Changeset 29 for trunk/grails-app


Ignore:
Timestamp:
Apr 5, 2011, 3:59:22 PM (8 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Renamed module to massSequencing

Location:
trunk/grails-app/services/nl/tno/metagenomics
Files:
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/services/nl/tno/metagenomics/FastaService.groovy

    r24 r29  
    1 package nl.tno.metagenomics
     1package nl.tno.massSequencing
    22
    33import java.io.BufferedWriter;
     
    4646
    4747                if( !directory ) {
    48                         directory = fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.metagenomics.fileDir )
     48                        directory = fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.massSequencing.fileDir )
    4949                }
    5050
     
    361361         */
    362362        public def savePermanent( String fastaFile, String qualFile, def processedFiles ) {
    363                 File permanentDirectory = fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.metagenomics.fileDir );
     363                File permanentDirectory = fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.massSequencing.fileDir );
    364364                def returnStructure = [:];
    365365
     
    411411                // Retrieve the filename from configuration, if none is given
    412412                if( !name )
    413                         name = ConfigurationHolder.config.metagenomics.exportFilename
     413                        name = ConfigurationHolder.config.massSequencing.exportFilename
    414414
    415415                // Determine the directory the uploaded files are stored in
    416                 File permanentDirectory = fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.metagenomics.fileDir );
     416                File permanentDirectory = fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.massSequencing.fileDir );
    417417
    418418                // First check whether qual files should be exported or not
  • trunk/grails-app/services/nl/tno/metagenomics/SampleExcelService.groovy

    r24 r29  
    1 package nl.tno.metagenomics
     1package nl.tno.massSequencing
    22
    33import org.springframework.web.context.request.RequestContextHolder;
  • trunk/grails-app/services/nl/tno/metagenomics/files/ExcelService.groovy

    r24 r29  
    1 package nl.tno.metagenomics.files
     1package nl.tno.massSequencing.files
    22
    33import java.text.DecimalFormat
  • trunk/grails-app/services/nl/tno/metagenomics/files/FileService.groovy

    r20 r29  
    1313 * $Date$
    1414 */
    15 package nl.tno.metagenomics.files
     15package nl.tno.massSequencing.files
    1616
    1717import org.codehaus.groovy.grails.commons.ApplicationHolder
     
    9797        def File getUploadDir() {
    9898                // Find the file upload directory name from the configuration
    99                 String uploadDir = ConfigurationHolder.config.metagenomics.fileUploadDir
     99                String uploadDir = ConfigurationHolder.config.massSequencing.fileUploadDir
    100100
    101101                if( !uploadDir )
     
    322322
    323323                if( !age ) {
    324                         age = ConfigurationHolder.config.metagenomics.fileUploadMaxAge
     324                        age = ConfigurationHolder.config.massSequencing.fileUploadMaxAge
    325325                }
    326326
  • trunk/grails-app/services/nl/tno/metagenomics/imports/FuzzySearchService.groovy

    r21 r29  
    1 package nl.tno.metagenomics.imports
     1package nl.tno.massSequencing.imports
    22
    33class FuzzySearchService {
  • trunk/grails-app/services/nl/tno/metagenomics/integration/GscfService.groovy

    r19 r29  
    1 package nl.tno.metagenomics.integration
     1package nl.tno.massSequencing.integration
    22
    33import grails.converters.JSON
     
    378378         */
    379379        private String consumerID() {
    380                 return config.metagenomics.consumerID
     380                return config.massSequencing.consumerID
    381381        }
    382382
  • trunk/grails-app/services/nl/tno/metagenomics/integration/SynchronizationService.groovy

    r24 r29  
    1 package nl.tno.metagenomics.integration
    2 
    3 import nl.tno.metagenomics.*
    4 import nl.tno.metagenomics.auth.*
     1package nl.tno.massSequencing.integration
     2
     3import nl.tno.massSequencing.*
     4import nl.tno.massSequencing.auth.*
    55import org.codehaus.groovy.grails.commons.ConfigurationHolder
    66
     
    2525         */
    2626        protected performSynchronization() {
    27                 def conf = ConfigurationHolder.config.metagenomics.synchronization;
     27                def conf = ConfigurationHolder.config.massSequencing.synchronization;
    2828
    2929                // If nothing is entered in configuration, return true (default value)
     
    4646                long difference = SynchronizationService.lastFullSynchronization.getTime() - today.getTime()
    4747               
    48                 if( difference / 1000 > ConfigurationHolder.config.metagenomics.fullSynchronization )
     48                if( difference / 1000 > ConfigurationHolder.config.massSequencing.fullSynchronization )
    4949                        return true
    5050                else
  • trunk/grails-app/services/nl/tno/metagenomics/integration/TrashService.groovy

    r22 r29  
    1 package nl.tno.metagenomics.integration
    2 
    3 import nl.tno.metagenomics.*
    4 import nl.tno.metagenomics.auth.Auth;
     1package nl.tno.massSequencing.integration
     2
     3import nl.tno.massSequencing.*
     4import nl.tno.massSequencing.auth.Auth;
    55
    66
     
    2929                        }
    3030                }
    31                                
     31               
     32                // Remove sequence data first, since it gives problems when keeping it
     33                if( study.assays ) {
     34                        l = [] + study.assays*.assaySamples*.sequenceData?.flatten()
     35                       
     36                        l.each {
     37                                if( it )
     38                                        it.sample.removeFromSequenceData( it );
     39                        }
     40                }
    3241                study.delete(flush:true);
    3342        }
     
    5362                }
    5463               
    55                 l = []
    5664                if( assay.assaySamples ) {
    57                         l += assay.assaySamples
     65                        // Remove sequence data first, since it gives problems when keeping it
     66                        l = [] + assay.assaySamples*.sequenceData?.flatten()
     67                       
     68                        l.each {
     69                                if( it ) {
     70                                        it.sample.removeFromSequenceData( it );
     71                                }
     72                        }
     73                       
     74                        l = [] + assay.assaySamples
    5875                       
    5976                        l.each {
     
    6380                }
    6481
     82
     83               
    6584                def study = assay.study
    6685                if( study ) {
     
    7998                def l = []
    8099                if( sample.assaySamples ) {
    81                         l += sample.assaySamples
     100                        // Remove sequence data first, since it gives problems when keeping it
     101                        l = [] + sample.assaySamples*.sequenceData?.flatten()
     102                       
     103                        l.each {
     104                                if( it ) {
     105                                        it.sample.removeFromSequenceData( it );
     106                                }
     107                        }
     108                       
     109                        l =[] + sample.assaySamples
    82110                       
    83111                        l.each {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.