Ignore:
Timestamp:
May 17, 2011, 1:44:07 PM (9 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Implemented importing of classifications

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/services/nl/tno/massSequencing/files/FileService.groovy

    r53 r58  
    363363                        case "fasta":
    364364                        case "fna":
    365                                 return "fasta";
     365                                return "fasta";         // FASTA format files (see http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format)
    366366                        case "qual":
    367                         case "fqa":
    368                                 return "qual";
     367                        case "fqa":     
     368                                return "qual";          // QUAL format files for FASTA (see http://sequence.otago.ac.nz/download/ManualPartC.pdf)
    369369                        case "xls":
    370370                        case "xlsx":
    371                                 return "excel";
    372                         case "zip":
    373                                 return "zip";
     371                                return "excel";         // Excel files for metadata
     372                        case "taxonomy":       
     373                                return "taxonomy";      // Taxonomy files as created by Mothur (www.mothur.org) for classification of sequences
     374                        case "groups": 
     375                                return "groups";        // Mothur file to associate a specific sequence to a sample (www.mothur.org)
     376                        case "zip":     
     377                                return "zip";           // Zip files combining all other files
    374378                        case "gz":
    375                                 return "gzip";
     379                                return "gzip";          // GZip files combining all other files
    376380                        default:
    377381                                return "";              // meaning 'unknown'
     
    395399                        case "zip":
    396400                        case "gzip":
    397                         return true;
     401                                return true;
    398402                }
    399403
     
    419423                switch( this.determineFileType( f ) ) {
    420424                        case "zip":
    421                         return extractZip( f, onProgress );
     425                                return extractZip( f, onProgress );
    422426                        case "gzip":
    423                         return extractGzip( f, onProgress );
     427                                return extractGzip( f, onProgress );
    424428                        default:
    425                         log.error "File given for extracting files is not a valid zip file."
     429                                log.error "File given for extracting files is not a valid zip file."
    426430
    427431                        return [];
     
    498502                               
    499503                                // Update progress
    500                                 onProgress( 0, entry.getCompressedSize(), 1, outpath.length())
     504                                onProgress( entry.getCompressedSize(), outpath.length() )
    501505                        }
    502506                }
     
    555559
    556560                        // Update progress
    557                         onProgress( 0, f.length(), 1, outpath.length())
     561                        onProgress( f.length(), outpath.length())
    558562                } catch( Exception e ) {
    559563                        // Delete the file if it exists
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.