Changeset 32 for trunk


Ignore:
Timestamp:
Apr 5, 2011, 4:04:05 PM (8 years ago)
Author:
robert@…
Message:
 
File:
1 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/test/integration/nl/tno/metagenomics/AssaySampleTests.groovy

    r25 r32  
    1 package nl.tno.metagenomics
     1package nl.tno.massSequencing
    22
    33import grails.test.*
     4import org.codehaus.groovy.grails.commons.ConfigurationHolder
    45
    5 class AssaySampleTests extends GrailsUnitTestCase {
     6class AssaySampleTests extends GroovyTestCase {
    67    protected void setUp() {
    78        super.setUp()
     
    1314
    1415        void testContainsData() {
    15                 Assay a1 = new Assay(assayToken: "abc1", name: "Assay 1")
    16                 Sample s1 = new Sample(sampleToken: "sam1", name: "Sample 1")
    17                 Sample s2 = new Sample(sampleToken: "sam2", name: "Sample 1")
    18                 Sample s3 = new Sample(sampleToken: "sam3", name: "Sample 1")
    19 
    20                 mockDomain( Assay, [a1])
    21                 mockDomain( Sample, [s1, s2, s3 ])
    22                 a1.save();
    23                 s1.save();
     16                Assay a1 = new Assay(assayToken: "abc1", name: "Assay 1"); a1.save( flush: true );
     17                Sample s1 = new Sample(sampleToken: "sam1", name: "Sample 1"); s1.save(flush: true );
     18                Sample s2 = new Sample(sampleToken: "sam2", name: "Sample 1"); s2.save(flush: true );
     19                Sample s3 = new Sample(sampleToken: "sam3", name: "Sample 1"); s3.save(flush: true );
    2420
    2521                AssaySample as1 = new AssaySample()
    26                 mockDomain(AssaySample, [as1])
    2722               
    28                 s1.addToAssaySamples(as1)
    29                 a1.addToAssaySamples(as1)
     23                s1.addToAssaySamples(as1);
     24                a1.addToAssaySamples(as1);
    3025               
    3126                as1.save()
     
    3429                assert !as1.containsData();
    3530               
    36                 as1.tagSequence = "abc";
     31                as1.fwMidSeq = "abc";
    3732                assert as1.containsData();
    3833
    39                 as1.tagSequence = "";
    40                 as1.tagName = "test";
     34                as1.fwMidSeq = "";
     35                as1.fwMidName = "test";
    4136                assert as1.containsData();
    4237
    43                 as1.tagName = "";
    44                 as1.oligoNumber = "test";
     38                as1.fwMidName = "";
     39                as1.fwOligo = "test";
    4540                assert as1.containsData();
    4641               
    47                 as1.oligoNumber = "";
     42                as1.fwOligo = "";
    4843                assert !as1.containsData();
    4944
    5045                SequenceData sd1 = new SequenceData( sequenceFile: "test.fna" );
    51                 mockDomain(SequenceData, [sd1])
     46                sd1.save();
    5247                as1.addToSequenceData( sd1 );
    5348               
     
    5651                assert as1.containsData();
    5752               
    58                 as1.tagSequence = "test"
     53                as1.fwMidSeq = "test"
    5954               
    6055                assert as1.containsData();
     
    6257       
    6358        void testMoveValuableData() {
    64                 Assay a1 = new Assay(assayToken: "abc1", name: "Assay 1")
    65                 Sample s1 = new Sample(sampleToken: "sam1", name: "Sample 1")
    66                 Sample s2 = new Sample(sampleToken: "sam2", name: "Sample 1")
    67                 Sample s3 = new Sample(sampleToken: "sam3", name: "Sample 1")
     59                ConfigurationHolder.config = [ massSequencing : [
     60                        fileDir: '/home/robert/temp'
     61                ]];
     62               
     63                Assay a1 = new Assay(assayToken: "abc1", name: "Assay 1"); a1.save();
     64                Sample s1 = new Sample(sampleToken: "sam1", name: "Sample 1"); s1.save();
     65                Sample s2 = new Sample(sampleToken: "sam2", name: "Sample 1"); s2.save();
     66                Sample s3 = new Sample(sampleToken: "sam3", name: "Sample 1"); s3.save();
    6867
    69                 mockDomain( Assay, [a1])
    70                 mockDomain( Sample, [s1, s2, s3 ])
    71                 a1.save();
    72                 s1.save();
    73 
    74                 AssaySample as1 = new AssaySample()
    75                 AssaySample as2 = new AssaySample()
    76                 mockDomain(AssaySample, [as1, as2])
     68                AssaySample as1 = new AssaySample( assay: a1, sample: s1 )
     69                AssaySample as2 = new AssaySample( assay: a1, sample: s2 )
    7770               
    7871                s1.addToAssaySamples(as1)
     
    8780                assert !as2.containsData();
    8881               
    89                 as1.tagSequence = "abc";
    90                 as1.tagName = "test";
    91                 as1.oligoNumber = "o101";
     82                as1.fwMidSeq = "abc";
     83                as1.fwMidName = "test";
     84                as1.fwOligo = "o101";
    9285
    9386                SequenceData sd1 = new SequenceData( sequenceFile: "test.fna" );
    94                 mockDomain(SequenceData, [sd1])
     87                sd1.save();
    9588                as1.addToSequenceData( sd1 );
    9689                as1.save();
     
    10598                assert !as1.sequenceData || as1.sequenceData.size() == 0
    10699                assert as2.containsData();
    107                 assert as2.tagSequence == "abc";
    108                 assert as2.tagName == "test";
    109                 assert as2.oligoNumber == "o101";
     100                assert as2.fwMidSeq == "abc";
     101                assert as2.fwMidName == "test";
     102                assert as2.fwOligo == "o101";
    110103                assert as2.sequenceData?.size() == 1
    111104                assert as2.sequenceData*.sequenceFile.contains( "test.fna" );
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.