Ignore:
Timestamp:
Apr 12, 2011, 3:39:13 PM (9 years ago)
Author:
robert@…
Message:
  • Added sequence length histograms
  • Fixed bugs in files that remained on the file system after uploading (while they shouldn't)
  • Added extra options in run- and assay screens
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/views/fasta/showProcessResult.gsp

    r34 r49  
    66                <script>
    77                        var entityId = ${entity.id};
     8
     9                        function showSampleDataWarning( select, i ) {
     10                                if( $( 'option:selected', $(select) ).hasClass( 'containsdata' ) ) {
     11                                        $( '#warningSampleContainsData_' + i ).show();
     12                                } else {
     13                                        $( '#warningSampleContainsData_' + i ).hide();
     14                                }
     15                        }
    816                </script>
    917        </head>
     
    1826        </h1>
    1927        <g:if test="${matchedFiles.size() > 0}">
    20                 <h2>Match files with samples</h2>
     28                <p>
     29                        Match each sequencefile with the qualityfile and the sample it belongs to. Samples are already chosen for some files based
     30                        on the given excelsheet or the filenames.
     31                </p>
     32                <p>
     33                        By unchecking a sequence file you can exclude the file from being used.
     34                </p>
     35                 
    2136                <%
    2237                        def sortedSamples = entity.assaySamples.findAll { it.assay.study.canWrite( session.user ) }.sort() { a,b -> a.sample.name <=> b.sample.name }
     
    3954                                        <td>
    4055                                                <g:hiddenField name="file.${i}.fasta" value="${file.fasta.filename}" />
    41                                                 <g:checkBox name="file.${i}.include" value="${true}" />
     56                                                <g:checkBox name="file.${i}.include" value="${file.checked}" />
    4257                                        </td>
    4358                                        <td class="name">${file.fasta.originalfilename}</td>
     
    5166                                                </g:else>
    5267                                        </td>
    53                                         <td>
     68                                        <td nowrap>
    5469                                                <g:if test="${sortedSamples.size()}">
    55                                                         <select name="file.${i}.assaySample">
     70                                                        <select name="file.${i}.assaySample" onChange="showSampleDataWarning(this, ${i});">
    5671                                                                <g:each in="${sortedSamples}" var="assaySample">
    5772                                                                        <option
    5873                                                                                <g:if test="${file.assaySample?.id == assaySample.id}">
     74                                                                                        <g:set var="selectedAssaySample" value="${assaySample}" />
    5975                                                                                        selected="selected"
    6076                                                                                </g:if>
    61                                                                                 value="${assaySample.id}">${assaySample.sample.name}</option>
     77                                                                                value="${assaySample.id}" class="<g:if test="${assaySample?.sequenceData?.size() > 0}">containsdata</g:if><g:else>nodata</g:else>">${assaySample.sample.name}</option>
    6278                                                                </g:each>
    6379                                                        </select>
     80                                                        <span id="warningSampleContainsData_${i}" class="warningSampleContainsData" <g:if test="${selectedAssaySample?.sequenceData?.size() > 0}">style="display: inline;"</g:if>>
     81                                                                <img src="${fam.icon( name: "exclamation" ) }" title="This sample already contains sequences. Adding sequences doesn't replace the old ones." />
     82                                                        </span>
    6483                                                </g:if>
    6584                                                <g:else>
     
    101120       
    102121        <p>
    103                 <g:link controller="${entityType}" action="show" id="${entity.id}">Return to ${entityType}</g:link>     
     122                <g:link controller="fasta" action="returnWithoutSaving" params="[entityType: entityType, id: entity.id]">Return to ${entityType}</g:link>       
    104123        </p>
    105124</body>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.