Changeset 39


Ignore:
Timestamp:
Apr 5, 2011, 4:16:21 PM (8 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Renamed Metagenomics module to MassSequencing? module

Location:
trunk/test/integration/nl/tno/metagenomics/integration
Files:
2 edited
1 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/test/integration/nl/tno/metagenomics/integration/MockGSCF.groovy

    r7 r39  
    1 package nl.tno.metagenomics.integration
     1package nl.tno.massSequencing.integration
    22
    33import com.sun.net.httpserver.*
  • trunk/test/integration/nl/tno/metagenomics/integration/SynchronizationServiceTests.groovy

    r9 r39  
    1 package nl.tno.metagenomics.integration
    2 
    3 import nl.tno.metagenomics.*
    4 import nl.tno.metagenomics.auth.*
     1package nl.tno.massSequencing.integration
     2
     3import nl.tno.massSequencing.*
     4import nl.tno.massSequencing.auth.*
    55import grails.converters.JSON
    66import grails.test.*
     
    216216               
    217217                a2.assaySamples.each {
    218                         it.tagSequence = "ABC";
     218                        it.fwMidSeq = "ABC";
    219219                        it.save();
    220220                }
     
    411411               
    412412                assay1.assaySamples.each {
    413                         it.tagSequence = "ABC";
     413                        it.fwMidSeq = "ABC";
    414414                        it.save();
    415415                }
     
    568568               
    569569                assay1.assaySamples.each {
    570                         it.tagSequence = "ABC";
     570                        it.fwMidSeq = "ABC";
    571571                        it.save();
    572572                }
  • trunk/test/integration/nl/tno/metagenomics/integration/TrashServiceTests.groovy

    r25 r39  
    1 package nl.tno.metagenomics.integration
     1package nl.tno.massSequencing.integration
    22
    33import grails.test.*
    4 import nl.tno.metagenomics.*
    5 
    6 class TrashServiceTests extends GrailsUnitTestCase {
     4import nl.tno.massSequencing.*
     5import org.codehaus.groovy.grails.commons.ConfigurationHolder
     6
     7class TrashServiceTests extends GroovyTestCase {
    78        def trashService
    89    Study trash
     
    1011        protected void setUp() {
    1112        super.setUp()
    12                 mockDomain( Study );
    13                 mockDomain( Sample );
    14                 mockDomain( Assay );
    15                 mockDomain( AssaySample );
    16                 mockDomain( Run );
    17                 mockDomain( SequenceData );
    18                
    19                 mockLogging( TrashService.class, true );
    20                
    21                 trashService = new TrashService();
    2213
    2314                setupStudy();
     15               
     16                ConfigurationHolder.config = [ massSequencing : [
     17                        fileDir: '/home/robert/temp'
     18                ]];
    2419    }
    2520
    2621    protected void tearDown() {
    2722        super.tearDown()
     23               
     24                // Remove study
     25                removeStudy();
    2826    }
     27       
     28        protected void removeStudy() {
     29                deleteStudy( Study.findByName( "Trashcan" ) )
     30                deleteStudy( Study.findByName( "Study 1" ) )
     31                deleteRun( Run.findByName( "abc" ) )
     32        }
     33       
     34        protected void deleteRun( Run run ) {
     35                if( !run )
     36                        return;
     37               
     38                def l = [];
     39                if( run.assaySamples ) {
     40                        l = [] + run.assaySamples
     41                        l.each {
     42                                if( it ) {
     43                                        run.removeFromAssaySamples( it );
     44                                }
     45                        }
     46
     47                        l = [] + run.assays
     48                        l.each {
     49                                if( it ) {
     50                                        run.removeFromAssays( it );
     51                                }
     52                        }
     53                }
     54        }
     55        protected void deleteStudy( Study study ) {
     56                if( !study )
     57                        return;
     58                       
     59                def l = []
     60                if( study.auth ) {
     61                        l += study.auth
     62                       
     63                        l.each { auth ->
     64                                auth.user?.removeFromAuth( auth );
     65                                study.removeFromAuth( auth );
     66                        }
     67                }
     68               
     69                // Remove sequence data first, since it gives problems when keeping it
     70                if( study.assays ) {
     71                        l = [] + study.assays*.assaySamples*.sequenceData?.flatten()
     72                       
     73                        l.each {
     74                                if( it ) {
     75                                        it.sample.removeFromSequenceData( it );
     76                                        it.delete();
     77                                }
     78                        }
     79                }
     80               
     81                study.delete( flush: true );
     82        }
    2983
    3084        protected void setupStudy() {
     
