Ignore:
Timestamp:
Jan 12, 2011, 9:45:08 PM (9 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Externalized configuration; improved assay view (detail views of runs and samples); implemented uploading and parsing of FASTA and QUAL files

Location:
trunk
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk

    • Property svn:ignore
      •  

        old new  
        44.classpath
        55.project
         6fileuploads
  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/AssaySample.groovy

    r2 r3  
    1111        private long _numSequences = -1;
    1212        private float _averageQuality = -1.0;
    13        
     13
    1414        Integer numUniqueSequences      // Number of unique sequences / OTUs. Is only available after preprocessing
    1515
     
    4949
    5050        /**
     51         * Returns the number of sequence files in the system, belonging to this
     52         * assay-sample combination.
     53         *
     54         * @return
     55         */
     56        public int numSequenceFiles() {
     57                if( !sequenceData )
     58                        return 0
     59
     60                int numFiles = 0;
     61                sequenceData.each {
     62                        if( it.sequenceFile )
     63                                numFiles++
     64                }
     65
     66                return numFiles;
     67        }
     68       
     69        /**
     70         * Returns the number of quality files in the system, belonging to this
     71         * assay-sample combination.
     72         *
     73         * @return
     74         */
     75        public int numQualityFiles() {
     76                if( !sequenceData )
     77                        return 0
     78
     79                int numFiles = 0;
     80                sequenceData.each {
     81                        if( it.qualityFile )
     82                                numFiles++
     83                }
     84
     85                return numFiles;
     86        }
     87       
     88        /**
    5189         * Returns the number of sequences in the files on the system, belonging to this
    5290         * assay-sample combination.
     
    5795                if( _numSequences > -1 )
    5896                        return _numSequences;
    59                        
     97
    6098                if( !sequenceData )
    6199                        return 0
     
    93131                // Save as cache
    94132                _averageQuality = averageQuality;
    95                
     133
    96134                return averageQuality;
    97135        }
     136       
     137        /**
     138         * Reset the statistics to their default value, in order to ensure that the values are recomputed next time.
     139         */
     140        public void resetStats() {
     141                _numSequences = -1;
     142                _averageQuality = -1;
     143        }
    98144}
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.