source: trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy @ 136

Last change on this file since 136 was 136, checked in by keesvb, 11 years ago

added start of NuGO PPS3 to BootStrap?

  • Property svn:keywords set to Date Author Rev
File size: 3.0 KB
RevLine 
[15]1import org.codehaus.groovy.grails.commons.GrailsApplication
2import grails.util.GrailsUtil
[92]3import dbnp.studycapturing.*
[15]4
[106]5import dbnp.data.Ontology
6import dbnp.data.Term
7
[15]8/**
9 * Application Bootstrapper
[92]10 * @Author Jeroen Wesbeek
11 * @Since 20091021
[15]12 *
13 * Revision information:
14 * $Rev: 136 $
15 * $Author: keesvb $
16 * $Date: 2010-01-26 09:48:51 +0000 (di, 26 jan 2010) $
17 */
[4]18class BootStrap {
[92]19        def init = {servletContext ->
[95]20
[92]21                if (GrailsUtil.environment == GrailsApplication.ENV_DEVELOPMENT) {
22                        printf("development bootstrapping....\n\n");
23
24                        // ontologies
25                        def speciesOntology = new Ontology(
[136]26                                name: 'NCBI Taxonomy',
27                                shortName: 'Taxon',
[92]28                                url: 'http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=ncbi_taxonomy'
29                        ).save()
30
31                        // terms
32                        def mouseTerm = new Term(
33                                name: 'Mus musculus',
34                                ontology: speciesOntology,
35                                accession: '10090'
36                        ).save()
37                        def humanTerm = new Term(
38                                name: 'Homo sapiens',
39                                ontology: speciesOntology,
40                                accession: '9606'
41                        ).save()
42
43                        // create system user
44                        /*
45                        def systemUser = userService.createUser(InstanceGenerator.user(
46                                username: 'system',
47                                pass: 'system',
48                                passConfirm: 'system',
49                                enabled: true
50                        ))
51                        */
52
53                        // Mouse template
54                        def mouseTemplate = new Template(
55                                name: 'Mouse'
[136]56                        ).addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
57                                name: 'Genotype',type: TemplateFieldType.STRINGLIST))
58                        .addToSubjectFields(new TemplateSubjectField(
59                                name: 'Age',type: TemplateFieldType.NUMBER)
60                        ).save()
[97]61
62                        // studies
[136]63                        def exampleStudy = new Study(
64                                title:"NuGO PPS3 mouse study leptin module",
65                                code:"PPS3_leptin_module",
66                                researchQuestion:"Leptin etc.",
67                                description:"C57Bl/6 mice were fed a high fat (45 en%) or low fat (10 en%) diet after a four week run-in on low fat diet. After 1 week 10 mice that received a low fat diet were given an IP leptin challenge and 10 mice of the low-fat group received placebo injections. The same procedure was performed with mice that were fed the high-fat diet. After 4 weeks the procedure was repeated. In total 80 mice were culled.",
68                                ecCode:"2007117.c",
69                                startDate: Date.parse('yyyy-MM-dd','2007-12-11'))
70                        def x=1
71                        12.times {
72                                exampleStudy.addToSubjects(new Subject(
73                                        name: "A" + x++,
74                                        species: mouseTerm,
75                                        templateStringFields: ["Genotype" : "C57/Bl6j"],
76                                        templateNumberFields: ["Age" : 17F]
77                                ))}
78                        exampleStudy.save()
79
[135]80                        new Study(title:"example",code:"Excode",researchQuestion:"ExRquestion",description:"Exdescription",ecCode:"ExecCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
81                        new Study(title:"testAgain",code:"testcode",researchQuestion:"testRquestion",description:"testdescription",ecCode:"testCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
82                        new Study(title:"Exampletest",code:"Examplecode",researchQuestion:"ExampleRquestion",description:"Exampledescription",ecCode:"ExampleecCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
83                }
[92]84        }
85
86        def destroy = {
87        }
[4]88} 
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.