source: trunk/grails-app/conf/BootStrap.groovy @ 135

Last change on this file since 135 was 135, checked in by ademcan, 11 years ago

"compare selected studies" option, with some examples studies, accordion view TODO

  • Property svn:keywords set to Date Author Rev
File size: 2.3 KB
RevLine 
[15]1import org.codehaus.groovy.grails.commons.GrailsApplication
2import grails.util.GrailsUtil
[92]3import dbnp.studycapturing.*
[15]4
[106]5import dbnp.data.Ontology
6import dbnp.data.Term
7
[15]8/**
9 * Application Bootstrapper
[92]10 * @Author Jeroen Wesbeek
11 * @Since 20091021
[15]12 *
13 * Revision information:
14 * $Rev: 135 $
15 * $Author: ademcan $
16 * $Date: 2010-01-26 09:09:30 +0000 (di, 26 jan 2010) $
17 */
[4]18class BootStrap {
[92]19        def init = {servletContext ->
[95]20
[92]21                if (GrailsUtil.environment == GrailsApplication.ENV_DEVELOPMENT) {
22                        printf("development bootstrapping....\n\n");
23
24                        // ontologies
25                        def speciesOntology = new Ontology(
26                                name: 'Species',
27                                shortName: 'Species',
28                                url: 'http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=ncbi_taxonomy'
29                        ).save()
30
31                        // terms
32                        def mouseTerm = new Term(
33                                name: 'Mus musculus',
34                                ontology: speciesOntology,
35                                accession: '10090'
36                        ).save()
37                        def humanTerm = new Term(
38                                name: 'Homo sapiens',
39                                ontology: speciesOntology,
40                                accession: '9606'
41                        ).save()
42
43                        // create system user
44                        /*
45                        def systemUser = userService.createUser(InstanceGenerator.user(
46                                username: 'system',
47                                pass: 'system',
48                                passConfirm: 'system',
49                                enabled: true
50                        ))
51                        */
52
53                        // define template fields
54                        def genotypeTemplateField = new TemplateSubjectField(
55                                name: 'Genotype',
56                                type: TemplateFieldType.STRINGLIST
57                        ).save()
58
59                        // Mouse template
60                        def mouseTemplate = new Template(
61                                name: 'Mouse'
62                        ).addToSubjectFields(genotypeTemplateField).save()
[97]63
64                        // studies
65                        new Study(title:"test",code:"code",researchQuestion:"Rquestion",description:"description",ecCode:"ecCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
[135]66                        new Study(title:"example",code:"Excode",researchQuestion:"ExRquestion",description:"Exdescription",ecCode:"ExecCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
67                        new Study(title:"testAgain",code:"testcode",researchQuestion:"testRquestion",description:"testdescription",ecCode:"testCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
68                        new Study(title:"Exampletest",code:"Examplecode",researchQuestion:"ExampleRquestion",description:"Exampledescription",ecCode:"ExampleecCode",dateCreated:new Date(),lastUpdated:new Date(),startDate:new Date()).save()
69                }
[92]70        }
71
72        def destroy = {
73        }
[4]74} 
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.