Ignore:
Timestamp:
Apr 5, 2011, 3:59:22 PM (8 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Renamed module to massSequencing

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/services/nl/tno/metagenomics/integration/TrashService.groovy

    r22 r29  
    1 package nl.tno.metagenomics.integration
    2 
    3 import nl.tno.metagenomics.*
    4 import nl.tno.metagenomics.auth.Auth;
     1package nl.tno.massSequencing.integration
     2
     3import nl.tno.massSequencing.*
     4import nl.tno.massSequencing.auth.Auth;
    55
    66
     
    2929                        }
    3030                }
    31                                
     31               
     32                // Remove sequence data first, since it gives problems when keeping it
     33                if( study.assays ) {
     34                        l = [] + study.assays*.assaySamples*.sequenceData?.flatten()
     35                       
     36                        l.each {
     37                                if( it )
     38                                        it.sample.removeFromSequenceData( it );
     39                        }
     40                }
    3241                study.delete(flush:true);
    3342        }
     
    5362                }
    5463               
    55                 l = []
    5664                if( assay.assaySamples ) {
    57                         l += assay.assaySamples
     65                        // Remove sequence data first, since it gives problems when keeping it
     66                        l = [] + assay.assaySamples*.sequenceData?.flatten()
     67                       
     68                        l.each {
     69                                if( it ) {
     70                                        it.sample.removeFromSequenceData( it );
     71                                }
     72                        }
     73                       
     74                        l = [] + assay.assaySamples
    5875                       
    5976                        l.each {
     
    6380                }
    6481
     82
     83               
    6584                def study = assay.study
    6685                if( study ) {
     
    7998                def l = []
    8099                if( sample.assaySamples ) {
    81                         l += sample.assaySamples
     100                        // Remove sequence data first, since it gives problems when keeping it
     101                        l = [] + sample.assaySamples*.sequenceData?.flatten()
     102                       
     103                        l.each {
     104                                if( it ) {
     105                                        it.sample.removeFromSequenceData( it );
     106                                }
     107                        }
     108                       
     109                        l =[] + sample.assaySamples
    82110                       
    83111                        l.each {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.