Changeset 71


Ignore:
Timestamp:
Jun 17, 2011, 2:58:20 PM (8 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Made some textual changes

Location:
trunk
Files:
12 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/controllers/nl/tno/massSequencing/AssayController.groovy

    r70 r71  
    127127
    128128                // Send the assay information to the view
    129                 [assay: assay, editable: assay.study.canWrite( session.user ), otherRuns: otherRuns, "numClassified": numClassified ? numClassified[ 0 ] : 0]
     129                [assay: assay, editable: assay.study.canWrite( session.user ), otherRuns: otherRuns, "numClassified": numClassified ? ( numClassified[ 0 ] ?: 0 ) : 0]
    130130        }
    131131       
  • trunk/grails-app/controllers/nl/tno/massSequencing/AssaySampleController.groovy

    r70 r71  
    33import java.util.List;
    44import org.codehaus.groovy.grails.commons.ConfigurationHolder
     5import nl.tno.massSequencing.classification.Classification
    56
    67class AssaySampleController {
     
    2728                }
    2829
    29 
    30                 [assaySample: assaySample, entityType: params.entityType]
     30                // Determine the number of classifications for this sample
     31                def numClassifications = Classification.executeQuery( "SELECT SUM( c.unclassified ) FROM Classification c WHERE c.assaySample = :assaySample", [ "assaySample": assaySample ] )
     32
     33                [assaySample: assaySample, entityType: params.entityType, numClassifications: numClassifications ? ( numClassifications[ 0 ] ?: 0 )  : 0 ]
    3134        }
    3235
  • trunk/grails-app/controllers/nl/tno/massSequencing/FastaController.groovy

    r63 r71  
    99        def fastaService
    1010        def sessionFactory
     11        def classificationService
    1112       
    1213        def deleteData = {
     
    5354                // Recalculate the number of sequences for this sample
    5455                AssaySample.recalculateNumSequences( sample );
     56               
     57                // Update classification since some sequences have been removed
     58                classificationService.updateClassificationForAssaySample( sample );
    5559               
    5660                flash.message = numFiles + " file" + (numFiles != 1 ? "s have" : " has" ) + " been deleted from this sample"
  • trunk/grails-app/controllers/nl/tno/massSequencing/RunController.groovy

    r70 r71  
    1414        def fastaService
    1515        def dataTablesService
     16        def classificationService
    1617
    1718        def index = {
     
    114115               
    115116                // Send the assay information to the view
    116                 [run: run, allRuns: Run.list(), otherAssays: otherAssays, editable: true, "numClassified": numClassified ? numClassified[ 0 ] : 0 ]
     117                [run: run, allRuns: Run.list(), otherAssays: otherAssays, editable: true, "numClassified": numClassified ? ( numClassified[ 0 ] ?: 0 ) : 0 ]
    117118        }
    118119       
     
    797798                def numFiles = fastaService.deleteSequenceData( assaySamples );
    798799               
     800                // Reset classification for given samples
     801                classificationService.updateClassificationForAssaySample( assaySamples );
     802               
    799803                flash.message = numFiles + " files have been removed from the run.";
    800804                redirect( controller: 'run', action: 'show', id: run.id );
  • trunk/grails-app/views/assay/index.gsp

    r70 r71  
    3636                        </table>
    3737                        <p class="options">
    38                                 <a class="fasta" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#assayForm' ), '<g:createLink action="exportAsFasta" />', '#assays', 'Please select an assay to export' ); return false;">Export as fasta</a>
     38                                <a class="fasta" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#assayForm' ), '<g:createLink action="exportAsFasta" />', '#assays', 'Please select an assay to export' ); return false;">Export all data</a>
    3939                                <a class="excel" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#assayForm' ), '<g:createLink action="exportMetaData" />', '#assays', 'Please select an assay to export' ); return false;">Export metadata</a>
    4040                        </p>
  • trunk/grails-app/views/assay/show.gsp

    r70 r71  
    118118                                       
    119119                <p class="options multiple">
    120                         <a class="fasta" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="assaySample" action="exportAsFasta" />', '#samples', 'Please select one or more samples to export' ); return false;">Export as fasta</a><br />
     120                        <a class="fasta" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="assaySample" action="exportAsFasta" />', '#samples', 'Please select one or more samples to export' ); return false;">Export all data</a><br />
    121121                        <a class="excel" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="assaySample" action="exportMetaData" />', '#samples', 'Please select one or more samples to export' ); return false;">Export metadata</a><br />
    122122                        <a class="classification_export" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="classification" action="export" />', '#samples', 'Please select one or more samples to export' ); return false;">Export classification</a><br />
  • trunk/grails-app/views/assaySample/show.gsp

