, subject, event etc. templates
36                        BootStrapTemplates.initTemplates()
[347]37
[662]38                        // If in development mode and no studies are present, add example studies
[626]39                        if (Study.count() == 0 && grails.util.GrailsUtil.environment == GrailsApplication.ENV_DEVELOPMENT) {
[775]40                                //BootStrapStudies.addExampleStudies()
[186]41                        }
[569]42                }
[567]43
[571]44                /**
45                 * attach ontologies in runtime. Possible problem is that you need
46                 * an internet connection when bootstrapping though.
47                 * @see dbnp.studycapturing.Subject
48                 * @see dbnp.studycapturing.Sample
49                 */
[569]50                TemplateEntity.getField(Subject.domainFields, 'species').ontologies = [Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1132)]
51                TemplateEntity.getField(Sample.domainFields, 'material').ontologies = [Ontology.getOrCreateOntologyByNcboId(1005)]
[636]52
53                // register methods for accessing SAM's Rest services
[702]54                if (grails.util.GrailsUtil.environment == GrailsApplication.ENV_PRODUCTION) {
55                        CommunicationManager.SAMServerURL = 'http://sam.dbnp.org'
56                }
57                else {
58                        CommunicationManager.SAMServerURL = 'http://localhost:8182/sam'
59                }
[662]60                CommunicationManager.registerRestWrapperMethodsSAMtoGSCF()
[92]61        }
62
63        def destroy = {
64        }
[366]65} 
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.