Changeset 51


Ignore:
Timestamp:
Apr 14, 2011, 1:10:14 PM (8 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Bugfix in adding samples to a run.

Location:
trunk/grails-app
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/controllers/nl/tno/massSequencing/integration/SynchronizeController.groovy

    r50 r51  
    6060                        }
    6161                       
    62                         println "Synchronize authorization!";
    63                        
    6462                        synchronizationService.sessionToken = session.sessionToken
    6563                        synchronizationService.user = session.user
  • trunk/grails-app/services/nl/tno/massSequencing/SampleExcelService.groovy

    r46 r51  
    235235                                if( it.value > -1 ) {
    236236                                        if( it.key == runName ) {
    237                                                 assaySample.run = Run.findByName( rowData[ it.value ] );
     237                                                // If a run name is given, search for that run
     238                                                def run;
     239                                                if( rowData[ it.value ] )
     240                                                        run = Run.findByName( rowData[ it.value ].toString() )
     241                                               
     242                                                // If the run and assay are not coupled, don't add the sample to that
     243                                                // run, and don't change the run
     244                                                if( run && !run.assays?.contains( assaySample.assay ) ) {
     245                                                        // Don't do anything.   
     246                                                        log.debug "Trying to add assaySample " + assaySample + " to run " + run + ", but the assay (" + assaySample.assay + ") is not associated with that run."
     247                                                } else {
     248                                                        if( run ) {
     249                                                                assaySample.run = run
     250                                                        } else if( assaySample.run ) {
     251                                                                assaySample.run.removeFromAssaySamples( assaySample );
     252                                                                assaySample.run = null;
     253                                                        }
     254                                                }
    238255                                        } else {
    239256                                                def field = variableFields.find { variableField -> variableField.value == it.key };
  • trunk/grails-app/views/assay/show.gsp

    r50 r51  
    148148                        <a class="fasta" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="assaySample" action="exportAsFasta" />', '#samples', 'Please select one or more samples to export' ); return false;">Export as fasta</a>
    149149                </p>
    150                 <br clear="all" />
     150               
     151                <div style="clear: both;"></div>
     152               
    151153                <g:if test="${editable}">
    152154                        <g:render template="enterTagsDialog" model="[assay: assay, sortedAssaySamples: assaySamples]" />
  • trunk/grails-app/views/run/show.gsp

    r50 r51  
    205205                </p>
    206206               
    207                 <br clear="all" />             
     207                <div style="clear: both;"></div>
     208                       
    208209                <g:if test="${writableAssaySamples.size() > 0}">
    209210                        <g:render template="enterTagsDialog" model="[run: run, writableAssaySamples: writableAssaySamples]" />
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.