    r56 r71  
    1212<ul class="blok_data">
    1313        <li><label># sequences</label><span class="value">${assaySample.numSequences() ?: '-'}</span></li>
    14         <li><label># unique sequences</label><span class="value">${assaySample.numUniqueSequences ?: '-'}</span></li>
    15 </ul>
     14        <li><label># qual scores</label><span class="value">${assaySample.numQualScores() ?: '-'}</span></li>
     15        <li><label>% classified</label><span class="value">
     16                <g:if test="${assaySample.numSequences > 0}">
     17                        <g:formatNumber number="${numClassifications / assaySample.numSequences}" format="0.0%" />
     18                </g:if>
     19                <g:else>
     20                        -
     21                </g:else>
     22        </span></li>
     23</ul>
    1624
    17 <h2>Details</h2>
     25<h2>Amplicon details</h2>
    1826<ul class="assaySampleDetails">
    1927        <li class="title">
     
    5058
    5159<g:if test="${assaySample.sequenceData?.size()}">
    52         <h2>Files</h2>
     60        <h2>Sequences</h2>
    5361        <table class="paginate">
    5462                <thead>
  • trunk/grails-app/views/query/index.gsp

    r66 r71  
    7474                                                        Operator
    7575                                                </span>
    76                                                 <span class="operator">
     76                                                <span class="value">
     77                                                        Value
     78                                                </span>
     79                                                <span class="combinator">or</span>
     80                                                <span class="factor">
    7781                                                        Factor
     82                                                </span>
     83                                                <span class="othertaxon">
     84                                                        Other taxon
    7885                                                </span>                         
    79                                                 <span class="combinedValue">
    80                                                         <span class="item">Value</span>
    81                                                         <span class="combinator">or</span>
    82                                                         <span class="item">Other taxon</span>
    83                                                 </span>
    8486                                        </li>
    8587                                        <li class="newCriterion">
     
    103105                                                        </select>
    104106                                                </span>
     107                                                <span class="value">
     108                                                        <input class='text' type="text" id="value" onChange="toggleValueAndTaxonInput();" name="criteria.0.value" />
     109                                                </span>
     110                                                <span class="combinator">or</span>
    105111                                                <span class="factor">
    106                                                         <input class='text' type="text" id="factor" name="criteria.0.factor" />
     112                                                        <input class='text' type="text" id="factor" onChange="toggleValueAndTaxonInput();" name="criteria.0.factor" />
    107113                                                </span>
    108                                                 <span class="combinedValue">
    109                                                         <input class='text' type="text" id="value" onChange="toggleValueAndTaxonInput();" name="criteria.0.value" />
    110                                                         <span class="combinator">or</span>
     114                                                <span class="othertaxon">
    111115                                                        <input class='text' type="text" id="otherTaxonText" onChange="toggleValueAndTaxonInput();" name="criteriataxon" />
    112116                                                        <input type="hidden" name="criteria.0.othertaxon" id="otherTaxonValue"/>
  • trunk/grails-app/views/run/index.gsp

    r70 r71  
    4747                        <p class="options">
    4848                                <a class="add" href="#" onClick="showAddRunDialog(); return false;">Add run</a>
    49                                 <a class="fasta" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#runForm' ), '<g:createLink action="exportAsFasta" />', '#runs', 'Please select a run to export' ); return false;">Export as fasta</a>
     49                                <a class="fasta" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#runForm' ), '<g:createLink action="exportAsFasta" />', '#runs', 'Please select a run to export' ); return false;">Export all data</a>
    5050                                <a class="excel" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#runForm' ), '<g:createLink action="exportMetaData" />', '#runs', 'Please select a run to export' ); return false;">Export metadata</a>
    5151                        </p>
  • trunk/grails-app/views/run/show.gsp

    r70 r71  
    164164                <p class="options multiple">
    165165                        <g:if test="${numReadableAssaySamples > 0}">
    166                                 <a class="fasta" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="assaySample" action="exportAsFasta" />', '#samples', 'Please select one or more samples to export' ); return false;">Export as fasta</a><br />
     166                                <a class="fasta" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="assaySample" action="exportAsFasta" />', '#samples', 'Please select one or more samples to export' ); return false;">Export all data</a><br />
    167167                                <a class="excel" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="assaySample" action="exportMetaData" />', '#samples', 'Please select one or more samples to export' ); return false;">Export metadata</a><br />
    168168                                <a class="classification_export" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="classification" action="export" />', '#samples', 'Please select one or more samples to export' ); return false;">Export classification</a><br />
  • trunk/web-app/css/query.css