    64118                // Create desired combinations of samples and assays
    65119                // Such that: assay1 has 2 samples with data, assay2 has 1 sample with data and assay3 has no samples with data
    66            AssaySample as1a = new AssaySample( oligoNumber: "123", tagSequence: "abc", tagName: "L391", sample: sa1, assay: a1 );
    67            AssaySample as1b = new AssaySample( oligoNumber: "200", tagSequence: "def", tagName: "L397", sample: sa2, assay: a1 );
    68            AssaySample as2a = new AssaySample( oligoNumber: "300", tagSequence: "ghi", tagName: "L421", sample: sa3, assay: a2 );
     120           AssaySample as1a = new AssaySample( fwOligo: "123", fwMidSeq: "abc", fwMidName: "L391", sample: sa1, assay: a1 );
     121           AssaySample as1b = new AssaySample( fwOligo: "200", fwMidSeq: "def", fwMidName: "L397", sample: sa2, assay: a1 );
     122           AssaySample as2a = new AssaySample( fwOligo: "300", fwMidSeq: "ghi", fwMidName: "L421", sample: sa3, assay: a2 );
    69123           AssaySample as2b = new AssaySample( id: 12, sample: sa4, assay: a2);
    70124           AssaySample as3a = new AssaySample( sample: sa5, assay: a3);
     
    133187                // Create desired combinations of samples and assays
    134188                // Such that: assay1 has 2 samples with data, assay2 has 1 sample with data and assay3 has no samples with data
    135            AssaySample as1a = new AssaySample( id: 102, oligoNumber: "fromtrash: 1", tagSequence: "fromtrash: abc", sample: sa1, assay: a1 );
    136            AssaySample as1b = new AssaySample( oligoNumber: "fromtrash: 2", tagSequence: "fromtrash: def", sample: sa2, assay: a1 );
    137            AssaySample as2a = new AssaySample( oligoNumber: "fromtrash: 3", tagSequence: "fromtrash: ghi", sample: sa3, assay: a1 );
     189           AssaySample as1a = new AssaySample( id: 102, fwOligo: "fromtrash: 1", fwMidSeq: "fromtrash: abc", sample: sa1, assay: a1 );
     190           AssaySample as1b = new AssaySample( fwOligo: "fromtrash: 2", fwMidSeq: "fromtrash: def", sample: sa2, assay: a1 );
     191           AssaySample as2a = new AssaySample( fwOligo: "fromtrash: 3", fwMidSeq: "fromtrash: ghi", sample: sa3, assay: a1 );
    138192           def assaySamples= [as1a, as1b, as2a]
    139193
     
    182236               
    183237                // Check whether only the assays were kept that contain data
    184                 assert trash.assays.size() == 2;
     238                assert trash.assays?.size() == 2;
    185239               
    186240                // Check whether only the assaysamples were kept that contain data
    187241                def assaySamples = trash.assays*.assaySamples.flatten().unique();
    188                 assert assaySamples.size() == 3;
     242                assert assaySamples?.size() == 3;
    189243               
    190244                def assaySample = assaySamples.find { it.sample?.name == "Sample 1a"; }
    191245                assert assaySample
    192                 assert assaySample.oligoNumber == "123"
    193                 assert assaySample.tagSequence == "abc"
     246                assert assaySample.fwOligo == "123"
     247                assert assaySample.fwMidSeq == "abc"
    194248                assert assaySample.sample.subject == "S1"
    195249                assert assaySample.sample.event == "event"
     
