Changeset 24 for trunk/grails-app/domain


Ignore:
Timestamp:
Mar 23, 2011, 1:24:24 PM (11 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Improved export of fasta files and added properties to assaysamples

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/domain/nl/tno/metagenomics/AssaySample.groovy

    r20 r24  
    1515        Integer numUniqueSequences      // Number of unique sequences / OTUs. Is only available after preprocessing
    1616
    17         String oligoNumber              // Oligonumber used to identify the sample
    18         String tagSequence              // Tag originally used to identify the sample
    19         String tagName                  // Tag name
     17        String fwOligo
     18        String fwMidName
     19        String fwTotalSeq
     20        String fwMidSeq
     21        String fwPrimerSeq
     22       
     23        String revOligo
     24        String revMidName
     25        String revTotalSeq
     26        String revMidSeq
     27        String revPrimerSeq
    2028
    2129        static belongsTo  = [ assay: Assay, sample: Sample, run: Run ]
     
    2432        static constraints = {
    2533                numUniqueSequences(nullable: true)
    26                 oligoNumber(nullable: true)
    27                
    28                 /*
    29                 , validator: { value, obj, errors ->
    30                         // When one oligoNumber is used in different assaysamples,
    31                         // they must also have the same tagSequences and tagNames
    32                        
    33                         // Check whether this oligoNumber exists in the database
    34                         def otherAssaySamples = AssaySample.findAllByOligoNumber( value )
    35                         if( !otherAssaySamples || otherAssaySamples.size() == 0 ) {
    36                                 return true;
    37                         }
    38                        
    39                         // Loop through the other assaysamples with this oligonumber
    40                         otherAssaySamples.each { otherAS ->
    41                                 // Only check other objects, don't compare with itself (because that
    42                                 // way it wouldn't be possible anymore to edit an object)
    43                                 if( otherAS.id != obj.id ) {
    44                                         if( otherAS.tagSequence != obj.tagSequence || otherAS.tagName != obj.tagName ) {
    45                                                 return false;
    46                                         }
    47                                 }
    48                         }
    49                        
    50                         return true
    51                 }
    52                  */
    53                 tagSequence(nullable: true)
    54                 tagName(nullable:true)
     34                fwOligo(nullable: true)
     35                fwMidName(nullable: true)
     36                fwTotalSeq(nullable:true)
     37                fwMidSeq(nullable:true)
     38                fwPrimerSeq(nullable:true)
     39                revOligo(nullable: true)
     40                revMidName(nullable: true)
     41                revTotalSeq(nullable:true)
     42                revMidSeq(nullable:true)
     43                revPrimerSeq(nullable:true)
    5544                run(nullable: true);
    5645        }
     
    201190         */
    202191        public boolean containsData() {
    203                 return tagSequence || tagName || oligoNumber || numFiles() > 0;
     192                return  fwOligo || fwMidName || fwTotalSeq || fwMidSeq || fwPrimerSeq ||
     193                                revOligo || revMidName || revTotalSeq || revMidSeq || revPrimerSeq ||
     194                                numFiles() > 0;
    204195        }
    205196       
     
    213204        public void moveValuableDataTo( AssaySample otherAssaySample ) {
    214205                // Copy properties
    215                 otherAssaySample.tagSequence = tagSequence;
    216                 otherAssaySample.oligoNumber = oligoNumber;
    217                 otherAssaySample.tagName         = tagName;
     206                otherAssaySample.fwOligo                = fwOligo;
     207                otherAssaySample.fwMidName              = fwMidName;
     208                otherAssaySample.fwTotalSeq     = fwTotalSeq;
     209                otherAssaySample.fwMidSeq               = fwMidSeq;
     210                otherAssaySample.fwPrimerSeq    = fwPrimerSeq;
    218211               
     212                otherAssaySample.revOligo               = revOligo;
     213                otherAssaySample.revMidName             = revMidName;
     214                otherAssaySample.revTotalSeq    = revTotalSeq;
     215                otherAssaySample.revMidSeq              = revMidSeq;
     216                otherAssaySample.revPrimerSeq   = revPrimerSeq;
     217
    219218                // Move attached data
    220219                def dataList = [] + sequenceData?.toList()
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.