Changeset 28 for trunk


Ignore:
Timestamp:
Apr 5, 2011, 3:58:56 PM (8 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Renamed module to massSequencing

Location:
trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics
Files:
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/Assay.groovy

    r7 r28  
    1 package nl.tno.metagenomics
     1package nl.tno.massSequencing
    22
    33/**
  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/AssaySample.groovy

    r24 r28  
    1 package nl.tno.metagenomics
     1package nl.tno.massSequencing
    22
    33/**
     
    226226                                // in a 'deleted object would be re-saved by cascade' exception
    227227                               
    228                                 // Clone the sequencedata object
    229                                 def sd = dataList[ j ]?.clone();
    230                                
    231                                 if( sd )
    232                                         otherAssaySample.addToSequenceData( sd );
     228                                if( dataList[ j ] ) {
     229                                        // Clone the sequencedata object
     230                                        def sd = dataList[ j ]?.clone();
    233231                                       
    234                                 // Remove the old sequencedata object
    235                                 this.removeFromSequenceData( dataList[ j ] );
     232                                        if( sd )
     233                                                otherAssaySample.addToSequenceData( sd );
     234                                               
     235                                        // Remove the old sequencedata object
     236                                        this.removeFromSequenceData( dataList[ j ] );
     237                                }
    236238                        }
    237239                }
  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/Run.groovy

    r26 r28  
    1 package nl.tno.metagenomics
     1package nl.tno.massSequencing
    22
    3 import nl.tno.metagenomics.auth.User
     3import nl.tno.massSequencing.auth.User
    44import org.codehaus.groovy.grails.commons.ConfigurationHolder
    55
     
    3838                // Remove the file if the object is deleted
    3939                if( this.parameterFile )
    40                         fileService.delete( this.parameterFile, fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.metagenomics.fileDir ) )
     40                        fileService.delete( this.parameterFile, fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.massSequencing.fileDir ) )
    4141        }
    4242
     
    6161                                        fileService.get( params.parameterFile ),
    6262                                        "",
    63                                         fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.metagenomics.fileDir )
     63                                        fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.massSequencing.fileDir )
    6464                                        );
    6565                }
  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/Sample.groovy

    r9 r28  
    1 package nl.tno.metagenomics
     1package nl.tno.massSequencing
    22
    33/**
  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/SequenceData.groovy

    r20 r28  
    1 package nl.tno.metagenomics
     1package nl.tno.massSequencing
    22
    33import org.codehaus.groovy.grails.commons.ConfigurationHolder
     
    4848       
    4949        def beforeDelete = {
    50                 def permanentDir = fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.metagenomics.fileDir.toString() )
     50                def permanentDir = fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.massSequencing.fileDir.toString() )
    5151                if( sequenceFile ) {
    5252                        fileService.delete( sequenceFile, permanentDir )
     
    6262        public SequenceData clone() {
    6363                // Copy the files to a new name
    64                 def permanentDir = fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.metagenomics.fileDir.toString() )
     64                def permanentDir = fileService.absolutePath( ConfigurationHolder.config.massSequencing.fileDir.toString() )
    6565               
    6666                def newSequenceFileName = sequenceFile;
  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/Study.groovy

    r7 r28  
    1 package nl.tno.metagenomics
     1package nl.tno.massSequencing
    22
    3 import nl.tno.metagenomics.auth.*;
     3import nl.tno.massSequencing.auth.*;
    44
    55/**
  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/auth/Auth.groovy

    r2 r28  
    1 package nl.tno.metagenomics.auth
     1package nl.tno.massSequencing.auth
    22
    3 import nl.tno.metagenomics.Study
     3import nl.tno.massSequencing.Study
    44
    55/**
  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/auth/User.groovy

    r16 r28  
    1 package nl.tno.metagenomics.auth
     1package nl.tno.massSequencing.auth
    22
    3 import nl.tno.metagenomics.Study
     3import nl.tno.massSequencing.Study
    44
    55/*
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.