    r66 r71  
    2121#searchForm ul#criteria li .factor input { width: 60px; }
    2222
    23 #searchForm ul#criteria li .combinedValue { width: 340px; font-weight: normal; }
    24 #searchForm ul#criteria li .combinedValue span.item { vertical-align: bottom; width: 140px; font-weight: bold; }
    25 #searchForm ul#criteria li .combinedValue input { width: 140px; }
     23#searchForm ul#criteria li span.combinator { width: 16px; font-weight: normal; }
    2624
    27 #searchForm ul#criteria li span.combinator { vertical-align: bottom; width: 16px; }
     25#searchForm ul#criteria li .value { width: 160px; }
     26#searchForm ul#criteria li .value input { width: 140px; }
    2827
    29 #searchForm ul#criteria li .value { width: 140px; }
    30 #searchForm ul#criteria li .othertaxon { width: 165px; }
    31 
     28#searchForm ul#criteria li .othertaxon { width: 160px; }
     29#searchForm ul#criteria li .othertaxon input { width: 140px; }
    3230
    3331#searchForm ul#criteria li .addButton { margin: 4px 0; }
  • trunk/web-app/js/query.js

    r66 r71  
    118118                $( '#otherTaxonValue' ).val( '' );
    119119                $( '#otherTaxonText' ).attr( 'disabled', true );
    120         } else if( $( '#otherTaxonText' ).val() != "" ) {
     120               
     121                $( '#factor' ).val( '' );
     122                $( '#factor' ).attr( 'disabled', true );
     123        } else if( $( '#otherTaxonText' ).val() != "" || $( '#factor' ).val() != "" ) {
    121124                // Disable value input
    122125                $( '#value' ).val( '' );
     
    126129                $( '#value' ).attr( 'disabled', false );
    127130                $( '#otherTaxonText' ).attr( 'disabled', false );
     131                $( '#factor' ).attr( 'disabled', false );
    128132        }
    129133}
     
    197201        var fieldSpan = createCriterionElement( 'entity', entity );
    198202        var operatorSpan = createCriterionElement( 'operator', operator );
    199         var factorSpan = createCriterionElement( 'factor', "" );
    200203        var valueSpan = createInSearchElement( 'value', value );
     204        var whitespaceSpan = createCriterionElement( 'whitespace', "" );
    201205       
    202206        var input = $( '<a href="#" onClick="return false;"><img src="' + baseUrl + '/plugins/famfamfam-1.0.1/images/icons/delete.png" border="0"></a>' );
     
    215219        // Append them to a list item
    216220        var li = $( '<li></li>' );
    217         li.append( fieldSpan ).append( "\n" ).append( operatorSpan ).append( "\n" ).append( factorSpan ).append( "\n" ).append( valueSpan ).append( "\n" ).append( span );
     221        li.append( fieldSpan ).append( "\n" )
     222                .append( operatorSpan ).append( "\n" )
     223                .append( valueSpan ).append( "\n" )
     224                .append( $( '<span class="combinator"></span>') ).append( "\n" )
     225                .append( $( '<span class="factor"></span>') ).append( "\n" )
     226                .append( $( '<span class="othertaxon"></span>') ).append( "\n" )
     227                .append( span );
    218228       
    219229        $('#criteria .newCriterion').before(li);
     
    248258        // Append them to a list item
    249259        var li = $( '<li></li>' );
    250         li.append( fieldSpan ).append( "\n" ).append( operatorSpan ).append( "\n" ).append( factorSpan ).append( "\n" ).append( valueSpan ).append( "\n" ).append( orSpan ).append( "\n" ).append( otherTaxonSpan ).append( "\n" ).append( span );
     260        li.append( fieldSpan ).append( "\n" )
     261                .append( operatorSpan ).append( "\n" )
     262                .append( valueSpan ).append( "\n" )
     263                .append( orSpan ).append( "\n" )
     264                .append( factorSpan ).append( "\n" )
     265                .append( otherTaxonSpan ).append( "\n" )
     266                .append( span );
    251267       
    252268        $('#criteria .newCriterion').before(li);
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.