Changeset 3 for trunk/grails-app/views


Ignore:
Timestamp:
Jan 12, 2011, 9:45:08 PM (12 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Externalized configuration; improved assay view (detail views of runs and samples); implemented uploading and parsing of FASTA and QUAL files

Location:
trunk
Files:
6 added
4 edited
1 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk

    • Property svn:ignore

      •  

        old new  
        44.classpath
        55.project
         6fileuploads

  • trunk/grails-app/views/assay/_addFilesDialog.gsp

    r2 r3  
    22        <h2>Upload sequence files</h2>
    33       
    4         <g:form name="addFiles" controller="assay", action="process" id="${assay.id}">
    5                 <p>Select the run these files belong to.</p>
    6                 <p>
    7                 <g:select name="selectedRun" from="${assay.runs}" optionKey="id" optionValue="name" />
    8                 </p>
     4        <g:form name="addFiles" controller="fasta" action="showProcessScreen" id="${assay.id}">
     5                <p>Select the run these files belong to: <g:select name="selectedRun" from="${assay.runs}" optionKey="id" optionValue="name" /></p>
    96                <p>
    107                        Select sequence and quality files to upload. It is possible to zip the files before upload.

  • trunk/grails-app/views/assay/show.gsp

    r2 r3  
    1111                <g:javascript src="assay.show.enterTagsDialog.js" />
    1212                <g:javascript src="assay.show.runDialogs.js" />
     13                <g:javascript src="assay.show.showSampleDialog.js" />
     14                <g:javascript src="assay.show.showRunDialog.js" />
    1315
    1416                <g:javascript src="fileuploader.new.js" />
    … …  
    6668                                <g:each in="${assaySamples}" var="assaySample">
    6769                                        <tr>
    68                                                 <td>${assaySample.sample.name}</td>
     70                                                <td><a href="#" onClick="showSample(${assaySample.id}); return false;">${assaySample.sample.name}</a></td>
    6971                                                <td>${assaySample.tagSequence}</td>
    7072                                                <td>${assaySample.numSequences()}</td>
    … …  
    9597                        <g:render template="addFilesDialog" model="[assay: assay]" />
    9698                </g:if>
     99                <g:render template="showSampleDialog" model="[assay: assay]" />
    97100        </g:else>       
    98101
    … …  
    108111                                        <th nowrap>name</th>
    109112                                        <th nowrap>date</th>
     113                                        <th nowrap>supplier</th>
    110114                                        <th nowrap>machine</th>
    111                                         <th nowrap>supplier</th>
    112                                         <th nowrap>configuration</th>
     115                                        <th nowrap>parameter file</th>
    113116                                        <th nowrap>other assays</th>
    114117                                        <th class="nonsortable"></th>
    … …  
    120123                                <g:each in="${runs}" var="run">
    121124                                        <tr>
    122                                                 <td>${run.name}</td>
     125                                                <td><a href="#" onClick="showRun(${run.id}); return false;">${run.name}</a></td>
    123126                                                <td><g:formatDate format="dd-MM-yyyy" date="${run.date}"/></td>
     127                                                <td>${run.supplier}</td>
    124128                                                <td>${run.machine}</td>
    125                                                 <td>${run.supplier}</td>
    126129                                                <td><g:uploadedFile value="${run.parameterFile}"/></td>
    127130                                                <td>
    … …  
    148151                <g:render template="editRunDialog" model="[assay: assay]" />
    149152        </g:if>
     153        <g:render template="showRunDialog" model="[assay: assay]" />
     154       
    150155</body>
    151156</html>

  • trunk/grails-app/views/fasta/showProcessResult.gsp

    r2 r3  
    22        <head>
    33                <meta name="layout" content="main" />
    4                 <title>Process files for assay ${assay.name} | Metagenomics | dbNP</title>
     4                <title>Processed files for assay ${assay.name} | Metagenomics | dbNP</title>
    55               
    6                 <g:javascript src="jquery.ui.tabbeddialog.js" />
    7 
    86                <script>
    97                        var assayId = ${assay.id};
    … …  
    6664                                        </td>
    6765                                        <td>
    68                                                 ${selectedRun}
    6966                                                <g:if test="${sortedRuns.size()}">
    7067                                                        <select name="file.${i}.run">
    … …  
    116113       
    117114        <p>
    118                 <g:link action="show" id="${assay.id}">Return to assay</g:link>
     115                <g:link controller="assay" action="show" id="${assay.id}">Return to assay</g:link>     
    119116        </p>
    120117</body>

  • trunk/grails-app/views/layouts/main.gsp

    r2 r3  
    3434                       
    3535                        <div id="content">
     36                                <g:if test="${lastSynchronized}">
     37                                        <p>Last full synchronization: ${lastSynchronized}</p>
     38                                </g:if>
    3639                                <g:if test="${flash.error}">
    3740                                        <p class="error">${flash.error}</p>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.