    198252                assaySample = assaySamples.find { it.sample?.name == "Sample 1b"; }
    199253                assert assaySample
    200                 assert assaySample.oligoNumber == "200"
    201                 assert assaySample.tagSequence == "def"
     254                assert assaySample.fwOligo == "200"
     255                assert assaySample.fwMidSeq == "def"
    202256                assert assaySample.sample.subject == "S2"
    203257                assert assaySample.sample.event == "event"
     
    206260                assaySample = assaySamples.find { it.sample?.name == "Sample 2a"; }
    207261                assert assaySample
    208                 assert assaySample.oligoNumber == "300"
    209                 assert assaySample.tagSequence == "ghi"
     262                assert assaySample.fwOligo == "300"
     263                assert assaySample.fwMidSeq == "ghi"
    210264                assert assaySample.sample.subject == "S3"
    211265                assert assaySample.sample.event == "event"
     
    285339                def assaySample = assaySamples.find { it.sample?.name == "Sample 1a"; }
    286340                assert assaySample
    287                 assert assaySample.oligoNumber == "123"
    288                 assert assaySample.tagSequence == "abc"
     341                assert assaySample.fwOligo == "123"
     342                assert assaySample.fwMidSeq == "abc"
    289343                assert assaySample.sample.subject == "S1"
    290344                assert assaySample.sample.event == "event"
     
    293347                assaySample = assaySamples.find { it.sample?.name == "Sample 1b"; }
    294348                assert assaySample
    295                 assert assaySample.oligoNumber == "200"
    296                 assert assaySample.tagSequence == "def"
     349                assert assaySample.fwOligo == "200"
     350                assert assaySample.fwMidSeq == "def"
    297351                assert assaySample.sample.subject == "S2"
    298352                assert assaySample.sample.event == "event"
     
    372426                assert assaySample
    373427                assert assaySample.assay?.name == "Assay 1"
    374                 assert assaySample.oligoNumber == "123"
    375                 assert assaySample.tagSequence == "abc"
     428                assert assaySample.fwOligo == "123"
     429                assert assaySample.fwMidSeq == "abc"
    376430                assert assaySample.sample.subject == "S1"
    377431                assert assaySample.sample.event == "event"
     
    426480                assert restoredTo.assaySamples?.size() == 2
    427481               
    428                 // Check for the copying of oligoNumber and tagSequence
     482                // Check for the copying of fwOligo and fwMidSeq
    429483                def s = restoredTo.assaySamples.find { it.sample.sampleToken == "sample1a" }
    430484                assert s
    431                 assert s.oligoNumber == "fromtrash: 1";
    432                 assert s.tagSequence == "fromtrash: abc";
     485                assert s.fwOligo == "fromtrash: 1";
     486                assert s.fwMidSeq == "fromtrash: abc";
    433487               
    434488                // Sample data shouldn't be copied, so remains the same
     
    446500                s = restoredTo.assaySamples.find { it.sample.sampleToken == "sample1b" }
    447501                assert s
    448                 assert s.oligoNumber == "fromtrash: 2";
    449                 assert s.tagSequence == "fromtrash: def";
     502                assert s.fwOligo == "fromtrash: 2";
     503                assert s.fwMidSeq == "fromtrash: def";
    450504                assert s.sequenceData?.size() == 2
    451505               
     
    480534                assert restoredTo
    481535               
    482                 // Check for the copying of oligoNumber and tagSequence
    483                 assert restoredTo.oligoNumber == "fromtrash: 1";
    484                 assert restoredTo.tagSequence == "fromtrash: abc";
     536                // Check for the copying of fwOligo and fwMidSeq
     537                assert restoredTo.fwOligo == "fromtrash: 1";
     538                assert restoredTo.fwMidSeq == "fromtrash: abc";
    485539                assert restoredTo.sequenceData?.size() == 2
    486540               
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.