Changeset 7 for trunk/grails-app/domain


Ignore:
Timestamp:
Jan 26, 2011, 5:08:25 PM (9 years ago)
Author:
robert@…
Message:
  • Created tests for the synchronization and trash
  • Improved synchronizationservice and trash
  • Put authorization checks in several pages
Location:
trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/Assay.groovy

    r2 r7  
    1616                        assayToken index:'assaytoken_idx'
    1717                }
     18                assaySamples cascade: "all-delete-orphan"
    1819        }
    1920       

  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/AssaySample.groovy

    r4 r7  
    1717        String tagSequence              // Tag originally used to identify the sample
    1818
    19         static belongsTo  = [ assay: Assay, sample: Sample ]
     19        static belongsTo  = [ assay: Assay, sample: Sample, run: Run ]
    2020        static hasMany    = [ sequenceData: SequenceData ]
    2121
    … …  
    2424                oligoNumber(nullable: true)
    2525                tagSequence(nullable: true)
     26                run(nullable: true);
    2627        }
    2728
    … …  
    3031                        numSequences index:'numsequences_idx'
    3132                }
     33                sequenceData cascade: "all-delete-orphan"
    3234        }
    3335
    … …  
    162164                otherAssaySample.tagSequence = tagSequence;
    163165                otherAssaySample.oligoNumber = oligoNumber;
     166                otherAssaySample.run         = run;
    164167               
    165168                // Move attached data
    … …  
    169172                if( dataList && dataList.size() > 0 ) {
    170173                        for( def j = dataList.size() - 1; j >= 0; j-- ) {
    171                                 // Check whether the run of this sequenceData object is also connected to the assay
    172                                 def run = dataList[j].run;
    173                                
    174                                 if( !otherAssay.runs || !otherAssay.runs.contains( run ) ) {
    175                                         otherAssay.addToRuns( run );
    176                                 }
    177                                
    178174                                // Copy data
    179175                                dataList[j].sample = otherAssaySample;

  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/Run.groovy

    r3 r7  
    1818        String  parameterFile
    1919
    20         static hasMany = [sequenceData: SequenceData, assays: Assay]
     20        static hasMany = [assaySamples: AssaySample, assays: Assay]
    2121        static belongsTo = Assay        // Only used to determine the owner of the many-to-many relationship assay-run
    2222
    … …  
    7171         */
    7272        public int numFiles() {
    73                 if( !sequenceData )
     73                if( !assaySamples )
    7474                        return 0
    7575
    7676                int numFiles = 0;
    77                 sequenceData.each { numFiles += it.numFiles() }
     77                assaySamples.each { numFiles += it.numFiles() }
    7878
    7979                return numFiles;
    … …  
    8686         */
    8787        public long numSequences() {
    88                 if( !sequenceData )
     88                if( !assaySamples )
    8989                        return 0
    9090
    9191                long numSequences = 0;
    92                 sequenceData.each { numSequences += it.numSequences }
     92                assaySamples.each { numSequences += it.numSequences() }
    9393
    9494                return numSequences;
    … …  
    101101         */
    102102        public ArrayList samples( def assayId ) {
    103                 if( !sequenceData )
     103                if( !assaySamples )
    104104                        return []
    105105
    106106                def list = []
    107                 sequenceData.each {
    108                         if( it.sample.assay.id == assayId )
    109                                 list << it.sample
     107                assaySamples.each {
     108                        if( it.assay.id == assayId )
     109                                list << it
    110110                }
    111111

  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/Sample.groovy

    r2 r7  
    1616                        assayToken index:'sampletoken_idx'
    1717                }
     18                assaySamples cascade: "all-delete-orphan"
    1819        }
    1920}

  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/SequenceData.groovy

    r3 r7  
    1111        Float averageQuality = 0.0
    1212
    13         static belongsTo = [sample: AssaySample, run: Run]
     13        static belongsTo = [sample: AssaySample]
    1414        static constraints = {
    1515                qualityFile(nullable: true)

  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/Study.groovy

    r4 r7  
    3232                        studyToken index:'studytoken_idx'
    3333                }
     34                assays cascade: "all-delete-orphan"
     35                samples cascade: "all-delete-orphan"
     36                auth cascade: "all-delete-orphan"
    3437        }
    3538

  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/auth/User.groovy

    r2 r7  
    1313
    1414        static hasMany = [ auth: Auth ]
     15       
     16        static mapping = {
     17                auth cascade: "all-delete-orphan"
     18        }
    1519       
    1620        public boolean equals( Object o ) {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.